皇太孙一向看重齐泰。即位之后，命齐泰与黄子澄同参国政，齐泰随即进升为尚书。当时遗诏命诸王统治封地，不要奔丧，封地官民听朝廷节制。诸王说这是齐泰假传皇父遗诏，离间骨肉，都不高兴。在此之前，皇上还是皇太孙时，诸王位尊辈高，拥有重兵，皇上为此很担心，现在因此密议削藩之事。
建文元年(1399)，周、代、湘、齐、岷五王相继因罪被废。七月，燕王举兵而反，名为“靖难”，指责齐泰、黄子澄为奸臣。事情传至朝廷，齐泰请求削除燕王的藩籍，公布其罪，派兵声讨。有的人反驳他，齐泰却说：“揭露贼行，敌乃可克。”于是，朝廷议定伐燕，并布告天下。当时太祖的功臣留下来的很少，建文帝便授长兴侯耿炳文为大将军，率军分道北伐，到真定为燕兵所败。黄子澄推荐曹国公李景隆代替耿炳文统率军队，齐泰极言不可。黄子澄不听，最终还是命李景隆率军。那个时候，建文帝将五十万军队全部交给李景隆，并称短时间内便可灭燕。燕王因此大喜道“：昔日汉高祖只能统兵十万。李景隆有什么才能，其部众正好可以为我所用。”这年冬天，李景隆果然战败，建文帝脸露惧色。正巧当时燕王上书极力诋毁齐泰、黄子澄。建文帝于是将他们两人解职以向燕王道歉，但暗地里仍将他俩留在京城，参与密议。李景隆给燕王写信，说他俩已逃，可以息兵了，燕王不听。第二年，盛庸在东昌获胜，建文帝到太庙告祭，并命齐泰、黄子澄二人任职如故。待到夹河兵败时，又解除他们两人的官职以求罢兵，燕王却说“：这是缓兵之计。”于是进兵更急。
在开始商议削藩时，建文帝采纳齐泰、黄子澄之言，说以天下遏制一方十分容易。在屡次失败后，便开始后悔，因此进退失措。当燕兵日益进逼时，又将齐泰召回。齐泰未到，京城已不能守，齐泰逃往外郡，企图复兴。当时朝廷急于重金悬赏齐泰。齐泰骑上用墨涂黑的白马逃走，马跑了一段远路后，汗出墨退。有的人说“：这是齐尚书的马。”齐泰就这样被捉送京，同黄子澄、方孝孺一起不屈而死。齐泰的堂兄弟齐敬宗等都被牵连而死，其叔叔齐时永、齐阳彦等则被贬戍边。其子刚刚六岁，被免死发配，仁宗时被赦回京。
黄子澄，名..，以字行世，分宜人。洪武十八年(1385)会试第一。由编修进升为修撰，在东宫伴读，屡升至太常寺卿。
惠帝为皇太孙时，曾坐在东角门对黄子澄说“：诸王位尊辈高，拥有重兵，且多不法，怎么办呢？”黄子澄回答说：“诸王的护卫兵，只足以自守，倘若有变，出以六师，他们谁能抵挡得住呢？汉七国并非不强，而最终却灭亡了。大小强弱视情势各不相同，而顺逆之理也各异。”皇太孙觉得他说得在理。即位之后，便命黄子澄兼翰林学士，与齐泰同参国政，并对他说“：先生还记得昔日东角门之言吗？”黄子澄叩首回答“：不敢忘记。”退朝之后与齐泰商议，齐泰认为要先谋取燕。黄子澄则说：“不能这样，周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时，尚且经常违法，因此削之有名。而今如欲问罪，应当从周开始。周王是燕王的亲弟弟，削除周王便是剪去燕王的手足。”两人议定，第二天便去向皇上建议。
正逢当时有人说周王朱木肃违法。于是便命李景隆率军前去袭击，将其捉拿，周王的供词牵连湘、代诸王府。于是惠帝便将朱木肃及岷王朱木便废为庶人，将代王朱桂幽禁于大同，将齐王朱..囚于京城。湘王朱柏则自焚而死。又将周王一事下到燕议罪，燕王上书再三援救。惠帝览书恻然，说此事应当停止了。黄子澄与齐泰进行规劝，没有结果，出去之后两人互相说道：“而今事势如此，怎么能不做一决断？”第二天又向皇上进言说：“现在所担心的只有燕王了，应当趁他生病时前去袭击。”惠帝犹豫道“：朕即位不久，连罢诸王，如又削燕王，我怎么去向天下解释呢？”黄子澄回答说“：要先发制人，不要为人所制。”惠帝又说：“燕王智勇双全，善于用兵，虽然有病，恐怕突然袭击他也难以谋取。”此事乃止。于是命都督宋忠调遣防边官军驻扎开平，挑选精壮的燕府护卫隶属宋忠麾下，并将护卫胡骑指挥关童等召入京城，以削弱燕。又调北平永清左、右卫官军分驻彰德、顺德，都督徐凯在临清练兵，耿王献在山海关练兵，以控制北平。这些全是齐泰、黄子澄的主意。当时燕王担忧不已，因为他的三个儿子都在京城，因此便称自己病重，请求让他们返回。齐泰想将三人逮捕，黄子澄则说：“不如放他们回去，以示对他并未怀疑，这样便可袭而取之。”就这样放回了三人。不久，燕军起兵，燕王在将吏面前哭着发誓说：“陷害诸王，并非天子之意，而是奸臣齐泰、黄子澄所为。”
开始皇上信任黄子澄与齐泰，迅速发兵削藩。但这两人本是书生，兵事非其所长。当耿炳文兵败时，黄子澄说胜败乃兵家常事，不足以忧虑，因而推荐曹国公李景隆担负大任。皇上于是便命李景隆代替耿炳文，而李景隆也无所作为，连败于郑村坝、白沟河，丧失军队辎重、士兵马匹数十万。不久，又败于济南城下。皇上急忙将李景隆召回，赦免其死罪。黄子澄痛哭，请治其罪。皇上不听。黄子澄拍着胸脯说：“大势已去，我推荐李景隆而误国，万死不足以赎罪。”
当燕兵逐渐向南推进时，黄子澄与齐泰一同遇贬在外，被密令募兵。黄子澄微服由太湖至苏州，与知府姚善倡义勤王。姚善上奏说“：黄子澄之才足以抵御灾难，不应当将他抛弃在清闲僻远之地，而令敌人高兴。”皇上又召见黄子澄，他还未到，京城便已失陷了。黄子澄想与姚善航海求救兵。姚善不同意，于是便与嘉兴杨任图谋举事，被人告发，都被逮捕。黄子澄至京，成祖亲自责问。但他抗辩不屈，被施磔刑而死。其族人无论年老年少一律处斩，姻亲党羽全部戍边。他的一子变姓改名田径，后遇赦，在湖广咸宁安家。正德年中，进士黄表是他的后代。
方孝孺，字希直，另有一字叫希古，宁海人。他父亲名叫克勤，洪武年间的循吏。《明史》中另有传记。方孝孺年幼时就机警聪明，目光炯炯有神。读书每天都有长进，人们都称他为“小韩子”。长大后，方孝孺拜宋濂为师。但宋濂门下的知名学士都不如他，就连前辈胡翰、苏伯衡都自认不如。方孝孺没有拘泥文学、艺术，常以彰明王道、致太平为己任。方孝孺曾经患病，家中无粮，家人告诉他，谁知他却笑着说：“古人有三十天只食九天的先例，贫穷难道只我一人吗？”他的父亲克勤因“空印”案而被杀，他护丧葬归故里，路人都为之哀痛。待丧事一完，他又立即从学宋濂，直至毕业。
洪武十五年(1382)，由于吴沉、杨枢的推荐，方孝孺得到皇上的召见。太祖看他举止端整，十分高兴，就对太子说：“这个年青人，今后应该发挥他的才华。”并礼节性地把他遣送回去。后来因仇家连累，方孝孺被逮送到京城，太祖看到他的名字后，下令释放他。二十五年，又因推荐被召到京城。太祖说“：现在还不是使用方孝孺的时候。”任命他为汉中教授。方孝孺每天对儒生讲学孜孜不倦。蜀献王得知他的贤良，就聘任他为王子的老师。每每见到他，都和他陈说道德伦理，蜀献王对他十分尊重，并把他读书的屋子命名为“正学”。
到了惠帝即位，召方孝孺为翰林侍讲。第二年升为侍讲学士，国家遇有大事常常向他咨询。惠帝喜欢读书，每当遇到疑问时就召他讲解。上朝奏事，君臣在朝廷面议可否，有时就命令方孝孺到屏风前批答。当时明廷正在编撰《太祖实录》和《类要》等书，方孝孺都担任总裁。变更官制后，方孝孺为文学博士。燕王起兵以后，朝廷商议征讨，诏令、檄文都出自方孝孺之手。
建文三年(1401)，燕兵侵占了大名。燕王听说齐泰、黄子澄已逃窜，上奏请求罢免盛庸、吴杰、平安的兵权。方孝孺建议说“：燕兵久住大名，天气很热又下雨，不打仗他们自己也会疲劳。应立即命令辽东诸将进入山海关进攻永平、真定，诸将过卢沟桥进攻北平，对方一定会回救。我方用大兵断其后，这样就可以擒拿贼王。现在燕王奏书刚到，应暂且答书，这样，往返需要一个多月，敌方将士心理懈怠。当我方谋划已定，形势又极为有利，便可一举克敌。这并不是很困难的事。”皇上觉得十分有理，于是就命令方孝孺草拟诏书，派大理寺少卿薛岩飞马驰送诏书到燕，完全赦免燕的反叛之罪，要求他们收兵回归藩地。又给薛岩带上皇上数千言的手谕，让他带到燕王的军队中，秘密散发到将士手中。但事到临头，薛岩隐藏宣谕不敢取出，燕王也不遵奉皇帝的诏令。
五月，吴杰、平安、盛庸带兵骚扰燕军的粮道。燕王再次派遣指挥武胜上书请求皇上罢前线军队。皇帝准备同意撤兵。但方孝孺说：“撤兵容易，再次集聚军队就难了，不要被燕王的言语所迷惑。”皇帝于是下令杀了武胜，以此来断绝和燕国的交往。没多久，燕军侵掠沛县，并烧毁粮船。当时黄河以北的军队疲累而无战功，而德州的运粮道路又被截断。为此，孝孺深感忧虑。燕世子仁厚，他的弟弟高煦狡诈，得宠于燕王，曾想争夺嫡长子之位。方孝孺想用计挑起他们内乱。于是方孝孺向建文帝禀明计划，并派锦衣卫千户张安带着盖有皇帝印章的书信，赐封燕世子。世子拿到信函并不拆封，并将张安一起送到燕王军帐里。于是离间之计失败了。
第二年五月，燕军打到了长江以北，皇帝下诏书征集全国的军队。方孝孺说“：事情已经十分紧急。可派人前往说和，许以割地，争取拖延几天时间。东南募兵已逐渐云集，北方的军队不擅长水战，如果两军在长江上决战，胜负就难以预料了。”建文帝派庆成郡主前往燕军中，陈说了孝孺的意思。但是，燕王不听。建文皇帝命令众将率水师汇集在长江上，但明战将陈蠧率领战舰向燕军投降了。燕军于是渡过了长江，当时是六月三日。建文帝忧虑惧怕，有的劝说皇上移宫他处，再图复兴大业。方孝孺力请皇上坚守京城等待援兵的到来。即使失败，也是为社稷而亡。十三日，京城的金川门被打开了，燕军入城，建文帝自焚而死。当日，方孝孺被抓进监狱。
这以前，成祖发兵北平，姚广孝向成祖请托方孝孺时说：“兵临城下那一天，孝孺一定不会投降，请不要杀他。如果杀了方孝孺，就会断绝天下的读书人。”成祖点头答应。攻下南京后，想让方孝孺草拟诏书。方孝孺被召到宫殿后，悲恸之声响彻大殿。成祖从殿座走到方孝孺的身边安慰他说“：先生不要自己苦自己，我不过是效法周公辅佐成王罢了。”方孝孺问：“成王在哪里？”成祖回答说：“他已自焚而死。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子为皇呢？”成祖回答说：“老百姓信赖年长的君王。”方孝孺又问：“为什么不立成王的弟弟为皇呢？”成祖回答说“：这是我们家庭内部的事。”要左右把笔和纸拿给方孝孺，说：“诏告天下，非先生起草的诏书不可。”方孝孺把笔扔到地上，又哭又骂说：“死就死吧，诏书我是不会起草的。”成祖大怒，命令斩首示众。方孝孺从容就义，临死前做绝命词说“：天降大乱啊又有谁知道其中的缘由，奸臣得计谋夺国家，忠臣发愤啊又血泪交流，以身来殉先君又还有何求。唉！如此这般方能死无怨尤。”当时方孝孺年仅四十六岁。他的学生德庆侯廖永忠的孙子廖镛和他的弟弟廖铭把方孝孺的尸体殓葬于聚宝门外的山上。
方孝孺的哥哥叫方孝闻，勤奋好学，为人忠厚，他比方孝孺先死。弟弟方孝友与方孝孺同时被杀，临死前也赋诗一首。方孝孺的妻子郑氏及两个儿子方中宪、方中愈先后上吊身亡，两个女儿也投秦淮河而死。
方孝孺工于文章，其文清纯深邃，雄伟豪迈。他的每一篇文章问世，海内都争相传诵。永乐年间，凡藏有方孝孺文章的都论以死罪。方孝孺的学生王禾余暗中把他的文章收集编写成《侯城集》，方孝孺的文章因此得以流传后世。
仁宗即位，示谕礼部：“建文时的各位大臣，已经蒙受了杀戮之祸，他们的家属沦为官籍奴仆者，都释放为民，并归还田土。其外亲戍边者，除留一人戍所外，其余的都遣放回家。”万历十三年(1585)三月，释放了因方孝孺案株连而戍边者的后代，浙江、江西、福建、四川、广东共计一千三百多人。方孝孺已经没有后代了，唯独方克勤的弟弟方克家有个儿子叫方孝复。洪武二十五年(1393)，方孝复曾经上书朝廷，请求减免信国公汤和给宁海所增加的赋税，被贬戍庆远卫，株连时因军籍免。方孝复的儿子名叫方琬，后被释放为民。世宗时，松江人俞斌自称是方孝孺的后代，一时士大夫深信不疑，编纂《归宗录》。后来方氏发觉俞斌不是方孝孺的后代，于是就将实情告诉了官府，这一骗局也就结束。神宗初年，下诏令褒奖建文时的忠臣，在南京建立表忠祠，排位第一的是徐辉祖，排位第二的是方孝孺。
练子宁，名安，以字行世，新淦人。父亲练伯尚，工于诗词。洪武年初，练子宁负责起居注，因直言相陈而被贬出外任职，最后为镇安通判。
练子宁英才超群，十八年(1385)以贡生身份参加廷试对策，极力申言：“天下人才有限，陛下怎么忍心因区区小事，而放任无穷无尽的诛杀，又将靠什么去治国呢？”太祖嘉赏其用心，将他提拔为一甲第二名，授为翰林修撰。练子宁遭母丧，力行古礼。服丧完毕，恢复官职，升任工部侍郎。
建文初年，练子宁与方孝孺同为惠帝所信用，改任吏部左侍郎，以考核官吏是否贤能，而决定其升降为己任，对此多有建议。不久，练子宁被授为御史大夫。燕军兵起，李景隆北征屡败，应诏返京。练子宁在朝中历数其罪，请求处死他，皇上不听，练子宁便叩首愤激大喊道：“坏陛下事者，就是此贼，死有余辜。即使陛下赦免了李景隆，一定不要赦免微臣。”然后大哭求死，皇上为此只得罢朝。宗人府经历宋征、御史叶希贤都坚决上疏说李景隆出战失利丧师，存有二心，应当处斩。皇上全不采纳。燕兵渡淮之后，靖江府长史萧用道、衡府纪善周是修上书谈论大计，斥责当权者。上书被下到廷臣商议，当权者盛气十足，辱骂萧、周二人。练子宁说道：“国事至此，你们还不能容许上言者吗？”辱骂者羞愧而止。
燕王即位，练子宁被绑至京。出语不逊，被施磔刑而死，其家被灭族，姻亲全部戍边，练子宁的堂侄练大亨，任嘉定知县，获悉此事，便与其妻投刘家河而死。同乡人徐子权以进士身份任刑部主事，听说练子宁的死讯，痛哭赋诗后上吊而死。
练子宁善写文章，方孝孺称其多学而富文采。弘治年中，王佐刊刻其遗文，称为《金川玉屑集》。提学副使李梦阳设立金川书院以祭祀练子宁，将其堂命名为“浩然”。
卓敬，字惟恭，瑞安人。他颖悟过人，读书一目十行。洪武二十一年(1388)考中进士。被任命为户科给事中，为人耿直，不避权势。当时制度还不完备，诸王的服饰、车马模仿太子。卓敬乘机说道“：京城为天下效仿。陛下对诸王如不趁早分辨等级、威严，而使他们的服饰与太子相同，从而嫡庶混乱，尊卑无序，何以令天下？”皇上说：“你说得对，朕还没有考虑到此。”因而更加器重他。他日与同僚觐见，恰好八十一人，太祖命他们改称元士。随即以六科为政事本源，又改称源士。不久，重又称给事中。卓敬历任户部侍郎。
建文初年，卓敬秘密上疏说：“燕王智谋绝伦，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地势优越，兵精马壮，金、元即由此兴起。现在应当将他改封南昌，万一有变，也容易控制。事情即将萌发而未行动，那是由于时机未到，而考虑可以行动的时间则要依据形势。形势还未成熟时便不能做出决断，而时机还未明朗便不能给予明察。”上奏到达朝廷，第二天皇上召问卓敬。卓敬叩首道“：微臣所言乃天下至计，愿陛下明察。”但是此事最终就此而止。
燕王即位，卓敬被捕，明成祖指责他曾建议改封一事，离间骨肉之情。卓敬厉声说道：“可惜先帝没有采纳我的建议。”皇上十分生气，但仍怜惜其才，下令将他下狱，派人以管仲、魏征之事相劝。卓敬流着泪说：“身为人臣，只有以死相报。先皇帝曾无过失，忽然被横行篡夺，我恨不得立即死去，到地下去见先皇，你还想让我为你效力吗？”皇上还是不忍杀他。姚广孝以前与卓敬有隔阂，便进劝皇上“：卓敬之言如果真的被采用，皇上难道还会有今日吗？”皇上这才处死卓敬，并灭其三族。
卓敬言行慷慨，风流倜傥，善于谈论，凡天官、舆地、律历、兵刑诸家无不广泛研究。成祖曾叹道“：国家培养人才三十年，唯得一卓敬。”万历年初，朝廷采纳御史屠叔方的建议，为卓敬修墓建祠。