二十五年(1597)春天，他和副将李如梅一道开出边塞作战，丢失了十员部将，一百六十多名士兵。正好这时朝鲜又一次用兵，神宗下令免除杨镐的罪过，提拔他为右佥都御史，让他去经略朝鲜军务。杨镐尚未到达朝鲜，就先上书讲了十件事，请允许让朝鲜官民捐赠粮食后得以升官、任官和赎罪，乡吏奴丁就免除他们的劳役，大都是一些苟且的事务。又因为朝鲜君臣把粮食储蓄隐藏起来，不给官军粮饷，他上书揭发朝鲜君臣的罪过。因此朝鲜人对他有很大的怨气。

当时，倭寇将领行长、清正等已经占领了南原、全州，又引兵进犯全罗、庆尚，势逼王京，威力很强大。幸好沈惟敬被抓获，倭寇的向导才没有了。朝鲜在兵乱之余千里萧条，敌人没什么可以掠夺的了，因此只在全罗积存军粮，做长期驻留的打算。这时中国部队也渐渐聚结过来。九月初一，杨镐才到达王京。正好当时副将解生等屡次挫败倭寇，朝鲜部队也几次立了战功，倭寇于是退守蔚山。十二月，杨镐召集总督邢..、提督麻贵讨论进兵方略，决定把四万兵力分为三协，副将高策率领中军，李如梅领左边，李芳春、解生领右边，合攻蔚山。开始时用少量部队去尝试作战，倭寇出来交战，大败，全都到岛山去驻扎，在岛山城外修起三道栅栏来自我保护。杨镐在辽东做官时与如梅结交得很深。到这个时候游击陈寅接连打下了敌人的两道栅栏，第三道眼看就要打下来了，杨镐因为如梅还没到，不想让陈寅的功劳比如梅大，所以就鸣金收兵。倭寇从此闭城不出，坚守着等待援兵。官兵从四面包围着，地面泥泞，并且时际严冬，风雪裂人肌肤，士兵缺乏坚强的斗志。倭寇日夜放大炮，用毒药煮了弹子，被打中的必死无疑。官兵又围攻了十天打不下来，倭寇了解到官兵泄气了，就假称求降拖延时间。第二年正月初二，行长的救兵突然来了，杨镐十分害怕，狼狈不堪地抢先逃了，各部队也跟着逃，贼兵追上前进行袭击，官兵死掉的人不计其数。副将吴惟忠、游击茅国器断后，倭寇才返回去，但是官军的辎重大多丢失了。

这次战役谋划了几年时间，倾用国内的全部力量，联合了整个朝鲜的兵力，被杨镐一下子给败弃了，满朝文武为此叹息不已。杨镐逃出以后，带着麻贵跑到庆州，害怕倭寇过来袭击，就把全部兵力撤回王京，与总督邢..一道虚假地向朝廷告捷。各营队报上人数，士兵死亡了差不多两万。杨镐大为恼火，把实际情况压下来不向朝廷汇报，只说死了一百多人。杨镐这时死了父亲，朝廷下诏命令他克制孝心继续办理国事。御史汪先岸曾经弹劾过杨镐别的罪过，阁臣却庇护他，起草了一道圣旨对他加以称赞，这道圣旨长期未加公布。赞画主事丁应泰听说杨镐打了败仗，去向杨镐询问今后的办法。杨镐把张位、沈一贯的亲笔信连同他们所起草的那道未经公布的圣旨给应泰看，并且扬扬得意地吹嘘自己的功绩。应泰感到气愤，就抗言上书讲了军队战败的情况，说杨镐应当问罪的有二十八条，可羞的有十点，并且弹劾张位、一贯同他共同作奸。神宗皇帝极其恼火，想依法惩处他们，首辅赵志皋做了营救，神宗才罢免杨镐，让他听候核实，让天津巡抚万世德去接替了他。后来，东征朝鲜的事情完结了，给事中杨应文讲到杨镐的功绩，神宗下诏准予再任用他。

三十八年(1610)，杨镐起复为辽东巡抚。期间，他在镇安袭击了炒花部落，御史田生金弹劾他挑起争端。当时辽东战事很忙，杨镐极力推荐李如梅，请求重新任用他做大将，被给事中麻僖、御史杨鹤弹劾。杨镐上书辩解并请求离职，神宗不加过问，杨镐最后回乡去了。

四十六年(1618)四月，北方大清部队出征，打下抚顺，守将王命印死掉了。辽东巡抚李维翰催促总兵官张承荫前往增援，承荫与副总兵颇廷相等人都战死了，周围一带大为震惊。朝廷讨论认为杨镐熟悉辽东的军事，就起用他为兵部右侍郎，前去担任经略。杨镐到任后，就申明纪律，征集四方部队，打算大举作战。到七月份，大清部队由鸦鹘关打下清河，副将邹储贤战死。神宗命令赐给杨镐尚方剑，允许他斩杀总兵以下的将官。杨镐就把清河逃将陈大道、高炫斩了，在军中巡回展示。这年冬天，各地援兵大批集结起来，杨镐就决定进兵。当时蚩尤旗这颗彗星有整个天空那么长，彗星又出现在东方，天上发生陨星，地上发生地震，有见识的人认为这些是失败的征兆。大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦等人都认为部队驻久了粮饷缺乏，就传发红旗，天天催杨镐进兵。

第二年正月，杨镐才召集总督汪可受、巡抚周永春、巡按陈王庭等决定，在二月十一日誓师，二十一日出塞开战。兵分四路：总兵官马林出兵开原，攻打北面；杜松出兵抚顺，攻打西面，李如柏从鸦鹘关出兵直奔清河，攻打南面；东南面则让刘纟廷出兵宽甸，经凉马佃捣后，用朝鲜部队来帮助他。号称大兵四十七万，约定三月二日在二道关集合后一起出发。当时天下着大雪，部队不肯向前走，出兵的时间又泄漏出去了。杜松想立个头功，先期渡过浑河，开到二道关来，伏兵大起，杜松全军覆没了。马林统领开原部队准备从三岔口出师，听说杜松战败，就停步不前，结营自保。大清部队居高临下，奋勇出击，马林招架不住，大败而逃了。杨镐听说后急忙传令想停下如柏、刘纟廷的两支部队，如柏就停止不前了。刘纟廷当时已经深入三百里，到了浑河，大清部队攻打他，但打不动他。后来就打着杜松的旗帜，穿着他的衣甲蒙骗刘纟廷。大清部队进入他的兵营以后，刘纟廷的营中大乱，刘纟廷奋力拼战而死。只有如柏的军队得以完整保存。文武将吏前后死去的有三百一十多人，士兵四万五千八百多人，丢掉的马匹、骆驼、兵器就多得无法计算了。战败的报告递到朝廷后，京师大震，御史杨鹤上书弹劾他，神宗皇帝没有答复。不多久，开原、铁岭又相继丢失了。言官纷纷上书弹劾杨镐，杨镐于是被逮进了皇家监狱，判为死刑。崇祯二年(1628)，杨镐伏法。

熊廷弼，字飞百，江夏人。万历二十五年(1594)考中乡试第一名，第二年成进士，初授官为保定推官，继而升为御史。

三十六年(1608)外出巡按辽东。巡抚赵楫与总兵官李成梁放弃宽甸地方的八百里领土，把当地六万老百姓迁移到内地来安家。过后，评定功绩竟然还要受到奖赏，给事中宋一韩上书论列了他们的罪。此事被下发给廷弼重新核查，全部查清了他们放弃领土、驱民迁移的事，廷弼上书弹劾他们两个的罪状，并说到前任巡按大臣何尔健、康丕扬勾结、包庇他们。但他的奏章竟未被下发给大臣讨论。当时诏书要求兴办屯田，廷弼说辽地多有闲地，每年在八万兵额中用三分人力来屯田、耕种，就可以收获粟米一百三十万石。神宗皇帝特地颁布诏书表示赞成，命令在边境各处推行。当时边防将领喜欢搅扰敌营，动辄引发战斗。廷弼说防护边疆以自守为上策，修造城堡，有十五种好处，报告皇帝后就实行起来。那年大旱，廷弼巡行至于金州，就在城隍庙神像祈祷，约七日里下场雨，如若不下雨就拆毁城隍庙。等巡行到广宁，已过了三天，廷弼就用大字写了白牌，封了剑，派使节前去斩杀城隍神，使节还没到，就见风雷大作，暴雨如注。辽地的人以为他为神明。他在辽地几年，杜绝送礼，核查军情，审查大将小吏，绝不姑息养奸，辽地的风尚、纲纪为之大振。

廷弼在南畿为督学，纪律严明，很有声望。后来因为棒打生员致死一事，与巡按御史荆养智相互在奏章中攻击。养智递上奏章弃职而去，廷弼也因听候核查回家乡去了。

四十七年(1619)，杨镐战败丧师以后，朝廷因为廷弼熟悉边防事务，起用他为大理寺丞兼河南道御史，前往安抚河东地带。不久提升为兵部右侍郎兼右佥都御史，代杨镐为经略。他还没有离开京城，开原就失守了，廷弼上书说：“辽左，是京城的肩背，河东，是辽镇的心腹，开原又是河东的根本。想保住辽东的话，开原一定不能放弃。敌军没有打下开原的时候，北关、朝鲜还足以给他们构成腹背之患，现在开原被打下，北关不敢不向敌人屈服，敌方派一个使臣去，朝鲜不敢不附从。敌人没有腹背之忧，一定会联合东西两边的兵力来一起攻打我们，这样辽、沈怎么守得住呢？我请求朝廷赶紧派遣将士，准备粮草，修造器械，不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至于误了我、误了辽，并且误了我朝我国家。”奏章递上去以后，全部得到允准，神宗并赐给尚方宝剑以加大他的权力。廷弼刚刚走出山海关，铁岭又失守了，沈阳和其他城堡的军民一时间全都逃窜了，辽阳一带人心不安。廷弼兼程向前，遇到逃出来的，就劝说他们回去。把逃将刘遇节、王捷、王文鼎斩了头来祭奠死节的将士。把贪污的将领陈伦给宰了，并上书弹劾、罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他。他督促士兵打造战车，置办火器，开挖战濠，修筑城墙，做御敌守城的准备。他的命令坚决，有法必行，几个月下来，守备大为牢固了。接着他上书皇帝进呈方略，请召集军队十八万人分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地，首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。另外再挑选精兵悍将组织游击，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命，然后瞅准机会进兵剿敌。奏章递上后，神宗听从了他的建议。

廷弼刚到辽地时，命令佥事韩原善前往安抚沈阳，韩原善害怕，不肯去。接着派佥事阎鸣泰去，阎鸣泰走到虎皮驿，大哭而返。廷弼于是亲往巡视，从虎皮驿抵达沈阳，又冒雪夜往抚顺。总兵贺世贤用距离敌人太近来阻挠他，廷弼说：“冰雪满地，敌人想不到我会来的。”于是打鼓奏乐进入抚顺城。当时正是兵祸以后，几百里地不见人影，廷弼祭祀了那些为国事死亡的将士，哭了一场。接着在奉集显示了一番军威，察看了当地的地理形势，然后返回。一路上所到之处都招集流民，修整防守战具，分派兵马驻扎，因此当地军民的心重新稳定下来了。

廷弼身高七尺，有胆量，晓军事，擅长左右开弓放箭。自前番为辽地巡按时就主张防守，到这时更加坚决地主张拒敌守城。但是他脾气火，禀性刚直，喜欢骂人，不甘谦恭下人，因而舆论对他不太推许。

第二年五月，我大清兵占领了地花岭。六月，打下了王大人屯。八月进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。然而给事中姚宗文却在朝廷里腾舌诽谤，廷弼因此无法再安心职守了。宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给皇上以后都被放置几年，不予批准，宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。廷弼没有随从他，宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结，才复职于吏科，到辽东来检阅兵马，与廷弼议事，大多意见不一。辽东人刘国缙原先做过御史，在三年一次的考绩中受到贬职处分。辽地战事起来后，朝廷决定用辽人，于是他才做了兵部主事，参与军务。国缙主张召募辽人为兵，按他的办法召募了一万七千多人，后来有一半以上逃跑了。廷弼把此事报给朝廷知道，国缙也对廷弼产生了怨恨。过去廷弼当御史的时候，与国缙、宗文一起负责进言，相互之间，意气相得，共同以排斥东林、攻击道学为职事。国缙等对廷弼寄以旧望，廷弼却不能和从前一样了，这样他们之间更两相失望了。宗文本出自国缙门下，他们两个从此更加勾结在一起，倾轧廷弼。等到宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使廷弼去职不可。御史顾忄造首先起来，弹劾廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。

这个时候，光宗去世，熹宗刚刚登基，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇上的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许廷弼去职，用袁应泰接替了他。廷弼于是上书请求派人来调查。三元、应嘉、修德等又连章极论廷弼的过失，廷弼就请派他三个来核实，熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等童蒙回来上奏，全面陈述了廷弼的功绩，最后说：“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”熹宗因为廷弼力保危城，仍打算以后起用他。

天启元年(1621)，沈阳陷落，应泰死去，朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一火景。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊。一火景说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。熹宗于是对过去弹劾廷弼的人加以治罪，三元、修德、应嘉、郭巩各贬三级，除掉了宗文的官籍。御史刘廷宣论救，也被罢免。于是又下达诏书从家里起用廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。

化贞是诸城人，万历四十一年(1613)进士。由户部主事转右参议，分兵驻守在广宁。蒙古炒花等部落酋长乘机想要南侵，化贞安抚他们，他们就不敢再动了。朱童蒙到东北调查回来后，极力说化贞得西部人心，不要轻易调动他，以免坏了安抚蒙古的事。化贞也说辽地战事终将失败，只有发放百万帑金，极力款待蒙古人，那么敌人就有所顾忌，不敢深入了。恰好辽阳、沈阳相继失守，朝廷决定起用廷弼，御史方震孺请给化贞晋级，让他便宜行事，与薛国用一同驻守河西。于是提升化贞为右佥都御史，巡抚广宁。广宁城坐落在弯曲的山头上，登上山可以俯瞰城内，倚仗三岔河为险阻，而三岔河的黄泥洼又水浅可涉。广宁只有一千名弱卒，化贞招集散兵流民，得到万余人。他激励士民的斗志，联络西部的蒙古，当地人心才稍稍安定下来。辽阳刚失守时，国内远近震惊，都以为河西一定没法保住了。化贞率领一支弱军，把守孤城，斗志不减，当时他的声望真是赫然有名。朝廷也认为可以依靠他的才能，便把河西的战事全部交由他来办了。

到六月份，廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，熹宗不同意。又提出分三方布置的策略：广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，熹宗都予以批准。七月，廷弼启程时，熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。

在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，因病不能干事。化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，熹宗下诏表扬了他。恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，化贞的建议就此作罢了。而化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在廷弼身上。廷弼于是请朝廷警告化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快。廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此以后化贞与廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。

八月初一，廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，熹宗也都同意了。

之垣正在和有关部门商议兵饷的事，化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应文龙，化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由廷弼在中间调度。命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。不久，化贞上书详述东西两边的情况说：“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。”兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好化贞又飞章上奏说：“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”于是兵部越发催促进兵。化贞就在这个月里渡过河去。廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动。化贞终于无功而回。

化贞为人痴傻而且自以为是，平素不学习军事，轻视大敌，好说大话。文武将吏的规劝一点也听不进去，与廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降敌人的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此廷弼无法实现自己的心愿。广宁有十四万部队，而廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，廷弼请把主帅杜文焕治罪，鹤鸣却让宽恕了他。廷弼奏请任用卜年，鹤鸣递上奏章反对。廷弼奏请派遣之垣去朝鲜，鹤鸣故意扣发他的饷银。于是两人之间相互怨恨，事事争吵。廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。

毛文龙镇江之捷，化贞自以为立了奇功。廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞。朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。廷弼又明显地攻击鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”鹤鸣这下更加恼恨他了。到九月份，化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵。廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来蒙古军队终于没来，化贞也不敢进兵了。

当时，廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应。并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。

到十月份，河上结了冰，广宁人认为大清兵一定渡过河来，纷纷想逃出广宁。化贞于是和震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁。鹤鸣也认为广宁值得担忧，请皇上命令廷弼出关。廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳，于是派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳。又派罗一贯以三千人守西平。又重申他的命令说：“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。”

廷弼刚刚布署完毕，化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来。廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的伎俩，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。

当时叶向高掌了大权，他是化贞成进士时的主考官，很偏向化贞。等化贞请求把敌人一举荡平时，廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”

这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而鹤鸣笃信化贞，于是想把廷弼拿掉。二年(1622)正月，员外郎徐大化顺承其意弹劾廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事。他们的奏章一并被发给各部，鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好大清兵这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。

没过多久，西平之围吃紧。化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让得功和祖大寿前往和秉忠会合，然后向前去作战。廷弼也传令刘渠拔营赴援。二十二日在平阳桥遭遇大清部队，刚刚交锋，得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、秉忠在沙岭战死，大寿逃往觉华岛去了。西平守将待援不至，与参将黑云鹤也战死。廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是廷弼撤退了回来。当时大清在沙岭停下来不再向前来。化贞平常把得功看作心腹，而得功已偷偷地投降了大清，他想活捉化贞作为自己的功劳，就诈称敌军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，化贞大声训斥他。朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了廷弼，廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”化贞惭愧了，建议驻守宁远和前屯。廷弼说：“口海！已经晚了。现在只有保护老百姓入关去。”于是把自己所领的五千人交由化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。二十六日廷弼和初命一起护送难民入得关来，化贞、高出、嘉栋也先后入关，只有邦佐自杀而死。得功率领广宁城的叛将把大清兵迎入广宁时，化贞逃跑已有两天时间。大清兵追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。

二月逮捕了化贞，罢了廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，廷弼、化贞都判了死刑。后来快到行刑时，廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过廷弼的贿赂，以此加重廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应..，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。忠贤越发想尽早杀掉廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向熹宗诬陷廷弼说：“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。”熹宗恼了，于是在五年(1625)八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。忠贤便矫诏命令严加追赃，廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。廷弼的长子兆王圭自杀身亡，兆王圭的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。

崇祯元年(1628)，庄烈帝下诏书停止追赃。那年秋天，工部主事徐尔一上书诉说廷弼的冤屈，说：“当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都交由化贞管理。廷弼只有五千名援辽部队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下子都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，坚壁固守吗？廷弼的罪在哪里呢？我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣！”庄烈帝不同意。第二年五月，大学士韩火广等上书说：“廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，根据国法是从来没有过的。”庄烈帝颁发诏书允许廷弼的儿子拿他的首级回去安葬。

崇祯五年(1632)，王化贞才被处以死刑。

袁崇焕，字元素，东莞人。万历四十七年(1572)，考中进士。被授官邵武知县。为人慷慨而富有胆略，喜欢谈论军事。遇到老军官和退伍的士兵，就同他们谈论边塞上的事情，得以通晓边塞地区的情况，自称有能力镇守边防。

天启二年(1622)正月，在京都朝见天子，御史侯恂请熹宗任用他，于是被提升为兵部职方主事。没有几多时，广宁地方的军队被打败，朝廷决定派他扼守山海关，袁崇焕即单身一人骑马到山海关内外考察。兵部中因袁主事失踪都感到十分惊讶，他的家人也不知道他去了哪里。过后，他回到朝廷，具体讲述了关上的形势。说：“给我兵马钱粮，我一个就足能守住此地。”朝中的大臣更加赞赏他的才能，于是越级提升他为佥事，监管关外的军队；并发给他公用金二十万，让他招募士兵。当时关外的地盘全被哈剌慎的各部士兵占领，袁崇焕于是驻守关内。不多久，各部受到攻击，经略王在晋命令袁崇焕驻守中前所，监督参将周守廉及左辅的游击队，管理前屯卫的事务。不久又命他前往辽地安置失业人员。崇焕当夜率兵从遍布荆棘、虎豹出没的小路上行进，至四更天进城，将士们都称赞他有胆量。王在晋很器重他，在他的旗帜上题名为宁前兵备佥事。然而崇焕轻视王在晋没有长远的谋略，不大遵守他的军令。等到王在晋建议在八里铺修筑双层城墙时，崇焕认为这不是办法。他争王在晋不过，就把这件事记述下来上书给首辅叶向高。

十三山地方有十多万难民，长期被围困不能出来。大学士孙承宗来巡视边防，崇焕请求说：“派五千人驻守宁远，以壮大十三山的威势，另外派猛将前去救援。宁远离十三山有二百里路，如果能占便宜就进军占据锦州，否则就退守宁远，怎能把十万人放在一边不管呢？”承宗与总督王象乾谋划，象乾因关上的军队新近丧失斗志，提出让插部守关的三千人前去。承宗同意他的说法，就把此事告诉了在晋。在晋竟没能阻止，结果全军覆灭，脱险回来的军民只有六千人而已，等承宗驳斥了修筑双重城墙的建议后，聚集将吏讨论把守什么地方。阎鸣泰主张守觉华，崇焕主张守宁远，在晋以及张应吾、邢慎言认为不行，承宗最后支持崇焕的意见。过后，承宗镇守关外更加依靠崇焕，崇焕对内安抚军民，在外面整治边防战备，功绩显著。他曾调查胆怯的队伍，立刻斩了一个军官。承宗愤怒地说：“监军能够一个人决定杀人的事吗？”崇焕叩头请罪，他在执行军法方面就是这么果断。

三年(1623)九月，承宗决定驻守宁远。佥事万有孚、刘诏竭力阻止，承宗不听，命令满桂同崇焕一同前往。当初，承宗命令祖大寿建筑宁远的城墙，大寿考虑朝中官员不能到这边远地方来防守，所以仅仅修筑了十分之一，并且简陋得不合规格。崇焕于是确定了城墙的规格，高三丈二尺，雉堞高六尺，地基宽三丈，上面宽二丈四。大寿与参将高见、贺谦分别监督工程。第二年完工，宁远就成为关外的重要城镇。满桂是优秀的将领，而崇焕勤于职守，发誓与城共存亡，他又能安抚官兵，所以将士都愿意为他尽力。因此此地商旅车马往来，游民、移民成群聚集在此处，远近地方的人民都把这儿看成乐土。后来碰到父亲去世，崇焕仍然不顾孝心私情继续管理军务。四年(1624)九月，他同大将马世龙、王世钦率领水陆马步军共一万二千人，东巡广宁，拜祭北镇祠，经过十三山，抵达右屯，然后从三岔河坐船回来。不久叙论驻守的功劳，升为兵备副使，后来又升为右参政。

崇焕到东面巡视时，请求马上收复锦州、右屯等城池，承宗认为时机未成熟，就停止了。到五年夏天，承宗与崇焕商议，派将领分别驻兵锦州、松山、杏山、右屯以及大、小凌河等地，修缮城郭居住。从这时起宁远就成为内地了，外边又开辟疆土二百里。十月，承宗罢官，由高第接替了他，认为关外一定不能守住，命令全盘撤去锦州、右屯各城的全部守具，把那里的官兵调进关内。督理屯田的通判官金启亻宗上书崇焕说：“锦州、右屯、大凌三城都是前沿的要害之地。如果收兵撤回，已经安居的百姓又要迁移，已得到的疆土再次沦陷，关的内外能容许有几次后撤防守！”崇焕尽力争辩不同意撤兵说：“用兵的方法，只有进没有退的道理。三座城池已恢复，怎能轻易撤回？锦州、右屯动摇，那么宁远、前屯卫就会受到震惊，山海关的大门也就失去了保障。现在只有选择良将把守，不应有其他考虑。”高第决心已定，并且还打算撤退宁远、前屯卫两城的兵力。崇焕说：“我是宁前道，在此做官，即使死在此地，我也不会离开。”高第无语反驳，于是撤退锦州，右屯，大、小凌河以及松山、杏山、塔山的全部守具，把屯田的士兵也一同驱赶进山海关来，放弃粮食十多万担。而且途中人员死亡，哭声响彻四野，百姓不满，军队的士气更加不振。崇焕于是请求回家服丧，没有得到允许。十二月，晋升为按察使，和过去一样管理军事。

我们大清得知经略撤退，六年(1662)正月，就大举用兵，西渡辽河。二十三日抵达宁远。崇焕听说，马上同大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚等聚集将士在一起，誓死守城。崇焕又写下血书，激励士兵忠义报国，并为之向官兵下拜，所以将士都愿意出死力。于是烧毁城外的全部民房，把守备器械运进城中，等候大清军。命令同知程维木英拷问奸细，通判官金启亻宗管理士兵饮食，并隐蔽路上的行人，传檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如有将士逃到那里去全部斩首，由此，人心才稳定下来。第二天，大清军开始攻城，戴着盾牌掘洞入城，弓箭和滚石不能打退大清军。崇焕命福建士兵罗立，发放西洋大炮，击伤城外的大清军。第二天，再次进攻，又被击退，于是宁远之围解除了。通判金启亻宗也因为点大炮而战死。

启亻宗起初是一个小官吏，官名叫经历，掌管赏功的事情，勤奋聪明而又有志向。承宗器重他，让他做通判官，核查兵马粮食的数量，监督修城工程，办理军民的诉讼案件，深得民心。死后，追赠为光禄少卿，后代享受世袭锦衣百户的待遇。

起初，朝廷听到边境的警报，兵部尚书王永光召集朝中大臣讨论战守问题，没有什么好策略。经略高第、总兵杨麒在山海关上有大量的部队，却不肯援救，朝廷官员认为宁远必定把守不住。等崇焕奏上捷报，满朝喜气洋洋，马上提升他为右佥都御史，熹宗用加盖玉玺的诏书奖励他，满桂等人也各有晋升。

大清兵刚解围，分兵数万进攻觉华岛，杀死参将金冠等以及军民数万。崇焕刚防卫宁远城，兵力已尽不能救援。高第镇守关门，一反承宗的政策，屈辱将领，使得将领们都离心离德。对待杨麒就如同他的偏裨军官一样，一次杨麒到来，发现高第侮辱他的士兵。到这个时候因为没有发兵援助宁远，高第、杨麒一齐被罢官去职，用王之臣取代高第，赵率教取代了杨麒。

我大清发兵，所到之处没有攻不破的，明朝将领不敢议论战守。讨论战守的事是从袁崇焕开始的。三月朝廷重设辽东巡抚，让崇焕来担任。魏忠贤派遣他的党羽刘应坤、纪用等前往坐镇。崇焕大胆地上疏反对，意见不被采纳。后来给评定功绩，晋升为兵部右侍郎，赏赐他不少银钱，并给他世代享有锦衣千户的封赏。

袁崇焕解围以后，渐渐骄傲起来，同满桂开始不和，请把他调往别处驻兵，朝廷就召满桂回去了。因为王之臣上书挽留满桂，又与王之臣不和，朝廷担心因此坏事，就命令之臣等专管关内的事，关外让崇焕分兵把守。崇焕担心朝中大臣忌妒自己，上书说：“陛下把关内外，分责给两个大臣把守，用辽人防守辽地，又要作战又要防守，又要建城又要屯田。屯田的收入，可以减少海运的需要。关外战略的大要在于以坚壁清野为主体，趁机袭击敌人为功用。这样战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足，但是勇猛地攻打敌军，敌军一定仇视我；奋迅立功就有很多人会妒忌。不辞辛劳地干事就必定要蒙受怨恨，身被罪名的人才可能建立功勋。蒙受的怨恨不深，功劳就不显著，罪过不大，那么功勋就不能成就。诽谤我的奏书满箱子都是，诋毁我的话语陛下天天可以听到，自古以来就是这样了，我希望圣明的陛下您和朝廷大臣能有始有终地信任我。”熹宗皇帝用温和的诏书回答并赞扬了他。

这年冬天，崇焕同应坤、纪用、率教巡视锦州，大、小凌河，讨论大规模屯田，慢慢收复了高第以前放弃的领土。忠贤与应坤等一并因此得到世袭锦衣的封赏，崇焕将他们受到荫封的子孙任命为指挥佥事。然后上书说：“辽左的失败，固然是因为人心不稳，但也是因为失了有利的险要地势，不能稳定人心。士兵不利于野战，只有凭借坚固的城墙用大炮这个办法来守卫，现在山海的四城已经修建完毕，应当再修松山等城市，班军四万人，缺一不可。”熹宗皇帝回答说同意。

这以前，八月中旬，清太祖高皇帝逝世，崇焕派遣使节前往吊唁，并且利用这个机会窥测清朝内部的虚实。我清太宗文皇帝派遣使者回访了他，崇焕想议和，就写了一封信让使者带回来，我们大清部队将要讨伐朝鲜，打算用议和阻止他们的军队，以便能专心南下。七年(1627)正月，又派使者回答了他，于是，派兵渡过鸭绿江向南方进攻。朝中认为崇焕与之臣不和，召之臣回来，免除经略不再设置，关内外都交由崇焕监管，同监军的宦官应坤、纪用一起见机行事。崇焕坚决想要收复失地，于是趁大清军外出作战之机，调遣将士修缮锦州、中左、大凌三城，同时又派使者持书前去议和，恰巧朝鲜与毛文龙同时告急，朝廷命崇焕前去救援。崇焕派水军援救文龙，又派遣左辅、赵率教、朱梅等九位将领率九千精兵先后逼进三岔河，来牵制大清势力，而朝鲜已经被征服，各位将领于是返回。

崇焕当初开始议和时，朝廷里不知道。等到奏章送上，熹宗皇帝以赞赏的态度颁发诏书表示同意，后来认为不是好计策，又几次传旨告诫他。崇焕打算借此机会来修整旧疆域，所以坚持要议和。朝鲜及文龙受到大清军进攻，朝中的谏官于是说是因为崇焕议和而造成的。四月，崇焕上书说：“关外的四城虽绵延二百里，北面靠山南面临海，东西宽只四十里罢了。现在屯兵六万，商民数十万之多，可谓地狭人多，从哪里取得粮食呢？锦州、中左、大凌三城的修建一定不能停止。现在我已经迁移了部分商人和农民在那里大规模屯田。如果城墙不坚固而敌军到来，就必须撤回，这样等于放弃了将要成功的事业。所以趁敌人在江东作战之际，姑且以议和来延缓时间。等敌人知道时，三城已修建完毕。或守或战都在关门以外四百里的地方，我朝的边防也就可以固如金汤了。”熹宗以赞赏的口气回答说知道了。

当时率教驻军锦州，监护修筑城墙，朝廷任命尤世禄来取代他，又让左辅担任前锋总兵官，驻守大凌河。世禄没有到，左辅也没有入守大凌，五月十一日，大清军兵直抵锦州，四面围城。率教同宦官纪用环城防守，同时派使者议和，想赢得时间等来援兵，使者往返三次没有效果，大清兵的围困更加紧了。崇焕因为宁远的兵力不可以调动，就选精骑兵四千人，命令世禄、大寿带领，绕到大清军的后面开始决战。另外又派水兵在大清军东面作战，牵制清朝兵力。并且请求发动蓟镇、宣、大的兵力，在东面护守关门。朝廷已经命令驻守山海的满桂移驻前屯，驻守三屯的孙祖寿移驻山海，驻守宣府的黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移驻关城；又派昌平、天津、保定的军队奔赴上关；发书给山西、河南、山东等地的守臣整顿队伍随时听候调遣。世禄等将要出发时，大清已在二十八日分兵开往宁远。崇焕与宦官应坤、副史毕自肃督兵登城拒敌，派兵躲在壕沟内，用大炮击敌。而满桂、世禄、大寿在城外作战，伤亡累累，满桂身中数箭。大清军不久也就引退，派更多兵力攻打锦州，因为天热无法攻下，士兵损伤众多，六月五日也率兵归还，顺势摧毁大、小凌河两座城池。这次战役当时被称为宁锦大捷，满桂、率教立功最多。忠贤于是让他的党羽说崇焕不救锦州是暮年衰弱气象，崇焕于是请求辞职。朝廷内外正争着颂扬忠贤，崇焕没办法，也请求为他建立生祠，最终还是得不到忠贤的欢心。七月朝廷允许他离职，让王之臣接替他做督师兼辽东巡抚，驻兵宁远。等到论功时，文臣武将被晋级荫封者有几百人，忠贤的孙子也封了伯，而崇焕只是升了一级。尚书霍维华不平，上疏请求辞让给自己的荫封，忠贤不允许。

不多久，熹宗逝世，庄烈帝即位，忠贤被诛杀，削了过去冒领军功封赏者的官职。朝廷大臣争着请求召回崇焕，这年十一月，袁崇焕被提升为右都御史，掌管兵部添注左侍郎的事务。崇祯元年(1628)四月，被任命做兵部尚书兼右副都御史，督管蓟、辽两地军队，兼登、莱、天津的军务，上司敦促他走马上任。七月崇焕入都，先上疏陈述军事。庄烈帝在平台召见他，对他深加慰劳，并向他咨询用兵方略。他说：“用兵方略已经全部写在奏章中了。臣受陛下的特别宠信，希望能给我以便宜行事的权力，估计五年内，全辽可以恢复。”庄烈帝说：“你能收复辽地，我决不吝啬封侯之赏。你努力平息天下的动乱，你的子孙也会享你的福的。”崇焕磕头谢恩。庄烈帝退朝稍事休息的时候，给事中许誉卿向崇焕询问五年内收复辽地策略。崇焕说：“皇上为这事心中焦急，我姑且用这话安慰他罢了。”誉卿说：“皇上英明，你怎能随便回话呢？以后按期责取成功，你怎么办？”崇焕茫然不知所云。一会儿，皇帝出朝，崇焕上奏说：“辽东军事本来就不容易成功。陛下既然交由我来办，我怎么敢因难而推辞？只是在五年内，户部转给军饷，工部供给器械，吏部选派官员，兵部调兵遣将必须朝廷内外事事相互照应，才有可能取得成功。”庄烈帝按他所说，发布诏书告诫了四部大臣。

崇焕又说：“依我的能力，制服全辽的疆土有余，可是统一众人的议论力量就不足了。我一出国门，就踏上了万里征途。朝中忌能妒功的，总是不乏其人。就是他们不能以权力牵制我，也能用意见来打乱我的谋略。”庄烈帝站起来侧耳倾听他的话，告诉他说：“您不必为此忧虑，我自有主张。”大学士刘鸿训等请收回之臣、满桂的尚方宝剑，赐给崇焕，并给他便宜行事的权力。庄烈帝都一一答应，并赐崇焕酒馔，然后散朝而去。崇焕因为以前熊廷弼、孙承宗都被人诬陷、排挤，不能实现他们的抱负，上书说：“收复辽地的计策，不外乎以前我用辽人守辽土，用辽土养辽人，守为正招，战为奇招，和为旁招的说法。实施之法在于逐步实行而不能求快，在于实实在在而不能务虚。这是我和守边的大臣们所能做到的。至于负责用人的大臣和任用有作为的官员，都由皇上您掌握其关键。怎样才能任而无贰，信而无疑？大概说来驾驭边臣与朝臣的办法不同，军队中可惊可疑的事特别多，皇上只应当看他成败的大局，没必要抓住边臣一言一行的小过错不放。边臣负担的责任重大，对他们的埋怨实在很多。凡是有利于边疆的举动，对将领自己都不利。何况攻敌紧急，敌人也会从中离间大将，所以当边疆守臣实在很难。陛下爱护我信任我，我何必过多疑虑惧怕呢？只是心中意识到自己有危险，不敢不报告。”庄烈帝以安慰的诏书回答了他，并赐给他蟒玉、银币，他上书辞让蟒玉，没有接受。

这个月，川、湖军队戍守宁远的，因为军饷缺发达四个月之久，起来喧闹，其余的十三个营起来响应他们，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去，囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤，兵备副使郭广刚到，亲自保护自肃，收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态，数目不足，又从商人百姓那里借贷五万两给他们，事情才得以解决。自肃上书自行请罪，逃往中左所，自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所，听说兵变就骑马前去同郭广密谋，宽恕了带头起事的杨正朝、张思顺，命令逮捕了十五人在街市上杀掉；斩知情不报的中军吴国琦，责问参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪，世荣、涵淳因贪污虐待下属导致事变，也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变，特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。

关外大将四、五人，办起事情往往互相牵制，后来又规定只设二人，由朱梅镇守宁远，大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了，崇焕请求合宁远、锦州为一镇，大寿仍然驻军锦州，提升中军副将何可刚都督佥事，接替朱梅驻守宁远，改派蓟镇的赵率教驻军关门，关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才干，说：“我自许五年内收复，就专靠这三个人了，应当让他们从头到尾辅助我。到时候没有成效，我就亲手杀了他们三个，我自己的命交由司法部门处理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了，崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职，崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏，后来被插汉所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见，亲自安抚慰问他们，他们都顺服了。二年闰四月评叙春秋两防的战功，崇焕被加封太子太保，赐给蟒衣、银币，并得到荫封子孙锦衣千户的封赏。

崇焕上任一开始，就想杀掉毛文龙，文龙，仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死大清镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞，于是授职文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与大清界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。

不过，毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制大清兵，但他本人没有大的谋略，每次征战都失算，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。崇焕心里对文龙不高兴，曾上书请求派部臣到文龙处清理粮饷。文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，崇焕很不高兴。等到文龙来拜访时，崇焕按宾客之礼迎接他，文龙又不谦让，崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。

到了这个时候，崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制，设立监司，文龙很不高兴。崇焕用离职返乡劝说他，文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。文龙说：“这些人都是我的孙子。”崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。

崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情，文龙做了对抗性的辩解。崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，文龙仍很倔强。崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。崇焕召他的部将来说：“文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道文龙数年劳苦的，崇焕训斥说：“文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀文龙一个人，其他人都没有罪。”

这时候，文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕崇焕的威风，没有一个敢乱动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协，任用文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了文龙的苛政。回到镇上以后，把文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到文龙既已死去，当时又靠着崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行，用以稳定崇焕的心；文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说：“文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。

崇焕虽然杀了文龙，怕他的部下发动兵变，所以增加饷钱至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有点情绪，因为崇焕，就特别地按他的请求办了。

崇焕在辽东，和率教、大寿、可刚等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，马匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。

文龙死后才三个月，大清兵数十万分路进入龙井关、大安口。崇焕听说了，就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州，经过抚宁、永平、迁安、丰润、玉田等城市，都留下队伍防守，庄烈帝听说他到了，很高兴，用温和的诏书赞扬、鼓励他，颁发公款犒赏将士，并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死，遵化、三屯营都被攻下，巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀，大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了，火速领兵入关保护北京，在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他，慰劳了他一番，向他讯问战守策略，赐他御用的食品和貂裘。崇焕由于兵马疲惫，请允许进城中来休息，庄烈帝不同意，崇焕出去与清兵大战，互有杀伤。

当时大清兵所由进入的隘口是蓟辽总理刘策管辖的，崇焕听说事变就不远千里前来解救，所以自认为有功无罪。然而都城的人们突然遭到兵乱，怨言诽谤纷纷而起，说崇焕拥兵纵敌。朝廷大臣因为以前崇焕和大清军有过议和，诬蔑他引来敌人想逼朝廷议和，将要订立城下之盟。庄烈帝听了一些这样的话，心中不能不迷惑。恰好大清军又设了离间计，说崇焕和我们有秘密的和约，让他们所抓获的宦官知道后，又故意让他逃走。那宦官跑去告诉庄烈帝，庄烈帝深信不疑。十二月十五日又一次召崇焕问话时，就把他绑了下到京师的狱里。大寿当时在旁边，浑身哆嗦，不知所措，出来以后就带兵叛逃而去。大寿过去曾经有罪，孙承宗要杀他的时候，爱惜他的才能，就秘密地要崇焕解救他。大寿因此感激崇焕，怕被一齐杀了，就叛逃了。庄烈帝拿崇焕在监狱中亲手写的信，派人前往召大寿回来，他才归顺。

崇焕在朝廷时，曾和大学士钱龙锡谈话中间略略说到想杀毛文龙一事。等崇焕想和大清兵和议时，龙锡曾写信制止他。龙锡过去曾主管确定魏忠贤的逆案，忠贤的残余党羽王永光、高捷、袁弘勋、史翲等人策划制造大案，就以擅自主张议和、独断专杀大帅等事作为他们两个人的罪行，高捷首先上书竭力攻击，史翲、弘勋继之于后，一心想连龙锡一齐杀掉。法司定了崇焕谋叛的罪名，龙锡也定死罪。三年(1630)八月就把崇焕在街市上车裂而死。他的兄弟妻子都被流放三千里，并抄没了他的家。崇焕没有儿子，家中也没有多余的钱财，天下人都以为他死得冤屈。

崇焕被捕入狱后，大寿奔逃大清军去了。武经略满桂因为被催促甚急，与大清兵战斗，终于战死，这时离崇焕下狱才半个月时间。当初崇焕妄自杀了文龙，至此庄烈帝又误杀了崇焕。自从崇焕死后，边疆的战事更加无人可靠了，明朝灭亡的征兆也已决定无疑了。