明孝宗继位，汤鼐首先弹劾大学士万安欺君误国。第二天，诏令他到左顺门，宦官排列森严，并命令汤鼐跪下，汤鼐说“：令汤鼐下跪的，是皇上的圣旨，还是太监的意思呢？”宦官说“：有圣旨。”汤鼐大声说：“臣所说的是有关国家大事，为什么留在宫中不发下来呢？”不久万安被赶出内阁，汤鼐也到京郊掌管登记清理皇家马匹事务。汤鼐在畿辅以快递的形式上奏说：“陛下处理朝政之余，应该选择正直、谨慎、敦厚的像刘健、谢迁、程敏政、吴宽这样的大臣，每天和他们在便殿讲学论道，以为治政的根本。至于内阁尹直、尚书李裕、都御史刘敷、侍郎黄景，都是奸诈邪恶的无耻之徒，有的靠巴结宦官得到晋升，有的依靠谄媚而得宠幸。如果不及早驱逐，必定蒙蔽皇上。司礼宦官李荣、萧敬先前被言官弹劾罢免官职，不久靠巴结又进入宫中，就专门挑言官的过失，几乎尽将言官贬出朝廷。致使士气萎靡不振。对他们应该按律判罪，不能姑息。对那些靠攀附巴结得官的，请全部将他们安置在有瘴气的边远地区，以此警戒天下。并且召回辞官回乡的尚书王恕、王..、都御史彭韶、佥事章懋等，以及召还因进言而被贬斥的诸位廷臣，以鼓励风骨、气节。”奏疏送上，皇帝说知道了。

弘治元年(1488)正月，汤鼐又弹劾礼部尚书周洪谟，侍郎倪岳、张悦、南京兵部尚书马文升也说：“少傅刘吉同万安、尹直一样奸诈贪婪，万安和尹直受到斥责，而刘吉却升官，不以为耻辱。请求重新申明升降的原则，以明确奖惩。”又弹劾李荣、萧敬，而举荐因罪降级的进士李文祥为台谏。尚书王恕因为盛夏天气炎热请求暂停御前讲席，汤鼐极力阻止，言语得罪了王恕。

此时，孝宗更新朝政，广开言路。新任官员纷纷想建立功绩来自我表现。机密奏章不断地呈献在皇帝面前，其中颇有些激烈的攻讦之词，汤鼐的态度尤其坚决。他所抨击的有时还包括天下有声望的人物，因此大臣大都很害怕，而刘吉更是不能忍受。派人去诱惑御史魏璋，说“：如果你能除掉汤鼐，让你负责都察院事。”魏璋很高兴，他日夜寻找汤鼐的过失。不久，发生了吉人案件。

吉人是长安人，成化末年考中进士，任中书舍人。四川发生饥荒，皇帝派遣郎中江汉前去救济灾民。吉人说江汉不能胜任救灾工作，应该派遣四位使臣分道救济，并且挑选有能力的御史作为巡按，这样才能对救灾事宜有利。于是推荐给事中宋琮、陈..、韩鼎，御史曹瞞，郎中王沂、洪钟，员外郎东思诚，评事王寅，理刑知县韩福以及寿州知州刘概可以作为使臣的人选，而巡按之职则汤鼐足以充任。魏璋就起草奏疏，在未获本人同意情况下署上御史陈景隆等的名字，疏中称吉人违抗皇帝旨意，私下结成朋党。孝宗发怒，将吉人逮捕关进皇家监狱，命令吉人供出其党名字。吉人回答有汤鼐、曹瞞、东思诚、刘概、韩福。魏璋又怂恿御史陈璧等说“：曹瞞、韩福、东思诚不是吉人同党，其党是汤鼐、刘概以及主事李文祥、庶吉士邹智、知州董杰等。刘概曾送汤鼐白金，并写信给汤，信中说晚上梦见一个人骑牛差一点摔下去，汤鼐用手拉住才没倒，又梦见汤鼐手拿五色石将牛引上道路。并且解说梦境，说：‘人骑牛就是朱字，这是国姓，意思是说国家将倾覆，全靠汤鼐扶助，并且引导君王执政。’汤鼐、刘概等互相标榜，诋毁时政，请求连同李文祥、邹智、董杰逮捕治罪。”疏呈上，刘吉从中操纵，全部捕入皇家诏狱，意欲将他们全都置于死地。

刑部尚书何乔新、侍郎彭韶等持反对意见，朝廷外边的舆论也愤愤不平。于是将刘概以散布妖言罪处以斩刑，汤鼐受贿，贬戍肃州；吉人欺君罔上，削去官籍；邹智、李文祥、董杰都被贬职。吏部尚书王恕奏道：“律令重判妖言，是指的制造符..图谶之类。刘概信中言词虽然荒谬，的确是由于汤鼐多次论及事情时不考虑自身利害，而推崇汤鼐。现在判为妖言，假若有制造如亡秦谶言的，那再判什么罪？”皇帝见到王恕奏疏有些心动，下令暂且关进牢狱，不久在夏季的重新审理中，何乔新等说：“刘概本不应按妖言定罪，况且他五岁失去父亲，没有兄弟，母亲孙氏守寡三十年，曾受到表彰，她年老有病并且贫穷。刘概死了，母亲必然活不下去，祈求陛下怜悯。”孝宗最后免刘概死罪，谪戍海州。

汤鼐被罚守边，因无人援救，很久才释放回来。

徐溥，字时用，宜兴人。祖父徐鉴曾任琼州知府，对民众多有恩惠。徐溥于景泰五年(1454)考中进士，授编修职。宪宗初年，提升为左庶子，又调升为太常卿兼学士。成化十五年(1479)，授礼部右侍郎职，不久转为礼部左侍郎，一段时间后改在吏部任职。孝宗继位，徐溥兼任文渊阁大学士，参预机要事务，不久晋升礼部尚书。

弘治五年(1492)，刘吉被罢免官职，徐溥任首辅，累次加封为少傅、太子太傅。刘吉治政狂妄凶暴，徐溥接替刘吉以后，以安定平静为宗旨，务守成规，与同事刘健、李东阳、谢迁等同心协力辅助治理朝政，每当遇到不可行的事，总是一起争辩。钦天监中被革职的监正李华为昌国公张峦选择墓地，宫中降旨恢复他的官职。徐溥等上言道：“陛下登基以来，未曾有过宫中降旨事，恐怕权贵亲幸之门一开，不良之徒无所顾忌，臣等不敢接受这一诏令。”八年，太皇太后召崇王进宫朝见，徐溥等与尚书倪岳进行劝谏，明孝宗亲自劝说太皇太后，此事才得以停止。占城奏报安南入境侵犯骚扰，孝宗准备派大臣前往调解，徐溥等说：“外国之间发生侵略现象，有关部门发道檄文告诫就行了，不需派遣使臣。万一安南不听使臣命令，则有损国威，再去兴师问罪，后患越来越大。”就未派遣大臣。

这年十二月，孝宗下诏要撰三清乐章。徐溥等说“：天，至高无上，没有谁能匹配。汉代祭祀五帝，儒者尚且认为不对。况且三清是道家荒谬之说。一天之上，岂得有三大帝。并且以周代柱下史李耳充其中一帝，将人鬼列为天神，荒诞至极。郊祀乐章都是太祖亲自创作，现在以写作的时俗词曲祭祀神明，亵渎更甚。臣等熟读儒家书籍，对邪说俚曲向来不在意，不敢用旁门左道侍奉陛下。国家设置文渊阁，命令学士在此任职，的确是想让学士为国家谋划政事，讲经论史，培养治政的根本，纠正过失，并非要其阿谀奉承，唯命是从。现在御前讲席早已停止，讲官入侍讲读很久没有进行，异端邪说乘隙而入。这些都是因为臣等侍奉不当，不能够启发陛下之心，保持陛下初登位时治政的良好势头。我们万分忧心与惭愧，无地自容。数月以来，对宫中降旨中处理政事不当的，我们将其封还宫中，并再三向皇上奏明我们的看法。希望陛下曲身听从，使臣等竭尽拙笨之力稍稍有所帮助，不仅仅只指乐章一事。”奏章呈送孝宗，孝宗很赞赏，接纳了他们的劝谏。

孝宗自弘治八年(1495)后，上朝时间渐晚，徐溥等屡次上言劝谏。宦官李广借炼丹、设斋坛得到皇帝宠幸。十年二月，徐溥等上疏深切地论述说：“旧制，内殿每日两次奏事，事项多的可以随时上奏，皇帝又常常召见儒臣，咨询政事。现在奏事每天只有一次，除上朝之外，再见不到陛下。奏章、奏议与批答不准时断决，有的滞留好几个月，有的竟然不施行。事情大多堆集在一起，妨碍政体。御前讲席每年只开几天，疏远正直人士，邪说得以流行。近来听说有借斋坛炼丹之说得到重用的。宋徽宗崇尚道教，科条仪式符..最盛行，以致颠沛流离于道路。金石之药，性能多是酷烈的。唐宪宗相信柳泌以致殒命，此祸可作借鉴。现在龙虎山的上清宫、神乐观、祖师殿以及内府番经厂都被焚毁，它们如有神灵，为什么连自身也保不住？上天讨厌这些污秽行为，已是很明白的了。陛下如果亲近儒臣，懂得正道，施行仁政，那么福兆祥瑞，以及许多值得庆贺的好事就会不招自来，何须借助妖妄之说呢？自古以来奸人要蛊惑君王动心，必定先说太平无事。唐朝大臣李绛曾说过‘：忧心于事行之前，可以免除担忧。事情干完了再担忧，于事无益。’现在太平日子很长，沉溺于安逸。就目前来看，虽然好像无事，然而工役频繁兴起，苛捐杂税百出，人马疲惫不堪，民间穷困，人民愁苦的叹息声影响着上天的和顺之气以致造成火星失去常规，太阳无光，天鸣地震，草木成为妖孽，四方奏报这些情况的几乎每月都有，将来的后患灼然使人担忧。陛下高居深宫，言官都害怕引祸上身缄口沉默。臣等假如再不说，谁又肯为陛下说。”孝宗被徐溥的话所感动。

三月二十七日，孝宗在文华殿召见徐溥以及刘健、李东阳、谢迁，把各部门的奏疏交给他们说“：与先生辈商议。”徐溥等起草诏令呈上，孝宗就手批改。事端多的，刘健请求拿出去详细阅读，孝宗说“：何不就此地面议。”事完之后，赐徐溥等饮茶方退。自从成化年间，宪宗召彭时、商辂对答以后，至此时才开始再次出现，举朝夸耀为盛事。然而在徐溥整个任职期间，也只有这么一次受到皇帝召见。

不久，由于灾害，异常现象发生，朝廷广开言路，朝廷大臣所上的密封的奏章，过了一个月还不回答，而且言官因议论救助何鼎违背皇帝旨意等待被治罪已有很长时间，徐溥等都将这些情况向孝宗进言。于是搁置的奏章全部批发下来，并且免言官的罪。徐溥这时七十岁，以年老请求退休，孝宗不批准，下诏让他在风雨寒暑天免去朝见。

十一年(1498)，皇太子离开东宫，加封徐溥太子太师，升为华盖殿大学士。因为眼病请求返乡。孝宗舍不得放他走，很久才同意他的返乡，给徐溥很多赏赐。过了一年徐溥去世，追赠太师，赐谥号文靖。

徐溥生性庄重，举止有法度，在内阁十二年，从容辅助劝导。遇到有人犯有过失，总是为其掩盖，他说“：天生人才很不容易，我不忍心人才因小过错被抛弃。”屡次遇到大狱案，以及逮捕言官，他都要从中委婉调停。孝宗仁慈淳厚，对徐溥等所提的意见大都接受，天下暗暗地受到他的庇护。徐溥曾说“：祖宗法度在恩惠百姓的事方面已经完备，所担心的是不能守住。”因此，他对祖宗成法无所变更。徐溥对父母极为孝顺，曾经两次在父母墓旁小房居住。对自己的生活要求则很低，好施舍别人。购置义田八百亩赡养宗族族人，并请官府为之登记于册以求永久保存，孝宗为此免除徐溥家的徭役。