奉旨召见进入北京，授湖广道御史。正在等候命令，赶上考核京官。御史刘国缙怀疑郑继芳的假信出自周起元、李邦华、李炳恭、徐缙芳、徐良彦的手笔，于是称他们为“五鬼”，郑继芳也被列入奏疏中。周起元愤怒了，上疏自我表白。过了二年，御史的任命才传达下来。

恰巧太仆少卿徐兆魁因为攻击东林党人被钱春弹劾，周起元也上疏弹劾他。奸诈小人刘世学这人，是诚意伯刘荩臣的堂祖父，上疏诋毁顾宪成。周起元很气愤，极力驳斥他的荒谬。刘荩臣于是攻击周起元，更加诋毁顾宪成。周起元再次上疏极力辩论，他的同僚翠凤羽中、余懋衡、徐良彦、魏云中、李邦华、王时熙、潘之祥也轮流逐条辩论。皇帝将要下令逮捕刘世学，刘世学于是逃走了。吏部侍郎方从哲由宫中传旨起用，周起元极力说不行，并指责给事中亓诗教、周永春，吏部侍郎李养正、郭士望等人。吏部尚书赵焕出巡云中，王时熙在外地。周起元弹劾他违抗旨令、独揽大权，被定罪停发俸禄。赵焕离职，郑继之代替，又任用潘之祥和张健。周起元也上疏检举驳正，于是说张光房等五人不应当摒弃在官衙之外。跟党人意见不和，忌恨他的人越来越多。

不久巡抚陕西，很有风采。终于因为东林党的缘故，出任广西参议，分道巡守右江道。柳州发生大饥荒，各地盗贼纷纷涌现，周起元一个人骑着马去招抚各盗贼，尽最大的努力救济饥民。改官四川副使，未到任。恰好辽阳失陷，朝廷议论通州是军事要地，应设置监司，于是命令周起元以参政的身份统领它。

天启三年(1623)，他进入朝廷担任太仆少卿。不久提拔为右佥都御史，巡抚苏州、松江等十府。公正廉洁、爱惜人民，没有拿一根丝、一粒粮。遭遇大水灾，千方百计地救济灾民，人民忘记了贫困。织造中官李实一向贪财而横行霸道，任意增加定额，放纵地索取。苏州同知杨姜管理本府事务，李实恨他不屈服，收集其他材料弹劾他。周起元到任，立即替杨姜伸冤，并且上疏清除蛀虫七件事，言词很多涉及到李实。李实想要杨姜向他行臣属的礼节，再次上疏诬告并逮捕他。周起元又一次上疏替杨姜昭雪，更加中肯直率。魏忠贤庇护李实，下了道严厉的圣旨谴责周起元，命令赶快上报杨姜贪污的情形。周起元更加称颂杨姜廉洁谨慎，诋毁李实造谣诽谤，于是承担罪责乞求离职。魏忠贤大怒，假传圣旨将杨姜贬斥为平民。周起元又弹劾李实贪财放纵，不遵守法令的几件事，而请求宽大处理杨姜。李实因此威风扫地，而魏忠贤也因此将周起元怀恨不已。分守参政的朱童蒙，早先是兵科都给事中，因为攻击邹元标讲学而被调往外地，丧失理智，疯狂残暴，每次外出，都鞭打几十人，血肉狼藉。周起元想检举他，朱童蒙就称病离职，周起元于是列举他贪财暴虐的情形，让别人知道。魏忠贤于是假传圣旨剥夺周起元官籍，提拔朱童蒙为京卿。

天启六年(1626)二月，魏忠贤想杀高攀龙、周顺昌、缪昌期、黄尊素、李应升、周宗建等六人，拿李实没有盖印的奏疏，命令他的党徒李永贞、李朝钦诬陷周起元当巡抚贪污国家钱财十多万两银子，每天跟高攀龙等人来往讲学，因而在中间煽动。假传圣旨逮捕周起元，到京时周顺昌等人已在牢里死了。许显纯严刑拷问，竟然招出同李实的奏疏所说，藏赃款十万两。卖掉所有值钱的东西都不足此数，亲戚朋友也多由此破产。九月死于狱中，江苏及其家乡的官民没有不悲伤的。

庄烈皇帝即位，赠封兵部右侍郎，让他的一个儿子做官。南明福王时，追加谥号为忠惠。

周顺昌，字景文，江苏吴县人。万历四十一年(1613)进士，任命福州推官。逮捕惩处税监高肕的爪牙，一点也不留情。高肕激发人民发生事变，劫持侮辱巡抚袁一骥，把他的二个儿子作为人质，并将副使吕纯如也抓做人质。有人建议让周顺昌去代替他，周顺昌不同意，吕纯如因此怀恨周顺昌。周顺昌后被提拔为吏部稽勋主事。天启年间，担任文选员外郎，负责选拔官员事务。尽力杜绝请托，抑制求利不止，清高的操守一尘不染。后请假归家。

周顺昌为人刚强正直，独立而有操守，疾恶如仇。巡抚周起元得罪了魏忠贤被削籍为民，周顺昌写文章欢送他，指责呵斥没有什么忌讳。魏大中被逮捕，经过吴门，周顺昌设宴款待他，形影不离地跟了他三天，并把女儿许配给魏大中的孙子。旗官多次催促他上路，周顺昌怒目而视，说：“你不知道世上还有不怕死的男子汉吗？回去告诉魏忠贤，我是原吏部郎中周顺昌。”于是用手指着喊魏忠贤的名字，骂不绝口。旗官回去后，告诉了魏忠贤。御史倪文焕是魏忠贤的义子，诬告揭发同事夏之令，夏之令被害死。周顺昌曾对别人说，将来倪文焕应当替夏之令偿命。倪文焕十分愤恨，于是受魏忠贤指使，弹劾周顺昌跟罪犯结亲家，并且诬陷他接受贿赂窝藏赃物，魏忠贤立即假传圣旨剥夺他的官籍。先前得罪的副使吕纯如，跟周顺昌是同省人，以京官的身份居在家中，怀着以前的仇恨，多次跟织造中官李实和巡抚毛一鹭讲周顺昌的坏话来诬陷他。不久，李实追究周起元，于是诬陷周顺昌私自嘱托，吞没公家财物，与周起元一起被逮捕。

周顺昌喜欢在家乡做好事，有人受冤枉压制或者是事关地方利害的大事，他就去跟有关部门陈情说理，所以当地老百姓十分感激周顺昌。等到听说逮捕他的人来了，大家都很愤怒，喊冤的人堵塞了道路。等到宣读诏书那天，没有经过约定而汇集在一起的有几万人，都拿着香为周顺昌乞求性命。生员文震亨、杨廷枢、王节、刘羽翰等人前去拜见毛一鹭和巡按御史徐吉，请求他们把这里人民的情绪上报给皇帝知道。旗官厉声骂道：“东厂抓人，你们这帮鼠辈敢怎么样！”大声叫喊：“囚犯在哪里？”将铁锁链使劲往地下一丢，发出很响的声音。众人更加气愤，说：“开始我们以为是皇帝的命令，原来是东厂啊！”大声叫喊着一拥而上，那形势，真像排山倒海一般。旗官东逃西窜，众人来回痛打，打死一人，其余的身负重伤，翻墙逃跑了。毛一鹭、徐吉不能说话。知府寇镇、知县陈文瑞一向很得人心，多方解释，大家才离去。周顺昌于是投案自首。又过了三天向北进发，毛一鹭用急报的奏章报告事变，东厂刺探情报的人说整个苏州的人民都造反了，他们计划截断水道，劫持漕运粮食的木船，魏忠贤非常恐慌，不久毛一鹭说逮住了倡导暴乱的颜佩韦、马杰、沈扬、杨念如、周文元等人，叛乱已经平定，魏忠贤这才放下心来。然而从这以后，黄衣使者再也不敢迈出京城城门了。

周顺昌到达北京，下诏入狱。许显纯拷打逼供罗织罪名，坐赃款三千两，五天严刑拷打一次。

每逢拷问，周顺昌一定大骂魏忠贤。许显纯敲掉他的牙齿，站起来问道：“看你还能不能骂魏上公？”周顺昌把满口的血水吐在他脸上，骂声更加猛烈了。于是在晚上偷偷地把周顺昌杀害了。这时是天启六年(1626)六月十七日。

第二年，庄烈帝即位，倪文焕伏法被处死，李实下狱，毛一鹭、徐吉因修建魏忠贤祠堂被定罪，吕纯如因颂扬太监被处罪，一起附于“逆案”。追赠周顺昌为太常卿，荫封他的一个儿子做官。给事中瞿式耜上诉各臣的冤情，称赞周顺昌和杨涟、魏大中的清廉忠诚尤其显著，下诏谥号恭介。

周宗建，字季侯，吴江人，是尚书周用的曾孙。万历四十一年(1613)进士，任命武康知县，调到仁和，有不同凡响的政绩，进入朝中担任御史。

天启元年(1621)为顾存仁、王世贞、陶望龄、顾宪成请求谥号，追究万历朝的小人，历数钱梦皋、康丕扬、亓诗教、赵兴邦扰乱朝政的罪行，并且诋毁李三才、王图等人。这时辽阳战事危急，上疏谴责辅臣。没多久，辽阳失陷，周宗建更加急迫地责备主事大臣，于是请求皇帝破格任用人才，召回熊廷弼。不久，议论兵部尚书崔景荣不应该信任奸邪的刘保，辅臣刘一火景不应该抑制言路，于是指责右通政林材、光禄卿李本固。林材、李本固称病离职。魏大中弹劾王德完庇护杨镐、李如桢。周宗建替王德完极力攻击魏大中，他的观点很多与东林党人相对。正好这年冬天，奉圣夫人客氏搬出宫城又回到宫中，周宗建首先上疏极力规劝，其中说：“天子说出的话，就如同儿戏一样，法律所在的宫禁之地，几乎跟老百姓的家庭相同。朝廷的行为不协调，朝廷内外的防范措施都被废除。这帮人一旦蒙受了皇恩，便有了非份之想，轻侮沉溺目无法纪，慢慢地变得骄横放纵，灾难和罪祸一天天增多，后患将难以杜绝。王圣、宋娥、陆令萱的覆辙，可以提供很多借鉴。”违背圣旨，受到责备。由此公众的舆论很看重他。

第二年，广宁失守。很多朝臣庇护王化贞，想加重熊廷弼的罪责。周宗建抱不平，为了辨明二人的罪案，很有些袒护熊廷弼，那些庇护王化贞的人于是憎恨周宗建。京师长期干旱，五月份下了场冰雹。周宗建认为这是阴盛阳衰的征兆，逐次陈述四件事。第一专门非难大学士沈翭。第二请求宽大处理因建议被废黜的诸臣。第三件事是说熊廷弼已有定案，不应该用这事罗织朝臣的罪名，暗地里指责兵部尚书张鹤鸣，给事中郭巩。第四件事是专门攻击魏进忠，大意说：“近来的政府事务，外廷颇有微辞，都说深宫之中，没有办法预料，圣旨诏书，必然有所依据。像魏进忠这样的人，目不识丁，而陛下与他同忧愁共欢笑，一天天地亲近。一切用人的行政权力，都按他的说法办理，东西改换了方向自己却不知道，邪恶与正直被颠倒了而自己却不觉察。况且内廷的借口，与外廷的投机者，互相支持。离间的祸苗将起于钻营之人，谗言陷害必定在到处传话的人中间发端。这些隐祸，无从说起啊！”

魏进忠是魏忠贤原来的名字。这时正勾结客氏，夫妻相称，很多朝臣都巴结依靠他，他的势力日益昌盛。看到周宗建的上疏，魏忠贤恨他入骨，但没有发作。邹元标创办首善书院，周宗建负实际责任。邹元标被罢官，周宗建乞求跟他一起罢官，没有批准。巡视光禄寺，跟给事中罗尚忠大力剔除奸邪弊端，节省了很多财力物力。不久请求核查地方上供的各种器物，惹怒了宦官，拿圣旨责问他。周宗建等人再上疏极力坚持，宦官更加不高兴。

给事中郭巩，先是因弹劾熊廷弼被贬职。熊廷弼失败，郭巩恢复官职，于是大力巴结魏进忠。得知魏进忠最恨周宗建，于是上疏诋毁熊廷弼，由此进而诋毁朝廷中举荐熊廷弼的人，周宗建是其中之一。势头很强劲，南京御史涂世业附和他，诋毁周宗建错举熊廷弼，从而耽误了边防。周宗建很愤怒，上疏驳斥涂世业，语言涉及郭巩，挑出他勾结魏忠贤的事情。郭巩也发怒了，上疏数千言，加倍诋毁周宗建，并涉及刘一火景、邹元标、周嘉谟、杨涟、周朝瑞、毛士龙、方震孺、江秉谦、熊德阳等数十人，全部指定为熊廷弼的叛党。周宗建更加愤怒了，上疏极力驳斥他的荒谬，并且说：“李维翰、杨镐、袁应泰、王化贞，都是使国家边防败坏的人。亓诗教极力主张速战，赵兴邦贿赂出卖边防大臣，他们都是耽误边防的人。其他举荐李维翰，举荐杨镐，举荐袁应泰、王化贞的人，也都是耽误国家边防的人。郭巩为什么不全部攻击，而唯独苛求于熊廷弼，并且诋毁举荐熊廷弼的人为叛党呢？”

这个时候，魏忠贤势力更加昌盛。周宗建担心他们内外联合，祸害将更大，天启三年(1623)二月上疏直接攻击魏忠贤，大意说：

“我在去年指名弹劾上奏，魏进忠没有一天忘记卑臣。于是乘他的私党郭巩进入北京时，唆使他排挤我和各意见与他不同的人。郭巩于是创造‘新幽禁大幽禁’的说法，掌握选举法令，将廷臣数十名的姓名编成一个名册，想把他们一网打尽。又写匿名信，罗织五十多人的罪名，丢在路旁。给事中则以刘弘化为首，其次为周朝瑞、熊德阳等若干人；御史则以方震孺为首，其次为江秉谦等若干人。卑臣也为其中之一人。他既想罗织各臣的罪名，来报复发泄私人的仇恨；更想以中臣独断，来替魏进忠解除遗憾。由此看来，选举法令不是由朝廷掌握的，只不过是郭巩和魏进忠的选举法令。幸亏正义在于人心，郭巩的说法不能奏效，这才另借熊廷弼的罪名，想设置陷阱一网打尽。

“郭巩又因为我的议论涉及王安，讥笑我与他有什么牵连。陛下知道王安是怎样死的吗？他身首异处，他的肉喂饱了乌鸦，他的骨头丢给了黄狗，真是古今没有的惨状。郭巩假如有心亲近魏进忠，何至于伤天害理，并且牵连刘一火景、周嘉谟、杨涟、毛士龙等人，说他们都是王安的同党。请求陛下深入调查王安的死究竟是什么人陷害的，那么这件事就是魏进忠的一大罪状。郭巩讨好魏进忠，这就可以作为证据了。

“前朝的汪直、刘瑾，虽然都是恶魔，幸亏言路清明，大臣之间互相不予结交，所以时间不长就失败了。现在有权的宦官报复大臣，反而利用言路来实行，言官的声势，反而利用有权的宦官来加强自己。几个月以来，熊德阳、江秉谦、侯震阳、王纪、满朝荐被排斥了，邹元标、冯从吾被罢官了。文震孟、郑曼阝被驱逐了。最近又压制孙慎行、盛以弘，不让他们进入内阁，扩大案情，牵连无辜，正直的人战战兢兢。整个朝廷的大臣都爱惜自己的生命，没有人敢直接与他们抗衡，我假如还贪生怕死，不上疏报告，那么朝廷内将有魏进忠作为指挥，旁边有客氏作为羽翼，朝廷外有刘朝等人举兵示威，而又有郭巩等人巴结攀附，内外勾结，将好人赶尽杀绝，国家的事情还有什么可说的呢！”

奏疏递入，魏进忠更加恼火，率领刘朝等人环立在皇帝面前哭诉，乞求自己剃去头发受刑，想用这种刑罚来激发皇帝的愤怒，皇帝于是命令周宗建陈述他们相互勾结的实际情形，将加以严厉的谴责，周宗建回奏更加刚毅正直，魏进忠主张处以廷杖的处罚，内阁大臣极力争论，于是只剥夺了他的俸禄，正好给事中刘弘化、御史方大任等人纷纷上疏帮助周宗建攻击魏进忠、郭巩，郭巩再次极力诋毁各人。下诏让廷臣讨论各奏疏，廷臣们的意见分为两派。于是降旨严厉斥责，剥夺郭巩、周宗建三个月的俸禄。这时，刘朝负责操练宫内士兵，于是谋求外任。廷臣听到一点风声，都不敢站出来说话。周宗建说：“郭巩自己说他从没有勾结内廷，现在果真能拿出片言只语制止刘朝，请让我为他洗刷勾结的罪名。”郭巩闭口不说一句话。周宗建于是上疏极力进谏，一一陈述“三不可”、“九害”。正好刘朝跟魏进忠有矛盾，事情也就中止了。这年冬天周宗建被派出巡按湖广，因赴父母丧礼回家。

天启五年(1625)三月，大学士冯铨怀恨御史张慎言曾议论过他，叫他的门生曹钦程弹劾诬陷张慎言，而以周宗建为首，并且包括了李应升、黄尊素。魏忠贤于是假传圣旨削夺周宗建的官籍，交给抚按追查赃物。第二年魏忠贤认为有关部门结案太迟缓，派黄衣使者逮捕他治罪。不久列入李实的奏疏中，下诏投入狱中毒打审讯，许显纯厉声骂道：“还能骂魏上公目不识一丁吗？”最终定罪接受熊廷弼贿赂一万三千两，将他在狱中杀死。

周宗建死后，追查赃款更加紧迫。跟他亲近的副使蒋英代他交纳，也被定罪削去官籍。魏忠贤失败后，下诏追赠周宗建为太仆寺卿，荫封他的一个儿子做官。南明福王时，追赠谥号忠毅。

黄尊素，字真长，浙江余姚人。万历四十四年(1616)进士，任命为宁国推官，精敏强干。

天启二年(1622)提拔御史，请假回家。第二年冬天回到朝廷，上疏请求召回余懋衡、曹于汴、刘宗周、周洪谟、王纪、邹元标、冯从吾，而弹劾尚书赵秉忠、侍郎牛应元、通政丁启睿愚蠢迟钝。赵秉忠、牛应元都辞职离开了。山东起义被镇压后，起义军余部又煽动起来。巡抚王惟俭无法控制，黄尊素上疏议论。于是说：“巡抚本来是从内外选拔任用的，现在都任用京官，不如推举任用训练有素的地方官员。”又多次陈述边防事务，极力诋毁大将马世龙，违背了枢辅孙承宗的意图。这时皇帝即位已有好几个年头了，从没有召见过大臣。黄尊素请求恢复在便殿面对面召见大臣的先例，当面决定国家大事，否则也可利用讲解经史的机会，让大臣们面对面商讨可不可以执行。皇帝没有采纳。

天启四年(1624)二月，大风吹起黄沙，昏天蔽日，还伴有敲鼓一般的响声，一连十天都是如此。三月初一，京师发生三次地震，乾清宫震动得尤其厉害。正好皇帝身体欠佳，人心惶惶不可终日。黄尊素极力陈述时事政策的十大过失。最后说：“陛下压制轻视言官，使人人都有所忌讳，这才有人只提些皮毛小事，不敢冒犯当权者。现在近臣重过赵娆，禁旅与唐末相近，萧墙之祸患比敌国还惨。

“朝廷没有运筹帷幄的大臣，边防没有制敌取胜的将领。掌权的人对国家的安危愚昧无知，捣乱的人对于失败的局面多方掩饰。不在此时举荐贤才斥退不肖之人，反而厌恶刚毅正直的人，把他看作仇敌，陛下难道就不为国家考虑吗？”

奏疏递入，魏忠贤大怒，图谋将他处廷杖刑。韩火广大力营救，于是只剥夺一年俸禄。

不久杨涟弹劾魏忠贤，被下旨责备。黄尊素很愤怒，接着上疏，大意说：“天下有政权归于近旁宠幸之人，皇帝大权旁落，而国家太平英明的吗？天下有中外纷扰，没有不想从瓜分国家得到一份好处，而还能将国家交给左右的人吗？陛下一定以为曲意奉承，小心谨慎的人可以重用，不知道不远离这些人，就不能使无所畏忌的人得到任用。陛下一定认为只有我才能驾驭，不知道不能驾驭时，则已不可收拾了。陛下自登基以来，公卿台谏一个接一个地被罢免回家，使得在位的人没有长远打算。这还不叫孤立，却将一个近侍的离开叫作孤立吗？现在魏忠贤违法的情形，廷臣已揭露无疑。陛下如果不早做决断，当他看到前途无望，狗急跳墙，还会有什么顾虑呢？魏忠贤是一定不肯收回他那放纵的野心的缰绳来悔过自新的。魏忠贤的私党，一定不肯收回他们那谋取私利的船桨，而任其默默消融的。开始还只是与官员为仇，接着将把至尊的皇位作为赌注。基础防护既已牢固，谁还能把他们怎样。不仅台谏不足以挫败他们，即使是动用武力也难以奏效了。”魏忠贤得到奏疏更加不满。

万火景被廷杖后，又想廷杖御史林汝翥，各言官到内阁去争论。数百个小太监拥进内阁中，挥舞着拳头大声叫骂，各内阁大臣都低着头不敢说话。黄尊素厉声说：“内阁重地，即使是司礼没有接到诏书也不敢到来，你们这帮人竟敢如此无礼！”于是众太监慢慢散去。没多久，万火景因受重伤死去。黄尊素上奏说：“按照法律，不是叛逆等十大罪状不判处死刑。现在让披肝沥胆的忠臣，竟然死于磨牙咧齿的小人之手。这帮小人一定奔走相告，说是可以利用皇帝的特权，来鞭打百官。后代有这样的人，他继承了董狐的笔法和朱熹的《通鉴纲目》，于是写道：‘某月某日，郎中万火景因为进谏国事被廷杖打死。’这岂不是连累了皇上的圣德么！进呈廷杖这种说法的人，一定说这是祖宗的制度，殊不知正统、正德年间，王振、刘谨实行它；世祖、神宗年间，张璁、严嵩、张居正执行它。奸邪小人想放纵自己的私欲，害怕忠臣义士的牵制，一定得用廷杖发泄他们的私愤，使得皇帝蒙受拒绝进谏的罪名，自己掌管实际权力，而仁人志士且有被牵连的危险。于是乎小人为所欲为，毫无顾忌，而嫁祸于国家。万火景已经死了。侮辱杀戮正直的人，不能开这个先例。乞求恢复万火景原有的官职，破格赐给他照顾，让他的后人亲自护送棺材返回故乡，万火景死而不朽。”奏疏递入，更加违背魏忠贤的意图。

八月，河南进贡玉玺。魏忠贤想夸张这件事，命令从大明门进城，实行接受玉玺的礼仪，百官奏表称贺。黄尊素上奏说：“过去宋哲宗得到一个宝玺，蔡确等人争着说是好兆头，改年号为元符，宋朝国运最终不能长久。本朝弘治年间，陕西进献玉玺，只是命令送进朝廷，给赏钱五两。这是祖宗的先例，应该依此办理。”这事就这样中止了。天启五年(1625)春天，被派往陕西巡视茶马互市，刚出北京城，叛党曹钦程揭发他专门攻击好人，助长了高攀龙、魏大中的嚣张气焰，于是被削籍为平民。

黄尊素忠诚正直敢于说真话，尤其有深谋远虑。刚进入官府时，邹元标确实帮助过他，黄尊素就进言规劝邹元标说：“都城不是讲学的地方，以前就有徐文贞聚众议论的先例。”邹元标没有听取采纳。杨涟将要攻击魏忠贤，魏大中告诉了他，黄尊素说：“清除皇帝身边的人，一定要有内援。杨公有这样的人吗？一旦攻击不能奏效，我们这些人将无法生存了。”万火景死，黄尊素暗示杨涟辞职，杨涟不听，最终惹祸上身。魏大中将要弹劾魏广微，黄尊素说：“魏广微是小人之中的小人，过快地攻击他，他会铤而走险的。”魏大中不听，魏广微更加投靠魏忠贤，从而酿成了大灾难。

这时，东林党充满朝廷，东林党自身又以来源地的不同分为几个派系。江西章允儒、陈训跟魏大中有过节，而魏大中想驳斥尚书南师仲滥发抚恤，陕西人也不大高兴。黄尊素赶忙告诉魏大中，制止了他。最后，山西尹同皋、潘云翼想推举他们的座主郭尚友为山西巡抚，魏大中因为郭尚友几次追究前朝留下来的大臣，执意不同意。黄尊素引用杜征南多次联系洛阳一带的权贵为例劝告他，魏大中最终没有听取，推举任用谢应祥，灾难由此发生了。

汪文言刚下狱时，魏忠贤就想罗织各人的罪名。不久，当他得知是黄尊素从中化解时，就更加忌恨了。魏忠贤的党羽也因为黄尊素多智谋，想杀死他。正好苏州一带谣传黄尊素想效法杨一清诛杀刘瑾的榜样，让李实充当张永的角色，传授给他秘密的计谋。魏忠贤非常害怕，派遣四个密探到苏州一带刺探情报。侍郎乌程人沈演居住在家，报告魏忠贤说：“事情有眉目了！”当天派使者呵斥李实，拿走了盖有图章的空白奏疏，列上黄尊素七个人的姓名，于是逮捕他。使者来到苏州，碰到苏州城内围攻逮捕周顺昌的旗官，城外的人攻击逮捕黄尊素的人。负责逮捕的人把逮捕证给丢了，不敢到达。黄尊素听说了，立即穿上囚服到衙门投案自首。许显纯、崔应允严刑拷问，勒索赃款二千八百两，五天一次追掠。不久，得知狱卒将要谋害自己，黄尊素叩头谢皇上、父亲的恩惠，写诗一首，于是自尽。这时是天启六年(1626)闰六月初一，终年四十三岁。崇祯初年，追赠太仆卿，封一个儿子做官。南明福王时，追封谥号忠端。