明朝兴起后，在高丽为王的是王颛。明太祖即位的元年(1368)曾派使者给王颛赐印有皇帝玺印的诏书。二年朝廷将从高丽流亡过来的人送了回去。王颛奉表向明太祖祝贺登基，并贡献土产，请求朝廷给以封号。皇帝派符玺郎亻契斯持皇帝的诏书到高丽，给王颛颁赐封他为高丽国王的金印诰文，赏赐历法和锦绮给他。该年秋天，王颛派遣自己的总部尚书成惟得和千牛卫大将军金甲两上表谢恩，并祝贺天寿节。同时，他们还请教明朝的祭服制度。皇帝命令工部专门为他们制好后赐与他们。成惟得等人前来向皇帝辞行回去时，皇帝不紧不慢地问道：“你们的国王平时做些什么呢？修建城郭吗？兵甲锐利吗？宫室壮观吗？”成惟得等叩头而释说：“我们东海波涛中的人，只知道崇信释迦牟尼，至于其他事情还没时间去考虑。”皇帝于是用文书谕告高丽国王说：“古代的王公设置了险障，也还是不废军队。百姓以食为天，国家必有发出政令的场所。现今你那儿有人民而无城郭，人民将依靠什么？朝廷不修军备，则威严会松弛；土地不耕种，则百姓的粮食会发生困难；如果有居室而无官厅办事，则显示不出尊严与卑下。这几样都是我所不取的。国之大事，在于祭祀和军事。如果缺了这两项，只事佛求福，梁武帝之事，则可作为明鉴。你的国家北接契丹和女真，南连倭国，军备防卫之事，你可顾念着。”并因此赐给高丽国王《六经》、《四书》、《通鉴》等书。从此，高丽国经常给朝廷献贡，元旦和朝廷有圣节时他们也都派使者前来朝觐祝贺。有时一年来几次也是常事。
三年(1370)正月皇帝派使者到高丽祭祀该国的山川。该年皇帝给高丽颁发了科举的诏令，王颛上表以示谢恩，并贡献土产，上交了元朝皇帝授予他的金印。中书省上奏说“：高丽来朝贡的使者大多在公货中夹带私物，对此应该征税；而他们回去时，又大多携带中国货出境，应禁止他们才好。”皇帝不允许这样做。五年高丽国王上表请求允许他们派遣子弟来中国入太学学习，皇帝说：“入学固然是件美好的事，但又要过海路途又远，不愿来的不要勉强。”高丽派来献贡的使者洪师范、郑梦周等一百五十多人在来京城的路上，因刮大风被吹下海溺死的就有三十九人，洪师范也在其中。皇帝怜悯他们，派遣元朝时的枢密使延安答里前去谕告高丽国王献贡不须太多。而王颛又派遣他门下的赞成事姜仁裕前来京城贡献马匹，而此前他派来祝贺元旦的使者金氵胥等人已先期到达京城。皇帝都把他们遣送回去了。皇帝对中书省的大臣们说“：高丽给朝廷的献贡太频繁，既增加了他们百姓的负担，又有过海时翻船溺水的危险。还是应该遵循古时候诸侯的礼节，三年一聘。所贡献的东西只限土产，不须过于奢侈。你们要向他们明白地谕告我的意思。”
六年(1373)，王颛派甲两等人向明朝廷进献贡马五十匹，结果路途上逃亡了两匹，甲两将此事上报了朝廷。等到在朝廷上献马时，他以私下里买的马凑足了五十匹的数字献了上来。皇帝讨厌他的不诚实，没有收下贡马。七年，王颛又派监门护军周谊和郑庇等人前来献贡，上表请求明太祖允许他们每年献一次贡，进贡使由定辽出发走陆路，毋须过海，其贡品声称“送太府监”。中书省上奏说“：元朝时有太府监，本朝没设该机构，其言辞似乎不诚。”皇帝命令不收他们的贡物。该年，王颛被当权的宰相李仁人所杀。王颛没有儿子，他收养宠臣辛肫的儿子辛礻禺为自己的儿子，于是李仁人便扶立辛礻禺为王。
八年(1375)，王礻禺派遣判宗簿事崔原来京城向明太祖告哀，并说以前有高丽的进贡使者金义杀死了明朝的使者蔡斌，现今继嗣王位的辛礻禺已经将金义诛杀，籍没了金义的家产。皇帝怀疑其中有诈，将崔原拘捕起来并派遣使者到高丽去祭吊王颛。十年，高丽使者来京城请求明朝廷给已故的高丽王王颛封一个谥号，皇帝说：“王颛被杀时间已久，到今天才来请求封谥号，想借我朝廷的命令，镇抚当地的百姓，以掩盖他们弑君叛逆的恶迹，不能答应他们。将以前所拘留的使者遣送回去。”这样便把崔原释放回去。该年夏天，辛礻禺又派周谊来献贡马和土产，皇帝没有接受。冬天，又派使者来京城向皇帝祝贺明年元旦。皇帝说：“高丽王王颛被臣属所杀，奸臣窃据了大权，按《春秋》的大义，叛乱之臣必须诛杀，这有什么说的呢？你们前后来的使者都称自己是嗣王辛礻禺所派，中书省应派人前往高丽问明嗣王的情况，看其政令是怎么出的。如果他们的政令还是像王颛在位时那样由高丽王所发，且嗣王没受别人的羁囚，则应当依照前高丽王的诺言，每年给朝廷献贡马一千匹，明年则贡献金子一百斤、银子一万两、良马一百匹、细布一万匹，全部遣送回所拘留的辽东百姓，这才见得嗣王辛礻禺真的继承了王位，政令真的是由他发出的，我就没有疑惑了。否则，对待弑杀君王的乱臣贼子，必然讨伐，无所赦免。”
十一年(1378)四月，辛礻禺又让周谊前来朝廷进献贡物。十二年皇帝敕令辽东守将潘敬、叶旺等人整肃军队小心守卫。该年冬天，辛礻禺又派李茂芳等人前来献贡，朝廷以他们不按约行事为由拒绝了他们的贡品。十三年，辽东把高丽使者周谊送到京师，皇帝敕谕辽东守将潘敬等人说：“高丽国内奸臣弑杀君王，又杀死我朝廷使者，以前坚持请求入贡却又不按期进行，现今把周谊派来以虚文掩饰其不诚之心，他日必定会成为边境祸患。从今日起，与他们断绝往来交通。”这样就把周谊留在了京城。十六年高丽又派人来献贡品，皇帝拒绝了，命令礼部责问其朝贡过期、陪臣侮辱怠慢朝廷之罪；责成他们如果真想按约定行事，应将前五年违约没有贡献的东西全部带来上贡。十七年六月，辛礻禺派遣司仆正崔涓、礼义判书金进宜来京城向朝廷进献贡马二千匹，并说金子不是高丽的土产，希望能以马代替金子向朝廷献贡，其余的贡物都按约定进行。辽东守将唐胜宗为他们向皇帝请示此事，皇帝答应了。但当高丽贡使又请求皇帝给王颛封个谥号，下诏让辛礻禺承袭高丽王的爵位时，皇帝没有答应。
十八年(1385)正月，高丽献贡的使者到达京城。皇帝谕告礼部大臣说“：高丽屡次请求接受我们的约束，我都没有答允，而他们还是不停地请求，所以我要求他们每年献贡以试他们的心是真还是伪，并不是以此手段来积聚财富。现今他们既然已经听从了朝廷的成命，应减少他们进贡的次数，让他们三年进贡一次，每次献贡马五十匹就够了。到二十一年元旦再来献贡就行。”同年七月，辛礻禺上表请求朝廷允许他继承高丽王的爵位，并请求给已故高丽王封谥号。皇帝下诏令封辛礻禺为高丽国王，给已故高丽国王王颛赐谥号为恭愍。
十九年(1386)二月，高丽派使者向明朝廷贡献布一万匹、马一千匹。九月，又奉表来向朝廷祝贺，并进献土产。此后他们向朝廷进贡所献的物品，其数量总是超过常额，而且不到三年就来京城上贡。该年冬天，皇帝下诏派指挥佥事高家奴到高丽以绮布交换马匹。二十年三月，高家奴回来后，陈说高丽上表表示马不要钱，皇帝下敕令还是按马的价值如数偿还给他们。此前，元朝末年因在辽、沈两地兴兵，百姓因避战乱而转迁到高丽。到此时因开马市，皇帝就让使者向高丽索还这些迁徙过去的百姓。于是辽、沈两地迁过去的流民有三百多口回到了故地。同年十二月，皇帝让户部给高丽王送咨文，说：“铁岭的北部，东西之地，以前属于开元的地方，由辽东统领。铁岭的南部，以前属于高丽的地方，由你们本国统领。双方都确定自己的疆境，不得有侵越行为。”
二十一年(1388)四月，辛礻禺上表给朝廷，说铁岭之地是他们世代相守的领地，请求朝廷仍按以前方式划归高丽管辖为好。皇帝说“：高丽以前是以鸭绿江为界，现今矫辞说铁岭是他们的世袭之地，其欺诈虚伪之心已经昭然若揭。你们将我的话转告给他们，让他们各安本分，不要滋生事端。”
该年八月，高丽的千户陈景前来投降明朝廷，进言说：“今年四月，辛礻禺想入侵辽东，派都军相崔莹和李成桂在西京整治军队。李成桂派陈景屯驻艾州，因粮食不继而退兵。辛礻禺发怒，为此杀死了李成桂的儿子。李成桂便回兵攻破王城，将高丽王辛礻禺和崔莹囚禁起来了。”陈景因此感到害怕，故前来投降明朝。皇帝下敕令给辽东守将，让他们严密守备，并派人侦察高丽的情况。十月，辛礻禺派人来朝廷请求将高丽国王的王位让给他的儿子辛昌。皇帝说“：此前听说高丽国王已被其属下囚禁，这次请求让位之事必是李成桂的计谋，暂且等着以观事态的变化再说。”
二十二年(1389)，权国事辛昌请求入京城前来朝觐，皇帝没答应。该年，李成桂废除了辛昌，扶立定昌国院君王瑶为高丽国王。二十三年正月王瑶派使者来朝廷告知此事。二十四年三月皇帝下诏在高丽买马。八月，权国事王瑶将朝廷在高丽买的马一千五百匹全送了过来。皇帝说：“三韩之地君臣相悖而作乱，三代都是如此。现今王瑶继立，总是王氏的后裔，应派使者慰劳他。”十二月，王瑶派遣他的儿子王..来朝廷祝贺明年元旦。王..还未回去而李成桂已自立为高丽国王，占有了高丽国，王瑶出居在原州。王氏从五代十国时期起占有了高丽国，子孙相传了数百年，到此时灭绝了。
二十五年(1392)九月，高丽知密直司事赵胖等人持国都评议司上奏说“：本国自从恭愍王死后，没有后嗣，权臣李仁人扶辛肫的儿子辛礻禺来主持国事。他昏暴好杀，还想兴兵侵犯明朝的边境，大将李成桂认为不能这样做而回军。辛礻禺负罪后惶恐害怕，便让位给他的儿子辛昌。国内百姓不愿意，于是启请恭愍王的王妃安氏挑选王氏宗亲中的王瑶暂理国事。王瑶主持国事已有四年，昏戾无道，听信谗言，残害有功劳的旧臣，其儿子王..颠痴不慧，国内百姓都认为王瑶才能不足以主持国家大事。现今按照安氏的命令，已将王瑶退回到私第，而王氏子孙中没有人有威望能担当主持国政的重担，国内外百姓全推崇李成桂。我们与国内百姓中的乡老共同推举李成桂主持国事，愿朝廷圣主允可此事。”皇帝认为高丽偏处于东隅，不是中国治理的版图之内，让礼部转达他的敕谕：“若李氏果然能顺应天道，符合人心，不在边境挑起争端，与本朝廷有使节往来，实在是你们国家的福气，我又有什么不允可的呢！”该年冬天，李成桂听说明朝皇太子亡故，便派使者奉表前来慰问，并请求皇帝给他的国家更改国号。皇帝让他的国家仍按古代的称号叫朝鲜。
二十六年(1393)二月，朝鲜派遣使者向明朝皇帝进献贡马九千八百多匹，皇帝命令运送..丝棉布一万九千七百多匹给他们以示酬谢。六月，朝鲜国王派人奉表谢恩，并向皇帝贡献马和土产，还交上前恭愍王的金印，请求将自己的名字改为旦。皇帝同意了。该月，辽东都指挥使司上奏，说朝鲜国招引了五百多名女真人，偷偷地渡过鸭绿江，想入寇辽东。皇帝便派使者带着敕谕去见朝鲜国王，向他晓以祸福。李旦得到敕谕后，惶惶恐恐地向皇帝陈表谢恩，并献上贡物，还把从辽东逃亡过去的军民三百八十多人戴上桎梏送回辽东。
二十七年(1394)，李旦派儿子前来中国向皇帝献贡。二十八年又派遣使者柳王旬前来祝贺第二年的元旦。皇帝因其上表中的文字语言有轻视怠慢朝廷之处，便诘责柳王旬。柳王旬说该表的文字是本国门下评理郑道传所撰，皇帝便命令逮捕郑道传，将柳王旬释放回去。二十九年朝鲜把撰写表文的郑总等三人送到京城，上表说前表实际上是郑总等人所撰，郑道传有病不能前来京城。皇帝认为郑总等人扰乱邦交，挑起事端，强行留下不准遣送回去。三十年冬天，朝廷又因朝鲜的表文中有讥讪之词，将其来使拘留起来。建文初年，李旦上表陈说自己年纪已老，将王位传给儿子李芳远。皇帝同意。
明成祖登基后，派遣官员到各地颁发即位诏书。永乐元年(1403)正月，李芳远派使者到京城向明成祖献贡。四月李芳远派遣陪臣李贵龄又来入贡，并上奏说我李芳远的父亲身体有病，需要龙脑、沉香、苏合、香油等物，现带着棉布来请求买一些回去。皇帝让太医院挑好这些药物，赏赐给李芳远，将带来的布送还回去。李芳远上表谢恩，并请求皇帝赐给他冕服和书籍。皇帝嘉赏他能够仰慕中国的礼仪，于是赐给他金印、诰命、冕服、九章、圭玉、..玉、妃珠翠七翟冠、霞帔、金坠以及经典书籍彩帛表里等等。从此朝鲜国前来献贡，一年总有四五次。
二年(1404)十二月皇帝听从朝鲜国王的请求，下诏立李芳远的儿子李礻是为世子。五年十二月，朝鲜将贡马三千匹送到辽东，皇帝命令户部运送绢布一万五千匹予以酬偿。六年，朝鲜世子李礻是前来朝觐皇帝，皇帝命令给他赏赐织金文绮。等李礻是归去时，皇帝又亲自做诗赐与他。此时，朝鲜国王后宫纳女，将其中四人立为妃嫔。该年秋天，朝鲜国的陪臣郑擢受李芳远派遣来京城，告诉明朝廷其父李旦已经死亡。皇帝命令官员前去吊祭，并给李旦赐谥号为康献。
十六年(1418)朝鲜国王上奏说世子李礻是不肖，而第三个儿子李衶倒是孝悌有礼努力学习，受国人的推崇，请求将其立为嗣子。皇帝下诏书说听凭国王的选择。于是李芳远上表谢恩，并陈述自己年事已老，请求让李衶掌理国事。皇帝命令光禄少卿韩确、鸿胪丞刘泉封李衶为朝鲜国王。此时明成祖已将京城迁到北都，离朝鲜更近了，而朝鲜以大国之礼伏侍明朝更为恭敬，明朝廷亦对朝鲜优礼有加，这是其他国家不敢奢望的。
二十年(1422)，李芳远死，皇帝给他赐封谥号为恭定。二十一年七月，李衶请求立嫡子李王向为世子，皇帝同意。此前，皇帝曾敕谕李衶，让他向朝廷献贡马一万匹。至此李衶派人将贡马全部送到，皇帝给他赏赐白金和绮绢。
宣德二年(1427)三月，皇帝派宦官给朝鲜国王赏赐白金和..纱，让他再进献马五千匹给边境军队使用。九月五千匹马如数送到。四年皇帝给李衶敕书说“：珍禽异兽，我不以为贵，你可不必献。”其后又给李衶敕谕说：“金玉之器，不是你们国家所产，应该不献，以本国的土产表示诚心就够了。”八年，李衶上奏说想派子弟到太学或到辽东学习，皇帝没有答应，只赏赐给他们《五经》、《四书》、《性理》、《通鉴纲目》等书。
正统元年(1436)三月，明朝廷将朝鲜妇女金黑等五十三人放还回国。金黑等人从宣德初年到京城，至此派宦官将她们送回国去。三年八月，皇帝给李衶赏赐远游冠、绛纱袍、玉佩和赤乌。此前，建州的长官童仓避难居住到朝鲜境内，不久又回到建州。朝鲜上奏说：“建州长官童仓以前因为穷窘而归附于我们，我们待他很好。现今他忘恩回到建州李满住那里，怕他们合谋扰我边境。”而建州长官则上奏说他的部属遭朝鲜人追杀，至今还阻留在朝鲜有一百七十多家。五年，皇帝下诏给李衶，让他把这一百七十多家人还回来。七年五月，皇帝谕告李衶说：“鸭绿江一带的东宁等卫所，接近贵国边境，其中会有许多小人逃到贵国，或被贵国的人引诱胁迫过去。今后不问是汉人还是女真人，凡到贵国去的全解送到京城来。”原先，瓦剌曾暗地里让女真各部落引诱朝鲜背叛中国。李衶都拒绝了他们，并将此事向明朝廷说明。皇帝嘉赏他的忠心，敕令给予奖励，并给他赐予彩币。九年春天，倭寇侵犯边境地区，李衶命令将领活捉了五十多名倭寇，将他们戴上桎梏押送到京城。十年朝鲜又抓获了倭寇的余党并献到京城。皇帝连连敕谕嘉奖，并优加赏赐。十三年冬天，皇帝派使者前去调遣朝鲜和野人女真的军队到辽东会合，去征讨北部的敌寇。不久，英宗皇帝巡狩北部边疆，成阝王即皇帝位，派官员到朝鲜颁发即位诏书。
景泰元年(1450)朝鲜向朝廷献贡马五百匹，并上奏声称奉皇帝的敕谕筹办贡马两三万匹，只是近来因邻境入侵，挑起争端，马畜都死亡了，因此一时未能按数上贡。皇帝下诏说“：现今外敌入侵已稍有停息。已到的贡马按其价钱给予酬偿，还未到的就让他们不要贡献了。”该年夏天，李衶死，皇帝派官前去吊祭，赐谥号为庄宪，册封李衶的儿子李王向为朝鲜国王。此时辽东上奏朝廷，说在开原、沈阳有敌寇入侵，掠夺人畜，是由建州、海西、野人女真的头目李满住等为向导引进来的。皇帝便谕告李王向与中国结成犄角之势截杀他们。该年秋天，李王向又向明朝续献贡马一千五百多匹。皇帝给他赐予冕服，并酬偿其马的价值。冬天，皇帝又给李王向和他的王妃权氏颁发诰命，封其儿子李弘日韦为世子。二年冬天，因建州的头目与朝鲜暗中往来，皇帝告诫李王向不要派使者去建州。
三年(1452)秋天，李王向死，朝鲜派人来向明朝告哀。朝廷派宦官前去吊祭，给李王向赐谥号为恭顺，命李王向的儿子李弘日韦即位为朝鲜国国王。李弘日韦当了三年国王，因年纪幼小且长期患病，便请求其叔李王柔权理国事。七年李弘日韦向明朝廷上表让位，朝廷便封李王柔为朝鲜国王。李王柔请求明朝廷立他的儿子李日章为世子，皇帝同意了。
天顺三年(1459)，边境将领上奏朝廷，说建州等三个卫所的都督私下与朝鲜勾结，恐怕会为害于中国边境。皇帝便敕令李王柔不要做此不靖之事，否则以后会后悔的。李王柔向明朝廷上疏替自己辩解，皇帝又敕谕他说：“宣德、正统年间，因你们王国与他们之间互相侵略和掠夺，朝廷敕谕你们解怨息兵，当初就让你们王国不要与他们有往来，不要给他们奖赏和授予他们任何官职。他们已经接受了本朝廷所授的官职，而你朝鲜国王又给他们加官，这是与本朝廷相对抗嘛。你素来秉持礼义，为何会这样文过饰非呢？以后应断绝与他们的私下交往，以保全你的名誉。”四年(1460)，皇帝又谕告李王柔说：“你上奏说毛怜卫都督郎卜儿哈与外国通谋煽动叛乱，已将他绳之以法。可是法律只能在自己国中行使，岂能强加到邻国境内？郎卜儿哈有罪，应上奏本朝廷，由本朝廷酌情处置。而现今你却把他杀害了，难怪他的儿子阿比车想找你们报仇。听说阿比车的母亲还在你们手中，应尽快将她送到辽东都司那里，让阿比车领回去，以便解怨释仇。”五年，建州卫的野人到义州杀戮抢劫，李王柔上奏朝廷请求皇帝命建州卫野人归还所抢劫的东西。兵部讨论后认为“：朝鲜先前曾诱杀了郎卜儿哈，后来又利诱都指挥兀克，纵兵抢劫了他们的家属。现今野人对朝鲜的屠杀和抢劫，实系复仇行为。应谕告朝鲜，这次野人对他们的寇盗，实是咎由自取，只有安分守法，才能平息边境争端。”皇帝同意这个建议。
成化元年(1465)冬天，朝鲜的陪臣李门炯前来京城朝觐明朝皇帝，结果死在路途上。皇帝命令给他赐予棺木并致祭，给他的家属赐予彩币以示慰问。这时朝鲜频频向明朝廷进献异物，三年春天，皇帝敕谕李王柔上贡还是像以前那样以常物为好，不要专事珍奇异物。此时，明朝廷派兵征讨建州，皇帝敕谕李王柔也出兵相助。李王柔派遣中枢府知事康纯统率一万多人渡过鸭绿江和泼猪江，攻破了九犭尔府等寨子，斩杀和俘虏了不少敌人。
四年(1468)正月，朝鲜派遣官员将俘虏献给明朝，明朝皇帝下诏给予厚赏并敕谕嘉奖他们。该年，李王柔死，皇帝给他赐封谥号为惠庄。朝廷派遣太监郑同、崔安前去朝鲜册封世子李日光为朝鲜国王，给王妃韩氏颁发诰命。郑同他们出发以后，辽东的巡按御史侯英上奏朝廷说“：辽东连年遭受寇乱，疮痍未平，现今又是庄稼未收军民乏食之时。太监郑同等随从人员所过之处，驿所受骚。我考证了一下，前几代皇帝时曾有在翰林院中挑选有学问有名望者出使的先例。现今郑同和崔安都是朝鲜人，其祖先的坟墓和宗族都在朝鲜，见到朝鲜国王，不免会有所屈节，这样特别会有损国体。请求朝廷收回这个成命，或在翰林院，或在给事中及行人中推举出一位官员，作为使者出使朝鲜，这样更好。”皇帝说：“侯英所言是对的。此后给朝鲜赏赐物品时可派宦官前往，而册封正副使节时，则在朝廷大臣中选择有学问德行者充当。”
六年(1470)，李日光病重，因自己的儿子年纪幼小，便命他的兄长前世子李日章的儿子李折女暂理国事。李日光派陪臣将此情况告诉了明朝廷。等李日光死时，明朝廷给他封谥号为襄悼，命令李折女继承朝鲜国王位，李折女的妻子韩氏被封为王妃。十年，明朝廷追赠李折女的父亲世子李日章为朝鲜国王，赐谥号为怀简，封李折女的母亲韩氏为王妃，这是顺从李折女的请求所做的举措。
十一年(1475)四月，李折女上奏说建州野人纠集毛怜等卫所不停地侵扰我国边境地区，请求明朝廷下令制止整戒这种行为。十二年十月，李折女向明朝廷请求为他的继妻尹氏赐封，皇帝便给她颁赐诰命和冠服。此时，明朝禁止与外国开市买卖兵器，李折女上奏说：“我们小国北部与野人相连，南部与倭国岛屿相接，五种兵器不能缺一。而制作弓箭所需的牛角，全仰仗你们国家提供。高皇帝时期曾赐给我们火药和火炮，现今还望皇帝特许我们收买弓角，不与一般外族人那样受禁止。”兵部讨论后决定每年卖给他们弓角五十。后来因不够用，朝鲜请求不要有限额，皇帝下诏答应提供多一倍的弓角给他们。
十五年(1479)十月，皇帝下令让李折女出兵夹击建州女真。李折女便派右赞成鱼有诏率兵到满浦江，因涨水拖延了日期。李折女便又派左议政尹弼商和节度使金峤等人渡过江去，进剿女真人。十六年春天，李折女派陪臣来向明朝廷献捷报，皇帝命宦官持敕令嘉奖朝鲜能继承祖先的功业，特赏赐金币；对朝鲜的领兵官也按例给予赏赐。后来朝鲜使者回去时，朝鲜派遣其大臣许熙前来伴送。许熙回到开州时，建州女真人出两千骑兵邀击了他们，掳走了许熙手下的士卒三十多人，马二百三十多匹。朝鲜将此事上奏明朝廷。英国公张懋、吏部尚书尹..等人认为对辽东已连年用兵，现在未可轻易动武，应将此意思谕告给李折女。皇帝便敕令辽东的守卫大臣整肃军队小心守卫，又让泽官前去建州穷究他们所掠的人和物，务必将他们所掠掳去的人和物要过来，给许熙则赏赐白金和彩币以示慰劳和安抚。
十七年(1481)，李折女上奏说继妃尹氏无德，已经被废置，请求明朝廷册封副室尹氏为王妃，皇帝同意了。十九年四月，明朝廷封李折女的长子李忄隆为世子。
弘治七年(1494)十二月，李折女死，皇帝赐封谥号为康靖。第二年四月，明朝廷册封李忄隆为朝鲜国王，其妻慎氏被封为王妃。十二年，李隆上奏明朝廷：“本国有人屡次违禁藏匿到海岛上，引诱军民前往海岛，以致有滋蔓发展的趋势。请求朝廷允许本国自行搜捕这些人。其中牵涉到贵国的地方，请求你们敕令官员追捕。”这时辽东的守卫大臣也有内容如李忄隆所言的奏章上报朝廷，皇帝同意了他们的提议。十五年冬天，皇帝封李忄隆的长子李皇页为朝鲜国王的世子。
正德二年(1507)，李忄隆因世子李皇页夭折，哀恸成疾，上奏明朝廷请将国事托付给他的弟弟李怿，其国中的人又上奏请求明朝廷册封李怿。礼部商量后任命李怿权理朝鲜国事，等李忄隆死后再册封他。不久，朝鲜的陪臣卢公弼等人因入朝献贡到京城，又请求皇帝册封李怿，朝廷大臣讨论后认为不可。十二月，李忄隆的母亲上奏明朝廷，说李怿有长者之风且有贤德，可托付重任。这样，礼部便上奏说：“李忄隆因久病辞去王位，李怿以亲弟弟的身份承接王位，其接受关系既是明了的，兄弟之间又不失友爱。朝鲜全国的臣民对此都无异议，应当顺从他们的请求。”皇帝便允许李怿继嗣王位，派宦官前去敕封，并给李怿的妃尹氏颁赐诰命。
当初，李成桂自立为朝鲜王时，与宰相李仁人本不是同一宗族的人。永乐年间，皇帝所降的祭海河和山岳的祝文中，称李成桂为李仁人的儿子，而《祖训》亦记载说李仁人的儿子李成桂更名为李旦。后来李成桂的儿子李芳远上奏专为此事做辨，明太宗允许将此改正过来。到此时修《大明会典》时，仍将《祖训》列于朝鲜国中。朝鲜前来献贡的使节将此书买回国去后，李怿上疏备陈自己的世系，说自己的先世祖先中没有弑杀君王的叛逆行为，请求明朝廷予以更正。礼部认为“：《大明会典》详细记载本朝代的制度，其事涉及到外国的，无法确定的地方应从略。况且李成桂得朝鲜国王位是出于皇祖的任命，他不是李仁人的后代，这由太祖皇帝的诏书可以证明，因此应该顺从他们的请求，将此更正过来。”皇帝下诏说“：可以。”
十五年(1520)冬季，皇帝派宦官册封李怿的儿子李山告为世子，赐给李怿金帛珠玉，让李怿从朝鲜括取珍奇异物和童男童女献给明朝廷。十六年，世宗即皇帝位，礼官上奏说：“天子初登皇位，应把中国的国体搞得光明正大，以杜绝外国人对我们的狎侮之言。请求皇上谕告李怿，说括取珍奇异物和童男童女不是朝廷的本意，将派去的宦官招回来，不要有所索取。”皇帝同意了这个建议。
嘉靖二年(1523)八月，朝鲜将俘获的倭国人献给明朝廷，并把八个被掳掠的中国人送了回来。皇帝给朝鲜赐予白金和锦..。
八年(1529)八月，朝鲜的陪臣柳溥上奏说：“本国的国祖李旦系本国全州人。其二十八代祖先李瀚在新罗为官，任司空。新罗灭亡后，李瀚的六世孙李兢休进入高丽。李兢休的第十三代孙子李安社在元朝为官，任南京千户所的达鲁花赤。元朝末年兵乱兴起，李安社的曾孙李子春及其儿子李成桂避乱东迁。元朝至正辛丑年(1361)，大约是高丽恭愍王十年，有红巾贼人进入高丽境内，李成桂因击贼有功，被授予武班职事，不过此时还未出名。恭愍王无子，暗地里将宠臣辛肫的儿子辛礻禺收养为自己的儿子，结果晚年被宠臣洪伦和内竖崔万生所弑杀。当时权臣李仁人诛杀了洪伦和崔万生，扶立辛礻禺为王，将李成桂提拔为门下侍中。辛礻禺派李成桂入侵辽东，李成桂不服从，回兵国内。辛礻禺害怕，让位给他的儿子辛昌。辛昌因不是王氏的后裔被废黜，于是又立王氏后裔定昌君王瑶为高丽王，将李仁人放逐在外。王瑶又行无道，高丽国人全部拥戴李成桂，于是向高皇帝请求立为高丽王，改名为李旦。同时将王瑶在别处赡养起来，直到其终，实际上并没有杀他。以前在永乐、正德年间屡次上奏朝廷请求将此错讹改正过来，都得到皇帝的答允，但最终都没有改正。现今正好重修《大明会典》，请求皇帝将此冤枉之事洗刷清楚。”皇帝下诏将此奏章送到史馆编纂。
十八年(1539)二月，朝廷将睿宗合葬在太庙，给睿宗举行配享明堂的典礼，李怿为此奉表向皇帝祝贺。皇帝特地到奉天门接见李怿，并在礼部赐宴招待。
二十三年(1544)冬天，李怿死。二十四年正月前来告哀，皇帝给李怿赐谥号为恭僖，并下诏立李怿的儿子李山告为朝鲜国王。李山告不到一年也死了，皇帝赐谥号为荣靖。九月，李山告的弟弟权国事李山亘派使者到京城向皇帝感谢朝廷的吊祭和赐谥号，并请求继承王位，皇帝下诏同意了。
二十五年(1546)，李山亘派使者将下海的六百多名番族人送到中国边境，皇帝给他赏赐金币。二十六年正月，李山亘写来咨文，声称：“福建从来没有人飘洋过海到我们朝鲜来的，他们到日本去做买卖，结果被风漂到本国，前后共有一千人以上。他们都挟带着军器等货物，致使中国的火炮也被倭人拥有了，这样恐怕会引起战祸。”皇帝下诏说“：近年来沿海地区的奸民违犯禁令，以福建尤甚，结果往往被外国抓获，有伤于中国的国体。负责海道的官员应让当地的巡按御史察参此事。此外仍赏赐银币给朝鲜国王，以表彰他对朝廷的忠心。”
三十一年(1552)冬，朝鲜因洪武、永乐年间赏赐给他们的乐器已损坏，请求再给他们一些律管，另外还请求派遣乐官到京城来校对和学习乐律。皇帝答应了。三十五年(1556)五月，有四艘倭人的船从浙江、直隶败退回去，结果漂入朝鲜境内。李山亘派兵袭击并歼灭了他们，将倭寇所俘虏的中国人及帮助倭寇做叛逆之事的三十多名中国人一起献给明朝廷，并向皇帝祝贺冬至节。皇帝用玺书赏赐李山亘，给以褒奖。三十八年十一月，李山亘上奏说：“今年五月，有倭寇驾驶二十五艘船抵达我国海岸，我命令李铎等将他们全部剿灭，缴获了被他们俘虏的中国百姓陈春等三百多人，还有给倭人充当向导的陈得等十六名中国内奸，现全部献到朝廷。”皇帝又降敕令给予奖励，以银币厚赏李山亘，并给李铎等人按等级给予赏赐。
四十二年(1563)九月，李山亘又上书为其先祖不是李仁人的后代作辨，说今日修订的《大明会典》虽蒙厘正，但没有写上始祖李旦和李旦的父亲李子春的名字。皇帝下令将此附录在《大明会典》内。
隆庆元年(1567)六月，朝廷派官员到朝鲜颁皇帝即位的诏书。此时皇帝将幸临太学，朝鲜的使者请求容许他观看典礼，皇帝答应了。该年冬天，李山亘死，皇帝给他赐封谥号为恭宪，让李山亘的侄子李日公承袭朝鲜王位。
万历元年(1573)正月，万历皇帝给隆庆皇帝穆宗封谥号，两宫举行徽号典礼。李日公为此向明朝廷上表祝贺，并贡献土产和马匹。这时，李日公屡次请求朝廷赐与他《皇明会典》，为他的祖先康献王李旦雪冤。十六年正月，《大明会典》修订完成，正好朝鲜贡使愈泓也在京城，请求皇帝赐一部《大明会典》给他带回去，以了结前番的使命。皇帝答应了他。十七年十一月，朝鲜陪臣奇芩等人前来朝廷向皇帝祝贺冬至，并上奏称本年六月有大琉球国的船被风吹到朝鲜海岸，船上所有男女都被解送到京城，请求给他们关文放他们回去。皇帝同意。
十九年(1591)十一月，朝鲜上奏说倭人酋长关白平秀吉声称明年三月将来进犯。皇帝给兵部下诏让他们整肃海防。平秀吉，是萨摩州人，原先跟随倭人的关白信长。碰上信长被其部下所杀后，平秀吉便统领信长的军队，自称关白，劫掠并降服了六十多个州。朝鲜与日本的对马岛隔海相望，时常有倭人到朝鲜做买卖。二十年五月，平秀吉派遣手下的渠帅行长、清正等人率领海军逼近釜山镇，偷偷地渡过了临津。此时的朝鲜已享受了很久的太平时光，军队已不会打战，而李日公又整日酗酒，军备松弛。等岛夷之人突然作难时，朝鲜人皆望风而逃。李日公抛弃了王城，让其次子李珲主持国事，自己逃到平壤。不久，又逃到义州，想内属明朝。七月，兵部商量后让他驻扎在险要之地，等待明朝的天兵到来；另外再让他号召朝鲜全国起来救护王朝，以图恢复朝鲜国的江山。此时倭寇已经进入王京，毁坏了李氏王室的坟墓，劫持了王子和陪臣，剽掠了朝鲜国王府的金库，朝鲜的八道几乎都被他们占领了，且旦暮之间将渡过鸭绿江来。朝鲜请求明朝军队络绎不绝地援救他们。明朝廷大臣认为朝鲜是中国的藩篱之国，在所必争，于是皇帝派行人薛潘谕告李日公，要他负起兴复国家大义的重负，并扬言派十万大军到朝鲜为他助战。而倭寇此时已经抵达平壤，朝鲜的君臣更加焦急，躲避到爱州。明朝的游击史儒率军到达平壤，结果阵亡。副总兵祖承训带兵渡过鸭绿江援救史儒，结果败退，只身而还。这样，中朝两国都受震动，朝廷便派宋应昌经略朝鲜事务。八月，倭寇进入丰德等郡，兵部尚书石星无计可施，便商议派人侦察倭寇的情况，于是嘉兴人沈惟敬应募前去侦察。沈惟敬，是市中的无赖之徒。此时平秀吉驻军在对马岛，派其将领行长等守住要害之地作为声援。沈惟敬到平壤后，对倭人执礼时甚为卑谄。行长欺骗他说“：天朝幸亏按兵不动，我们不久就会回去了。现以大同江为界，平壤以西的地方全部归属朝鲜吧。”沈惟敬将此信讯上报朝廷。朝廷大臣商议后认为倭人奸诈不可相信，便让宋应昌等人进兵。而石星颇被沈惟敬的言词迷惑，题书给游击，让他赶赴在大军之前进入朝鲜，并请求带上金钺去行离间计。当年十二月，朝廷派李如松为东征提督。第二年正月，李如松监督诸将进兵战斗，在平壤取得大捷。行长渡过大同江，逃回龙山。此前被倭寇占领的黄海、平安、京畿、江原四个道也一并收复，清正也逃回到王京。李如松既已取胜，便派轻骑向碧蹄馆进攻，失败后，退驻在开城。其事详见《李如松传》。
当初，李如松誓师进兵时，想斩杀沈惟敬，因参军李应试的劝说而作罢。这次碧蹄馆之战失败后，其气势也缩了回去，而宋应昌则急于想获得成功，倭寇也因缺粮有回军的意思，因而朝廷上出现了封贡的议论。宋应昌获得倭寇上报沈惟敬的文书后，便让游击周弘谟和沈惟敬一起前去谕告倭寇，让他们献出王京之地，送回王子，这样便按约让他们平安回去。倭寇果然在四月份放弃王城逃跑了。此时，汉江以南一千多里的朝鲜故土已经收复平定，兵部建议应让朝鲜国王回国居住和守卫，而我们明朝各镇的大军在海外长期作战也很疲劳，应按次序撤退回国为好。皇帝下诏同意。宋应昌上疏给皇帝说“：釜山虽然濒临大海的南部，毕竟还是朝鲜的边境，假如倭人侦知我明朝廷撤军，突然再入侵进犯，朝鲜又支撑不住，岂不是前功尽弃？为今之计，第一要策是派兵协助朝鲜一起守卫，即使讨论撤军，也只能撤回一小部分，等倭寇军队全部撤回本国了，再适量留下一部分军队驻防守卫该地。”兵部讨论后留下江浙兵五千，分别屯驻在要害之地，仍谕告李日公要自己充实武备，操练军队，不要依赖外援。不久沈惟敬从釜山归来，和倭人所派的使者一起前来献诚，而倭寇此时又进犯咸安、晋州，逼近全罗，声称要收复汉江以南的地方，以王京、汉江为界。李如松考虑到全罗这个地方较富饶肥沃，南原府尤其是其咽喉要害，于是命令诸将领分别守住要害之地。不久，倭寇果然分兵进犯该地，我军斩获不少敌人。兵科给事中张辅之和辽东都御史赵耀都说倭人输运的贡物不能轻易接受。七月，倭军从釜山转移到西生浦，送回了朝鲜的王子和陪臣。此时，明朝军队已长期在外，听说要撤军之后，其回国之势已很难加以压制。于是宋应昌请求留下刘纟廷的川军和吴惟忠、骆尚志等人的南方军，会合蓟州、辽东的军队共一万六千人，听任刘纟廷的指挥，分布在庆尚的大丘等地，每月给军饷五万两，钱由户部和兵部共出。在此之前，朝廷已经发放国库中的金帛充当军费，累计已达百万。朝廷大臣上奏说像这样使国内空虚而去充实国外的做法不是长久之策，请求朝廷将留在朝鲜的川军交给刘纟廷训练，其军饷由朝鲜自己筹办。这样，皇帝便下诏令撤回了吴惟忠等人的军队，只留下刘纟廷的军队防守朝鲜。皇帝还谕告朝鲜国的世子临海君李王聿居住到全庆，让顾养谦经略朝鲜事务。
九月，李日公认为朝鲜的三都既已收复，国家的疆域已是再造，便向明朝廷上表谢恩。不过此时倭寇还占据着釜山，石星更加一意主张与倭人输诚。同月，兵部主事曾伟芳说“：关白的大军已经回日本，行长留在釜山等待。他们知道我军未撤，不敢向我们发一矢。他们想报告关白，让他带兵卷土重来，则风向不利，正是冬寒季节。所以对他们输诚他们也是要离去，不输诚他们也是要离去。沈惟敬前番在倭寇营地里讲和，咸安、晋州随即陷落，而想依靠输诚讲和的手段希望明年倭人不来攻击，则会是输诚愈速，来犯更快。所以他们是我们输诚也要来犯，不输诚也要来犯。因此应让朝鲜自己守卫国土，向百姓吊祭死者慰问孤寡，训练军队，积聚粮粟，以图自强。”皇帝认为这个意见提得对，因而更加敕谕李日公，要他率领朝鲜军民自守自强。
二十二年(1594)正月，李日公派遣金日卒等人向朝廷进献土产，向皇帝谢恩。礼部郎中何乔远上奏说“：金日卒涕泣着说倭寇在朝鲜很猖獗，朝鲜人束手被杀的达六万多人。倭人语言悖逆傲慢，十分无礼，沈惟敬与倭人交通时，不讲是双方和亲，而总是说请求投降。我现在小心地将万历十九年被倭寇掳掠去的中国人许仪所寄往内地来的书信和倭夷之人回答刘纟廷的文书，以及倭人历年入寇的处置情况等全部请皇上过目，请皇上下特敕令，赶快制止与倭人的封贡之事。”皇帝下诏将此意见交兵部讨论。此时朝廷大臣都交相上奏章，都认为应该停止与倭人的封贡之事，商量如何出战与守卫。八月，顾养谦上奏主张讲贡，说日本的贡道应从宁波进入，关白应封为日本王，谕告行长部下的倭人全部回归日本，按相互约定进行册封和上贡。九月，李日公请求明朝廷答应保全他的国家。皇帝便切切责怪群臣阻挠他施行封贡之事，追夺了御史郭实等人的官职。接着又下诏让小西飞入朝，招集众多官员面议此事。皇帝要以三个条件：其一，勒令倭人全部回到自己的老巢去；其二，只行册封不与上贡；其三，发誓不侵犯朝鲜。倭人答应了这三个条件。皇帝便又在左阙赐谕，要大臣们对册封之事详加周细反复地斟酌。十二月，册封之事确定，皇帝派临淮侯李宗城为出使日本的正使，以都指挥杨方亨为副使，同沈惟敬一起前往日本，给日本王颁赐金印，给行长等授予都督佥事职位。
二十三年(1595)九月，李日公上奏明朝廷，请求立次子李珲为继承人。此前，李日公的庶长子临海君李王聿落到倭贼手中后，受惊积忧成疾，而次子光海君李珲收集流散的军民，颇有功绩，曾经上奏请求立李珲为继承人。礼部尚书范谦说有关继统大义，长幼已有定分，不应僭越，于是不答应立李珲为继承人。这次是第二次上奏请求立李珲，并援引了永乐年间恭定王的例子，而礼部大臣坚持上奏不可。二十四年五月，李日公又上疏请求立李珲，礼部仍坚持不松口，皇帝也只好下诏同意礼部的意见。这时朝鲜王国的王储未立，中外都有疑惑，所以有尚书范谦在朝鲜更封王储的事情上三次上疏坚持道义的说法。
该年九月，册封的使者到达日本。在此之前，沈惟敬先抵釜山，私下奉送蟒玉、翼善冠、地图、武经和良马等给平秀吉。而李宗城则因贪淫被倭国的守卫大臣驱逐出来后，丢弃玺书连夜逃走。此事传到朝廷，朝廷将李宗城逮捕问罪。于是便任命杨方亨为正使，给沈惟敬加封神机营的官衔，让他做杨方亨的副使。等到他们奉朝廷的封册到达日本关白所居之处时，关白对朝鲜王子不来日本谢恩，只派两名使者奉白土绸为贺感到很愤怒，将朝鲜王子的使者挡在外面不接见，并对沈惟敬说：“我们是考虑到与你们天朝有约才将两个王子、三名大臣和三都、八道等地付还给朝鲜，现在他们以如此卑官微物来向我们祝贺，到底是侮辱我们小邦呀，还是侮辱你们天朝呀？暂且把石曼子的军队留在朝鲜，等天朝处分朝鲜之后再撤回来。”第二天，关白便向明朝廷奉贡，派使者带两道表文，跟随明朝的册封使者一起渡海到达朝鲜。朝廷大臣讨论后让皇帝派使者到朝鲜将日本关白的表文取来检验，其中一份是向明朝廷谢恩的，另一份则是请求天子处分朝鲜的。
早先，杨方亨向朝廷诡报他是去年从釜山渡海到日本，在日本大阪给倭人授予册封，之后他即回到和泉州。但是倭人正在责备朝鲜，仍一如既往地在釜山驻扎军队，向明朝廷进奉的谢表延时不发，杨方亨徒手而归。到现在，沈惟敬才将表文投过来，表文上的案验潦草不清，前折上用的是丰臣的私章，表文末没有具体日期，完全没有做人臣应有的礼貌。宽奠副总兵马栋此时上报说清正率二百艘战船屯驻在机张营。杨方亨见此情状，才将事情的原委直吐出来，并将罪行推托到沈惟敬头上，还将石星前后写来的手书呈给皇帝看。皇帝大怒，命令将石星、沈惟敬逮捕问罪。之后，皇帝任命兵部尚书邢..总督蓟州、辽东事务；将麻贵改为备倭大将军，让他经理朝鲜事务；命令都御史杨镐驻守天津，加强警备；任命杨汝南、丁应泰于军中赞画。
五月，邢..到辽东。听说行长正在建楼，清正正在播种，岛上的倭人正在储淡水，索讨朝鲜地图，显然是做长期占领的打算，邢..于是决心用兵。麻贵沿鸭绿江往东进发，所统领的军队仅一万七千人，请求朝廷给他增派兵力。邢..认为朝鲜的军队只习水战，便上疏朝廷请求招募四川、浙江的军队，并调遣蓟、辽、宣、大、山、陕五地的军队和福建、吴淞的水军，让刘纟廷总督川、汉两地的军队听候进剿的命令。麻贵悄悄地报告说等宣、大两地的军队到朝鲜时，乘倭军不备，突然掩杀釜山的倭军，则行长必被擒，清正必逃跑。邢..以为这是奇计，便传令杨元屯驻南原，吴惟忠屯扎忠州。
六月，倭军数千艘战船停泊在釜山，戮杀了朝鲜的郡守安弘国，逐渐逼近梁山和熊川。沈惟敬率领两百营兵，在釜山出入。邢..表面上是慰藉沈惟敬等人，暗地里传檄给杨元，让他袭击并收执沈惟敬，将他缚捆到麻贵的军营中。沈惟敬被执则倭军的向导便开始断绝了。七月，倭军夺取梁山和三浪，于是入侵庆州和闲州。统制元均的军队溃散，闲山于是失守。闲山岛是朝鲜西海口，它是南原的右屏障，是全罗的外藩之地。闲山岛一旦失守则朝鲜沿海就无守备可言，天津、登州、莱州的船皆可扬帆直达。明朝的水军三千人刚抵达旅顺，闲山岛遭陷落后，经略传檄文给朝鲜的明军，要他们守卫王京西面的汉江和大同江，扼住倭军西下的要道，兼防运输道路。
八月，清正包围了南原，乘夜突然发动攻击，守将杨元逃走。此时守卫全州的陈愚衷离南原仅一百里路。南原向他告急时，陈愚衷却不敢救，听到南原已被攻破的消息后，陈愚衷也弃城逃跑。麻贵派遣游击牛伯英赶来援救，与陈愚衷的军队会合后，屯驻公州。倭军于是进犯全州，逼近王京。王京是朝鲜八道的中心，其东是乌岭和忠州，其西是南原和全州，彼此道路相通。自从南原、全州失守后，东西两面全是倭军，我守军兵力单薄，就退守王京，依汉江天险阻止倭军。麻贵向邢..请示，想放弃王京退守鸭绿江。海防使萧应宫以为不能这样，从平壤星夜兼程赶往王京制止。麻贵发兵守住稷山，朝鲜也调遣都体察使李元翼从乌岭出忠清道，拦击倭贼的前锋。邢..也亲自赶赴王京，这样人心才安定下来。邢..招参军李应试问该怎么办，李应试问皇帝和朝廷大臣有什么打算。邢..说“：阳战阴和，阳剿阴抚。政府的八字密划，你可不要泄露啊！”李应试说：“这样就容易了。倭人反叛是因为对处分朝鲜感到绝望，他们不敢杀死杨元，就是还希望朝廷处分朝鲜。直接派人告诉他们说沈惟敬没死，他们定会退兵。”李应试便请求让李大谏出使到行长那里，冯仲缨出使到清正那里，邢..同意了。九月，倭寇到达汉江，杨镐派张贞明持沈惟敬的手书前去倭寇军营，责怪他们动兵，违犯了静候处分的约定。此时行长和正成两人也担心清正轻举妄动，便退军驻扎到井邑。麻贵于是向朝廷上报说在青山、稷山取得大捷。萧应宫揭发道：“倭寇是看了沈惟敬的手书而退的兵，青山、稷山并未打仗，怎么能谈功劳呢？”邢..、杨镐为此很恼怒，于是弹劾萧应宫对敌恐惧畏缩，不敢亲自押送沈惟敬，将萧应宫逮捕问罪。
十一月，邢..所征调的军队已经集结，皇帝将国库中的金帛拿出来犒劳军队，给邢..赐予尚方宝剑，派御史陈效做邢..的监军。邢..大会诸将之后，将军队分为三个协。杨镐和麻贵率领左右两协军队从忠州、乌岭向东安出兵，直奔庆州，专门攻打清正。派李大谏出使到行长那里，让他不要去救援清正。邢..又派中协的军队屯驻在宜城，往东可支援庆州，往西则扼守全罗。再派剩下的军队与朝鲜的军队一起汇合，佯攻顺天等地，以牵制行长，不让他去支援清正。十二月，明军在庆州会合。麻贵派黄应赐去贿赂清正，与他讲和，而自己率大军掩杀到他的军营里去。此时倭寇屯驻在蔚山，蔚山城背靠山险，中间只有一条江与釜寨相通，其陆路由彦阳通釜山。麻贵想专门攻打蔚山，又怕釜山的倭军从彦阳赶来救援，便多布置疑兵，又派遣将领遏住水路，于是进逼倭寇的堡垒。游击摆寨以轻骑将倭军诱入伏击圈内，斩杀敌人四百多名，俘虏了敌军勇将，于是乘胜攻下了两个栅寨，倭军被焚烧而死的不知其数。之后，倭军逃奔到岛山，连筑三个栅寨。第二天，游击茅国器统领浙江的军队率先登上栅寨，接连攻破了这三个栅寨，斩杀和俘虏敌人甚多。倭军于是坚壁不出战。蔚山比岛山高，石城很坚固，我军仰攻多有损伤。诸将便商量说“：倭寇水道受阻，粮饷难继，只要将他们围困起来，清正则可不战而俘。”杨镐认为此计不错，于是分兵将他们包围了十天十夜。倭军甚饿，假装准备投降以缓和明军的攻击。不久，行长的援兵大批而来，将绕到明军的背后袭击明军。杨镐还来不及下命令，就自己策马往西逃奔，结果各军全部溃散，只好撤军回王京，士兵损失了二万多人。皇帝听说此事后，深受震怒，便罢了杨镐的官，让他听候审核处理，派天津巡抚万世德代理他的职务。此事详见《杨镐传》。
二十六年(1598)正月，邢..认为前次战役是因缺乏水军才导致无功，便更加招募江南的水兵，想从海上运送过来，作为在朝鲜持久作战的考虑。二月，都督陈王..率领湖广的军队，刘纟廷率领四川的军队，邓子龙率领浙江、直隶的军队先后到达朝鲜。邢..将军队分成三协，下又设置水陆四路，每路派一员大将统领。中路由如梅统领，东路由麻贵统领，西路由刘纟廷统领，水路由陈王..统领，各自守卫汛地，相机进剿。此时倭军也分为三窟，东路由清正率领，占据着蔚山；西路由行长统领，占据着粟林和曳桥，建造了数重栅寨，严密防守；中路由石曼子统领，占据站泗州。行长的水军轮番给各倭军运送粮饷，在海上往来如梭。我军确定日期准备一齐进攻，不久国内来报说辽阳遭受敌寇入侵，李如松战败阵亡，皇帝下诏让如梅回国赴任，于是中路便由董一元统领。
当应泰审决杨镐的罪行时，李日公请求皇帝收回他对杨镐的决定，以勉励各镇抚官员完成征讨倭寇的重任。皇帝没答应。又因为应泰曾将杨镐在朝鲜筑城作为杨镐的一条罪状，说城坚意得之后，将会使朝鲜日后成为中国的祸患，于是李日公又上奏皇帝为此辩解。皇帝对李日公的回答是：“我们连年在朝鲜用兵，分发军饷，是因为你们国家对我们素来效忠顺从的缘故，不要因为个别人的话而自己起疑心。”
九月，在朝鲜的明军将士分道进兵，刘纟廷进逼行长的营地，与行长相约好好地会一会他。第二天，刘纟廷率军攻城，杀死敌人九十二人。陈王..的水军也协助刘纟廷堵击倭军，毁坏倭军船只一百多艘。行长悄悄地派一千多骑兵扼击刘纟廷，刘纟廷感觉形势不利而退兵，陈王..也弃船而逃。麻贵带兵到蔚山，斩杀了不少敌人，倭军佯装退兵引诱麻贵。麻贵进入空空的堡垒后，伏兵四起，于是被倭军打败。董一元进兵夺取了晋州，乘胜渡江，接连攻毁了两座敌寨。倭寇退保泗州的老营，经过激烈的鏖战，攻下了泗州老营，往前进逼到新寨。新寨三面环江，一面靠大陆。江中引入海水作为护濠，在寨前停泊有海船数以千计。新寨的两边筑有金海和固城两个城，做自己的左右两翼。十月，董一元派遣将领从四面攻打城池，用火器击碎了寨门，士兵竞相前去拔除栏栅。忽然军营中火药发生爆炸，火焰冲天，倭军乘势冲击明军，固城的倭军也已赶来，于是明军大溃，逃回到晋州。皇帝听说此事后，命令斩两个游击以示惩戒，让董一元等人各带罪立功。该月，福建都御史金学曾上报说在七月九日日本的平秀吉死亡，朝鲜的倭军都有回国的意图。十一月，清正率军乘船先回，麻贵于是进入岛山和酉浦，刘纟廷攻夺了曳桥。石曼子率水军援救行长，陈王..率军邀击，打败了石曼子。不久，各地倭军全部扬帆回国。
自从倭寇在朝鲜作乱的七年间，中朝两国还有其他属国丧失了军队数十万人，花费军饷数百万，至今都还算不过来。到关白死，这个祸乱才开始平息。
二十七年(1599)闰四月，皇帝将平定倭寇的消息诏告天下，又给李日公敕谕说“：倭奴平秀吉行为放肆无道，蹂躏你的国家。我顾念你王室对朝廷世代忠贞，深为怜悯你们。这七年来，每天都在考虑对付倭贼的事。刚开始时是对他们薄施讨伐，继而又包容和亲他们，最终对他们严加征讨。不杀人乃是上天的善心，用兵动武乃是不得已而已。安疆靖乱，应以扫荡平定为好。可幸的是天神也讨厌倭人作恶太多，暗里帮我们歼灭了倭人魁首，于是大军乘此机会，追击败退的倭寇，连海隅都已扫清。捷报传来，我的忧劳之心才稍有放松。对于你来说，虽然归还给你的是旧的河山，但实际上同新造的是一样的，要振兴凋敝之业，费力更为艰辛。倭寇虽然逃归本国，但其种族还在。我现在命令邢..带兵回京城，适量留下万世德等人替你分别戍守国土。你应该卧薪尝胆，不忘前耻，尽忠尽孝，将前辈的功业发扬光大。”
五月，邢..向朝廷逐条陈述东征之后的十件善后事宜：其一，留下骑兵、步兵、水兵共三万四千多人，战马三千匹帮助朝鲜戍守疆土；其二，确定每月的军饷，每年给驻守朝鲜的明军发饷银共九十一万八千多两；其三，确定缴纳的田税，可用米豆代替米麦，将此分派给辽东、天津、山东等地，每年十三万石；其四，留兵守卫中路的海防通道；其五，裁减运饷司；其六，尊重将领；其七，增添巡捕；其八，将各军镇巡逻的讯地分开；其九，操练军队；其十，责成朝鲜本国按以上意见去办。朝廷大臣讨论后认为“：几年来疲惫消耗，到现在可以休息一下，自然应当在国内加固根本，不应当更多地花费消耗。况且朝鲜国遭受兵荒之后，不仅仅是以倭人的侵扰为苦，还苦于要负担我们在朝鲜的军队。所以今天所议的善后事宜，仍应与朝鲜国商量，先看他们的粮饷出入情况，再来斟酌我军的去留。至于增购马匹、添补标兵、创立巡捕，以及管理粮饷的府佐等等，全应停止。”皇帝命令督抚会同朝鲜国王一起商量酌定后再上奏此事。八月，李日公向朝廷进献土产，皇帝按例给予褒赏。十月，朝鲜请求留下八千水兵帮他们戍守疆土。从朝鲜撤回来的官兵，就全部驻扎在辽阳以防北方外族入侵。二十八年(1600)四月，朝鲜请求将义州等地仓库中遗留下来的明军食用的米豆运回辽阳。户部上奏说：“运输很困难，不如直接送给朝鲜、让他们用于振兴凋敝的家业，以便昭示皇帝的仁德之心。”皇帝下诏说“：同意。”
二十九年(1601)二月，兵部答复经督朝鲜事务的七条意见：“其一，训练士兵。高丽人骠悍，能耐寒受苦，但其衣是长衫大袖，无法训练，应以管束行伍的方法教育他们。其二，守卫要冲之地。朝鲜三面环海，釜山与对马岛隔海相望，巨济也就在旁边，应以重兵防守该地，并在蔚山、开山等地也派兵戍守。其三，修筑险隘之处的营垒。王京北靠丛山，南临沧海。忠州左右又有乌岭和竹岭，其道像羊肠一样狭小绕曲，有一夫当关万夫莫开之险。现今这些地方的营垒遗址尚存，应给予修葺。其四，修建城池。朝鲜八道之地，十之八九没有城池。平壤西北部的鸭绿江和坝江，都在南部通海。倘若倭寇另外派一支军队占领平壤，则王京的声援就会被断绝，这些地方都应修筑屯寨聚众守卫。其五，造器械。倭军便于陆战而不便于海战，是因为他们的船太重太大，不利于攻击。现今准许他们添造一百一十艘战船作为奇兵，船上添造有神机百子火箭。其六，寻访奇异人材。朝鲜国以世代为官为贵，以世代服役为贱，对百姓为官之途全都禁锢，因此许多人材往往逃到倭人那里或投奔敌方，成为本国的祸患。因此应让他们破格搜寻采用人材。其七，整治我国内的军备。我们中国东南临海，以登州、旅顺为通海的门户，镇江是通海的咽喉，应援之兵，不应全部撤离。我们自己稳固了也就能使朝鲜也稳固。”皇帝下诏让朝鲜按上述几条刻苦执行。九月，朝鲜上奏说朝廷以前颁发给他们的诰命和冕服都因遭变乱沦失了，祈求皇帝再补发颁给，皇帝同意了。
此时倭人国内动乱，对马岛的岛主平义智将投降他们的朝鲜人全部遣送朝鲜，并传书过来与朝鲜讲和，还声称平秀吉手下的将领家康将输送粮食数十万作为军用物资，以威胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相隔，岛内不产五谷，靠朝鲜给他们提供大米。自倭军入侵朝鲜后，停止与对马岛开市供粮，对马岛便千方百计胁迫朝鲜与他们通好。平秀吉死后，明朝的军队全部撤回国内，朝鲜对倭人十分畏惧。他们想与倭人通好，又怕得罪中国。十二月，李日公以对马岛倭人向朝鲜求好一事请示明朝廷。兵部认为此事难以遥相估计，让总督万世德酌情上报处理，皇帝同意。三十年(1602)十一月，李日公上奏称倭国使者频频来要挟我们朝鲜与他们通好，还为此准备动兵，请求朝廷选派将领率军到朝鲜监督协助我们的防卫。皇帝说“：曾经留下将士教习过你们怎么防卫，现成的方法都在那儿，不用再派人了。”让朝鲜的使者将敕谕带回去劝诫勉励他们。三十三年(1605)九月，李日公又请求明朝廷封李珲为世子，礼部仍坚持立长之说。三十五年(1607)四月，李日公以家康前来向朝鲜求和之事上报明朝廷，兵部讨论后认为听任朝鲜国王自己处理算了。从此，朝鲜和日本通好，过了三年便计划互相开市贸易。
三十六年(1608)，李日公死，光海君李珲自称为署国事，派陪臣前来向明朝廷讣告丧讯，并请求朝廷给李日公封谥号。皇帝厌恶他擅自接掌国政，没答应他的请求，让朝鲜国的臣民公议谁该当政之后，将结果上报明朝廷。这时我大清的军队已征服了各部落，渐渐逼近朝鲜。兵部讨论后，让李珲大修武备，整肃边防，并请求皇帝给辽东左督抚和其他镇守大臣下敕令，让他们派官到大清宣达不相侵犯之意。皇帝同意了这个意见。十月，明朝廷封李珲为朝鲜国王，顺从了朝鲜臣民的请求。三十七年(1609)二月，皇帝给李日公封谥号为昭敬，派遣官员到朝鲜给李珲和他的妃柳氏颁赐诰命。
当初，朝鲜失守，依靠中国的力量才得以收复，倭寇放弃釜山而逃。但是倭寇阴谋重新侵犯朝鲜疆界，为患一直不断。于是海上有流言说倭寇图谋釜山，朝鲜与倭人通好。四十一年(1613)九月，总兵官杨宗业将此上报朝廷。李珲为此上疏辩伪，皇帝下诏对李珲安慰劝解了一番。
四十二年(1614)四月，李珲上奏明朝廷，请求皇帝追封他的生母金氏。礼部按《大明会典》中嫡母受封而生母先亡者可以得到追赠的条例，便册封金氏为朝鲜国王的次妃。四十三年(1615)十一月，李珲上表向皇帝祝贺冬至，并上奏买回的《吾学编》、《合廾山堂别集》等书中所记载的朝鲜之事与《大明会典》有出入，请求朝廷予以改正。礼部上奏说“：野史不足为凭。现今他所请求更改的是耻于与叛党一起遭到讥讽，应怜悯他的诚心，交付史馆更改。”皇帝同意。当初，李珲为他生母取得了册封，至此又祈求皇帝给他生母颁赐冠服。礼部大臣认为金氏是侧室，按礼不能享受这个隆遇，因此坚持不可。四十五年(1617)正月，李珲又来为他生母请求冠服，皇帝因李珲屡次恳切陈请，勉强顺从了他的要求。
四十七年(1619)，杨镐监督马林、杜松、刘纟廷等人出兵，被我大清军队击败。朝鲜派来帮助明朝作战的兵将，要么投降要么战死。李珲向明朝廷告急，皇帝下诏优加抚恤。十一月，兵部向朝廷奏复：朝鲜向朝廷入贡的道路，应添兵防守。皇帝下诏给镇江等地添设军将，让经略熊廷弼负责此事。四十八年(1620)正月，李珲上奏朝廷：“敌军于八月中攻破了北关，金台吉自焚而死，白羊向敌人投降。铁岭一战，蒙古的宰赛也被敌军所灭。听说敌国正在谋划，认为朝鲜、北关和宰赛都出兵帮助明朝，现今北关、宰赛都已灭亡，不能让朝鲜独自还生存下去。又听说敌军已陈兵在牛毛寨和万遮岭，想侵略宽奠、镇江等地。宽奠、镇江与我们朝鲜的昌城、义州等堡垒隔水相望，孤处一隅非常危险。敌军若从云爰阳境内取道雅鹘关绕出凤凰城，长驱一天，则宽镇、昌城都无法自保了。这样，里面的辽左佟站和外面的东江城就彼此隔断，声援断绝，这就寒心了。希望朝廷快速调遣大军防守，与我们共同倚为犄角之势，以巩固边防。”此时，辽东的镇塘上报朝廷，声称朝鲜与大清讲和，朝廷大臣认为这是李珲表面制衡大清暗地降顺大清的计谋，应派官前去宣谕，或派将领前去监护，其说纷纭，莫衷一是。李珲上疏辩解说“：二百年对明朝的忠诚是天下最大的事，是死是生关系到名节。”其言辞极为切实诚挚。礼部、兵部都为此请求皇帝降敕令晓谕李珲，让他安心。皇帝认为礼部、兵部的意见是对的，但不派官专门前去送敕令，而是让朝鲜的陪臣带回去。
天启元年(1621)八月，明朝廷改变了朝鲜上贡的线路，让他们从海路到登州，再直达京城。此时毛文龙以总兵的身份镇守皮岛，招集逃亡的百姓为兵，依靠朝鲜供给粮饷。十一月，李珲上奏说朝鲜国力难以负担这笔军饷，请求明朝廷遵循万历年间东征的事例，运送山东的粟米作为毛文龙军的军饷，皇帝同意。
三年(1623)四月，朝鲜国的国人废除了李珲的王位，拥立他的侄子绫阳君李亻宗，以昭敬王的王妃之命，让李亻宗权理朝鲜国事，让朝鲜政府移文给督抚，让督抚转奏明朝廷。毛文龙将此事揭发上报给了明朝廷。登州巡抚袁可立上奏说：“李珲果然有行不道之事，应听听朝鲜太妃的具体奏折后，等待中国来更立朝鲜国王。”袁可立的疏章被留在了中书省。八月，朝鲜王妃金氏上疏，请求明朝廷封李亻宗为朝鲜国王，礼部尚书林尧俞上奏说“：朝鲜废立国王之事，朝廷内外各位大臣都抒忠发愤，有的提议应声张他们的罪行而讨伐他们；有的提议不要急于讨伐而应接受他们的贡献，宽恕他们的末枝小错；有的说应当责令他们遵守大义，再察看国人的向背情况而定王位的；还有的提议应让李亻宗带兵去讨伐敌人替自己洗刷罪过的。这么多议论中都有可采用之处。而说李珲对明朝廷有逆悖之心，李亻宗是以赤心讨伐叛臣，忠心侍奉明朝廷的，只有毛文龙一人。皇上奉天意讨伐逆贼，扶植纲纪常规，是正法。姑且不念李珲对明朝廷素来恭顺，与各裔迥然不同，为今之道也应该另派忠贞于朝廷的有信誉的大臣，会同毛文龙一起，公开征集朝鲜臣民的意见，再三再四地询问访察为好。等到情况审核辨别清楚后，再请示皇上做出圣断。”皇帝同意。十二月，礼部回复朝廷说：“此前我们和兵部一起移咨文到登州巡抚那里，并给毛文龙去信，让他们派遣官员前去朝鲜调查。现今根据朝鲜国十二道公结之后申报上来的材料看，从王室宗族到八道的臣民都说李亻宗十分恭顺。况且朝鲜国的陪臣也相率前来哀求呼吁，说当此危急之秋，必须有君临国政的主人。因此请求皇上先给他们颁发敕谕，让李亻宗统理国事，仍让他们出兵索讨赋税，与毛文龙一起设下埋伏出奇制胜。等到朝鲜的局势渐渐正常以后，再派重要大臣前去朝鲜正式举行册封典礼。这样做，也不失为巩固边疆之道。”皇帝同意。四年(1624)四月，明朝廷封李亻宗为朝鲜国王。
五年(1625)十二月，毛文龙上报说：“朝鲜的叛逆之人李适和韩明琏等人在昌城起兵，直扑王京，被我擒获。他们的余党韩润和郑梅等人逃入建州。他们与左议府尹义立约为内应，约定在今年冬天大举侵犯朝鲜。我已送咨文给朝鲜国王，让他加强防守，把铁山的百姓暂时移到云从岛来生活。”登州、莱州的巡抚武之望上奏说：“毛文龙元帅从五月份以来，在须弥建造宫室，也就是所谓的云从岛。现今是十月他又在云从岛充实从外地迁来的军队、百姓和商贾，而铁山之地空虚了。所以朝鲜各道怀疑他有逼处之嫌，甚至还布好军队防备他。现今镇抚大臣所称的李适等人的叛乱，以及尹义立为内应之事，我们只稍有听说，而不敢太相信。我们相信毛文龙之说，则更加重朝鲜人的怀疑，而不相信他的报告，又怕给将来贻下后患。”兵部上奏说“：牵制敌国的，是朝鲜；与朝鲜相联属的，是毛文龙；驾驭毛文龙的，是登州巡抚。现今巡抚大臣与镇守大臣不和，导致镇守大臣与属国不和，这样十分不利。”皇帝便敕令镇守大臣和巡抚大臣之间要同心同德，而韩润、尹义立的事听任朝鲜自己处理。李亻宗又请求朝廷将辽东的百姓撤回安插到中国境内，兵部上奏说：“辽东人的去留问题，由毛文龙决定。毛文龙一天不离开，则辽东人也一天不会离开。朝鲜人把他们赶入岛内可以，但要把他们从岛上赶出去则不行了。应让镇守大臣把辽东的百姓从岛上清理出来，让登州巡按官限期运粮食到朝鲜，给当地辽东人施行救赈，以帮助他们发展生产。”皇帝以此为是。
六年(1626)十月，李亻宗向明朝廷上疏说：
“皇朝对于小邦有复国之恩，将我们小邦视同国内。不久前小邦国王昏乱，暗通敌国，致使皇朝天子震怒，降旨废黜了小邦国王。我自从权理小邦国事之初，就不敢安宁，马上派陪臣张晚为元帅，李适为副元帅，将我们小国中的精锐之师交付给他们，让他们进驻到宁州边境，一切听从毛文龙镇守大臣的节制，以等候与皇朝军队一起进剿敌人。而李适重兵在握之后，暗中蓄有觊觎之心，于是便与龟城的府使韩明琏一起起兵叛乱，直接进犯京城。张晚收集残余军队跟踪其后，与京辅官兵一起对李适的叛军内外夹攻，叛贼全部抓获。但是我们国家西部边疆的军力以及各镇的储备物资在这次战役中也全部消耗殆尽了。
“镇守大臣毛文龙在辽东全部沦陷之后，孤军东渡，寄寓于海上，先后招集了数十万辽东的逃亡百姓为兵，这也是我们小邦所仰藉的力量。但是考虑到我们国家变故太多，土地贫瘠百姓穷困，内要供应本国的军需，对外又要负担镇守大臣的军队，生产的粮食有限，实在是难以支给了。辽东的百姓为饥饿所迫，散布在各村落之中，强者攫夺当地百姓的粮食，弱者则行乞讨生活。我们小国的军民不堪忍受他们的骚扰，背井离乡，往内地转展迁徙。辽东的百姓也随着进入了内地。从昌城、义州以南到安州、肃州以北，迁徙过来的客人占了六七成，而当地的主人只占了三四成。以往曾将此情形具体上奏给朝廷，看见兵部给此事的处理已经决定，所以不敢再行干预。
“至于韩润和他的弟弟韩潭，都是叛逆贼人韩明琏的儿子和侄子，亡命潜逃在外，因而将敌寇勾引而来。贼人既然已背叛国家而逃，对他们的制命已不掌握在我手里了。尹义立曾任判书职位，本来就不是议政之官。他近年当差充任镇守大臣毛文龙的接伴官，因不称职，被褫夺官职回家，并无怨恨反叛之事。毛文龙镇守大臣根据王仲保等人的诉说，其实都不是事实。我想肯定是有谗邪之臣，欺骗督抚大臣，以兜售其交构离间之计。