明朝建立后，高皇帝登位，方国珍、张士诚相继被诛或臣服。诸豪强亡命之徒往往纠集岛上之人入侵山东滨海的州县。洪武二年(1369)三月，皇帝派行人杨载前去日本颁发诏谕，并诘问他们为何入侵中国，对他们说：“你们要觉得合适就派使者到朝廷来修好，否则你们就备军自保。倘若你们一定要在中国为寇为盗，马上就派将领率兵前来征讨，大王自己考虑一下后果。”日本国王良怀不遵奉朝廷的命令，又侵略山东，转而掠夺温州、台州、明州旁的渔民，还侵略福建的沿海郡县。
三年(1370)三月朝廷又派莱州府的同知赵秩前去责备日本国王，当他泛海渡舟到析木崖，进入日本境内，日本守关者拒绝接纳赵秩进关。赵秩将书信托人转交给良怀，良怀请赵秩进去。赵秩向他谕告中国的威德，诏书中还有责备他不行臣子之事的话语。良怀说“：我的国家虽然地处扶桑之东，未尝不仰慕中国。只是蒙古人与我们一样都是夷族，却想把我们变成臣妾。我国的先王不服，蒙古人便派一名姓赵的使臣拿好话来哄我们，可是他的话还没完，他们就把十万水兵排布在海岸上了。靠天之灵，忽发雷霆波涛，一时之间让其全军覆没。现今新的天子在中夏称帝，所派的使臣也姓赵，难道也是蒙古人的后裔吗？是不是也先拿好话骗我而后再袭击我。”说完之后拿眼睛看着左右想用兵器杀死赵秩。赵秩不为所动，慢慢地说：“我国大明天子神圣文武，非蒙古人可比，我也不是蒙古使者的后裔。要是你们想使用兵器杀我，那就杀好了。”良怀气沮，亲自下堂请赵秩，对他礼遇甚优。于是良怀派其僧人来中国奉表称臣，向朝廷贡献马匹和土产，并送还从明、台两个郡中掳掠去的七十余人。在四年(1371)十月到达京城。明太祖深为嘉赏，赐宴犒劳日本的使臣，心想日本的习俗是迷信佛教，可以西方的佛教来诱导他们，于是命令僧人祖阐、克勤等八人送日本使者回国，给日本国王良怀赏赐《大统历》和文绮、纱罗。该年他们又掳掠了温州。五年(1372)他们入侵海盐、澉浦和福建省的海上各郡。六年(1373)朝廷任命于显为总兵官，出海巡视倭人地区，倭人又入侵莱、登两个州。祖阐等人到了日本，即为日本国演示教义，其国人对祖阐等人颇为敬信。而日本国王则傲慢无礼，将祖阐等人拘留了二年，在七年(1374)五月才回到京城。此时倭人又入侵胶州。
当时良怀年纪尚轻，有个叫持明的人与他争王位，国内发生战乱。该年七月，良怀的大臣派僧人宣闻溪等持书到中书省，向朝廷贡献马和土产，但没有表文。皇帝命令拒绝他们的贡物，仍让他们的使者带回去。不久，良怀手下守卫别的岛屿的大臣氏久派僧人奉表前来献贡。皇帝以他们没有国王的任命，且又不遵奉夏历为由，也拒绝了他们的贡品，将它赏赐给使者，还命令礼部大臣移文牒给他们，责备他们不该越份私自献贡。又因他们频频入侵掠夺，皇帝命令中书省移文牒谴责他们。于是日本国于洪武九年(1376)四月，派僧人圭廷用等人前来朝贡，并表示谢罪。皇帝厌恶他们表文中的言词不诚实，降诏谕予以警戒，同时按惯例设宴招待使者。十二年(1379)日本国向朝廷献贡。十三年又来朝贡，没奉有表文，但其使者持有日本征夷将军源义满奉给丞相的文书，文书中的言辞又甚为傲慢。朝廷退还他们的贡品，派使者持皇帝的诏书前去谴责他们。十四年(1381)他们又来上贡，皇帝再次拒绝，命令礼部官员移文书谴责日本国王和该国的征夷将军，表示欲征讨他们。良怀于是上疏说：
我听说三皇立极，五帝禅宗，只有中华有君主，难道不允许夷狄之族有君长？乾坤浩荡，不能由一个君主独擅专权，宇宙宽宏，分成各个邦国以作守卫。天下者，是所有天下人的天下，而不是一个人的天下。我居住在又远又弱的倭人之地，是个又偏僻又弱小的国家，城池不满六十个，封土不足三千里，但我已存知足之心了。陛下您是中华的君主，是万乘之君王，拥有城池数千个，封土百万里，还存有不知足之心，常起灭绝异邦的意图。上天忽发杀机，便会移星换宿；大地忽发杀机，便会龙蛇走陆；而人忽发杀机，便会天地反覆。昔时尧、舜有德行，四海之人都来宾服。汤、武施行仁政，八方之人都奉贡献。
我听说贵朝廷有兴战之意，我们小国也有御敌之策。若论比文有孔、孟的道德文章，若论比武也有孙、吴的兵法韬略。又听说陛下您已挑选精兵强将，前来侵犯我们国境。我们的水泽之地，山海之洲，自然已有防备，岂肯跪在路途之中遵奉你们？顺你们之意未必一定能得到生存，违背你们也未必就是死路一条。如果相逢在贺兰山之前，玩玩搏斗之戏，我也毫无畏惧。倘若是您胜我败，且可满足贵国的意图。如果是我胜您败，您就蒙受小邦的羞辱。自古以来都是讲究以和为上策，以罢战为强计，免得生灵涂炭，把黎庶之民从艰辛中拯救出来。现特地派遣使臣，敬将此意奉告到您的宫殿之前，希望贵国考虑。
皇帝得到这个表文甚为愠怒，但鉴于元朝蒙古人的前辙，最终没有对日本出兵。
十六年(1383)，倭人又入侵金乡、平阳等地。十九年(1386)他们派使者来献贡品，被退了回去。第二年朝廷命令江夏侯周德兴前往福建的滨海四郡，视察形势。对于有的卫所的城墙不能保护要害的，将其移置；对于百姓每户中有三个男丁就抽取一个来充当戍卒，于是修筑了一十六座城墙，增设了四十五个巡检司，得到士卒一万五千多人。朝廷又命令信国公汤和出行巡视浙东、浙西的诸郡，整治海防，于是修筑城墙五十九座。他又规定每户有四个男丁的抽取一个充当戍卒，这样就得到五万八千七百多人，分别戍守各卫所，海防得到大力加强。闰六月，朝廷又命令福建准备海船一百艘，广东准备两百艘，在九月会同浙江一起搜捕倭人，不久这个命令停止执行。
此前，胡惟庸谋反，想藉日本的力量作为援助，于是以厚礼勾结宁波卫指挥林贤，向朝廷佯奏林贤有罪，把他贬谪到日本居住，实际上是要林贤与日本的君臣进行交通。不久胡惟庸又上奏朝廷请求恢复林贤的职位，派使者到日本将林贤招回来，暗地里却致书信给日本国王，向日本借兵帮助自己。林贤回来时，日本国王派僧人如瑶率军人四百多，谎称是向朝廷进贡，准备进献巨大的蜡烛等，实际上在其中暗藏了火药和刀剑。日本军卒到达时，胡惟庸已经失败，这个计谋便没有实行。而皇帝也不知他们的这个计谋。过了几年，此事才开始败露，于是皇帝下令灭了林贤的九族，对日本国特别恼怒，决意断绝与日本国的往来，专心一意致力于海防建设。然而此时日本国王之子滕..寿来国子监学习，皇帝还善待于他。二十四年(1391)五月朝廷特意给滕..寿授以观察使职衔，将他留在京城。后来皇帝著《祖训》一部，上面列有不准出兵征讨的国家十五个，日本也是其中之一。此后，日本国不再前来朝贡，而海上的入侵骚扰也渐渐停息了。
明成祖即皇帝位时，派使者持登极的诏书前去谕告日本。永乐元年(1403)又派遣左通政赵居任、行人张洪偕同僧人道成一起前往日本。将要出发时，日本国的朝贡使者已抵达宁波。礼部官员李至刚上奏说：“按以往的惯例，番国的使臣进入中国时，不能私自携带兵器卖给百姓。应敕令有关官府前去审查他们的船只，将诸违反禁令的人悉数解送到京城来。”皇帝说：“外国夷人前来进贡，要履险蹈危，路途遥远，花费甚多。他们有所携带以资费用，也是人之常情，岂能一概以禁令拘留他们。至于他们所私带的兵器，亦允许他们以时价出售，不应阻碍他们向化中国。”十月，日本国使者到，奉上国王源道义的表文和贡品。皇帝以厚礼待之，派官员偕其使者一起回国，给源道义赏赐冠服、龟钮金章和锦绮、纱罗。
第二年十一月日本国派人向朝廷祝贺册立皇太子。此时对马、台岐各岛有贼人抢劫沿海居民，朝廷就谕告日本国王捕捉贼人。国王发兵尽歼贼人，捉住了贼人魁首二十人，在三年(1405)十一月献到朝廷，并进献贡物。皇帝益发嘉励他们，派鸿胪寺少卿潘赐偕宦官王进一起给日本国王赏赐九章冕服和加等的钱钞、锦绮，归还他们所献的贼人，让日本国自己处置他们。日本使者到宁波，将这些贼首全部放进甑里，用火将他们蒸死。过了一年正月，皇帝又派侍郎俞士吉持印有玉玺的文书前去褒奖，给日本国王赏赐优厚的礼物，封日本国的山为寿安镇国之山，皇帝亲自撰写碑文立于山上。六月，日本使者前来谢恩，皇帝又给日本国王赏赐冕服。五年(1407)、六年(1408)日本国频频向明朝廷献贡品，并将所抓获的海寇也献上来。其使者回国时，请求朝廷赏赐仁孝皇后所制的《劝善》、《内训》二书，皇帝命令将该二书各给一百本。十一月日本国再次进贡。十二月，日本国的世子源义持派使者前来报告其父的丧讯，朝廷派宦官周全前去吊祭，给日本国王赐谥号为恭献，并拿财物资助日本国办丧事。同时朝廷又派官员持皇帝的敕令，封源义持为日本国王。此时海上又有倭人为寇的警报传来，朝廷再次派官员谕告源义持前去剿捕。
八年(1410)四月，源义持派使者前来谢恩，不久向朝廷献上所抓获的海寇，皇帝嘉奖了他。第二年二月皇帝又派王进持敕令褒奖日本国王，并在日本收买货物。日本国的君臣密谋阻止王进回国，王进偷偷地登上海船，从其他道路逃回国。从此，他们许久不来进贡。这一年，倭贼又入侵盘石。十五年(1417)，倭贼入侵松门、金乡、平阳。有人捕获了数十名倭贼，将他们解送到京城，朝廷大臣请求将倭贼予以正法。皇帝说“：以刑罚威吓他们，不如以仁德感化他们，还是把他们放回去好。”于是命令刑部的员外郎吕渊等持敕令谴责他们，让他们悔罪自新。同时让他们把掳掠去的中国人送回来。第二年四月，日本国王派使者随吕渊等人一起前来朝贡，说：“海盗纷繁，所以朝贡的使者无法到达贵国。至于到贵国为寇为盗的无赖鼠窃之辈，我也实在不知他们的所作所为。希望能宽免我们的罪行，容许我们朝贡。”皇帝认为其言词颇顺耳，答应了他们，仍像以前一样礼待使者，但海上盗贼仍然不绝。
十七年(1419)，倭贼的船进入了王家山岛，都督刘荣率精兵急忙进驻望海埚。倭贼数千人分乘二十只船，直抵马雄岛，进而包围了望海埚。刘荣的伏兵出战，用奇兵切断倭贼的回路。倭贼便逃奔到樱桃园，刘荣合兵攻打，斩杀倭贼七百四十二人，活捉八百五十七名。皇帝召刘荣到京城，封为广宁伯。从此，倭贼便不敢窥视辽东。二十年(1422)，倭贼入侵象山。
宣德七年(1432)正月，皇帝忽念四方的藩国都来朝贡，只有日本久不进贡，便命令宦官柴山前往琉球，让琉球王转谕日本，同时赐给敕令。第二年夏天，日本王源义教派使者来朝贡。皇帝还报他们，赏赐他们白金和彩币。该年秋天，日本使者又至。二年(1435)十月因英宗即皇帝位，日本派使臣前来朝贡。
正统元年(1436)二月，日本使臣回国，皇帝给日本国王和王妃赏赐银币。四月，工部上奏说：“宣德年间，朝廷给日本各国都颁发信符以便审核，现今已经改变纪年，照例应当变更信符。”皇帝同意了。四年(1439)五月，倭贼乘四十艘船接连攻破台州的桃渚、宁波的大嵩二两个千户所，又攻陷昌国卫，进行大肆杀掠。八年(1443)五月，倭贼又入侵海宁。此前，洪熙年间(1425)，黄岩的平民周来保和龙岩的平民钟普福因被徭役所困，叛逃到倭国。倭贼每次前来入侵，他们都做向导。这一次他们又引导倭贼进犯乐清，先登上海岸做侦察。一会儿倭贼离去了，他们二人留在村中乞食，被抓获，处以极刑，将其首级割下来抛于海上。倭贼性情狡黠，不时在船上载土产和兵器于海滨出没，得到机会则举兵器大肆侵掠，没有机会则把土产陈列在船上称自己是到中国来朝贡的，东南沿海各省都受其害。
景泰四年(1453)日本派使者入贡，其使者到达临清时，掠夺居民的货物，有位指挥前去诘问，几乎被他们殴打致死。有关官府请求将他们收执起来治罪，皇帝怕因此会失去人心，不答应。此前，永乐初年，朝廷曾诏令日本每十年献贡一次，每次献贡人数不能超过二百，船不能超过二艘，不能携带兵器，违反者以贼寇论处。于是皇帝赐给他们二艘船，作为进贡之用，后来都没有遵守这个制度。宣德初年，朝廷又申定要约，进贡之人不能超过三百，船只不能超过三艘。而倭人贪利，在贡物之外所携带的私货是贡品的十倍，按例都要给钱。礼部官员上奏说“：宣德年间他们所贡献的硫黄、苏木、刀扇、漆器等东西，按当时的市价估算给以钱钞，或折成布帛予以支付，数量虽不多，但他们已获很大利益。现在若是仍沿习旧制，要付钱二十一万七千两，按银价也是一样。请求皇上大减其价，只给他们银子三万四千七百多两。”皇帝同意。日本使臣不悦，请求皇帝仍按旧例付钱。皇帝下诏给他们再增钱一万两，他们还是嫌少，再请求增加赏赐物品。皇帝又下诏增赐他们布帛一千五百匹，他们最终还是怏怏不乐地离去了。
天顺初年(1457)，日本国王源义政认为前次所派的使臣得罪了明朝廷，蒙恩予以宽恕，想派使者前来朝廷谢罪但不敢自达，便移文书给朝鲜国王，让朝鲜国王代为转达此意。朝鲜便将此事上报给明朝廷。朝廷商议后敕令朝鲜审核此事，让日本国王挑选老成识大体之人充当使臣，不是仍像以前那样大肆骚扰。日本的使者也没来。
成化四年(1468)夏天，日本派使者向朝廷贡献马匹以表谢恩，皇帝仍按旧例礼待他们。他们当中有通事三人，自述自己本是宁波的村民，幼时被倭贼掳掠，卖给日本，现在请求便道回宁波省祭祖先，皇帝答应了他们，但告诫他们不要和日本使臣一起到家里，以免引诱中国人下海。十一月，日本使臣清启又来朝贡，在闹市中打伤了人。有关官府请求治他的罪，皇帝下诏把该请求交给清启。清启上奏说犯法应回到本国受刑，希望容许他回国再按法律治罪，并自述不能服钤束之罪，皇帝都予以宽免了。从此，日本使者更加无所顾忌。十三年(1477)九月日本使臣又来朝贡，请求《佛祖统纪》等书，皇帝下诏给他们赏赐《法苑珠林》。该使臣转述其国王的意思，请求在常例之外增加赏赐，皇帝便命令给他们再赐钱五万贯。二十年(1484)十一月，日本国又派使者上贡。弘治九年(1496)三月，日本国王源义高派使者到中国，回去时路过济南，使者手下的人又持刀杀人。当地官府请求朝廷治他们的罪，皇帝下诏命令从今以后只准五十人进入京都献贡，其余的人都留在船上，对他们严加防禁。十八年(1505)冬，日本使者前来献贡物，此时武宗已即皇帝位，下令像以前一样对待他们，铸金牌勘合后交给他们。
正德四年(1509)冬日本使者又来献贡。礼官上奏说：“明年正月，大祀庆要摆宴席。朝鲜的陪臣安排在殿东的第七班，日本向来没有先例可循，请将他们安排在殿西的第七班。”皇帝同意。礼官又说“：日本进献贡物，向来都是用三艘船运来的，现今只运来一船，朝廷给他们赏赐银币，应按其贡物的多少而定数目。况且他们这次献贡物没有表文，是否给他们下敕文，请求皇上裁定。”皇帝命有关官府移文答复他们就行。五年(1510)春，日本国王源义澄派使臣宋素卿前来朝贡，此时刘瑾窃取大权，收了他们黄金千两，给他们赏赐飞鱼朝服，这是前所未有的。宋素卿，是鄞县朱氏的儿子，名缟，幼习歌唱。倭国使臣见后，喜爱他，而朱缟的叔叔朱澄欠倭国使臣的钱，便以朱缟抵债。至此，朱缟充当日本的正使，至苏州时，朱澄便与他相见了。后来此事被发觉，按法律应当处死朱澄，刘瑾包庇了他，谓朱澄已经自首，获准免罪。七年(1512)，源义澄的使臣又来献贡，浙江的守卫大臣说：“现今畿辅、山东地区盗贼充斥，怕使臣遇到后遭受抢劫，请求将献贡之物贮存在浙江的官库里，只收其表文送到京城来。”礼官会同兵部官员商议此事后，请求朝廷给南京守备官下令，在当地设宴赏赐使臣，然后送使臣回国，其所带的土产全部按价付钱，不阻碍远方之人的向化之心。皇帝同意了。
嘉靖二年(1523)五月，日本派来朝贡的使臣宗设抵达宁波。不久，宋素卿偕同瑞佐又来中国，他们之间互相争辩自己是真使臣，诬对方是伪使臣。宋素卿贿赂市舶的太监赖恩，使当地官府设宴时将宋素卿的座次排在宗设之上，宋素卿的船后到却先为验发。宗设为此发怒，与他们争斗，杀死瑞佐，焚烧了瑞佐的船，追击宋素卿到绍兴城下，宋素卿逃匿到其他地方才幸免于死。杀人凶手回到宁波，所经过之处都遭其焚烧抢劫。他们还绑架了指挥袁王进，夺船出海。都指挥刘锦追到海上，战死。巡按御史欧珠将此上报朝廷，并说：“据宋素卿所言，西边海路的多罗义兴，向来属日本统辖，没有进贡的前例。因日本向朝廷进贡之道一定得经过西部海域，正德年间已经勘合过的金牌被多罗义兴所夺。宋素卿等人不得已，拿弘治年间勘合的金牌，从南边海路启程来到中国，等到宁波时，因为责问宗设为何冒充使臣，才致引起争斗。”皇帝将该奏章交给礼部，礼部官员建议“：宋素卿的言词未可尽信，不应让他进京入朝。但争斗是由宗设挑起的，宋素卿那一伙的人被杀不少。宋素卿以前虽犯有投番罪，但已经先朝宽恕赦免，可不再问罪。现在只宣谕宋素卿回国，移文咨问日本国王，让他审察有无经过勘合的金牌，再行追究治罪。”皇帝已同意这个建议，御史熊兰、给事中张羽中交相上章说：“宋素卿的罪行深重不可宽恕，请求朝廷一并治赖恩及海道副使张芹、分守参政朱鸣阳、分巡副使许完、都指挥张浩的罪。然后封闭海关断绝入贡，振兴中国的威风，使狡寇的阴谋无法实施。”此事正在商讨行动，碰上宗设党徒中的中林、望古多罗所乘坐的船只，被暴风刮到朝鲜。朝鲜人袭击并斩杀了他们三十人，活捉中林和望古多罗献到京城。给事中夏言因此请求朝廷将此二人押赴浙江，会同当地官府与宋素卿一起杂处治罪。朝廷于是派给事中刘穆和御史王道一起前往浙江。嘉靖四年(1525)，讼事成立，宋素卿、中林、望古多罗三人一并处以死罪，关进牢狱之中。时间一久，他们都病死在监狱之中。此时有琉球的使臣郑绳回国，朝廷要他回国后转告日本国王，让他将宗设擒献到朝廷，归还袁王进和海滨郡县中被掳掠去的百姓，否则就封闭海关断绝其入贡，并商议征讨他们。
九年(1530)，琉球的使臣蔡瀚，路过日本时，日本国王源义晴附表给蔡瀚带往朝廷，说：“向来因为日本国内多战事，干戈阻道，正德年间勘合的金牌无法到达东都，所以宋素卿只好捧着弘治年间勘合的金牌出使贵国，现请求朝廷宽恕并遣返他们。同时希望朝廷赐予新勘合的金牌、金印，我们可按往常那样进贡。”礼官验收其表文时，发现上面没盖有印篆，便上奏说：“倭人诡诈难以使人相信，还是敕令琉球王传告他们，让他们仍遵前次所敕的命令行事。”十八年(1539)七月，源义晴所派的献贡使臣到达宁波，当地守卫大臣将此上报朝廷。此时日本已有十七年没与朝廷通贡了，朝廷敕令巡按御史督同三司的官员前去共同审核，如果他们确是诚心效顺，就按制度礼待并遣送他们回去，否则就拒绝他们，并严禁当地的居民与他们交通往来。第二年二月，日本献贡的使臣硕鼎等人到达京城申述前次的请求，并乞求朝廷颁赐嘉靖朝新勘合的金牌，归还宋素卿其人和原先留在中国的贡物。礼部建议说“：勘合的金牌不能急急忙忙地给他们，务必要他们拿旧的来换新的。每次朝贡的日期限定十年，朝贡的人不得超过一百，船不得超过三艘，其余的请求不可答应。”皇帝下诏同意。二十三年(1544)七月日本使臣又来朝贡。这次朝贡没有到该朝贡的日期，而且还没有表文上达。礼部大臣认为不应当接受，将贡物退回。该使臣就拿这些贡物与当地百姓互做交易获利，留在海滨地区不肯离去。巡按御史高节请求朝廷追治沿海地区文武将吏的罪，严禁奸商豪强与他们交通往来，皇帝同意。而内地的诸奸商因从与他们的交易中可获利，多收容包庇他们，因此最终无法彻底禁绝。
二十六年(1547)六月，巡按御史杨九泽上奏说：“浙江的宁波、绍兴、台州、温州都临海，其地界又与福建的福州、兴州、漳州、泉州各郡相连，常有倭人入侵，虽然设置了卫所城池和巡海副使、备倭都指挥等，但是海盗还是出没无常，两地的官员无法通气摄制，因此制御海盗就很困难。请求朝廷按以往惯例，特地派遣巡视大臣，统摄滨海诸郡，处理庶事的权力归于统一，这样威严的命令才容易施行。”朝廷大臣商讨后认为杨九泽所言很对，于是任命副都御史朱纨巡抚浙江，兼管福州、兴州、漳州、泉州、建宁五个府的军事。不久，日本国王源义晴派使臣周良等人先期前来向朝廷献贡，贡品用四艘船装运，随行人员有六百。他们停泊在海外以等待明年的献贡日期。当地守卫大臣阻止他们，他们则说是被风飘来的作为解释。十一月此事上报朝廷，皇帝认为先期到达不符合制度，况且献贡的人和船都超过了规定数额，敕令当地守卫大臣勒令他们回去。十二月，倭贼进犯宁波、台州两个郡，进行大肆杀掠，两个郡的将吏一并获罪下狱。
第二年六月，周良又请求献贡，朱纨将此上报朝廷。礼部官员上奏说“：日本国前来献贡的日期、船只和人数虽然违反了制度，但这次他们的表文中言辞恭顺，况且离献贡的日期也不远了，倘若一概加以拒绝，则航海之辛劳也应加怜悯，倘若稍加含容，则宗设、宋素卿之争亦可做借鉴。应敕令朱纨，让他遵循十八年(1539)的先例，送五十人进京朝贡，其余的人留在嘉宾馆，适量加以犒赏，然后谕令他们回国。若有双方互做贸易和防守之事，应让朱纨亲自处理。”皇帝同意，朱纨则竭力说只送五十人太少，于是朝廷便让他送一百人赴京都。礼部建议只给这一百人实行赏赐，其余的随行人员不给赏赐。周良则诉说装载贡品的船高大，必须有五百人才能驾驶。而且中国的商船进入海中以后，往往藏匿在岛中作为盗贼，所以要增加一艘船以防海盗，这不是故意违反制度。礼部建议适量增加其赏赐，并说：“以一百人做定制，他们国家势必难以遵行，应量其献贡之船的大小，以实施禁令。”皇帝同意。
日本国在孝宗、武宗两位皇帝当政时，曾勘合了近二百道金牌，其使臣前次入朝献贡时要求颁发新勘合的金牌，朝廷则让他们缴出旧的金牌。这次周良持弘治年间勘合的十五道金牌前来入贡，说其余的金牌都被宋素卿的儿子窃走，已搜捕不到了。至于正德年间勘合的金牌，他们留下十五道作为凭信，拿四十道归还朝廷。礼部建议让他们在日后把旧勘合的金牌悉数上缴后，才给他们发新勘合的金牌，皇帝也同意了。
当此之时，日本国王虽然向明朝廷进贡，但其岛屿上的诸倭人每年却常侵略滨海地区，而滨海地区的奸民又往往与倭贼勾结在一起。朱纨于是严厉申述禁令，一旦抓获与倭贼交通之人，不等朝廷的命令便相机斩杀。这样一来，浙江、福建那些长期以来作为倭贼代理人的大姓人家因失去利益而产生怨恨。朱纨又数次上疏给朝廷，明白指出这些大姓勾通倭贼的情状，因此闽、浙两省的人都厌恶朱纨，其中闽籍人尤甚。巡按御史周亮，是闽籍出生，上疏诋毁朱纨，请求朝廷将巡抚改为巡视，以削夺朱纨的权力。在朝廷中为官的周亮的同党，竟然运用自己的力量和影响四出活动，使周亮的疏章获得通过。接着又剥夺了朱纨的官职，罗织了朱纨擅杀无辜的罪名，朱纨便自杀而死。从此以后四年内没有设置巡抚之职，海禁又松弛了，海上盗寇之乱也更为严重。
按祖先的制度，在浙江设置市舶提举司，以宦官主持该司的事务，驻地在宁波。海船到达时，市舶提举司评价其货物的价值，但制驭之权则在朝廷。到世宗皇帝时，将镇守地方事务的宦官全部撤回朝廷，同时撤销了市舶，于是滨海地区的奸人便操纵了海上贸易的利益。刚开始交易时还是以商人为主，等到严禁与番人交通的禁令下达后，这种交易便转移到贵官之家，这样贵官之家欠倭人之债的也愈来愈多。等到倭人前来索债太急时，这些官宦人家或以危言恫吓他们，或又以好话欺骗他们，说我们最终不会亏待你们的，等等。倭人没取得资金无法回去，为此大为怨恨，而大奸人如汪直、徐海、陈东、麻叶之流又长期聚集在他们当中，因在内地无法得逞其事，于是全部逃到海岛上去做主谋。倭人都听他们的指挥，他们便引诱倭人做海盗。海中的巨盗，于是都沿袭倭人的服饰、旗号，并且分船抢掠内地，无不获大利，因此倭寇之患日愈剧烈，于是朝廷大臣商议后又设置巡抚官职。三十一年(1552)七月任命佥都御史王忄予出任巡抚之职，而此时倭贼寇盗之势已经炽盛，无法扑灭了。
明朝初年，沿海的关键地区建立了卫所，设置了战船，让都司、巡视、副使等官监督行事，因此控制得颇为周密。等到国内享受太平已久，以致战船破烂，军队空虚。一旦遇到敌警，便招募渔船放哨守卫。这样的士兵没有经过长期训练，船也不是专业战船，于是一见到海寇的船只，总是望风而逃，而上面又没有统帅率领他们抵御海寇。以致贼船所到之处，无不受其残破。
三十二年(1553)三月，汪直勾结诸倭贼大举入侵，率战舰数百艘，蔽海而至。浙东、浙西、长江之南、长江之北，沿海数千里地方，同时告警。倭贼攻破昌国卫。四月又进犯太仓，攻破上海县，掠夺了江阴，攻打乍浦。八月他们又抢劫金山卫，进犯崇明、常熟和嘉定。三十三年(1554)正月他们又从太仓出发掠夺苏州，攻打松江，又朝长江以北进发，进逼通、泰两州。四月，他们攻陷嘉善，攻破崇明，又进逼苏州，进入崇德县。六月，他们从吴江出发掠夺嘉兴，回来时驻扎在柘林。他们纵横往来，如入无人之境，新任巡抚王忄予也无法有所作为。不久，王忄予改为大同巡抚，以李天宠代王忄予做浙江巡抚，朝廷又命令兵部尚书张经总督军务。于是从四面八方征兵，协力进剿倭贼。
此时，倭贼以川沙洼、柘林为巢穴，四出掳掠。第二年正月，倭贼夺船进犯乍浦、海宁，攻陷崇德，转而掳掠塘栖、新市、横塘、双林等地，攻陷了德清县。五月，在内地的倭贼又纠集新到的倭贼突然进犯嘉兴，到王江泾时，被张经斩杀了一千九百多人，其余的逃奔到柘林。其他倭贼又掠夺了苏州境内，波及到江苏、无锡，还出入于太湖。纵观倭贼之人，真正的倭人大致占十分之三，而跟随倭人为寇为盗的占十分之七。倭贼遇战时，驱使其所掳掠来的人做前锋，法律严明，所以人人至死不退，而官军素来懦怯，倭贼一至则溃奔逃散。皇帝便派工部侍郎赵文华督察军情。而赵文华却颠倒功罪，于是各路官军更加解体。张经、李天宠一并被逮捕问罪，以周王充、胡宗宪代替他们的职位。过了一个月，周王充被罢官，以杨宜代替周王充。
此时倭贼势力蔓延，江苏、浙江无不遭受他们的蹂躏。新来的倭贼越来越多，也更肆毒无忌。每次他们都自焚其舟，然后上岸抢劫。从杭州的北新关向西剽掠淳安，突破徽州的歙县，到达绩溪、旌德，又经过泾县，奔向南陵，于是到达芜湖。他们焚烧长江南岸后，奔向太平府，进犯江宁镇，直接侵犯南京。倭贼着红衣黄盖，率领众人进犯大安德门，到夹冈时，又朝秣陵关进发，从溧水向溧阳、宜兴流动，并洗劫了溧阳和宜兴。听到官军从太湖出发后，便越过武进，抵达无锡，驻扎在惠山。他们一昼夜奔走一百八十多里，抵达浒墅，结果被官军包围。官军追击到杨林桥，将这群倭贼歼灭在这一仗中，倭贼人数只有六七十，而经过的地方却达几千里，被他们杀戮杀伤的人几乎有四千，经历的时间达八十多天，这是三十四年(1555)九月的事。
应天府的巡抚曹邦辅将捷报上奏到朝廷，赵文华对曹邦辅建功颇为顾忌。因倭贼的巢穴在陶宅，赵文华便大集浙江、直隶的军队，与胡宗宪一起带兵进剿。同时，赵文华还约曹邦辅一起联合进剿，分道并进，在松江的砖桥安下营寨。倭贼出动全部精锐前来冲击官军的军营，官军大败。于是赵文华气馁，而倭贼更为猖獗。十月，倭贼从乐清登岸，流动洗劫了黄岩、仙居、奉化、余姚和上虞，这些地方被杀被掳的人无法计算。倭贼到达嵊县时，被官军歼灭，一数他们还不满二百人，却已深入到了三个府的地界之内，骚扰达五十日之久。此前有一支倭贼从山东的日照流动洗劫了东安卫，后来又到淮安、赣榆、沭阳、桃源等地，等到达清河时因下雨被阻，于是被徐、邳两地的官军所歼灭，清点时发现倭贼也才不过是数十人，却流害千里，杀戮了千余人，其骠悍达如此地步。赵文华自砖桥失败之后，发现倭寇势力更甚于以往。原先扎营在柘林的倭贼转移到周浦，与停泊在川沙旧巢穴中的倭寇和驻扎在嘉定高桥的倭贼往来自如，无时无日不侵犯其他地方，而赵文华却以倭患已经停息上报朝廷，请求回京。
第二年二月，杨宜被罢官，以胡宗宪代理杨宜的职务，任命阮鹗为浙江巡抚。在此情况下胡宗宪便请求朝廷派使者前去谕告日本国国王，让他禁止岛上的贼寇进犯中国，将与番贼勾通的奸商招回来，答应让他们立功赎罪。皇帝的圣旨颁下之后，胡宗宪便派宁波学士蒋洲、陈可愿前往日本。不久，陈可愿回来，说他们到了日本国的五个岛碰到汪直、毛海峰，说日本国内动乱，其国王和相国都已死，各岛之间没有统属关系，必须遍谕日本各岛才能杜绝倭寇的进犯。还有个叫萨摩洲的地方，虽然他们也乘船进犯中国，但这不是他们的本心所愿，他们请求与中国通贡互相贸易，并愿意杀贼以表示他们对中国的顺服之意。蒋洲和陈可愿商议后，便留下蒋洲去传谕各岛，陈可愿回来汇报。胡宗宪将此情况上报朝廷，兵部上奏说：“汪直等人本是中国的编户之民，既然声称效顺朝廷，应即刻放下武器。他们却丝毫不提及此事，还要求朝廷开通市场让他们通贡，隐然他们好像是中国的属国一样，其奸心不可叵测。为此应命令督军大臣振扬国威，对海防严加守卫。同时移檄文给汪直等人，让他们剿除舟山地区的各倭贼巢穴，以表明自己的心迹。如果此后海疆果然清静太平，朝廷对他们自然加以恩赏厚赐。”皇帝同意。
此时两浙地区都遭受倭害，慈溪被倭贼焚烧杀戮最为严重，余姚次之。浙西的柘林、乍浦、乌镇、皂林之间，都有倭贼巢穴，前后到达这些地方的倭贼有二万多人。朝廷让胡宗宪赶快拿一个治理方略出来。七月，胡宗宪上奏说：“贼人的首领毛海峰自陈可愿回来后，先在舟山打败了倭寇，又在沥表再次击退倭寇的骚扰，并派遣他的党徒前去各岛屿上招抚贼人，率领他们效顺朝廷，请朝廷给毛海峰加以重赏。”兵部让胡宗宪自己相机行事。正当此时，徐海、陈东、麻叶三人正连兵一处围攻桐乡，胡宗宪设下计谋离间他们之间的关系，徐海便活捉了陈东和麻叶向官军投降，官军便在乍浦全部歼灭陈东和麻叶的余党。不久，胡宗宪又率军跟踪徐海到梁庄，徐海也被杀，他的余党也被尽歼。这样，江南、浙西的贼寇略为平息，而长江以北的倭贼则进犯丹阳，劫掠瓜洲。烧毁漕运的倭贼第二年春天又进犯如皋、海门，攻打通州，抢劫扬州、高邮等地后，进入宝应，于是入侵淮安府，并在庙湾集结，过了一年官军才收复这些地方。而浙东的倭贼则盘踞在舟山，官军也先后向他们发起攻击。
先前，蒋洲到各岛屿去宣示朝廷的谕告，到达丰后岛时被当地人留了下来，他便派僧人到山口等岛屿上继续传示朝廷的禁令。这样，山口的都督源义长便修好咨文，送还从中国掳掠去的人口，但他的咨文中用的乃是日本国王的印篆。丰后的太守源义镇也派僧人德阳等准备好土特产，奉表向朝廷谢罪，请求朝廷给他们颁发经勘合的金牌，以便他们向朝廷献贡，并将蒋洲送了回来。以前杨宜在任时，曾派遣郑舜功出海侦探情况，行到半后岛时，岛主也派僧人清授随船前来谢罪，说丰后岛有人为寇，前后侵犯中国，都是中国的奸商暗地里勾引各岛上的夷人引起的，源义镇等人实际上并不知晓。这样一来，胡宗宪便上疏陈述这些情况，说：“蒋洲奉命出使二年来，只经过半后、山口两个岛屿，他们有的有贡物但没有经过勘合的印信，有的有印信却没有国王的名称，这些都是违反朝廷典章的。但是他们既然已前来献贡，又送还从中国掳掠去的人口，实在是有畏罪之心、请恩之意。应该以礼遣送其使者回去，让他们谕告源义镇和源义长，要源义镇和源义长转告日本国王，让他将倡导将到中国作乱的诸渠长擒拿后献到朝廷，将逃到日本的中国奸宄之徒一并擒送到京都来，才答应与他们通贡贸易。”皇帝下诏同意。
汪直盘踞在海岛上，与其党徒王氵敖、叶宗满、谢和和王清溪等人，各倚仗倭寇称雄。朝廷甚至给他悬赏伯爵的爵位和黄金一万两，让他回来，他也不回。到此时，内地的官军已颇有防备，倭贼虽然横行，亦多遭官军的剿戮，甚至还有全岛倭贼出来后竟没有一人生还的。于是倭贼往往埋怨汪直，汪直渐渐感到不安。胡宗宪与汪直同郡，便把汪直的母亲和家小都安置到杭州居住，派蒋洲持汪直的家书前去招抚汪直。汪直知道自己的家属平安无事后，颇为心动。源义镇等人也因中国答应与他们互相开展贸易，也颇为高兴，于是他们装了一大船货，派其属下善妙等四十多人随汪直等人前来献贡和贸易，在三十六年(1557)十月初抵达舟山的岑港。当地的将吏以为是倭贼入寇，便陈兵防备。汪直便派王氵敖去见胡宗宪，说：“我们是为通好而来的，为何布兵迎接我们？”王氵敖就是毛海峰，汪直的养子。胡宗宪对他厚加慰劳，指心发誓没有其他意思。过了一会儿，善妙等人到舟山去拜见副将卢镗，卢镗让善妙把汪直拿住献给朝廷。此语泄露后，汪直更加疑虑。胡宗宪百方开导，汪直始终不信，说：“果然像你所说的那样，可派王氵敖出来，我就登岸前来拜见。”胡宗宪立刻把王氵敖遣送出来。汪直又邀一名贵官为人质，胡宗宪便命令指挥夏正前去。汪直认为可信，便与叶宗满、王清溪一起来拜见。胡宗宪大喜，对他们以厚礼相接，并让他们到杭州去拜谒巡按御史王本固，王本固则把汪直等人交给下属官吏处置。王氵敖等人听到消息后，大恨，肢解了夏正，焚船登上山头，占据岑港。
过了一年，新的倭寇大批涌来，屡次进犯浙东三个郡。岑港的倭贼便慢慢转移到柯梅，建造新船后出海，胡宗宪也不追击他们。十一月，倭贼扬帆往南而去，停泊在泉州的浯屿，抢劫同安、惠安、南安各县，攻打福宁州，攻破了福安、宁德等地。第二年四月倭贼包围了福州，时间长达一个多月。福清、永福各城也都遭倭寇攻毁，倭贼还骚扰兴化，在漳州地区奔突往来。这样倭寇之患全转移到福建，而潮州、广州间也纷纷有倭警传来。到四十年(1561)，浙东和长江以北的诸寇乱相继平定。胡宗宪不久因罪被逮捕下狱。第二年十一月，倭贼攻陷兴化府，进行大肆杀戮抢劫后，移居平海卫，不离开了。当初，倭贼进犯浙江时，攻破州县卫所的城池数以百计，但却没有攻破府城的。这次兴化府失陷，远近都受到极大震动，朝廷便急忙征调俞大猷、戚继光、刘显等将领合兵攻击，大败了倭贼。而侵犯其他州县的倭贼也被各将攻破，福建的倭患也被平定了。
此后，广东的巨寇曾一本、黄朝太等人，无不勾引倭贼作为自己的援助。隆庆时期(1567～1572)，他们攻破了碣石、甲子等卫所。之后，他们又进犯化州的石城县，攻陷锦囊所和神电所。吴川、阳江、茂名、海丰、新宁、惠来各县，也都遭受他们的焚烧抢劫。他们又转而进入雷州、廉州和琼州，这三郡也遭受其乱。万历二年(1574)倭贼进犯浙东的宁波、绍兴、台州、温州四个郡，接着又攻陷广东的铜鼓石、双鱼所。三年(1575)进犯电白。四年(1576)进犯定海。八年(1580)倭贼进犯浙江的韭山和福建的澎湖、东涌等地。十年(1582)进犯温州，后来又进犯广东。十六年进犯浙江。但此时的海疆官吏已以嘉靖年间的祸乱引以为戒，海防颇为严密，倭贼来犯总是失利而回。侵犯广东的倭贼，是受譙民梁本豪的勾引所致，势力尤为猖獗。总督陈瑞集结各军攻击倭贼，斩杀了他们一千六百多人，击沉他们的船只一百余艘，梁本豪也被斩首。皇帝为此到郊庙告谢祖宗，宣告大捷并接受大臣们的祝贺。
日本以前有王，王之下最尊贵的是关白。此时山城州的渠长信长就是关白。有一天信长偶然出去狩猎，遇到一个人躺在树下，该人受惊后起来与信长发生冲突，信长把他抓起来审问。该人自称是平秀吉，萨摩州人的奴隶，体魄雄健，身法矫捷，颇有辩才。信长喜欢他，让他牧马，给他取名叫木下人。后来渐渐让他办事，替信长出谋划策，夺取兼并了二十几个州，于是被信长委任为摄津的镇守大将。有个参谋叫阿奇支，因得罪了信长，信长便命令平秀吉带兵前去征讨。不久信长被其手下的大臣明智所杀。平秀吉刚好消灭了阿奇支，听说了事变后，与自己的部将行长等人乘胜回兵诛杀明智，于是威名更振。不久平秀吉废除了信长的三个儿子，自己称为关白，把信长的原有势力全收归到自己的手中，这时是万历十四年(1586)。从此他更加整肃军队，征服了六十六个州，又以兵力威胁琉球、吕宋、暹罗、佛郎机等国，让这些国家给日本献贡。平秀吉又将国王所居的山城改为大阁，广筑城郭，兴建宫殿，其楼阁有建至九重的，其中珍藏有妇女和珍宝。平秀吉行事法度森严，军队打仗有进无退，违反者不管是自己的儿子还是女婿都必诛死，所以他的军队所向无敌。平秀吉还将纪元改为文禄，想入侵中国，灭亡并占有朝鲜国。他召见并询问过以前汪直所留下的余党，了解到汉人像害怕虎狼一样害怕倭人，于是其气势益发骄横。他大治武器，扩军备战，修缮船舰，与其属下谋划，入侵中国北京的用朝鲜人做向导，入侵浙江、福建沿海郡县的则用汉人做向导。他怕琉球会泄露该密谋，不让琉球向明朝廷献贡。
有个同安人名叫陈甲，在琉球经商。他怕遭到中国的迫害，便与琉球长史郑迥谋划，借进贡之际请求朝廷封他为使者，把日本国的情况上报朝廷。陈甲又回故乡，将此情况告诉了巡抚赵参鲁。赵参鲁将此上奏给皇帝，皇帝交给兵部，兵部则移咨文给朝鲜国王。朝鲜国王却只辩解说所谓以朝鲜人为日本人入侵北京做向导是诬陷，也不知道日本人正在谋划吞并自己的国家。