崇祯五年(1632)，麟征升为吏科给事中，他上书请停止派出宦官，说“：古时候使用内臣都召来祸乱，现在却任用内臣来谋求太平。君主跟臣下就像父亲跟儿子一样，没有人肯相信仆人，不相信儿子，还想把家治好。”又说：“安民的根本在于守令。郡守廉洁，县令就不敢贪赃。郡守仁慈，县令就不敢酷虐。郡守精明，县令就不敢含糊。应该仿照宣宗任用况钟的旧例，认真加以选择，委任后就以礼派送，用玺书加强他的职权，让他便宜行事，并长久任职。有关民生疾苦、吏治好坏方面的情况，让他们直接讲给天子。”当时朝廷没能这样实行。麟征在谏议官员中间，正直敢言的名气很响。不久他请假回家安葬父亲，离开朝廷以后，又给言官们送了一份公开告示说“：自从言官越来越被朝廷轻视以后，朝堂上人们往往把大家的话反过来采用。坏人瞧中了皇上这一点，就明白地对君父讲，把别人都看作朋党，自称受到了孤立，就这样他们对下敢对抗公众舆论，对上却能从皇上那里捞到权力。各位先生应当去掉沾沾自喜的心理，不要落在坏人的圈套中，让清流人物的灾难发生在这个主上英明的时代。”

过了好久，麟征回到朝中，上书弹劾吏部尚书田唯嘉贪赃受贿，唯嘉被罢免掉了。麟征又被任命为刑科给事中，中间为继母守丧回家去了。除服以后，他起复为吏科都给事中。当时贿赂公行，吏部选官所规定的资格都作废了。麟征上书说“：用年限来平均任官固然是铨选的弊端，但不这样就没办法来对待中等人才。现在百官升转如流，不按照资格来，乖巧的人可以马上飞黄腾达，笨拙的人也想后来居上，打开了官员们奔走钻营的门路，很不利于军国大事。”庄烈帝深以为然。

十七年(1644)春，麟征被推举当了太常少卿。不久，贼兵逼近京师，麟征奉命前往守护西直门。西直门正对着贼兵的要冲，贼兵假扮成勤王部队要求进城，宦官想放他们进来，麟征不同意。他用泥土、石头把西直门塞得坚固无比，然后召募死士，把他们从城墙上吊下去袭击贼兵，斩获了不少贼兵。贼兵攻得更紧了，麟征跑到朝堂上，想见庄烈帝讲什么事情，走到午门时，魏德藻拉着他的手说“：国家像皇天一样的福气，一定不会有什么祸事的。一天半天军队、粮饷都会来了，你这个先生干嘛慌慌张张呢？”把他拉了出来。麟征就这样回到了西直门。第二天，城被打下了。麟征想回官邸，已被贼兵占着了，于是他走进路旁的一座祠庙里，写信跟家人永别，说“：祖宗打下的二百七十多年的江山，一夜之间成了这样，即使天子自己悔恨了，小百姓身家绝灭的灾殃已经无法避免了。我身为一名谏议大臣，对朝廷的事务无所匡救，依法应当剥去袍带。我入殓时穿青衫，戴角巾，用被单盖着我，用这来表示我的哀痛吧！”然后解下带子上吊了。家人赶到把他救了过来，围一圈人流着泪请求说：“等祝孝廉来后你们分别一下，行吗？”麟征同意了。祝孝廉名叫祝渊，是那个曾经为营救刘宗周下过狱又跟麟征相好的朋友。第二天，祝渊来了。麟征慷慨地说“：回忆当年考中进士时我梦见过隐士刘宗周吟咏文信国的《零丁洋诗》，现在山河破碎了，我不死又能怎样呢？”酌酒跟祝渊告别后，麟征就上吊死了，祝渊看到他入殓后才走。明朝追赠麟征为兵部右侍郎，谥忠节。我们清朝给他赐谥为“贞肃”。

当贼兵打下山西后，蓟辽总督王永吉奏请撤回宁远吴三桂的兵力来守卫关门，选派士卒西上阻挡贼兵，这样假使京师有战警，一天半天就可以赶来增援，庄烈帝把他的意见交下来讨论，麟征认为永吉说得对。辅臣陈演、魏德藻不同意，说“：无缘无故抛弃两百里领土，我们不能承担这个责任。”又援引汉代抛弃凉州的故事当证据。麟征为这事又写了一篇几百字的奏议，六科官员都不肯署名，他一个人上书主张，庄烈帝没有觉悟过来。等后来战火临近，烽烟飘到皇宫里来时，庄烈帝才后悔没听麟征的话，把圣旨传下给了永吉。永吉飞马奔出山海关，搬来宁远五十万兵马，每天行军几十里赶过来。十六日大军到达山海关，二十日开到丰润，可是京师已经沦陷了。京城被打下后，八座城门一齐打开了，只有西直门堵得严严实实无法打开。到五月七日，贼寇召集民工挖掘以后才打开。