太祖年事已高，诸王势力强盛。梅殷曾接受密令辅佐皇太孙。当燕军日益逼近时，惠帝命梅殷担任总兵官镇守淮安，他一心防御，号令严明。燕军攻破何福军队，捉拿平安等诸将，燕王派使者向梅殷借路，以进香为名。梅殷答道：“进香，先皇有禁令，不尊者为不孝。”燕王大怒，又写信道：“而今我兴兵诛君侧，是天命所归，非人所能阻挡。”梅殷割去使者的耳朵、鼻子，然后将其释放，并对他说道“：留下你的嘴巴去为殿下声明君臣之大义。”燕王为之气沮。而凤阳守将徐安也拆除浮桥，断绝船只，遏制燕军。燕军只得渡过泗水，从天长出发，取道扬州。燕王即帝位后，梅殷仍拥兵淮上，成祖逼迫公主咬破指头写成血书递交梅殷。梅殷收到血书之后恸哭不已，于是返回京城。入宫拜见，成祖迎接并慰劳道：“驸马辛苦了。”梅殷答道“：劳而无功啊！”成祖默然。

永乐二年(1404)，都御史陈瑛上奏告发梅殷蓄养亡命之徒，与女秀才刘氏朋比为奸，诅咒皇上。成祖说：“朕自会处置。”因此谕示户部考察核定公、侯、驸马、伯仪仗随从人数，而另外命锦衣卫将梅殷家人逮捕送往辽东。第二年十月，梅殷入朝谒见，前军都督佥事谭深、锦衣卫指挥赵曦将梅殷挤到笪桥下溺死，却以梅殷自己投水而死上奏。都督同知许成揭发此事。成祖大怒，下令法司将谭深、赵曦治罪斩首，并抄没所有家产。又派遣官员为梅殷办理丧事，谥号荣定，而封许成为永新伯。

开始，公主获悉梅殷去世，说皇上果然处死了梅殷，牵住成祖的衣服大哭，并问驸马何在。成祖说道：“驸马身为主子，却要跟随贼寇，你不要自己苦自己了。”不久，成祖封梅殷两子为官，顺昌为中府都督同知，景福为旗手卫指挥使，并赐信公主说：“驸马梅殷虽有过失，为兄因为他是至亲，不予追究。获悉梅殷溺死，为兄十分怀疑。都督许成前来揭发，为兄已对他加封爵位，谋害者已全部给予重法处置，特告知妹妹。”有一名投降者，名叫瓦剌灰，他为梅殷效力已久，说谭深、赵曦确实杀害了梅殷，向成祖请求，砍断了两人的手足，剖出其肠祭祀梅殷，然后自己上吊而死。十二月，成祖进封公主为宁国长公主。宣德九年(1434)八月，宁国公主去世，终年七十一岁。

当时，公主闻知成祖举兵，写信指责成祖，并晓以大义。成祖不予答复。成祖到达淮北，写信给公主，命她迁居太平门外，以免遭遇战祸。公主也不予回答。但是成祖仍像以往一样尊重公主，即位之后，逢年过节赏赐无数，诸王无人能比。梅殷之孙梅纯，成化年中成为进士，担任定远县知县，因与上司发生冲突，弃官归乡。承袭武阶，为中都副留守。