在此之前，海内兴盛，皇帝所派税使、矿使遍布天下，每月都有进奉，明珠异宝、文毳锦绮堆积如山，其他搜括盈余数以亿万计。现在这些财宝大多用来资助朱常洵了。朱常洵临行出宫门时，神宗四次将他召回，嘱咐他三年入朝一次。并下诏赐其庄田四万顷。经有关官员力争，朱常洵也上奏推辞，才减去一半庄田。中州肥土不足，便选取山东、湖广之田加以补充。朱常洵又上奏请求得到已故大学士张居正被抄没的家产，及江都至太平沿江荻洲杂税，四川盐井专卖和茶税。伴读、承奉诸官，借管理庄田为名，乘车出入黄河南北、齐楚之间，所到之处都被他们扰得不得安宁。朱常洵又请求得到淮盐一千三百引，在洛阳设店与百姓进行交易。宦官到淮、扬供盐，他们从中侵吞，动辄就要求数倍之盐。而中州以前食用的是河东盐，因改食淮盐的缘故，凡非福王店铺所出食盐则禁止出售，河东盐引被阻止通行，边饷因此不足。廷臣请求改由河东供盐给福王，并且不再与百姓进行交易。这个建议未被采纳。神宗久居深宫，对群臣的奏章一律不予察看。唯独福王的使者记名于门籍，由中左门进出宫中，一日之内数次提出要求，早晨上奏，晚上即可得到满意的答复。四方奸人纷纷改名换姓，逃亡在外，探听风声，趋利若鹜。这种情况一直持续到万历年终之时。

到崇祯帝时，朱常洵地近位尊，朝廷尊之以礼。朱常洵终日闭阁酌饮醇酒，所爱唯有妇女、歌舞。秦中流贼四起，河南也遭大旱、蝗灾，人们互相残食，民间一片杂乱，都说先帝耗天下之财以肥福王，洛阳富于皇宫。经过洛阳的援兵喧嚷道“：王府有金钱百万，却让我们饿着肚子死于贼手。”南京兵部尚书吕维祺正住在家中，听说之后很害怕，便将其中利害关系告知朱常洵，而朱常洵并未放在心上。十三年冬(1640)，李自成接连攻陷永宁、宜阳。第二年正月，参政王胤昌率军警戒防备，总兵官王绍禹，副将刘见义、罗泰也各自引兵而至。朱常洵把三将召入宫中，摆酒设宴，倍加礼待。数日之后，贼军大至，攻城。朱常洵拿出千金招募勇士，缒城而出，手持长矛冲入贼营，贼军才稍微退却。夜半时分，王绍禹的亲军从城上招呼贼军，互相谈笑，挥刀杀死防守城墙的士兵，焚烧城楼，打开北门引贼入城。朱常洵缒城而出，藏匿于迎恩寺。第二天，贼军跟踪而至将其捉拿，朱常洵就这样遇害。两名承奉伏尸而哭，贼军揪住他们，让他们离开。承奉挣扎着喊道：“福王已死，我们也不愿再活，只求一付棺木收容福王尸骨，我们就是粉身碎骨也无怨言。”贼军见他们这么有义气，便答应了他们的请求。一付桐棺，载于断车，两人就在旁边自缢而死。王妃邹氏及世子朱由崧逃往怀庆。贼军火烧王宫，大火持续三日，仍然不绝。此事传至朝廷，崇祯帝震动悲悼，辍朝三日，命河南官府为福王改殡。

崇祯十六年(1643)七月，朱由崧承袭封爵，崇祯帝亲自挑选宫中宝物玉带赏赐给他。第二年三月，京城失守，朱由崧与潞王朱常氵芳都为躲避贼军来到淮安。四月，凤阳总督马士英等将朱由崧迎入南京。五月初三日，朱由崧称监国。授兵部尚书史可法、户部尚书高弘图及马士英均为大学士，马士英仍督办凤阳军务。十五日，朱由崧在南京自立为帝，伪号弘光。命史可法督师江北。召马士英入宫。将淮、扬、凤、庐分为四镇，命总兵官黄得功、刘良佐、刘泽清、高杰分别统领。

朱由崧愚钝懦弱，沉溺于酒色歌妓之中，凡事都委任马士英及马士英的党羽阮大铖，将他们提升至兵部尚书，巡阅江防。但这两人整日只知卖官鬻爵，报私仇。这些事情详见诸臣传记之中。不久，有一名叫王之明的人，诈称是庄烈帝的太子，被下狱。又有一妇人董氏，自称是朱由崧的妃子，也被下狱。于是朝中内外舆论哗然。第二年三月，宁南侯左良玉在武昌举兵，以救太子诛马士英为名，顺流东下。阮大铖、黄得功等率军抵御。而我大清军队在这年五月初八日渡江。十日夜，朱由崧逃往太平，投靠黄得功军。十一日，马士英挟持朱由崧的母妃逃奔杭州。十二日，朱由崧逃至芜湖。十五日，大军到达南京城北，文武官员出城投降。二十五日，朱由崧被押至南京。九月初六日，押归京城。

顺治三年(1646)八月，清朝大军攻取汀州，逮捕唐王朱聿键。于是两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按王化澄与旧臣吕大器等共推朱由榔为监国。其母妃王氏推辞道：“我儿不能胜任，你们还是另选能承担此任的人吧。”丁魁楚等态度更加坚决，便合谋将朱由榔迎于梧州。十月十四日，朱由榔在肇庆称监国，授丁魁楚、吕大器、瞿式耜为大学士，并分别授予其他人官职。这一月，大军攻取赣州，内侍王坤仓促之间尊奉朱由榔逃往梧州，瞿式耜等尽力相争，才回到肇庆。十一月，唐王之弟朱聿钅粤自闽经海路到粤。当时闽旧臣苏观生撤兵奔往广州，与布政使顾元镜、总兵官林察等谋立朱聿钅粤，伪号绍武，与朱由榔相抗衡。这一月朱由榔也自立于肇庆，伪号永历，并派遣兵部侍郎林佳鼎前去讨伐朱聿钅粤。恰逢大军由福建出发攻取广州，逮捕朱聿钅粤，苏观生自缢而死，祭酒梁朝钟、太仆卿霍子衡等全部死去，肇庆大为震惊，王坤又尊奉朱由榔逃至梧州。

第二年二月，朱由榔由平乐、浔州逃往桂林。丁魁楚抛弃朱由榔，逃往岑溪，投降大军。不久，平乐失守，朱由榔十分恐慌。正逢武冈总兵官刘承胤率军到达全州，王坤请求奔赴全州。瞿式耜极力劝谏，朱由榔不予采纳。于是朱由榔命瞿式耜及总兵焦琏留守桂林，封陈邦传为思恩侯，驻昭平，然后自己则投靠刘承胤军中。三月，朱由榔封刘承胤为安国公，锦衣卫指挥马吉翔等为伯。刘承胤挟持朱由榔返回武冈，改名奉天府，政事均由他决定。

这时，长沙、衡、永均已失守，湖广总督何腾蛟与侍郎严起恒逃往白牙市。六月，朱由榔派遣官员前去将何腾蛟召来，暗中命他除掉刘承胤，但因刘承胤势力很大，何腾蛟重返白牙市。大军由宝庆直趋武冈，马吉翔等挟持朱由榔逃往靖州，刘承胤则举城投降。朱由榔又逃奔柳州，经过古泥，总兵官侯性、太监庞天寿率水师前来迎接。当时正逢天雨、饥饿，而侯性对食宿准备十分充分。九月，土舍覃鸣珂作乱，在城中大肆抢掠，弓箭射到朱由榔的船上。在此之前，大军直趋桂林，焦琏拼力拒守，广州又出现紧急情况，大军往东而去，桂林才稍微安定下来。不久，湖南十三镇将郝永忠、卢鼎等都奔赴桂林，何腾蛟也到达，与瞿式耜商议给诸将划分地域，让他们各自防守。当时焦琏已收复阳朔、平乐，陈邦传收复浔州，然后合兵收复梧州，广西全省略定。十二月，朱由榔返回桂林。

五年二月，大军到达灵川，郝永忠在兴安溃败，逃回桂林，挟持朱由榔逃往柳州。大军进攻桂林，瞿式耜、何腾蛟拼力抵抗。当时南昌金声桓等反叛，投降朱由榔。八月，朱由榔到达肇庆。六年春，大军攻下湘潭，何腾蛟死难。第二年，朱由榔逃至梧州。这年十二月，大军进入桂林，瞿式耜及总督张同敞死难。朱由榔获悉，十分害怕，从梧州逃奔南宁。当时孙可望已占据滇、黔，受封为秦王。八年三月，孙可望派兵前去保卫，杀死严起恒等人。

九年二月，孙可望将朱由榔迎入安隆所，改为安龙府。随着时间的推移，朱由榔感到日益困窘紧迫，他获悉李定国与孙可望之间有隔阂，便派使者密召李定国，率军来迎。马吉翔是孙可望的党羽，侦探得知此事，大学士吴贞毓以下十余人均被处死。此事详见《吴贞毓传》。二年后，李定国在新会战败，将要由安陆进入滇。孙可望十分担心，催促朱由榔移往贵阳靠近自己。朱由榔却故意延迟动身。李定国到后，于是尊奉朱由榔由安南卫奔往云南，住在孙可望的官署中，朱由榔封李定国为晋王。孙可望因为妻儿还留在滇，未敢有所行动。第二年，朱由榔将其妻儿送回黔，孙可望于是与李定国战于三岔。孙可望的部将白文选独自骑马投奔李定国军。孙可望战败，携妻带儿奔赴长沙投降了大军。

十五年三月，大军兵分三路进入云南。李定国扼守鸡公背，截断贵州通道，其他将领防守七星关，在生界立营扎寨，牵制蜀军。大军兵出遵义，由水西攻取乌撒，守将弃关而逃，李定国连败于安陆，朱由榔逃往永昌。第二年正月三日，大军进入云南，朱由榔逃往腾越。李定国败于潞江，又逃至南甸。二十六日，抵达囊木河，此地属于缅甸境内。缅甸人勒令随从官员舍弃所有兵器，才开关放人，朱由榔一行到达蛮莫。二月，缅甸人派出四船前来迎接，随从官员自己找船，随行者六百四十余人，由陆路行走的有已故岷王之子以下九百余人，约定在缅甸会合。十八日到达井亘。黔国公沐天波等企图尊奉朱由榔逃往户、猎二河，没能成功。五月四日，缅甸人又派船前来迎接。第二天，从井亘出发，行走三日，到达阿瓦。阿瓦是缅甸酋长所居之城。又过了五日，到达赭..。而走陆路的人全被缅甸人掠去为奴，这些人大多自杀。唯有岷王之子等八十余人流入暹罗。缅甸人在赭..建造一草屋让朱由榔居住，并派兵予以防范。

十七年，李定国、白文选与缅甸人交战，索要其主，连败缅兵，缅甸始终不肯交出朱由榔。十八年五月，缅甸酋长之弟莽猛白代立为酋，哄骗朱由榔的随从官员渡河来订立盟约。他们到达之后，缅人却出兵围攻，杀死沐天波、马吉翔、王维恭、魏豹等四十二人，详情见《任国玺传》。仅朱由榔与其官属二十五人幸存。十二月，大军兵临缅境，白文选自木邦投降，李定国逃往景线，缅人将朱由榔父子送至军前。第二年四月，朱由榔死于云南。六月，李定国死，其子李嗣兴等投降。