穆宗皇帝去世，大学士高拱想排挤冯保，嘱咐御史官弹劾他。魏学曾修书大学士张居正，说：“朝廷官吏都说您与冯保有图谋，先帝遗诏也是出自您之手。今天的事情是不应该庇护这个阉官。”张居正大怒。等到高拱被赶出朝廷，满朝的文武都大惊失色。唯独魏学曾高声地说：“皇上登位伊始，就贬逐顾命大臣，诏书出自何人，不能不公开告诉百官。”他要求各位大臣到张居正的府邸争论此事，各大臣大多数不肯去，张居正也以疾病推辞诸臣来访，从此更加与张居正相违悖。魏学曾贬为南京右都御史。没有上任，给事中宗弘暹迎合张居正弹劾他。朝廷下诏让他以过去的官职等候调遣，魏学曾于是回到家乡。张居正死了一年多后，他被起用为南京户部右侍郎。征召为右都御史，督察仓场。不久从南京户部尚书任上退休。

万历十八年(1590)，顺义王扯力克西赴青海，火落赤、真相进犯洮河，副总兵李奎、李联芳先后被杀。朝廷命尚书郑洛经营管理七镇并兼任总督，郑洛坚持推辞任总督之职。第二年春天，内阁大臣王锡爵推荐魏学曾。于是，魏学曾起用为兵部尚书，总督陕西、延、宁、甘肃军务。当时郑洛一心一意主张议和。魏学曾到来后，与他意见不合。陕西巡抚叶梦熊帮助魏学曾。起初，顺义王受封时，叶梦熊因为直言劝谏阻止而获罪。魏学曾也向高拱说不便于这样做。这时，扯力克帮助叛乱，魏学曾、叶梦熊想征讨他们，抨击郑洛不认真对待敌人。恰好扯力克东归，火落赤诸部也迁走，魏学曾上奏认为扯力克虽然归去，暗地里却留了两万精兵在嘉峪，想帮助火落赤、真相。这个话本来是道听途说，朝廷官吏却争相附和。王锡爵心里后悔，上疏奏明，又送信责备叶梦熊。兵部尚书石星以为顺义王既然东归，宣府大(同)事情就很紧急。将郑洛召回商议安抚事宜，不理魏学曾的奏疏。没有多久，河套部落首领土昧明安完成互市交易，要求增加赏赐。魏学曾命令总兵杜桐、神木参将张刚、孤山游击李绍祖出其不意斩杀明安，俘杀四百八十余首级，夺马匹器械无数。魏学曾因功加封为太子少保。而明安的儿子摆言太声明要复仇，号召各部落。

第二年，継拜反叛，于是煽动诸部落叛乱。継拜，西部人，嘉靖中得罪其部落首领，父亲兄弟都被杀死，継拜逃脱投降朝廷，英勇善战屡立战功。前任督抚王崇古、石茂华先后奏请加封他为副总兵，于是多收集一些亡命之徒。其子承恩，是継拜梦到妖物进入他的妻子施的肋骨后而出生的，身体像狼，啼哭像枭，性格凶狠、乖戾。継拜老了，承恩承袭他的爵位。万历十九年(1591)，洮河有警报，御史周弘礻仑推举承恩及指挥土文秀、継拜义子継云等。巡抚党馨下令文秀西援，継拜谒见经略郑洛，表示愿意与儿子承恩一同出师。党馨讨厌他的自荐，故意压制他，継拜因此心生怨气。到金城，看见各镇士兵都出于他的手下。等到击退叛贼，取道塞外回来，敌人骑兵遇到他都避开，于是有轻视中原内外之心。党馨数次裁制継拜，并且按治承恩罪行鞭打了他二十下，継云、土文秀也因为其他原因怨恨党馨。恰好戍卒请求衣服、粮食，很久都没有得到。継拜就唆使军队先锋刘东阳、许朝犯上作乱。万历二十年(1592)二月杀死党馨及副使石继芳，逼迫总兵官张维忠自杀。継云、土文秀杀死游击梁琦，守备马承光、刘东..，自称总兵，推举継拜为主谋，承恩、许朝为左、右副总兵，継云、土文秀为左、右参将。承恩于是攻陷玉泉营、中卫、广武，黄河以西地带望风而降。只有土文秀进攻平虏，参将萧如党坚守不投降。叛贼已经夺取了黄河以西四十七座城堡，而且渡过了黄河，又诱使河套著力兔、宰僧进犯平虏、花马池，陕西全境震动。

魏学曾下令副总兵李日句率游击吴显赶赴灵州，另遣游击赵武赴鸣沙州，沿黄河一带阻止叛贼南渡，自己进驻花马池，正当叛贼的冲要。李煦等渡过黄河，叛将大多逃跑，四十七座城堡全都收复，只有宁夏镇城还被叛贼盘踞。著力兔等部落与明兵叛军遥相呼应，継拜、土文秀进攻赵武于玉泉。継云引导著力兔攻平虏，如薰设下埋伏射死継云。李日句回救赵武，围困才解除。四月，李日句领兵与前任总兵牛秉忠抵达宁夏镇城下。皇上已提拔董一奎为总兵，李贲为副职。不久，又提拔如薰代替董一奎，以麻贵代替李贲。他们还没有到，李日句等已经攻城。叛贼从东西二个门各出骁勇善战的骑兵三千迎战，步兵排列火车为阵营。官军冲上来，夺得战车百辆乘胜追击，将叛军逼入湖内，叛军淹死的不可胜计。副总兵王通作战尤其卖力，他的家丁高益等乘胜进入北门，后因援兵没到而被杀死，王通也负了伤，榆林游击俞尚德力战而死。第二天，许朝、土文秀胁迫庆王登上东城，乞求暂时罢兵，诡称愿意献出首倡叛乱者的脑袋。正好官军粮食吃完了，于是领兵退去，在附近城堡休整。

魏学曾日夜办理粮草，调动延绥、庄浪、兰、靖、榆林的部队。道路遥远，打造的船只也没有准备好，于是驻于花马池，等部队一到就移到灵州。很快，延绥游击姜显谟、都司萧如蕙，甘州前任总兵张杰及麻贵军都到了，又抵达宁夏镇城进攻。叛贼考虑到延绥、榆林兵士出来后，城内空虚，便勾结黄台吉的妻子，命令他儿子舍达夫、侄子火落赤、土昧铁雷攻掠旧安边、砖井堡以牵制官兵。継承恩又以计谋集合叛贼兵力，埋伏在延汉渠，抢掠二百辆运粮的车子。魏学曾从花马池回灵州，被叛贼包围，救援部队到后才解围。麻贵等数次攻城未能攻下，叛贼杀死庆王的妃子，将宫人、金帛一抢而空。朱秉忠在战斗中右腿负伤，于是官军再次将部队撤回。皇上听从尚书石星的建议，赐给魏学曾尚方宝剑督战。正好宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，各位大将刘承嗣、董一奎、李如松先后到来，六月再一次攻城，连战不下。

起初，魏学曾想招降刘东..、许朝，命令他们杀死継拜父子以赎罪，派遣部下叶得新前去。刘东..等四人相约同日同月死，于是折断叶得新的小腿，将他关在狱中。巡抚朱正色听信叛贼诡称请求投降的话，张杰曾总管过宁夏兵，过去与継拜很要好，于是，朱正色派他进城招降。许朝于是命令叶得新与张杰见面，叶得新大骂叛贼，被杀死，张杰也被扣压不让他回去。魏学曾以叛贼要求安抚为之请求，皇帝严厉地予以责备。等到这时，镇城中百户姚钦、武生张遐岭用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。火点后，城外的官军未到，叛贼将与姚钦同谋的人五十余人杀死。姚钦逃了出来，投奔魏学曾。当时，叛贼对外假意要求抚恤以缓兵，暗地里与盗匪勾结，然而粮食已吃完，形势更为不利。七月，魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决黄河大坝让黄河之水灌城，水达到城下。此时，河套盗匪卜失免、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以土昧铁雷为前锋，而另外派遣宰僧领万骑从花马池西沙湃口进攻，声援継拜。麻贵在右沟阻击，其士气稍稍有些挫折，分路赴下马关及鸣沙州。魏学曾命令游击龚子敬扼守沙湃口，征召延绥总兵官董一元捣毁土昧铁雷的巢穴，斩首一百三十余级，盗寇大惊而走。在沙湃口遇上龚子敬，将他重重包围，龚子敬战死，外寇也离开了，叛贼的援军没有了。魏学曾增大坝水决口。八月，黄河决口，大堤毁坏，又修治大堤，城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又进入李刚堡。李如松、麻贵等打败他们，将他们一直追赶到贺兰山。叛贼更加害怕，要求和议，悬而未决时，魏学曾因得罪被罢官。朝廷命令叶梦熊代替他，叶梦熊于是取得成功。

起初，魏学曾遣人招降刘东..、许朝，曾在固原停留十余日等待消息，皇帝责备他玩忽职守。李日句渡黄河又迟了点，松山、河套的盗匪先进入，官军由是再次失利。魏学曾曾上疏要求监军不要参与兵事，皇上命令梅国桢遵守这一点，梅国桢颇不满意。等他来到军队，梅国桢弹劾诸将观望，而定魏学曾玩忽职守罪。给事中许子伟也弹劾魏学曾为招抚所迷惑，耽误了国家大事。梅国桢又说佥事随府从城上逃下，叛贼命令四个人下来捉拿，我军距离咫尺却不敢上前救援，又北边盗匪数万人截断我军粮道，杀戮无数，却隐匿而不上报。皇上于是大怒，将魏学曾逮至京城。魏学曾逮捕不到一个月，宁夏城破，明朝大军乘势而入，叛贼被灭。

魏学曾任事勤劳。灌城招降的计策，本来是他的建议。等到宣报大捷，皇上召见大学士赵志皋、张位，赵、张二位极力为魏学曾辩解，尚书石星以下多说魏学曾无罪。梅国桢也上疏说：“魏学曾应变稍慢，臣请求责备诸将是要振奋士气，而逮捕魏学曾的命令，发自我的上疏，我暗暗地感到悔恨，魏学曾不昭雪，我将受到万世的讥讽。”李如松也说：“魏学曾被逮捕时，三军将士泪如雨下。”叶梦熊也将功劳归于魏学曾。皇帝开始不听，后恢复他的官职。魏学曾在家乡居住数年后死去。叶梦熊因为功劳提拔为右都御史。

李化龙，字于田，长垣人。万历二年(1574)进士，授职嵩县知县。年刚二十，胥吏很轻视他。李化龙暗中访察到他们的奸情，一一将他们法办，县中大治。升为南京工部主事，担任右通政使。

万历二十二年(1594)夏天，提拔为右佥都御史，巡抚辽东。起初，总兵官李成梁杀死泰宁速把亥，其子把兔儿的弟弟炒花占据旧辽阳以北，住于两河之中，勾结土蛮作乱。这一年四月，把兔儿围攻辽阳，朵颜小歹青、福余伯言儿分路进犯锦、义，掠夺清细河，巡抚韩取善因犯罪被罢免。李化龙上任刚两个月，把兔儿与伯言儿等进犯镇武，又约定土蛮之子卜言台周进攻右屯。把兔儿先至吴家坟。李化龙与总兵董一元定下计策先击败把兔儿、伯言儿，伯言儿中流箭死去，把兔儿被击伤。卜言台周至，进攻右屯不利，也撤兵走了。于是把兔儿、小歹青、卜言台周愈加勾结，阴谋雪耻。李化龙与董一元严加防备。董一元又出塞，捣毁敌人巢穴，立下了战功，把兔儿负重伤后死去，边塞由是安宁(详见董一元传)。李化龙升为兵部右侍郎。

第二年，小歹青悔恨前此行动，请求在义州开通木市，而且报告朵颜长昂将进犯边塞。不久，长昂果然进犯锦、义，副总兵李如梅将他击退。歹青之言既然可信，李化成于是准许他的请求。上疏说：

“环辽东一带都是敌人。往北，土蛮种类多得不可胜数。靠近边塞，宁前的正面是长昂，锦、义的正面则是小歹青，广、宁、辽沈则是把兔儿、炒花、花大，开、铁则为伯言、暖兔，东边的海西则有猛骨孛罗、那林孛罗、卜寨，都与辽地项背相望。沿着边墙围猎，则军号之声相闻，是身边隐患。自从那卜被剿灭，东边数年无事，去年把兔儿、伯言儿战死，炒花、花大一败涂地。现在，伯言之子宰赛受到惩罚，在广宁做交易，辽、沈、开、铁之间警报逐渐稀少。没有制服的，只有小歹青与长昂。

“小歹青素以凶狠、狡诈著称，向西帮助长昂，东边支援炒花。大行动有数万人，小偷小摸则飞骑出没于锦、义之间。自从周之望、柏朝翠战死，没有人敢于和他接战。凌河上下方圆数百里，旷野多暴骨，老百姓没有安宁的地方。有长远考虑的人每每以河西不保而担心。今天，他叩关请求互市，我遍问诸将及当地百姓，都说开通木市有五大便利。

“河西没有木材，木材皆产自边外，叛乱以来，靠河东供给，因为边患，时时不能运到，所以河西的木材比玉还贵，市场开通后，木材就可供过于求，便利之一。唯一放心不下的就是小歹青没有信用，他重视互市，将它看作是一条生路，当开互市时必定不会抢掠，即使今年互市、明年抢掠，我方已收到今年没有抢掠之利了，便利之二。辽东的马市，是成祖所开，没有其他的赏赐，任商人与百姓交易。木市与马市等同，有利于百姓，不费官府的钱财，有利者之三。大举进攻之害惨酷而稀少，零星的窃取为害很轻，而且次数有限。小歹青不抢掠锦、义，零星的偷窃就少了。况且向西不帮助长昂，东边不助炒花，则敌人的势利逐渐分化。即宁前、广宁的祸患也少了。而且大举进攻先来报告，又可以预备，有利之四。零散的劫掠既然少了，边塞之人更可以把主要精力放在修治战备上，有利之五。”

奏疏传至朝廷，皇帝听从了他的意见。李化龙不久因病离去，木市也就停止了。其后总兵官马林再一次请求开市，与巡抚李植的意见不一致，辩论很久没有结果，小歹青于是又为边寇了。

万历二十七年(1599)三月，李化龙被启用为原官，总督湖广、川、贵军务兼巡抚四川，征讨播州叛臣杨应龙。杨应龙的祖先叫杨铿。明初归附，授职宣慰使。杨应龙性格猜忌、凶狠、嗜杀。数次跟从征调，恃功倨傲。知道川兵力量不足，暗地有占据蜀地的打算，四出剽掠州县。宠幸小老婆田雌凤，谗言杀死妻子张氏，屠掠她的全家。使用惨酷的处罚树立他的威信，被他管辖的五个土司七姓不堪他的残暴统治，便逃至贵州报告。巡抚叶梦熊上疏请求征讨。皇上下诏命令将杨应龙逮捕至重庆。杨应龙诡称将带兵征讨倭寇，得以脱身。再次去逮捕时，他就不出来了。四川巡抚王继光发兵征讨，在白石覆没，杨应龙将罪过推到苗人身上。朝廷命邢..总督军务。正值东西两方用兵，力量不足以全部消灭他，因而朝廷招抚了他。杨应龙变本加厉勾结苗人，夺占五土司七姓的土地，而吞并湖广四十八屯给他们。年年出来侵扰。这年二月在飞练堡击败官军，都司杨国柱、指挥李延栋等都战死。不久，又攻破綦江，杀死参将房嘉宠、游击张良贤，扔下的尸体顺江而下遮蔽了江面。伪军师孙时泰请求直取重庆、捣毁成都，劫持蜀王为人质，而杨应龙拖延，声称只是为了争夺地界，希望得到如先前一样的赦免。李化龙到成都，征兵未到，也假意与他好言好语，以牵制他。

后来听到綦江被攻破的消息，大怒。撤去前四川、贵州巡抚谭希思、江东之的职务，赐给李化龙尚方宝剑，为他征讨叛贼提供方便。叛贼焚毁东坡、烂桥，阻塞湖广、贵州道路，又焚烧龙泉，赶走都司杨惟忠。李化龙弹劾诸大将不听从命令的，沈尚被逮捕，童元镇、刘纟廷都被革职充为事官。各军大集，李化龙先令水西兵三万守住贵州，截断杨应龙征招苗人的道路，之后他移兵重庆，大会文武官兵。第二年二月分兵八路进攻。川兵分四路：总兵官刘纟廷由綦江出兵，总兵官马孔英出南川，总兵官吴广出合江，副将曹希彬受吴广节制，出永宁。贵州兵分三路：总兵官童元镇由乌江出发，参将朱鹤龄受董元镇节制，统领宣慰使安疆臣由沙溪出发，总兵官李应祥由兴隆出发。湖广兵一路分为两翼：总兵官陈瞞由偏远出师，副总兵陈良笿受陈瞞节制，由龙泉出师。每路各有三万兵，官兵十分之三，土司十分之七。贵州巡抚郭子章驻守贵阳，湖广巡抚支可大移驻沅州，李化龙亲自领中军策应。皇上认为楚地辽阔，又提拔江铎为佥都御史，巡抚偏、沅。湖广设偏、沅巡抚，从江铎开始。

推官高析枝先从南川进兵，占据桑木镇，刘纟廷又从綦江入。杨应龙以劲兵二万交给他的儿子朝栋说：“你破綦江，奔驰南川，全部焚毁积聚，他们就没有办法。”等到抗击诸路官军的部队都大败，杨应龙顿脚叹息说：“我不用孙时泰的计策，今天死定了！”有的人说水西帮助叛贼，李化龙责问安疆臣，斩杀叛贼的使者，二个部落于是断绝往来。乌江兵败报告传来，逮捕童元镇，诸位将领更加奋勇。刘纟廷率先进入娄山关，直达海龙囤，陈瞞、安疆臣部也到达了。叛贼见形势危急，上囤死守，派遣使者假装投降。李化龙令诸将杀死使者，烧掉来函。因为刘纟廷与杨应龙旧有交情，晓谕他不要与叛贼私通，刘纟廷将使者拘禁以表明自己的态度。八路部队都汇集囤下，修筑长围围困叛贼，轮番进攻。六日，刘纟廷攻破土、月二城，杨应龙走投无路，与二妾自杀身亡。第二天早晨，官军进入城内，他的七个儿子都被抓到。皇上下诏将杨应龙的尸体和他儿子朝栋在市中肢解。从出兵到灭贼，共一百十四天。播州从唐乾符中由杨氏统治，凡二十九世，八百余年，到杨应龙时为止。皇上将播州地设置遵义、平越二府，分属川、贵两行省。

李化龙起初听到父亲死去的消息，准备赴丧但因军务需要，被起用，到这时乞求回家居丧。万历三十一年(1603)四月起用为工部右侍郎，总理河道，与淮、扬巡抚李三才奏请开通淤塞的黄河，由直河入氵加口抵达夏镇二百六十里，避开黄河吕梁险峻地带。再次以父母去世离职，没有人代替他。朝廷品评他从前平定播州的功劳，晋升为兵部尚书，加少保官，庇荫一个儿子世袭锦衣指挥使之职。

万历三十五年(1607)夏天，起用为戎政尚书。李化龙认为京营乃根本之所在，上奏陈述有十一滥、十二苦、十九件宜做之事，又奏上屯政十二事，都被朝廷置之不理。兵部从二十七年后，左、右侍郎都是虚设。没有多久，尚书萧大亨也退休了，由李化龙掌管部里之事。三十七年正月，京师讹传盗匪将到，老百姓争着逃避。边塞百姓逃入都城的也有数万人，九个城门全部关闭。辅臣说兵部尚书只有一个人，何以能应付突然的变化，皇上也不声张。辽东战士二万都是老弱贫残之人，而税监高淮残暴，辽东人恨得咬牙切齿。李化龙请求停止收税课、增加兵士数万人，又呈上兵士粮食、和议、战斗之策，皇上皆不批示下来。一品任期满后，加柱国、少傅兼太子太保。死于任上，终年七十岁。谥号襄毅，赠少师，加赠太师。

李化龙具有文武之才。播州战役，因刘纟廷骄纵，故先压制他，再推崇其才，所以刘纟廷尽心尽力。开通黄河之功，对漕运渠道永远有利，详细情况见《河渠志》。