“我听说提建议的人都希望陛下像尧、舜一样，而没有听说责备辅臣张居正要如皋陶、夔龙。为什么呢？陛下有纳谏之明，而辅臣没有容纳意见的雅量。高皇帝鉴于前代的失误，不设丞相，丞相之事归于部院，权力不相统摄，而职事容易称职。文皇帝始置内阁，参预机密事务。那时官阶不高，没有垄断专权的迹象。二百年来，即使有专权作威作福的人，还是惴惴不安地避开宰相之名不敢称相，因为祖宗的法度在那里。大学士张居正却安然以宰相自居，自从高拱被赶走，专权已有三、四年了。御史官因有事论及此点，他必说：‘我守祖宗的法度。’我请求以祖宗之法来纠正他。
“祖宗提升或辞退大臣都有礼节。先皇帝临终时，张居正托词有病赶走高拱，既而又下文使王丈臣下狱。等到正直的言论纷纷，则又给高拱去信，请不要害怕。既胁迫赶走大臣以表示威严，又送去书信以沽德名，只是徒然让朝廷对旧臣无礼，祖宗的规矩是这样吗？
“祖宗朝，如果不是开国元勋，生前不为公，死后不为王。成国公朱希忠，生前并未有奇功，张居正违反祖宗的遗训，赠给他王的爵位。给事中陈吾德因一言不中他意就被外贬，郎中陈有年与他争论过一次也被贬退，我担心公侯之家，将重加贿赂，援引此例(指朱希忠封王例)上陈乞求，将没完没了。祖宗的法度是这样吗？
“祖宗朝，用内阁官吏，必须由朝廷推荐。现在张居正私自推荐任用张四维、张瀚。张四维在翰林，被弹劾数次。他起初离职，是不胜任教习庶吉士之职。张四维的为人，张居正很了解。知道而任用他，也是因为张四维善于弄权，拍马屁，自己惦记父亲老了，顷刻之间或有不测，二、三年间谋求官复原职，任用四维，难道是他身后的托付？张瀚生平没有什么善行。巡抚陕西，贪赃枉法，等到多次选拔官吏，唯唯诺诺如小吏，有缺官必定请命张居正，张居正所指定的人，不是湖北的亲戚知己，就是亲戚推荐的；不是曾在湖北做过官与他有私交，就是与他有私交一伙的人。张瀚唯一做的事就是在四方小官那儿收取贿赂，而其他则徒有虚名。听说张居正给南京都御史赵锦写信，叫御史不要议论内阁官吏，则张居正挟制朝廷御史，又可以知道了。祖宗的法度是这样吗？
“祖宗朝，诏令有不便的地方，部属大臣还可以质问内阁将其搁置不审查。今天得到一严厉圣旨，张居正就说：‘我尽力调剂才有这样的结果。’得一温和圣旨，张居正又说：‘我尽力请求才会这样。’由此，害怕张居正的胜过于害怕陛下的，感谢张居正的胜于感谢陛下的，恩威之权任凭己意，自专的威福权，目无朝廷。祖宗的法度是这样的吗？
“祖宗朝，一切政事，由台省上奏的陈述，部院审核，抚按执行，未有听说内阁有什么举动的。张居正下令，抚按的考察奏章，每份准备二册，一份送内阁，一册送六科。巡按有延迟，部臣纠正。六部有隐瞒，则六科给事中予以纠正。六科隐蔽，则内阁予以纠正。部院分别治理国事，给事中驳议奏章，上疏举荐弹劾是它的职责。阁臣头衔列于翰林，止用作顾问，从容议论设想而已。张居正发明这个办法，是想挟制科臣，让他们拱手听令。祖宗的法度是这样吗？
“至于巡按官员回道考察，假如不是有大败类，一般不举行，是因为不想重加挫折。近来，御史俞一贯因为不听所谓调度，被调到南京。于是巡按官丧气，不敢充分展示自己的议事能力，所害怕的唯有给事中。张居正对于六科给事中既给他们迅速升任的好处，又以推迟考评恐吓他们，哪一个肯舍弃便利，甘心被他倾轧，都死于谏言之事呢？往年，赵参鲁因劝谏被贬，还说是在外任职，余懋学因为提意见被罢官，还说是禁止参加政治活动；现在傅应祯竟被充军，又因为傅应祯的缘故，累及到徐贞明、乔岩、李祯。摧残言官，仇视正义之士，祖宗的法度是这样吗？
“至于为了邀宠，进献白莲白燕，招致圣旨责备，则传笑四方。为谋划田地利益，诬赖辽王，治以重罪，夺占辽王的府地，现在武冈王又得罪了。为子弟谋求乡试中第，允许御史舒鳌为京堂，布政施尧臣为巡抚。在江陵修宅，费钱十万，其形制与宫中禁地一样，派遣锦衣官校监督修建，乡郡的钱财都耗尽了。讨厌黄州的生儒议论他的子弟以非分所得售卖之事，就借县令之手以其他理由将他们一一治罪。编修李维桢偶尔谈到他的富庶，没有多久就被贬出京城。张居正的贪婪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边远地方。不然，辅政不久，就富裕甲全楚，有什么办法能达到呢？宫室舆马与姬妾，等同于藩王，又是怎么得到的呢？
“朝廷的大臣，没有不愤慨的，而没有敢跟陛下讲明的，是张居正专权擅威的结果。臣中进士，张居正为总裁。臣任部曹，张居正推荐臣为御史。臣受张居正的恩情是浓厚的，今天之所以敢于攻击他，是君臣的义重，私交就顾不得了。愿陛下考察臣的愚忠，抑制相权，不要让这些败事之人误了国家大事，倘若能这样，我就可以死而不朽了。”
奏疏呈上后，张居正大怒，上廷为自己辩护，说：“有命令，巡按不能奏报军功。去年辽东大捷，刘台违反制度妄自上奏，按规矩应降职。我多次请求皇上告诫他，而刘台为此心怀不满。后来傅应祯被逮捕下狱，追问他的党羽。起初不知道刘台与傅应祯为同一县的人，很要好，实际上有所主使。于是刘台感到惊恐不安，不再顾及到什么，向臣泄愤怒。况且刘台是我录取的进士，二百年来没有门生弹劾老师的，我唯一能做的事就是辞去职位以赎罪。”因而辞去政务，伏在地上哭泣不肯起来。皇上走下御座用手拉他，再三劝慰他。张居正一再声明自己的诺言，不肯答应执掌政事。皇上派司礼太监孙隆拿着他的亲笔诏书宣读，张居正才起来。于是将刘台逮捕到京师，关进监狱，在廷上打了一百下，送往边远地带戍边。张居正表面上上疏营救，暗地里将他除去官籍，降为平民，张居正仍不解恨。刘台巡按辽东时，与巡抚张学颜合不来。这时，张学颜任职户部，诬陷刘台接受贿赂，张居正嘱咐御史于应昌巡按辽东复查一下，而命令王宗载巡抚江西，考察刘台在家乡的情况。于应昌、王宗载等顺着张居正的意思，添油加醋地往上报告，于是将刘台发配到广西。刘台的父亲震龙、弟弟刘国，都连坐有罪。刘台到浔州不久，在戍主的房里饮酒，回去后就突然死了。这一天，张居正也死了。
第二年，御史江东之为刘台喊冤，弹劾王宗载、于应昌。皇上下诏恢复刘台官职，罢王宗载、于应昌的职务，由有关部门考察、询问。南京给事中冯景隆上疏指责辽东巡抚周咏与于应昌共同陷害刘台，于应昌既已被罢免，周咏还在做蓟辽总督，也应罢免。南京御史孙继先也揭发张学颜陷害刘台之罪。皇帝正在宠幸张学颜。因为冯景隆的疏中一并弹劾了李成梁，张学颜替李成梁辩冤。孙继先又一并弹劾张学颜、李成梁。皇上于是贬冯景隆为蓟州判官，孙继先为临清州判官，而对张学颜不加问罪。不久，江西巡抚曹大..、辽东巡抚李松考察后报告王宗载、于应昌结为朋党、陷害忠良。刑部因此以诬告罪理，奏报将王宗载等发配、贬为平民、降低官阶不等。赠与刘台光禄少卿，荫庇一子。天启初年，追加谥号毅思。
傅应祯，字公善，江西安福人。隆庆五年(1571)中进士，授职零陵知县。剿杀洞庭强盗，将祁阳有盗名的大土匪治罪，使老百姓得到安宁。后调任溧水知县。
万历三年(1575)升为御史。张居正执掌国事，傅应祯是他的门生，对时事有所思虑，遂上疏陈述重视君之道德、解除百姓负担、广开言路三件事，说：
“近来雷鸣震及端门的兽吻，京师及四方的地震频频发生，但没有听说发出诏书自己反省的，难道真的是天变不足以害怕吗？在真定，派驻征税宦官本来不是旧制度，正统年间曾暂时实行过，先皇帝采纳李芳的建议，已下诏停止了，而陛下想跟着实行缺德之事，难道真是祖宗不能效法吗？给事中朱东光上奏陈述治理地方事，不一定可与古代敢言直谏的人相比，竟把他的奏章留在禁中不下发，难道真的是意见不足以值得重视吗？这样的三不足，是王安石所以耽误宋朝的原因，不能不引以为戒。
“陛下登位的时候，自隆庆改元后的欠租，一一蠲免，四年以前的免除三分征收七分，恩眷优厚。皇上怜恤之情已尽到了，但下面的拖欠仍在拖欠，没有一个能够将欠下的全部还清的，为什么呢？小民一年的收入，仅可以供给一年，没有余力偿还欠收。最近制定如果输税没有达到限额的，由按抚官纠察，郡县予以调整。各位大臣害怕调遣，于是催促更为严厉。致使百姓流离失所，怨声载道，上达于天庭。难道这是太平的气象，陛下愿意听到的吗？请求下诏，不是官吏吞没的，其他欠租全部免除。老百姓的困难得到解除，灾害自然没有了。
“陛下登基时，任用正直的大臣石星、李巳，大臣们无不感到欣慰。现在赵参鲁纠正时弊被贬为典史，余懋学上陈时政被禁止终身参予政治。其他像胡轨礼、裴应章、侯于赵、赵焕等议论朝政，被冷落在一旁。如初时政情相比如何？我请求提拔赵参鲁在京城任职，恢复余懋学的官职，以作为大臣进言的榜样。”
上疏呈上，张居正认为疏中提到王安石之语是影射自己，大怒，下旨责问；又因为奏中论及到余懋学，将他逮捕下狱，严厉追问他的党羽。傅应祯临死都没有承认什么，于是被贬到定海。给事中严用和、御史刘天衢等上疏营救，皇上不听。当傅应祯被关进狱中后，给事中徐贞明带着御史李祯、乔岩看望他。锦衣帅余阴上告，三个人也被贬。
万历十一年(1583)，皇上采纳御史孙继先的意见，下诏恢复他的官职。皇上将临幸昌平检查墓道，而蓟镇出现军事警报，傅应祯劝皇上不要去，且上陈边防战备特别详悉。皇上以奖赏的语气予以回答。不久，提升为南京大理寺丞。临行前，上奏推荐了海内知名人士三十七人。没有多久，因病归家，三年后去世。赠本寺右少卿。傅应祯同县人刘台同时中进士，担任御史，同样得罪张居正招致祸患，乡人一同在祠堂祭祀他们。
吴中行，字子道，江苏武进人。父亲吴性，哥哥吴可行，都是进士。吴性，官至尚宝丞。吴可行，为检讨。吴中行刚刚二十岁时就中了乡试，吴性告诫他不要急于求进士，于是他没有参加会试。隆庆五年(1571)中进士，选为庶吉士，授职编修。
大学士张居正是吴中行考进士时的主考官。万历五年(1577)，张居正的父亲死了，没有解职回乡奔丧，仍就执掌朝政。御史曾士楚、吏科都给事中陈三谟首先上疏奏请让他留下，满朝大臣都随声附和，唯独吴中行很气愤。刚好彗星出现在西南方，长度竟达到天际，皇上下诏让百官反省。吴中行于是首先上疏说：“张居正父子分处两地，双方已有十五年未见面。其父已死于数千里之外，陛下不让他星夜奔丧，抚棺恸哭，却一定要他违心地压抑感情，忍痛含悲于朝廷之上，并让他主持政务，执掌权柄，发扬功业，为国事操劳，这难道合乎情理吗？！张居正每每自言他谨守圣贤的义理和祖宗法度。宰我欲将丧期缩短，孔子说：‘宰我有三年的爱心于他的父母吗？’王子请求服几个月的丧期，孟子说：‘虽然增加一天已经超过了。’圣贤的训导怎么样？在法律上，虽然是老百姓、小官吏，隐匿丧情也是被禁止的，唯有武人得以穿黑色丧服不奔丧事，但这不是处置辅臣的办法。有人说过去也有起用之事，但也没有听说一天都不出京城大门，而立刻就任职的。祖宗的规矩如何呢？这件事关系到万古的纲常，天下的人都会看到、听到，唯有今天没有过失的举动，然后后世才没有令人遗憾的议论。亟待解决的问题莫过于此。”
奏疏已经上了，他把副本告诉张居正。张居正惊讶地说：“奏疏送进去了吗？”吴中行说：“没有送上不敢告诉你。”第二天，赵用贤的疏奏上。第三天，艾穆、沈思孝的奏也呈上。张居正发了火，与冯保商量，欲廷杖他们。翰林院侍讲赵志皋、张位、于慎行、张一柱、田一隽、李长春，修撰习孔教、沈懋学都上奏救他们，但奏疏都被阻止没有上报。学士王锡爵于是会同数十人，找张居正求和解，张不接受。于是廷杖吴中行等四人。第二天，进士邹元标上疏争辩，也被廷杖。这五个人正直的名声震动天下。吴中行、赵用贤并称吴、赵。南京御史朱鸿谟上疏救援五人，也被斥责。吴中行等受了廷杖后，校尉用布将他们拖出长安门，用木板抬着，当天就驱赶出都城。吴中行气息都没有了，中书舍人秦柱带来了医生，喂服了一勺子药，才苏醒。用车载着他南归，归家后，挖出腐肉数十块，大的如手掌，深寸许，一肢都挖空了。
万历九年(1581)全面考核京官，把五人列于考察名单上，将其禁锢不让任职。张居正死后，曾士楚应当巡按苏、松地区，他惭愧地说：“我有什么面目去见吴、赵二位大人呢！”于是声称有病走了。陈三谟已被提为太常少卿，不久与曾士楚都被弹劾而削去职务。朝廷大臣一起推荐吴中行，下诏起用为原官职，升为右中允，值经筵。大学士许国攻击李植、江东之，诋毁吴中行、赵用贤是他们一派的。中行上奏辩白，因而乞求回乡，皇上没有答应，又升为右谕德。御史蔡系周弹劾李植，又提到中行，中行请求免职，上了四道奏章。皇上下诏赏赐白金、文绮，乘驿马回去。后来言官屡屡推荐他，执掌大权的人有意抑制，不召他回京城。过了很久，起用为侍讲学士，执掌南京翰林院。同里之人佥事徐堂吉曾弹劾吴中行，事情已经了结，给事中王嘉谟又重提旧事弹劾他，朝廷命令他呆在家中等待征召。不久就死了。后赠为礼部右侍郎。
赵用贤，字汝师，江苏常熟人。父亲承谦，广东参议。赵用贤隆庆五年(1571)中进士，选为庶吉士。
万历初年，授职检讨。张居正父亲死后不服丧，赵用贤上疏说：“我暗暗感到奇怪，张居正能以君臣大义效忠数年，却不能以父子之情稍尽心一日。我又暗地里奇怪，张居正的名望以数年累积而成，陛下却让它毁于一旦。不如像前朝的杨溥、李贤那样，让他暂时回去服丧，规定日期回来补缺，让他们十九年未见面的父子，能在抚棺恸哭的那一刻稍稍缓解心中的痛苦。国家设立台谏是为了整肃法纪，纠正过错，现在却因为恐惧威权请辅臣留下，违背公众的舆论而徇私情，蔑视人伦的纯厚性情而创立怪异之论。我愚蠢地暗自担心士风将日益颓靡，国家大事将日益混淆了。”疏奏上后，与吴中行同被廷杖除去官籍。赵用贤身体本来肥胖，巴掌大的肉因溃乱而掉落，他的妻子把肉晒干藏了起来。赵用贤有个女儿许配给吴之彦的儿子吴镇。吴之彦害怕连累自己，赶紧结交张居正，得到巡抚福建之职。经过家门，不向赵用贤行礼，而且让吴镇坐在他弟弟的下面，说“是婢女之子”，以此激怒赵用贤。赵用贤很愤怒，已察觉他是受张居正的党徒王..的指使，于是把礼金退还，回绝了这门亲事，吴之彦大喜。
张居正死后的第二年，用贤起用为旧职，升右赞善。江东之、李植等争相接见他，他的威望很高。但赵用贤性格刚直，恃才傲物，多次品评大臣的得失，申时行、许国等忌恨他。正好李植、江东之攻击申时行，许国竭力抨击李植、江东之，暗地里却责怪赵用贤、吴中行，说：“过去专权在权贵，现在却在下僚；昔日小人颠倒是非，现在却是君子。意气用事，偶然做成一、二件事，就自负得不得了，与浮浅、喜爱生事的人相呼应，党同伐异，行私罔上，这种风气不能助长。”于是赵用贤上疏辩白、请求离职，极力说明朋党之论的危害，在于小人以此赶去君子，使国家人才一空。言词很激愤，皇上不准他离去，朋党之争从此开始。
不久，他充任经筵讲席，又升右庶子，改任南京祭酒。推荐举人王之士、邓元锡、刘元卿，请加强圣学。又请求设立储君，饶恕言官李沂罪过。三年后，提升为南京礼部右侍郎。因为吏部郎中赵南星的推荐，改在京城任此职。不久，又以本官兼任教习庶吉士。
万历二十一年(1593)，王锡爵又进入内阁。起初，赵用贤回南方时，吴中行、沈思孝、李植、江东之已经被贬，或被罢官，故执政的人很安心。这时，赵用贤又以争三王同时分封的话中牵涉到王锡爵，被王锡爵所怀恨。改任吏部左侍郎，与文选郎顾宪成辩论人才，群情激愤，王锡爵颇感不安。赵用贤过去所回绝婚约的吴之彦，是王锡爵的里人，当时以佥事之职遭人弹劾当罢官，唆使他的儿子吴镇攻击赵用贤论财赶走女婿，蔑视法律废弃伦理。赵用贤上疏辩解，乞求退休。皇上下诏让礼官评议。尚书罗万化以吴之彦是他的门生，怕引起嫌疑极力推辞。王锡爵于是上疏说：“赵用贤轻易地回绝，吴之彦后来才揭发，都有过失。现在赵的女儿已出嫁了，难以询问当时的盟约，吴的儿子还没结婚，不能再反坐定罪。想采取折衷的办法，应让赵用贤称病归家，而宽恕吴之彦。”皇上下诏同意了。赵用贤于是免职回乡。户部郎中杨应宿、郑材又极力诋毁赵用贤，请依据法律从事。都御史李世达、侍郎李祯上疏替赵用贤抱不平，责备两人谄媚，于是遭攻击。高攀龙、吴弘济、谭一召、孙继有、安希范等都因申救被降职。从此朋党之争更加激烈。吴中行、赵用贤、李植、江东之首创于前，邹元标、李南星、顾宪成、高攀龙继续。言官更加注意品评执政之人，执政也日与其争持。水火不相容，到明代灭亡才停止。
赵用贤身长肩耸，意气风发，有经世大略。苏、松、嘉、湖诸府，财赋占天下的一半，老百姓贫困。赵用贤做庶子时，与进士袁黄商量了十天十夜，列出十四件事奏上。申时行、王锡爵认为吴人不应当谈论吴事，让皇上下圣旨严厉责备了他，建议没有实行。在家住了四年后死去。天启初年，赠为太子少保、礼部尚书，谥号文毅。
艾穆，字和父，平江人。因中乡举任命为阜城教谕，邻郡诸生如赵南星、乔璧星等都前来学习。后进入京城，为国子监助教。张居正知道艾穆的名声，想将他任用为诰敕房中书舍人，艾穆不答应。
万历初年，他升任刑部主事，晋为员外郎。审查陕西囚犯的罪状。当时张居正执法严厉，判决囚犯不到一定数额的人要治罪。艾穆与御史商量，只判决了两人。御史担心不称职，艾穆说：“我决不会用人命来博取官职。”回到朝廷，张居正盛气凌然质问他。艾穆说：“皇上很年幼，小臣要体现皇上重视生命的德行，来帮助成就您公平允当地治法，有罪我也甘心。”作揖退下。
等到张居正父死不服丧，艾穆在家叹息，于是与主事沈思孝上疏劝谏说：“自从张居正不服丧后，妖星突然出现，星光直逼中天。言官曾士楚、陈三谟甘心冒犯清议，率先请求张居正留下，人心顿然泯灭，举国如狂。现在星变没有消失，火灾又起来了。臣怎么敢爱惜生命，不抛头洒血为陛下进言。陛下之所以留下张居正，说是为国家的缘故，而国家所重视的莫过于纲常。首辅大臣是纲常的表率。纲常不顾，社稷怎能安宁？事情偶然为之，是特例。而万世不变的，是先王的制度。现在抛弃先王的制度，而效法近世的特例，像这样怎么能行呢？张居正现在因特例留下，碍着情面就任了。等到国家有大事庆贺、大祭祀，身为首辅，想避开则害了君臣大义，想出来则伤了父子之情。臣不知道陛下怎么安置张居正，张居正又把自己置于何地？徐庶因为母亲去世而向昭烈帝辞职说：‘臣方寸已乱。’张居正难道不是人家儿子而方寸不乱吗？位处人臣之上，却不修凡人的日常礼节，何以面对天下后世！臣听说过古代圣贤的帝王常常用孝来劝诫人，没有听说不让服亲丧的。身为人臣，转移孝道而侍奉君王，没有听说剥夺他人孝行的。用礼义廉耻教育天下唯恐不够，竟然将其剥夺，使天下做人家儿子的，都忘了对父亲养育三年的爱心，纲常沦落了。到那时想用法律整顿，怎么办得到呢？陛下果真眷念张居正，当用道德来爱护他，让他能奔丧尽孝，使他保全大节，那么就纲常树立而朝廷端正，朝廷端正则百官、万民莫不端正，灾变也没有不可消除的。”
当时吴中行、赵用贤请皇上让张居正奔丧，将父亲埋葬后再回到朝廷，而艾穆、沈思孝直接请求让他服三年之丧，所以，张居正尤其恼怒。吴中行、赵用贤杖六十下，艾穆、沈思孝杖八十下，另加手铐，置于诏狱中。过了三天，用木板抬出城门，艾穆派往戍守凉州。由于伤太重不醒人事。不久苏醒过来，于是派往戍守所。艾穆是张居正的乡人。张居正对人说：“昔时严分宜没有同乡攻击他，我不能与严分宜相比。”万历九年(1581)，全面考核官吏，又将艾穆、沈思孝置于考察的名册上。
等到张居正死了，言官争相推荐他。艾穆起用为户部员外郎。任为四川佥事，逐渐升至太仆少卿。万历十九年(1591)秋天，提拔为右佥都御史，巡抚四川。前任崇阳知县周应中、宾州知州叶春及行为义气过人，艾穆推荐他们代替自己，皇上没有回答。已经上任，有人报告播州宣慰使杨应龙叛乱，贵州巡抚叶梦熊请求征讨。四川人大多说杨应龙势力强，不可以轻而易举征讨，艾穆也不想用兵，与叶梦熊意见不同。朝廷命令两位抚臣一同考察，杨应龙不愿到贵州，于是将他逮捕到重庆，对质后按罪当斩，杨应龙贡上物品赎罪，艾穆让他回去了。艾穆生病回乡，没有多久就去世了。后来杨应龙叛乱，议论的人追究艾穆的罪过，皇上夺去他的职务。
沈思孝，字纯父，浙江嘉兴人。隆庆二年(1568)进士。又过了三年，去吏部等候选派。高拱掌吏部，想留用他作为僚属，沈思孝极力推辞，于是授职番禺知县。殷天茂总管两广，想听从百姓与番人互市，而且开放海口诸山以征取税收，沈思孝坚持认为不可以。
万历初年，因卓有成绩，又成为刑部主事。张居正父亲去世不服丧，他与艾穆合作上疏提意见。廷杖后，被派去戍守神龟卫。张居正死后，官复原职，提为光禄少卿。执掌朝政的人讨厌李植、江东之和沈思孝等人。沈思孝升为太常少卿，御史龚仲庆奉承旨意诋毁他。沈思孝于是请求离职，皇上不允许。不久他升为顺天府尹，因宽恕冒名顶替的举人，降三级使用。沈思孝仍泰然自若穿着三品官的服饰，后被弹劾，调任南京太仆卿，仍旧降三级。没有多久，称病回家。
吏部尚书陆光祖起用他为南京光禄卿，不久提升为右佥都御史，巡抚陕西。宁夏継拜叛乱，皇上下诏令沈思孝移驻下马关，声援总督魏学曾。沈思孝认为兵力太少，请求在浙江、宣府、大同召募士兵各五千，发内府的钱供应军队，并乞求宽免前任都御史李材的过错，命令他立功赎罪。下诏让沈思孝就地召募，而罢免李材不派他去。沈思孝与魏学曾讨论军事时意见不合，给事中侯庆远弹劾沈思孝舍弃边境之地而在内地防守，布置兵力保卫他的妻子及家人，不管边境战事。改为河南巡抚，他推辞不就任。
不久，征召他为大理卿。中官郝金假传圣旨被逮捕入狱，刑部将他的罪减小，沈思孝上奏驳斥，认为应当处死。皇上很高兴，提拔他为工部左侍郎。陕西进贡羊毛织品祸害百姓，因沈思孝上奏，朝廷下令减去十分之四。升右都御史，协助办理马政。起初，朝政推荐李祯为首，沈思孝为副，皇上特地任用沈思孝。有人怀疑他有人帮忙，给事中杨东明、邹廷彦相继上疏反对，皇上认为邹廷彦受杨东明的指使，贬杨东明，停发邹廷彦的俸禄。
万历二十三年(1595)，吏部尚书孙丕扬掌管外任官吏考察，贬参政丁此吕。沈思孝与江东之平素与丁此吕很要好。恰好御史赵文炳弹劾文选郎蒋时馨受贿，蒋时馨怀疑是沈思孝唆使的，于是攻击沈思孝先庇护丁此吕，后想在吏部求职未成，因为这两件事他对时馨怀恨在心，遂与江东之、刘应秋等勾结，命令李三才属意赵文炳。皇上讨厌蒋时馨，罢了他的官。沈思孝等上疏辩解，而且请求离职。孙丕扬说蒋时馨没有罪，丁此吕受贿有证据，沈思孝不当庇护他。沈思孝于是将丁此吕的访单呈上，乞求回家。访单是吏部考察官吏时，咨询大家的意见以定贤否，朝廷大臣因此把所见所闻的写下来给掌管考察的官吏。事情大都符合事实，然而有时也有人中伤自己讨厌的人。皇帝下诏安慰、留任孙丕扬，逮捕丁此吕，责备沈思孝。御史俞价、强思、冯从吾，给事中黄运泰、祝世禄，都为蒋时馨伸冤，言语中触及到沈思孝、江东之。给事中杨天民、马经伦、马文卿又各自弹劾沈思孝，大抵上是说赵文炳的上疏是由沈思孝指使的，借以动摇孙丕扬的地位。沈思孝多次乞求罢官，同时抨击孙丕扬辜负了国家。员外郎岳元声说大臣互相攻击，应两方都罢官，好像是指责孙丕扬、沈思孝两人，其实是特地攻击蒋时馨和孙丕扬。奏疏刚上，赵文炳突然改变他的说法，说：“岳元声、江东之根据沈思孝的意思，强迫臣救丁此吕，弹劾蒋时馨，并不是我自己的意思。”皇上都置之不理。
沈思孝素以正直闻名天下，然而尚义气、好胜，动不动就得罪人。因为丁此吕的原因，很为廷臣议论了一阵。蒋时馨、丁此吕都不是堂堂正正的人，孙丕扬、沈思孝也各有所左右。第二年，御史林培请求辨明忠诚与邪恶，又极力诋毁沈思孝、江东之，并且说：“孙丕扬闭门半年，上了十次辞职的奏疏，意在一定要得到批准才停止。沈思孝则闭门没有多久，就见冯从吾、黄运泰等被罢官，说为了安慰我，罢免五六个言官，朝廷不难办到。此人不免职，将为害朝政。”皇上念及沈思孝的忠厚，贬了林培的官职。乾清宫发生火灾，沈思孝请求举行皇长子冠礼仪式以回答天意。又以日本封贡的事情失败，请求立即做战守准备，并且弹劾赵志皋、石星误国的罪行。这年秋天，孙丕扬离职，沈思孝也称病回乡，皇上下诏让他乘驿马归家，朝廷的议论才停止。过了很久，孙丕扬再次起用为吏部尚书，御史史记事再次诋毁沈思孝与顾天翪合谋想陷害孙丕扬。顾宪成、高攀龙极力证明他是被诬告，而沈思孝已经死了。天启中，沈思孝被赠为太子少保。