回到朝廷，正好碰上因营求中举却未能如愿的外戚子弟生事，诬陷顺天考官张一桂私下照顾他的门客冯诗、章维宁和编修史钶的儿子记纯，又滥取假冒的五个人。皇上发怒，命逮捕冯诗、章维宁，解除张一桂、史钶的官职。申时行为他们辩解，皇上更加不高兴，夺去史钶的职务，将冯诗、章维宁下狱。法司百般拷问也没有得到证据，以违背圣旨斥责他们。官卒将两人枷囚了一个月，而将张一桂调往南京。蔡时鼎认为事情揭发不是外廷，直接来自宫中，因此极力说小人在皇上面前上陈流言蜚语，此风不可以长，况且全部是怀疑大臣与御史有私情，则是皇上左右耳目都不可相信，可以相信的是哪些人呢？皇上发了脾气，亲笔写诏书叫内阁治他的罪。那时，申时行和王锡爵在休假，许国、王家屏仅拟定停发他的俸禄，且请求稍为减少冯诗、章维宁枷锁囚禁的时间，以保全他们的性命。皇上不听，责备蔡时鼎怀疑、嘲讽皇上，降为最边远地方的小吏。又派人侦察，发现对那些冒籍者多较宽纵，责备府尹沈思孝报告详情。许国、王家屏又上言说：“做皇帝的贵在明白事理而不在详察。假如以自己所见所闻，猜忌防范苛刻，纵使对听到的精心审查，对治理国家又有什么用呢？而且使奸臣乘机中伤忠臣，祸患怎么能够说呢？愿陛下停止察访而推崇大礼，宽容御史官以彰明皇上的气度。”皇上不高兴，下诏书责备他们。这一天，皇上想起申时行，遣宦官到他家慰问。许国等已经被责备，上疏谢罪，争执如初。等到皇帝怒气稍稍平息后，才批下奏疏说知道了。蔡时鼎竟然贬为马邑典史，回家休假。过了二年，吏部拟定让他按制度升迁，皇上不许。御史王世扬请如石星、海瑞、邹元标的旧例，在列入罢免官员之名册中启用，没有得到批复。过了一些时候，起用为太平推官，升南京刑部主事，就近改为吏部。
万历十八年(1590)冬，又上疏弹劾申时行，大意说：“近年天灾，老百姓贫困，纲纪紊乱，吏治败坏。陛下深居宫中，臣民的呼吁声听不到。群臣上言，还恩准得到宽赦。辅臣申时行拉帮结党，更加憎恨言论。不必要明白地指出他们的过失，即使意见与他们稍有出入，就会遭到中伤，或者在当时就遭到严厉地斥责，或者在以后被慢慢地斥退。致使天下阿谀佞幸成风，正气消失。内廷当托付雅量之人，外廷当托付给清正、廉洁之士，这是圣贤所以重防似是而非，严明乱德的惩戒。谋求私利的念头重，则廉洁奉公的想法必然没有；巧诈的机谋熟练，忠诚的气节必然减退。自从张居正死去，张四维因丧事离职，申时行为首辅。惩治前任专权之人，矫正为谦虚退让，鉴于前任严明苛刻，矫之以宽缓、平和的政策，并不是显示宽容的气度，培养和平的气象，而是患得患失，逐渐失去不可则止的古义。貌似退让而内心贪于升迁，外表宽容而内心嫉恨苛刻。私心假意萌发，欲盖弥彰。张居正的害处在于徇私灭公，然而他执法、做事，还是对国家有所补益。现在将他好的一面予以改变革除，而继承其徇私的一面；将他维护天下之心全部除掉，而增加他欺骗天下的权术。想把好处揽于一身，不顾国家，这样的人，可以做天下人的宰相吗？”因此历数申时行的十条过失，劝他反省、改正。奏疏被留于禁中。不久，蔡时鼎提拔为南京礼部郎中，死于任上。他家因贫困不能买下棺木，士大夫们捐钱将他安葬。
万国钦，字二愚，新建人。万历十一年(1583)进士，授职婺源知县。征召为御史。言事慷慨，不回避权贵。十八年弹劾吏部尚书杨巍，被责备。居住乡里的尚书董份是大学士申时行、王锡爵的座主，嘱咐浙江巡按御史上奏请求问候。万国钦说董份谄媚严嵩，又娶尚书吴鹏已嫁的女儿，居于乡里多有不法行为，不应当予以加礼，事情于是停止。
起初，吏部员外郎赵南星、户部主事姜士昌上疏责备执掌朝政之人。给事中李春开越权检举赵南星、姜士昌，他的党羽陈与郊帮助他。刑部主事吴正志上疏，说李春开、陈与郊谄媚当权，扰乱清议，而且还弹劾林祖述包庇大臣的过错。于是御史赫瀛集合各位御史在朝堂上，商议合疏纠劾吴正志。说他不顾惜台谏体统，万国钦与周孔教没有署名。赫瀛非常生气，盛气凌人地责备万国钦。万国钦说：“戴豸帽，穿豸服，于是以保留正直的大臣为己任，我不敢与你们苟同。”赫瀛泄了气，奏疏果然没呈上，可是吴正志竟然被贬为宜君典史。宦官袁进等打死平民，万国钦再次上疏弹劾。
万历十八年(1590)夏，火落赤各部频频进犯临洮、巩昌。七月，皇上在皇极门召见申时行等，咨询策略，说：“边境守备废弛，督抚缺乏调度，想大力进行整顿。”申时行说和议通贡足够了。皇上说：“和议通贡也不足以依靠。假若专门迎合敌人，使他更为骄傲自大，哪里有满足的时候呢？”申时行等听令退下。未有多久，警报不断传来，于是推选郑洛为经略尚书巡边，实际上是使用通好的主张。万国钦上疏弹劾申时行，说：“陛下以西边的事棘手，特地召见辅臣讨论战守问题，而辅臣在召见时粉饰事情蒙骗皇上。陛下对敌人的侵犯很愤怒，辅臣则认为攻打的是汉化番人居住之地，临洮、巩昌果然是番地吗？陛下责备督抚丧失时机，辅臣则以为过错在武臣。边疆的事，督抚难道不参与吗？陛下说和议通贡难以依靠，辅臣则说通贡二十年，使百万生灵得以存活。西宁的失败，肃州被抢掠，就不是生灵吗？陛下的意思是战，而申时行不想打仗；陛下的意思是断绝往来，申时行想与他们讲和。九边将帅，每岁送的金钱，已不计其数。敌人已毁坏了城堡，残杀官吏、百姓，还说计策已实现。三边总督梅友松专门谀媚敌人，前次上奏说顺义已谢恩西去，为什么又包围我临洮、巩昌呢？后又上疏极力夸耀战绩，为何景古城全军覆没呢？甘肃巡抚李廷议引贼入关，没有听说有奏疏报上，辅臣反代他求情请求宽恕罪过。统计马牛布帛不到三十金，而被杀被掠何止万计。还想让他们互市，臣不知国法究竟怎样了？这三个人都是申时行的死党，所以敢于祸国殃民。”因此列上申时行接受贿赂的几件事。皇上认为他混淆国事，诬陷大臣，将他贬为剑州判官。
起初，万国钦奏疏呈上，座师许国责备他说：“这个举动，是为名节，还是为国家？”万国钦说：“哪里敢为名节，只是为了国家。即使言语不当，生死利害听天由命。”许国无法难为他。
万历二十年(1592)，吏部尚书陆光祖拟将万国钦改为建宁推官，饶伸为刑部主事。皇上以二人都是特地贬职的，不应当提升，严厉责备陆光祖，将文选郎王教，员外郎叶隆光，主事唐世尧、陈遴玮等全部免了职。大学士赵志皋上疏申救，也遭到责备。万国钦后任南京刑部郎中，死于任上。
饶伸，字抑之，江西进贤人。万历十一年(1583)进士，授职工部主事。十六年，庶子官黄洪宪主持顺天府的考试，大学士王锡爵的儿子王衡考了第一，申时行的女婿李鸿也预选上了。礼部主事于孔兼怀疑举人屠大壮和李鸿有私下交易。尚书朱赓、礼科都给事中苗朝阳想将此事压下。礼部郎中高桂于是发愤质问有疑点的八人，其中牵涉到王衡，请求再考一次。王锡爵上疏申辩，与申时行一起乞求离职。皇上都一一加以劝慰，把他们留下，而又听从高桂请求，命令再试一次。礼部侍郎于慎行以屠大壮的文章一个人特别坏，请将置于乙等。都御史吴时来和苗朝阳认为不可。高桂上前力争，于是同意于慎行的议论，排列甲乙呈上。申时行、王锡爵调动圣旨全部留下，停发高桂俸禄二个月。王衡实有才学名气，王锡爵特别恼火，再次上疏抨击高桂。饶伸于是上疏说：“张居正三子连连中举，而辅臣子弟遂成了旧例。洪宪更说是中举不足为重，居然让他成了第一。儿子不参加考试，则录用女婿，其他的营私舞弊的事就不乏听到。复试的那一天，很多人不能作文。吴时来不分优劣，掩着面孔与高桂力争，于是朦朦胧胧地拟奏请求。至于王锡爵攻击高桂的奏疏，剑拔弩张，违背君臣之体。王锡爵掌权三年，放逐贤士，任用小人。现在又花言巧语为自己私心辩护，欺君罔上，想做张居正第二。吴时来依附权贵蔑视法纪，不配做都御史，请将他们俱予罢免。”
奏疏已经呈上，王锡爵、申时行一同闭门请求免职，而许国以主持会试进了考场，内阁遂没有一个人了。中官将奏章送到申时行的家中，申时行仍原封不动地送回。皇上吃惊地说：“内阁竟然没有人了？”于是劝慰留下申时行等，而将饶伸下狱。给事中胡汝宁、御史林祖述等再上疏弹劾饶伸和高桂，以谄媚权贵。御史毛在又提到孔兼，说高桂的上疏就是他指使的。孔兼上疏为自己辩护乞求离职。于是皇上下诏各部门严格约束部下，不要越权沽名钓誉，而将饶伸削去名籍，将高桂贬官三级，孔兼得以免除惩罚。
饶伸遭到贬斥，朝廷人士多怪罪王锡爵。王锡爵自己很不安，屡屡请求任用他。艾穆被起用为南京工部主事，他改任南京吏部。称病归家，不再出来做官。熹宗即位，起用为南京光禄寺少卿。天启四年(1624)逐渐做到刑部左侍郎。魏忠贤扰乱朝政，请求回乡。饶伸所辑录的《学海》六百余卷，时人称赞它浩繁、博大。
汤显祖，字若士，江西临川人。小时候善于作文，很有些名气。张居正想让他的儿子中进士，网罗海内名士夸奖他。听说汤显祖与沈懋学的名声后，命令他的儿子们去请汤、沈二位。汤显祖辞谢不肯前往，沈懋学于是与张居正的儿子嗣修一起进士及第。汤显祖到万历十一年(1583)才中了进士。授职南京太常博士，就近升礼部主事。
万历十八年(1590)，皇上因为星象变化责备御史官欺骗，停了他们一年的俸禄。汤显祖上疏说：“御史官难道都不好？大概陛下的权力逐渐为辅臣所窃取，所以御史官的向背也逐渐潜移默化。御史丁此吕首先揭发科举考场上的欺骗行为，申时行嘱咐杨巍将他弹劾出去。御史万国钦极力论证封疆大吏的欺诈，申时行煽动同官许国将他贬得远远的。只要有一句话触怒了他们，就没有不被赶出朝廷的。于是无耻之徒，仅仅知道巴结当权的人。所得的官职、俸禄，认为是当权者给予的。纵使以后保不住身名，现在已享受到富贵了。给事中杨文举奉诏书治理赈济百姓，征收贿赂数万。抵达杭州，日日宴游西湖，收钱脱人于狱，受贿荐人以官，获取厚利。辅臣等他报告上来，提拔他为谏垣负责人。给事中胡汝宁攻击饶伸，不过是权门的爪牙，因为有私交而被任用。陛下方才责备御史官欺骗，而辅臣欺诈到这样的地步。今天下失于治理，我认为陛下有四点可惜。朝廷用爵位、俸禄是培养忠臣之士，今天成为私人培植党羽的力量，爵位、俸禄为可惜。群臣折服于权臣，没有廉耻，人才为可惜。辅臣不按惯例给予人以富贵，不见其恩德，法令为可惜。陛下统治天下二十年，前十年之政，张居正强硬而多欲望，结党营私，公然败坏大政。后十年的政事，申时行软弱而多欲望，结党营私，悄悄败坏了政治。这是圣政可惜。请求立即斥退杨文举、胡汝宁，告诫辅臣，自省悔过。”皇上发了脾气，将他贬为徐闻典史。逐渐升为遂昌知县。二十六年在京师接受考核，被弹劾回家。第二年考核时，主持的人议论将他贬退。李维桢做监司，力争没有成功，他竟然被夺去官职。在家生活二十年后死去。
汤显祖意气慷慨，与李化龙、李三才、梅国桢要好。后来他们都有显赫的建树，而汤显祖遭遇挫折，一直到老都穷困。李三才管理淮河漕运时，曾送信迎接他，汤显祖辞谢没去。
逯中立，字与权，聊城人。万历十七年(1589)进士。由行人提为吏科给事中。遇事敢于发表意见。行人高攀龙，御史吴弘济，南部郎谭一召、孙继有、安希范都由于为赵用贤罢官辩护而遭到斥退，逯中立上疏说：“这些大臣都是修有德行的人士，使他们隐匿于田野，的确可惜。陛下对言官恼怒，则说：‘出于我的独断’，辅臣王锡爵也说：‘皇上亲自裁定。’我认为所贬退的不是正直的人，判决来自陛下，是陛下去掉邪恶小人的证明，即使出自辅臣草拟，也是大臣为国的忠心。倘若所贬退的果然是正直的人，出于辅臣的怂恿而下的圣旨，有心要贬退的是遭嫉妒的贤正之人，假使出于皇上的亲自裁定而辅臣不予救援的是不称职。大臣以人臣侍奉君王的道理应当这样吗？陛下想安抚辅臣，则罢掉言官，不知道言官被罢，辅臣更加不安。”奏疏呈上，违背旨意，被停发俸禄一年。
不久升兵科右给事中。皇上下诏编修国史，王锡爵推荐前任詹事刘虞夔为总裁。刘虞夔是王锡爵的门生，在补录纠察过失时被弹劾罢官。各御史认为不应当征召他。而逯中立诋毁虞夔尤其卖力，并提到王锡爵，皇上于是停止征召的命令。没有多久，文选郎顾宪成等因为推举内阁大臣的事被贬，给事中卢明诹申救，也被贬官。逯中立对皇上说：“两年以来，吏部大臣相继被贬，尚书孙钅龙离职了，陈有年闭门请求罢官了，文选一职刚刚有人上任就被贬退，已经三次了，顾宪成又接着遭贬斥。臣恐怕今后，不像王国光、杨巍，则不能执掌朝政一天；不像徐一木贾、谢廷肕、刘希孟则不能担任文选郎一天。好坏混淆，本末倒置，使考铨之权都寄于权贵，进用与贬退、斥责与处罚皆由一时喜怒决定，公正的言论被堵塞，繁琐的言论四起。这是人才消亡或成长的时机、道理废弃或兴盛的开始，陛下不能不深深地考虑。况且朝臣一起推荐阁臣，不是从十九年开始，皇祖二十八年朝廷推荐了六人，任用张治、李本二人，即使现在的首辅王锡爵进入内阁，也是推荐的。特别选拔与朝廷推荐，祖宗二者都有实行。朝廷推选必定依据大家的意见，特别选拔有的由于私交。现在辅臣赵志皋等不考察旧典，妄自激起陛下发怒，即使有几句救援顾宪成等人的话，也是强为笑容，并无诚心，想打动别人很难。现在战场危急，公私耗散，群情思乱，有志之士很担忧。而朝议纷纭，难道能不为此长长叹息吗！”皇上发了脾气，下旨严厉责骂，贬卢明诹为平民，贬中立为陕西按察司知事。中立称病回家，在家居住了二十年后死去。熹宗时，赠为光禄少卿。