万历十五年(1587)考核京城朝官，都御史辛自修掌管考核事宜。工部尚书何起鸣在纠正过失中，辛自修因不对执政大臣之意获罪。给事中陈与郊秉承旨意弹劾何起鸣、辛自修，实际上是攻击辛自修而庇护何起鸣。于是二人都被罢官，并责备了检举何起鸣的四位御史。顾宪成为他们抱不平，上疏申辩，词语中有触怒当权者的地方，被圣旨责备，贬为桂阳州判官。慢慢提为处州推官。母亲死后辞官，服完丧后，补为泉州推官。公正、廉洁被推为第一。
提升为吏部考功主事，任员外郎。恰好有诏书将三位皇子一起封为藩王。顾宪成携同官上疏说：
“皇上因为祖训立嫡长子的条例，想暂时令三位皇子一同封为藩王，以等待有嫡长子就立嫡长子，没有嫡长子立长子。我等三思，‘待’之一字，大不可。太子是天下的根本。预定太子是为了巩固根本。所以有嫡长子就应立嫡长子，没有嫡长子就当立长子，就现在情况而论，等到将来就不对了。我朝建立储君的法律，东宫不一定等待嫡长子，大儿子不一起封王。朝廷大臣已说得很明白了，皇上一概不管，难道皇上的创见能加于诸位圣人之上吗？拥有天下的称天子，天子的长子称太子，天子与天相系，君王与天为一体，太子与父亲相系，父子为一体。太子继承皇位，是天经地义的事，不能将其封爵。现在想同时分封三王，长子之封与什么相系？没有什么相系，则难在名称上，有所相系，则难在其实。
“皇上说是权宜之计。权宜之计，是在万不得已的时候才实行的。长子为太子，诸子为藩王，顺理成章，合情合理，有什么不得已的呢？皇上以祖训为法，子孙以皇上为法。皇上不难创造祖训所没有的，后世难道对承袭什么有难处吗？从此以后，幸好有嫡长子的还可以，若没有，就没有东宫了。如果都像皇上这么英明那也是有幸，若没有，凡是皇子都是太子。这不等于开启了万世的祸患吗？皇后与皇上共同继承宗庙，期望宗庙有合适的人。皇上的长子诸子，就是皇后的长子诸子。恭妃、皇贵妃不得据为私有，统统受尊重。难道一定要像辅臣王锡爵的请求，必须拜皇后为母亲，而后才能称儿子吗？
“况且开始奉圣旨说，稍待二、三年后而已，不久改为二十年，又改在二十一年，然而还是可以等待的。今天说‘待嫡’，不知道等到何年何月。刚刚发布命令又忽然改变，意见屡屡变化而期限更加缓慢。自从一同封王的命令下了之后，叩问皇上分封一事的不可胜数，以至里巷的小老百姓也聚族偷偷地议论，是什么造成这样的呢？人心自有公道，可皇上还在责备辅臣担当这件事。王锡爵早晚赶着等待召见，于是力排众议顺从皇上的旨意，难道这就是所谓担当，一定要以诚感悟、接纳皇上到没有过失的地方，才是真的担当。不这样，皇上都不能把天下怎么样，更何况王锡爵呢？
“皇上圣明，不是小人所能比。而不能谅解的，见到影子就疑心形体，听到响声就疑心声音，即使是我们也有不能替皇上明白的。皇上盛德大业，可与三皇五帝相比。可来这样意外的纷纷议论，不可惜吗？恳求皇上命令皇长子早早成为太子，皇三子、皇五子各就王位。父父子子，君君臣臣，兄兄弟弟。宗庙的长久、国家的安宁，都在这儿。”
顾宪成又送书给王锡爵，反复论辩，后来一同分封的议论遂停止了。
万历二十一年(1593)，京官考察。吏部尚书孙钅龙、考功郎中赵南星将与执政有私交的人全部黜出，实际上是顾宪成左右的。等到赵南星被斥退，顾宪成上奏请求一同罢官，没有得到回报。不久升为文选郎中。他推举的人与执政的都有抵触。先前，吏部缺尚书，王锡爵想用罗万化，顾宪成认为不可以，于是就用了陈有年。后来廷臣推举阁臣，又没有罗万化。王锡爵等很愤怒，罗万化获得推举，正好皇帝同意罢官后才停止。到这时，王锡爵将辞去政务，朝廷大臣推举替代他的人。顾宪成推举前大学士王家屏，违背了皇上的旨意，被削籍遣送回家。事情在陈有年传中。
顾宪成既然被除名，名声更加高，朝廷内外推荐他的上疏超过上百份，皇上都不回答。到万历三十六年(1608)，才起用为南京光禄少卿，顾宪成尽力辞谢不就位。万历四十年死于家乡。天启初年，赠为太常卿。魏忠贤把持朝政，其党人石三畏又弹劾他，遂被夺去赠号。崇祯初年，赠吏部右侍郎，谥号端文。
顾宪成聪明过人，幼年就有志于圣学。既然被削籍在家，更加深入研究，力主排斥王守仁“无善无恶心之体”的学说。无锡旧有东林学院，是宋代杨时讲道的地方，顾宪成与其弟顾允成倡导修复它，常州知府欧阳东凤与无锡知县林宰为之营建。落成后，顾宪成带领志同道合的高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼辈在其中讲学，学者称他为泾阳先生。当时，士大夫的抱负为世不容，于是退隐山林，闻风响应，以致学舍容纳不下。顾宪成曾经说：“在朝廷做官，志向并不在皇上，在边地做官，志向不在民生，居于水边林下，志向不在世道，君子是不这样做的。”所以他在讲学之余，往往议论朝政，品评人物。朝廷之士仰慕他的风范，多和他遥相呼应。由此东林名声大噪，而忌恨的人也多。
等到淮南巡抚李三才被弹劾，顾宪成送信给叶向高、孙丕扬为他恢复名誉。御史吴亮将它刻在邸抄中，攻击李三才的人大哗。而那时于玉立、黄正宾等人依附其间，颇有轻浮好事的名声。徐兆魁之徒于是以此为攻击东林党的口实，徐兆魁在奏疏上攻击顾宪成，肆意诋毁。声称浒墅有条小河，东林党占用其税收作为书院的费用。关使到，东林就以文书招请，假使关使没有应邀前往，也必定给予丰厚的报酬；讲学所至，仆人随从如云，县令令馆舍予以供应，没有二百金办不到；聚会时必定谈论时事，郡邑做事偶然与他们意见不同，必令郡邑改正；受了黄正宾贿赂。他的话没有一句得到证实。光禄丞吴炯上奏为顾宪成一一辩白，因而说：“顾宪成送信救李三才，是有些出格，我尝责怪他，顾宪成也后悔。现在顾宪成被诬告，天下将因此作为讲学的惩戒，闭口不谈孔、孟之道，国家正气从此而耗减，不是小事情啊！”奏疏上后，皇上不予回答。嗣后攻击顾宪成的人没有断绝，等到他死后，还有人攻击。凡是救李三才的，争论辛亥京官考察的，护卫太子的，揭发韩敬科场舞弊的，请勘查熊廷弼的，为张差梃击而抗旨上疏的，最后争论移宫案、红丸案的，违背魏忠贤的人，都被指为东林党人，没有一天不遭到抨击。凭借魏忠贤的邪恶势力，将他们一网打尽。杀的杀，禁的禁，贤明之士再也见不到了。崇祯登基后，渐渐有所任用。但朋党势力已经形成，无耻小人势力大张，使国家受害，明代灭亡后才停止。
顾允成，字季时，宪成的弟弟。性情耿直，注重名节。参加万历十一年(1583)会试，十四年才赴殿试。对策中有这样的话：“陛下因为郑妃勤于奉侍，册封为皇贵妃，朝廷大臣私下担心不已。请求册立太子，晋封王恭妃，不是得不到皇上答复就是立刻被斥退。不幸郑贵妃擅威弄权，她的亲戚左右大张其势，内廷、外廷之害多得不得了。不久张居正欺上专权，陛下认为他不可信，把朝政托付给二三个小人。恐怕张居正的专权，还与陛下不一致。而这些人专权，只给了陛下一致。不一致则容易抓空隙，予以调整，一致则难于插手挽救。”执掌朝政的大惊而且愤恨，把他排在末名。
正好南畿督学御史德清人房寰，连连上疏诋毁都御史海瑞，顾允成气愤异常。与同年生彭遵古、诸寿贤上疏弹劾他，大意说：“房寰嫉妒贤明、丑化正直的人，不知道人间的廉耻。我等自幼读书，就知道仰慕海瑞，认为他是当代伟人。房寰大肆贪污，听说海瑞的风范，应当羞愧而死，反而敢制造谣言诬陷，我等深表痛心。因而弹劾他欺君罔上的七大罪状。”房寰奏疏刚上时，朝野之士恨得咬牙切齿。而政府庇护他，仅仅拟定圣旨责怪了他。等到得到顾允成等的奏疏，说房寰已遭到严厉的责备，不应当出格妄自上奏，夺去三人的官服，回家自省，而且命令九卿约束办事进士，不要擅自议论朝政。南京太仆卿沈思孝上疏说：“二三年来，今天以建议防人，明天以越职加人罪，而且告诫诸部门加以约束，进士议论时政的，命令堂官管制。禁止大臣作奸犯法是可以的，反过来却禁止大臣直言劝谏；教他们磨砺德行、树立名节是可以的，想不到反过来教大臣保持沉默以取得宠幸。这个风气一开，弊端的尽头是哪儿呢？御史为避开祸害希望得到宠爱不再说什么，一般官吏又不应该说；大臣持有俸禄不说，小臣又不许说。万一奸臣擅权，危及宗庙、社稷，陛下怎么能听到呢？我遍考前朝的旧事，练纲、邹智、孙磐、张璁都是以书生向朝廷建议，没有听说有罪，为什么独独禁锢顾允成呢？”奏疏进入内宫，因违背圣旨被责备，三个人遂被除去官籍。房寰又诋毁海瑞和沈思孝，其言狂妄到了极点。从而得罪了清议，贬为江西副使。给事中张鼎思弹劾他的奸诈与贪污，房寰也攻击张鼎思私人请托一事。各位给事中纷纷不平，连上奏章攻击房寰，房寰与张鼎思同时被贬，再也没有振作起来。
很久以后，南京御史陈邦科请求录用顾允成等，皇上不答应。巡按御史又说到此事，皇上下诏许他作为教授使用。顾允成在南康、保定任教授。后为国子监博士，升为礼部主事。三位皇子一同封王的命令下达，顾允成与同官张纳陛、工部主事岳元声合作上疏劝谏说：“册立大典，近年来没有再敢亵渎的，因为已奉有二十一年颁行的明令诏书。今天已到期，群臣没有不殷切盼望的。而首席辅臣王锡爵星夜赶到朝廷，见到礼部尚书罗万化、仪制郎于孔兼，就告诫他们不要说，慷慨独自担当。我等实在感到欣慰。不想陛下拿出禁中密札，竟然给了王锡爵私人，三王同时分封的朝议于是达成。即使次辅臣赵志皋、张位也没有预先听说，天下的事并不是一家的私事，长子封为王，祖宗以来没有这样的规矩，王锡爵怎么能独自专断，陛下怎能开创这一先例呢？”当时，光禄丞朱维京、给事中王如坚的奏疏先呈上，皇上震怒，让他们到边境去戍守。朱维京的同官涂杰、王学曾接着上疏，被斥退为百姓。到这时，劝谏者更加多，皇上知道不可以全部斥退，只是回答“按照圣旨行事”。不久竟然停止。
没有多久，吏部尚书孙钅龙等因为过失被责怪。顾允成认为张位实主使其事，上疏极力攻击张位，牵涉到王锡爵。纳陛也上疏极力辩论，并涉及到执掌朝政的人。皇上发了脾气，将顾允成贬为光州判官，纳陛贬为邓州判官。他们俩都乞求告假回乡，不再出来做官。
刘元珍，字伯先，江苏无锡人。万历二十三年(1595)进士。起初授职南京礼部主事，进为郎中，父母年岁大了，刘元珍回家赡养他们。后又起用为南京职方郎中，淘汰军营中老弱的士兵，每岁节省银两二万多。
万历三十三年(1605)京官考察，吏部侍郎杨时乔、都御史温纯，将宰相府的钱梦皋等全部贬退。大学士沈一贯秘密为之斡旋，皇上下诏给事中、御史被贬退的都留下，而且没发下考察的奏疏。刘元珍正当服丧期满等待依次补缺，上书直言：“沈一贯自从执掌朝政以来，亲近小人，窝藏奸险的人，凭借权势谋取私利，窃取朝廷的恩惠以获取好的名声，欺君罔上的不忠，没有比这更大了！从古至今，小人没有比这更大！最近看到钱梦皋有奏疏，每每用朋党之名强加于人。从古至今，小人没有不用朋党之说先控告好人的。这关系到治乱安危的大事，不是小事情。”疏奏上，被留在禁中，沈一贯赶紧为自己辩护，乞请明示独断之意，好让众人放心。钱梦皋也诋毁刘元珍是温纯的鹰犬。奏疏皇上都没有批示。没有多久，晓谕朝廷大臣以留用言官的缘故，将刘元珍降一级，调到边境。沈一贯假装申救，给事中、御史侯庆远、叶永盛等也替他争辩，皇上皆不听从。当时员外郎贺灿然、南京御史朱吾弼相继讨论京察。主事庞时雍则直接攻击沈一贯欺君罔上罪行十条、误国之罪十件，并且说：“沈一贯财富日日增加，陛下的社稷天天变坏。不久前南郊发生雷震，正当沈一贯上奏请求颁行敕谕之时。这不就是说老天讨厌他的奸诈，用以提醒陛下，让您早日除掉这邪恶的小人吗？”皇上看到奏疏大发脾气，命令一并降刘元珍、贺灿然职三级，调任最边远的地方。不久，庆远及御史李木冉等上疏救援。皇帝更加不高兴，停发他们的俸禄，将刘元珍等贬到最边远的地方任杂职。不久，御史周家栋指陈时政，言语过激。皇上迁怒于刘元珍等人，将他们皆从官籍中除掉。然而考察的奏疏也颁布下来，各被留用的人都自动免职离去了。
光宗即位，起用刘元珍为光禄少卿。当时辽、沈已经陷落，所以赞画主事刘国缙进入南四卫，以招抚军民为名，投递文书给督饷侍郎，命令发舟南渡。言官想推举他为东路巡抚，刘元珍上奏道：“刘国缙是李成梁的义子，李成梁放弃封疆，刘国缙在军营得以幸免，于是留下祸患。杨镐、李如柏丧师，刘国缙一为赞画，立即上奏担保二人，想以违反节制治杜松之罪。建议用辽人冒领官币二十万两招募士兵三万，结果没有一人能用。被弹劾解去官职，忽然拥兵数万，想从小道进入登、莱，逃窜于内地。万一敌人的间谍混入其中，拿什么防备呢？”奏疏下放到兵部巡抚议论，于是停止。
没有多久，刘元珍死于任上。当初，刘元珍被罢免官职回到家乡后，以讲学为业，旌表节义，抚恤鳏寡，名声、义气重于一时。