评定政绩时他列为最佳一等，升为御史。吏部尚书梁梦龙被罢官。魏允贞说：“吏部官职重要，过去都在会同推荐选任之前，有关官吏都受到当政之人和司礼中官的影响，所以任用了一些不恰当的人。”皇帝接受了他的意见，特地任用严清，中外感到信服。不久，他弹劾兵部尚书吴兑，吴兑引咎辞职。

过了不久，他上疏陈明有关时弊的四事，说：“自从张居正窃取权柄，吏、兵二部升迁、授职须先报告他，所以任用的都是与他有私交的人。陛下应当与辅臣好好考察两部的负责人，让他们有自己管辖的事宜。使辅臣不要侵犯部臣的权力而谋取私利，部臣也不能乘辅臣的空隙自行其私，则官风自会整肃。自从张居正的三个儿子连连进入制科，遗留的祸患到现在还未停止。请从今天开始辅臣子弟中了进士，等到离职后才允许参加廷试，或许可以使宠幸之门稍有杜绝。自从张居正讨厌听到正直的言论，每遇到科道员有空缺，都选择才性便于利用、善于谄媚、迎逢的人授给，致使正当的言论听不到了，小人得志。从现在开始考察、选任官吏时，陛下应该严厉告诫有关部门，不要重蹈故辙。自从与俺答互市以后，边备松弛。三军的月饷，克扣一半以充市场赏赐，又克扣另一半给达官要人，士兵没有隔夜的粮，怎么能抵御边寇呢？来自辽东的战功，尤其到了令人惊异的程度。军队的声誉日益振奋，而人口天天比过去有所减少。奏报失实，升迁出格，赏罚无章，何以能卫国？”奏疏上传后，皇上把它下到都察院。

先前，张居正对其子有私心，其他辅臣吕调阳儿子兴周，张四维儿子泰征、甲征，申行时儿子用懋，都相继举进士。甲征、用懋即将廷试，魏允贞的上疏刚好送上。张四维大怒，说：“臣在政府做事，没有什么不应当听说的。因为前人行私，就不让臣过问吏、兵二部事，这不是制度。”因而为他儿子辩诬，而且乞求告老回乡。申时行也上疏争辩，皇上一同安慰挽留，责备魏允贞言词过当。户部员外郎李三才上奏认为魏允贞是对的，他俩一同被贬官调出京城。魏允贞得到许州判官。给事中、御史周邦杰、赵卿等上疏申说救助，皇上一概不予接纳。魏允贞虽然被贬，但从此辅臣当权时，其子没有再登进士的。过了很久，逐级升到右通政使。

万历二十一年(1593)以右佥都御史巡抚山西。魏允贞平素刚正、果断、清廉、脱俗。因为山西地瘠民贫，力主裁减幕府的每岁上供和州县的冗费，用这样节约的万余银钱修治亭障，修建烽火台，购置器具、马匹以换取粮食。又上奏请求免除平阳站每岁的定额银八万，用山西省邮传节余的费用来补充。雁门、平定军因为逃避屯田粮税而逃跑，魏允贞上奏免除两军的地租，下令恢复开垦。岢岚互市，省抚赏给银钱六万。汾州有两个郡王，管理人员与军民杂处，知州职位太低不能制服，魏允贞奏请改为府。自从互市后，边政废弛，魏允贞看到了要害，修筑边墙万余丈。声名大振，皇上数次嘉奖他的才能。恰好下诏让宦官张忠在山西采矿，魏允贞上疏极力主张不可，皇上没有答复他。不久，西河王知燧请求开凿解州、安邑、绛县的矿产，以仪宾督促有关事宜。指挥王守信请求开凿平定、稷山各矿山。皇帝都批复同意。魏允贞恐怕老百姓受到更多的干扰，请求命令让张忠一个人管理，皇上也不同意。

三殿受灾，皇上下诏恳求大臣讲实话。魏允贞认为过错在于辅臣，历数赵志皋、张位的罪行。并且说：“这二个人在二月加了恩宠，过了一个月两宫发生灾乱。今年又加恩，三殿又受灾，天意啊！”张位极力为自己辩解，请求罢官。皇上安慰，予以挽留，责备魏允贞是边臣不当议论朝政，因为屡被推举不被任用，遂放肆乱言，被停发俸禄五个月。不久，魏允贞上疏推举被人忽视的贤明人士，请召回王家屏、陈有年、沈鲤、李世达、王汝训和小官史孟麟、张栋、万国钦、马经纶、顾宪成、赵南星、邹元标等，上疏被留在禁中。过了很久，他才按程序提拔为右副都御史。

万历二十八年(1600)春天，上疏陈明时政的过失，说：“从地方考察选取的各位臣僚，几经论辩、推荐，皇上还是没有轻意地授予一官。那个鲁坤、马堂、高淮、孙朝之辈，做了什么事，推举了什么人，皇上让他们拥有权力横行朝中，生杀予夺，全由他们一句话。朝廷大臣所陈明的都是国家大计，一切搁置阁中，不予实行，更有甚者被严加责备。那些监税之徒，都是无赖小人，为老百姓所不齿，却早晨上奏，晚上得到批复，如声音与回音一样相随。我百思不得其解。小官吏下乡，民间仍被干扰，更何况官役四出，如虎若狼，老百姓倾家荡产、家破人亡。如吴宝秀、华钰等人，就惨到极点，可陛下没有一点念及到他们。钱粮的出入，上下拖延，还有很多弊病。这些人大权在握，动辄数万。有关官吏不敢过问，抚按也不敢上报。难道没有吸民脂民膏而自己发财的吗？可陛下也没有一点察觉。黄金取于云南，不满足不停止索取。珍珠取自大海，不弄完不停止。锦缎取于苏杭，不到极端奇巧不停止。元老听任他们闲置，而正直的大臣几乎全被永远禁止参予朝政，陛下爱贤明的人士，还不如爱珠玉锦缎。”上疏奏上，皇上也不理会。

起先，张忠因开矿到山西，后来孙朝也来收税，责备、哀求的呼声来自四方，魏允贞每次予以裁定、抑制。恰好张忠打死太平典史武三杰，孙朝的使者逼死建雄县丞李逢春，魏允贞上疏揭露他们的罪行。孙朝发怒，弹劾魏允贞违抗命令、肆意阻挠。皇上将魏允贞的奏疏留下，而把孙朝的奏疏下到部院。吏部尚书李戴、都御史温纯等极力称赞魏允贞的贤明，请求将魏允贞的奏疏下到部院进行评议。皇上把他们的意见都留下了。山西军民数千人怕魏允贞离去，相继到京城喊冤，两京的御史也连连上奏救援。皇上于是将两个人都不问罪。第二年，张忠因为夏县知县袁应春对他不礼貌，弹劾，并要求贬他的官。魏允贞请求留任袁应春，皇上不答应。

魏允贞的父亲年已九十多，魏允贞年年乞求侍养，奏章上了二十回。朝廷大臣认为皇上特使为害百姓，不是魏允贞不能制服，所以留任了他。这一年五月魏允贞的要求更坚决，才让他回家乡。官吏、百姓为他立祠。不久，朝廷的视察人员上奏魏允贞守边疆的功劳，在家提升为兵部右侍郎。很快他就去世了。天启初年，追封谥号为介肃。

王国，字之桢，耀州人。万历五年(1577)中进士，授职庶吉士，改任御史。

王国出去巡视京畿一带的屯田，清理成国公朱允祯等所侵占的田地九千六百余顷。张居正病重后，他上疏推荐他的座师潘晟进入内阁，皇上采纳了。王国与同官魏允贞、雷士祯和给事中王继光、孙炜、朱惟炳、张鼎思以为不可，皇上停止了任命。不久，极力弹劾宦官冯保的罪行。并且说：“张居正死后，冯保令徐爵索取他家的七张名琴、九个夜光珠、五个珠帘、三万两黄金、十万两白银。张居正的儿子恭恭敬敬送到冯保的屋里，而冯保扬言是陛下要的，玷污了皇上的名声。”因而揭发曾省吾、王..内外勾结的情况。王国的奏疏从外地到，与李植的奏疏先后呈上。皇上已采纳李植说冯保有罪的意见，李植遂为人所知，而王国的名声也由此显赫。回到朝廷，推荐王锡爵、陆树声、胡执礼、耿定向、海瑞、胡直、颜琼、魏允贞。不久之后，他又出督南畿学政，因病回乡。

王国起用掌管河南道。首辅申时行想把他不喜欢的十九个人置于考察的名册上，吏部尚书杨巍也在其中，王国极力坚持不能这样做。申时行以御史马允登资历较王国老，起用马允登掌考察事宜，让王国辅佐他。各位御史都集中了，马允登写下十九个人的姓名，说：“这些人都是为众人所不能容忍的人。”王国仔细看后，喝叱道：“这些人唯独与执政相抵触。皇天在上，怎么能说出这样的话呢？”马允登不收回意见，王国很气愤，奋力上前想揍他。马允登赶紧逃跑，王国围着柱子追他，其他人上来劝解。皇上听到了此事，把两个人都调出京城，王国任四川副使，后因疾归家。那十九个人靠王国幸免于难。

很久以后，王国起用为原官职，到山西任职。后改任河南督学，升为山东参政。在他任职的地方，他以公正、廉洁而著称。征召为太仆少卿。又外出任山西副使，做南京通政使。万历三十七年(1609)以兵部右侍郎兼右佥都御史的身份巡抚保定。年内发生灾害，王国屡屡上书皇上请求放宽赈恤事宜。大盗刘应弟、董世耀聚众称王，远近劫掠，王国率兵剿灭了他们。升为右都御史，巡抚身份如旧。

王国刚正耿直，与弟弟吏部侍郎王图为当时人所仰慕，遭朋党忌恨。他请求归家，死于家乡。

余懋衡，字持国，江西婺源人。万历二十年(1592)中进士，授职永新知县。升为御史，当时因为修建大殿，矿税使被派往各地，骄横异常。余懋衡上奏说：“与其骚扰平民，榷税至于鸡猪，还不如明明白白告诉天下人，稍为增加田赋，共同赞助大殿工程。现在避开增加赋税的名声，实际上是竭泽而渔的办法，这样的害处比增加赋税要大十倍。”违背圣旨，余懋衡被停发俸禄一年。

巡按陕西，税监梁永将私人财产运到畿辅，役使人马甚众。余懋衡上奏弹劾他，梁永恨得要命，唆使其帮凶乐纲贿赂厨师想毒死余懋衡。两次中毒，余懋衡都没死，拷问厨师，获取乐纲给予的贿赂和剩下的毒药，于是，上疏极力弹劾梁永，御史官也争相弹劾梁永，皇上都不讯问。梁永害怕军民为难他，召进一些亡命之徒自卫。御史王基洪声言梁永一定会造反，将梁永杀掠官吏、百姓的事一一陈上。巡抚顾其志为梁永隐讳，梁永于是为自己辩护。皇帝怀疑御史说的不是实话。可咸宁、长安二个知县与梁永的对立更加厉害。梁永党徒王九功等多私人武装，怕被有关官吏察觉，托词说是梁永调遣，拉帮结伙乘马驰走。县吏在华阴追上他们，相互之间发生战斗，不久都被抓住，余懋衡于是以谋反之罪控告梁永。梁永很害怕，他的爪牙也逃散了，只有乐纲还在，他教梁永诬告咸宁知县朝荐，朝荐被逮捕。梁永不久也被撤回京城，关中才安宁下来。余懋衡不久后因家人去世回到家乡。后被起用掌管河南道。升为大理右寺丞，声称有病归家。

天启元年(1621)他又被起用为大理左少卿，官至右佥都御史，与尚书张世经共同管理京城军队政事。又任右副都御史，改做兵部右侍郎，都是管理军队。三年八月朝官推举南京吏部尚书，李三才为第一人选，余懋衡为第二人选；推举吏部左侍郎，以冯从吾为第一人选，以曹于汴为第二人选。皇上都用第二人选。大学士叶向高等极力认为不行，皇上不听。余懋衡、曹于汴也认为自己资历不及李三才等，极力推辞新的任命，声称有病回到家乡。

第二年十月，余懋衡又被授予前职。他看到宦官势力正大，坚决不肯就任。不久奸臣张纳肆意诋毁讲学各位大臣，其中以余懋衡、冯从吾和孙慎行为首，于是，余懋衡等被削职。崇祯初年，方又官复原职。

李三才，字道甫，顺天通州人。万历二年(1574)中进士，授职户部主事，任郎中。与南乐的魏允贞、长垣李化龙以经世致用相互勉励。等到魏允贞因为议论朝廷违背辅臣意思，李三才抗旨为他申辩，被贬为东昌推官。再改任南京礼部郎中。恰好魏允贞、李化龙与邹元标等在南曹做官，愈加来往密切，讲求经世致用，名声更为著名。调任山东佥事。山东多狡猾的大盗，李三才多方设计圈套，将他们一一剿灭逮捕。升河南参议，又升副使。督山东、山西两省学政，提拔为南京通政参议，征召为大理少卿。

万历二十七年(1599)以右佥都御史总管漕运，巡抚凤阳各府。当时矿税使横行各地。李三才所辖范围，由徐州陈增、仪真暨禄收商税，扬州鲁保征收盐课，沿江邢隆征收芦课税，蔓延千里。矿税使任用奸徒，伪造印章，所到之处如追捕叛乱和逃亡者一样，公然抢夺。而陈增尤其过分，公然数次凌辱官吏。唯有李三才正气凛然，压制其肆意行凶的爪牙，而且密令犯死罪的囚犯将他们指为同党，从而将他们捕杀，陈增的气焰才被压下。

而那些不安分的人因为矿税使的缘故，多起来做了强盗。浙江人赵一平用妖术倡议叛乱。事情被发觉，他逃往徐州，改名古元，胡说自己是宋皇室的后代。与其同伙孟化鲸、马登儒聚集亡命之徒，自署官职，预定第二年二月各方起事。计谋被泄露，他们都被逮捕。赵一平逃到宝坻，被抓获。

李三才再次上疏陈明矿税使的害处，说：“陛下喜爱珠玉，老百姓也羡慕温饱；陛下爱护子孙，百姓也恋妻女。为什么陛下要聚集财宝，而不让小民老百姓有一升一斗的需要；想绵延万年，而不让百姓有一天的欢乐呢？自古未有朝廷的政令，天下的情形就到了这种地步，而能幸免没有叛乱的。朝政鄙陋的多，而陛下的病根就在于沉溺于钱财之中。臣请求陛下发善心，罢除天下的矿税。贪欲之心既然丢掉，则朝政可以治理好。”过了一月，皇上没有回答。李三才又上疏，说：“臣为百姓请命，一个多月没有得到回答。听说近日的奏章，凡涉及到矿税，都置之不理，这是国家存亡的关键，一旦众叛亲离，老百姓都成为敌人，风驰尘扬，叛乱的人群四起，陛下安然独处；即使黄金满箱，明珠填屋，谁替你守护呢？”皇上也不答复。万历三十年(1602)，皇上生病，下诏罢矿税，转眼之间又下诏停止罢免矿税。李三才极力陈明国家形势危急，请立刻颁下前面停矿税的诏书，皇上不听。

清口水干涸阻碍了漕运。李三才建议开渠建闸，花费二十万，请求留下漕粮接济。督储侍郎赵世卿力争，李三才于是声称有病请求离去。皇帝讨厌他回避，同意了。淮扬巡按御史崔邦亮，巡漕御史李思孝，给事中曹于汴，御史史学迁、袁九皋交上奏章乞求把李三才留下。史学迁说：“陛下因为陈增的原因，想去掉李三才，托词解除了他的官职。近年来宦官四出，海内沸腾。李盛春的去职因为王虎，魏允贞因为孙朝，前任漕臣李志也是因为矿税事。其他官吏离开岗位的，不可胜数，现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官，想找陈增算帐，陈增避门不出。李三才不当离职可想而知。”皇上对上疏仍不予理睬。李三才于是离开徐州，接连上疏请求找人替代他，未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储，再次请求让李三才留下。皇上于是命令李三才继续任职以等待代替的人，皇上也终究没有派遣代替的人。

第二年九月又上疏说：“近来雷电击中了陵寝，大风拔起了树木，洪水滔天，天变到了极点。赵古元刚被肢解于徐州，赵大荣在亳州被砍头，而睢州的大盗又出现了，人心的离散到了极点，陛上每当有征求时，必定说：‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏，那是国家的福气。所谓皇上瘦弱而天下肥，实际上不是这样。陛下所谓的匮乏，是黄金没有遍地，珠宝玉石没有堆到像天那么高。小民饭都吃不饱，又来搜刮，鞭打没有止尽，道路上全是囚犯，官吏唯有请求罢官，老百姓唯有一死，陛下难道还不引起警惕吗！陛下不要说臣危言耸听、言过其实，真的到了这一步，哪有陛下安身的地方呢！”皇上也不回答。不久，睢州的盗匪被擒获。李三才因此上奏施行几件事，境内安宁。

歙县人程守训以纳财得中书官职，他为陈增的随从。骄横跋扈，所到之处为他举行盛大的仪式，允许人告密，连妇女、儿童也拷问。他害怕李三才，不敢到淮上。李三才弹劾整治他，得到他的赃物数十万。陈增害怕连累到自己，搜查他的奇珍异宝，盗用的龙文、服饰、器物。程守训和他的帮凶都被逮捕受到法律的制裁，远近地方人心大快。

万历三十四年(1606)皇帝的孙子出生。皇上下诏合并矿税，释放囚犯，起用被解职的官员，增补御史，不久却不全部实行。李三才怀疑首辅沈一贯从中作梗，便上疏暗中诋毁沈一贯。接着，他又说：“恩诏已颁布，立刻又中途停止，在路上人们说前几天的新政不过是陛下一时心喜，所以旋开旋闭。”又说：“沈一贯担心沈鲤、朱赓威逼自己。又害怕他们有所争执，暴露了自己的短处，害怕事情不由自己去做，就想从中使坏。他行贿左右的人，多方煽动，致使新政遇到阻力。”皇上得到奏疏，感到很震惊，下诏严厉责问，将他的俸禄停发了五个月。第二年，暨禄死。李三才因而请求下诏将天下的税使全部撤离，皇上不听，命令鲁保兼任暨禄的职务。

当时，顾宪成住在无锡，在东林书院讲学，喜欢品评人物。李三才与他有深交，顾宪成也极信任他。李三才曾经请求增补大僚，选拔科道，录用被贬的官员。因而说：“各大臣只因为议论一有触及到掌权的人，便永远不被任用，他们并没有违背陛下。现在有些人假皇上的威风禁锢大臣，又借他们违抗陛下的名义替自己的罪过掩饰。有负国家有负君王，没有比这个罪更大的了。”意在为顾宪成等人呼吁。不久，又极力陈明朝政的败坏，请求皇上奋发有为，与天下一起有所变化。而且极力说明辽东一带危急，必定难以永保安全。皇上都将其置于一边不加理会。

李三才有雄才大略，在淮上一带干了很久，以抑止税监深得民心。待淮、徐一带发生灾害，他又请求赈恤，减免马价。淮上之人深为崇敬他，逐渐地升至户部尚书。

正好内阁缺人，建议的人认为不应当专门只用文学侍从，应该让地方官也参加补缺，李三才依次被召进朝中。由此忌恨他的人日众，诽谤他的言论四起。工部郎中邵辅忠弹劾李三才表面上是忠臣其实是个大奸贼，表面上正直实质上狡猾，列举他贪污、虚伪、险恶、专横四大罪状，御史徐兆魁接着弹劾。李三才上了四份奏疏为自己极力辩护，而且乞求退休。给事中马从龙，御史董兆舒、彭端吾，南京给事中金士衡相继为李三才申辩。大学士叶向高说李三才已闭门等待治罪，为朝政考虑，应立即定下他的去留问题。皇上一概不予回答。不久，南京兵部郎中钱策，南京给事中刘时俊，御史刘国缙、乔应甲，给事中王绍徽、徐绍吉、周永春、姚宗文、朱一桂、李瑾，南京御史张邦俊、王万祚，又连着上奏弹劾李三才。而给事中胡忻、曹于汴，南京给事中段然，御史史学迁、史记事、马孟祯、王基洪，又上疏为他申说救助。一时间，朝臣聚讼，过了几个月还没有平息。顾宪成于是写信给叶向高，极力称赞李三才廉洁、正直，又写信给孙丕扬极力为他辩护。御史吴亮素与李三才要好，就把两信附在邸报之中，由此议论更为喧哗。乔应甲又上了两疏极力攻击他，列举了李三才十贪五奸之事。皇帝都不闻不管。李三才又再三请求辞职，奏疏上了十五道，过了很久不见命令下来，于是自己就走了。皇上也没有怪罪他。