崇祯十六年(1643)冬天，担任右佥都御史，代替王聚奎巡视湖广。这时湖北地盘大多失陷，只有武昌在手，驻扎着左良玉的大批部队，骄横不法。腾蛟同良玉友好相处，双方总算相安无事。第二年春天，他们两个派遣将领惠登相、毛宪文收复了德安、随州。

五月，福王即位。诏书传到时，良玉正驻守汉阳，他的部下对此有异议，不想宣读诏书。腾蛟说“：国家的安危全在这一下了。如果大家不接受诏书，我就只好以死殉国了。”他抵达良玉的驻所，良玉已经听了正纪卢鼎的话，按照礼仪宣读了诏书。正纪是良玉设置的官名。八月，福王命令加封腾蛟兵部右侍郎，兼管巡视湖南，取代了李乾德。不多久朝廷又让他以原先的身份总管湖广、四川、云南、贵州、广西的军务，把总管杨鄂召了回去。第二年三月，南京发生了北来太子一事，京城内外都以为是真太子，朝中大臣都认为是假的。腾蛟极力说不能杀他，同当权的人大相违背。

没多久，良玉率兵造反，邀请腾蛟同行。腾蛟没有同意，良玉就以杀尽城中百姓相威胁，士民都争着隐藏到他的官署中，腾蛟坐守在大门口让他们进去躲避。良玉毁坏院墙放了一把火，避难的人们全部被烧死了。腾蛟赶紧解下官印给家人，命令他们迅速逃走，自己打算自杀，被良玉的部将劫持走了。良玉想同他坐同一条船，腾蛟不答应，就把他放在别的船上，让四个副将守住他。船行到汉阳门，腾蛟乘机跳入江中。那四个副将怕被杀头，也跳入水中。腾蛟在水上漂了十几里，被渔船上的人救了起来，上岸正好就到了汉前将军关北缪侯的庙前。带着他的官印的家人正好这时也到了，相互见面后都非常吃惊。回头寻找渔船，也忽然不见了。远近各地的人们都说是因为腾蛟为人忠诚得到了神的保佑，从此对他更加归附了。

腾蛟于是从宁州转浏阳，抵达长沙。聚集过去手下的僚属堵胤锡、傅上瑞、严起恒、章旷、周大启、吴晋锡等，大家痛苦地订立盟约、誓言。他们分配马匹、船只、粮草，建立几支武装分别担任首领。命令胤锡代理湖北巡抚，上瑞代理湖南巡抚，章旷为总督监军，大启监管学政，起恒原本是衡、永道官员，就让他督管二郡的军粮，晋锡以长沙推官的身份代理郴、桂道的职务。接着就派章旷调遣副将黄朝宣、张先璧、刘承胤的兵力。朝宣从燕子窝，先譬从溆浦，承胤从武冈先后到来，军威稍稍振作起来。而这时良玉已经死掉了。

顺治二年(1645)五月，大清兵攻克南都，唐王朱聿键在福州自立为王。福王居住在南阳时，本来知道腾蛟能干，这时就更加重用他了。李自成在九宫山被打死以后，他的将领刘体仁、郝摇旗等因为没了主帅，打算归附腾蛟。他们率领四五万人突然间进入湘阴，与长沙相距只一百多里。城中的人们不知道他们是来归顺的，非常害怕。朝宣就率兵回燕子窝去了。上瑞请求腾蛟出去避一时，腾蛟说“：死在左良玉的手中，同死在贼手，是一样的，为什么要逃避呢？”长沙知府周二南请求前往侦察他们，腾蛟派了一千人为他护行。贼兵认为他们是来迎战的，就用箭射死了他，随行的士兵也都死了。这下城中更加惧怕，士绅百姓、男男女女全都逃跑了。腾蛟同章旷谋划，派遣部将万大鹏等两个人前去招安。贼寇见只有二匹马，就迎接他们进入演武场，用酒肉招待他们。他们两个没有说一句话，只跟贼寇痛饮。饮酒完毕，贼寇问他们的来意，二人回答说，督师认为淮阴狭小不能够容纳大军，请你们就移驻长沙好了。于是拿出腾蛟的手信招请他们说：“何先生等待着你们归顺的那一天，他发誓永远保证你们享受富贵。”摇旗等人非常高兴，立刻同大鹏一道到了长沙。腾蛟开诚布公地对他们加以安抚和慰问，设宴饮酒狂欢，并且用牛肉和酒犒劳了他的随行官员。腾蛟命令先璧率领三万士兵演习骑射，大小军旗遮天蔽日。摇旗等又非常高兴，招集他的党羽袁宗第、蔺养成、王进才、牛有勇等都来归顺，一下子增加了十多万士兵，军威大振。

不多久，李自成的将领李锦、高必正带领几十万部队逼近常德。腾蛟命令胤锡把他们招安了，安置在荆州。李锦是李自成的侄子，后来朝廷赐给他的名字叫赤心。必正是自成的妻子高氏的弟弟。高氏对李锦说“：你愿意当一个无赖的贼呢，还是愿意做大将军呢？”李锦说：“这话什么意思呢？”高氏说：“要做贼就不说了，假如要以身许国的话，就应当爱护人民，受主将节制，就是死也不能有二心，这就是我所希望于你的。”李锦说：“是。”腾蛟害怕李锦骄横不法，后来有一天经过他的军营，就拜见高氏，拜了两拜，礼节很是恭敬。高氏十分高兴，告诫他的侄子不要忘记何先生。李锦从这以后不曾有过不规矩的动机。

自成在天下造反二十年，攻陷皇都，颠覆庙社，他的几十万士兵最终全归附了腾蛟。而腾蛟上书只说罪魁祸首已除掉，稍微发泄了神灵的一口怨气，应该到郊庙去祭告神灵，始终不谈自己的功劳。唐王非常高兴，立刻任命他为东阁大学士兼兵部尚书，加封他为定兴伯，仍然统帅军队，但是心中怀疑自成之死不真实。腾蛟肯定自成死了，尸体都已经腐烂了。腾蛟不敢以有功自居，因而坚决辞谢给自己加封的爵位。唐王不准他辞谢，命令他谋划攻取江西以及南都。

在这个时候，投诚的士兵已经很多了，腾蛟打算把原有的部队掺进他们中间去，于是题写、授予朝宣、先璧为总兵官，与承胤、赤心、郝永忠、宗第、进才以及董英、马进忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎等一并在湖南、湖北开设军镇，这就是当时所说的十三镇。永忠就是摇旗，董英是腾蛟的中军，志建是以前的巡抚刘熙祚的中军，其余的都是良玉的旧将领。

腾蛟态度坚决地想举兵东下，就上表给唐王要求出兵作战。第二年正月与监军御史李鹰品率先开赴湘阴，约定时期与其他将领在岳州大会合。先璧在原地逗留不肯赶来，其他的各军也在相互观望，只有赤心从湖北到来，被大清兵打败，然后返回，各镇的出兵于是都成了泡影了，腾蛟的威望也因此受到损害。当时各位将领都骄横贪婪而且残忍，朝宣尤其突出，他抢劫了人还要剥掉人皮，永忠也仿效他，没有一天不杀人，腾蛟不能制止他们。旧总督杨鹗过去因克扣军饷失去军心，现在又向上巴结当了偏沅总督。腾蛟对此说了话，朝廷才把杨鹗召回。

唐王多次讨论出关，被郑氏阻止。腾蛟屡次请求唐王亲临江西，以便联合力量攻取江西。唐王派遣使者来征集兵力，腾蛟派永忠的精锐骑兵五千人前去应征。永忠不肯前去，五月份才抵达郴州。恰好大清兵攻下汀州，聿键被俘而死，赣州也失陷了。腾蛟听说唐王去世，非常悲恸，但还是像平常一样整治军队保守边境。

后来听说永明王即位，心里才稍稍安静下来。不久永明王让腾蛟做武英殿大学士，加封太子太保。王进才本来在把守益阳，听说大清兵渐渐逼近，竟然回到长沙去了。

四年春天，进才扬言缺乏军饷，在当地大肆抢劫，并且一直抢到湘阴。恰好大清兵到达长沙，进才逃往湖北。腾蛟不能把守，单枪匹马逃往衡州，长沙、湘阴一同失陷。卢鼎此时把守衡州，而先璧的军队突然到来，大肆掳掠。卢鼎不能抵抗，逃到永州。先璧于是挟持腾蛟到祁阳，又从小路到辰州。腾蛟半道逃脱回来，到了永州。立足未稳，卢鼎部下的将领也开始大肆抢劫。卢鼎逃往道州，腾蛟与侍郎严起恒跑到了白牙市，大清兵于是拿下了衡州和永州。当初，腾蛟建立十三个军镇用来保卫长沙，到现在各军都自己做了盗贼，谈什么保卫国家呢？大清兵进入衡州，守将黄朝宣投降了。大清兵列举他的罪行，把他肢解了，周围地区的人民都拍手称快。大清政府让一个知府把守永州，副将周金汤探察到守城力量薄弱，夜间率兵击鼓大喊着登上城墙，知府弃城逃跑，金汤于是进入了永州。

六月，腾蛟在白牙。永明王暗中派遣中使告诉他刘承胤的罪行，命令他到武冈除掉他。腾蛟于是前去拜见永明王，永明王和王太后都召见了他。承胤起初是一个小校，凭腾蛟推荐做到了大将，现在已经渐渐地骄傲起来。腾蛟在长沙征调他的兵力，承胤非常愤怒，说：“你以前调遣朝宣、先璧的军队时，都是章旷亲自过去说好话，现在倒来军令使唤我。”于是派骑兵到黎平，抓住腾蛟的儿子做人质，向他勒索了几万饷银。腾蛟的儿子逃跑回来告诉他，腾蛟派遣章旷去，承胤才会率领军队来。腾蛟并且同他约为儿女亲家，承胤这一来更加骄横。到这时加封爵号为安国公，勋阶为上柱国，赐了他尚方宝剑，他更加坐地自大。承胤忌妒腾蛟位置在自己之上，想夺取他的权力，请求朝廷封他做户部尚书，专门管理粮饷，永明王没有同意他的建议。永明王召见腾蛟谋划收拾承胤，但腾蛟没有兵力，永明王就命令把云南援将赵印选、胡一青兵力交给他管。等到他辞别时，又赐给他银币，命令朝廷大臣在郊外为他饯行。承胤埋伏了一千骑兵袭击腾蛟，印选的士兵奋力作战，全部歼灭了他们，腾蛟才得以返回到白牙驻守。

八月，大清兵打下武冈，承胤投降了。永明王先逃往靖州，后来又到了柳州。当时常德、宝庆已经丢掉了，永州也再次陷落。永明王打算返回桂林，而桂林城中只有焦琏的微弱兵力，腾蛟率领印选、一青的部队进城支援他们。可是南安侯郝永忠也突然带着一万多兵力到来，打算同焦琏的军队作战，恰好宜章伯卢鼎的军队也到了，腾蛟三下里为他们相互调剂，桂林才安定下来。于是腾蛟派遣焦琏、永忠、卢鼎、印选、一青分别把守兴安、灵川、永宁、义宁各州县，腾蛟率领五位将领联合抵御。

五年(1648)正月，永明王居住在桂林，加封腾蛟为太师、进爵为侯，子孙世袭。二月，大清兵打下全州，到达兴安。永忠的军队大败，逃往桂林，逼迫永明王西走，纵使士兵在桂林大肆抢劫。腾蛟从永福赶到桂林。大清兵知道桂林发生事变，直抵北门。腾蛟督使焦琏、一青等人分别把守三道城门，大清兵才返回到全州。恰好金声恒、李成栋背叛大清兵，率领军队归附了永明王。在湖南的大清兵只好暂时退回，腾蛟于是占领了全州。又派保昌侯曹志建、宜章侯卢鼎、新兴侯焦琏、新宁侯赵印选攻打永州，围困了三个月，经过大大小小三十六次战斗，十一月初攻下了永州。不久，监军御史余鲲起和职方主事李甲春攻取宝庆，别的将领们也攻占了衡州，马进忠打下了常德，丢失的地盘大多又恢复了。

腾蛟打算进兵长沙。恰好督师堵胤锡讨厌进忠，招忠贞营李赤心的军队从夔州到来，让进忠把常德让给他。进忠非常愤怒，把居民全部驱逐出城，烧毁房舍，移驻武冈去了。宝庆守将王进才也弃城出走，其他守将都战败而退。赤心等将领所到之处都把城镇扫荡一空，接着就弃城而去，向东直趋长沙。腾蛟当时驻军衡州，听说这些后非常吃惊。六年正月，传令让进忠从益阳出军长沙，约定各位将领前往会合，然后亲自到忠贞营去，邀请赤心入驻衡州。腾蛟部下六千名士兵，因为害怕忠贞营合力袭击，不敢让他们为自己护行，只携带了三十名属吏和士兵一同前往，眼看快到了，听说赤心率兵东去，就跟着他到了湘潭。湘潭是一座空城，赤心未加防守就离开了，腾蛟于是进去暂停。大清兵得知腾蛟进入这座空城，就派遣将领李勇引兵进城。李勇过去是腾蛟部下的将领，他进城后就率领他的士兵围住腾蛟行礼，劝腾蛟投降。腾蛟破口大骂，李勇于是把他劫持走了。腾蛟绝食七天，大清兵只好杀了他。永明王得知这个消息后痛加哀悼，多次予以祭奠，追赠给他中湘王，谥文烈，让他的儿子文瑞做了佥都御史。

瞿式耜，字起田，常熟人。是礼部侍郎瞿景淳的孙子，湖广参议瞿汝说的儿子。他考中万历四十四年(1616)榜进士。授吉安永丰知县，任职期间实施利民政策。天启元年(1621)朝廷要调他到江陵。永丰县百姓请求让他留下来，朝廷任命他继续担任永丰知县。后来因为守丧回家去了。

崇祯元年(1628)他提升为户部给事中，上书说李国木普应该留在内阁，王永光应该主管选拔官吏，曹于汴应该掌管宪令，郑三俊、毕懋良应掌管户部事务，李邦华应主管军事。崇祯皇帝多半采纳了他的建议。不久他上书叙说朝政不公正，为王之肕请求抚恤，为孙慎行诉冤，请求立即杀掉杨镐、王化贞，澄清杨涟、左光斗勾结害人的不白之冤，追论原任辅臣魏广微、顾秉谦、冯铨、黄立极的罪过，进而又说到放弃守丧出任并为自己建祠的朱童蒙不可宽恕，罪恶累累长期免职的汤宾严不可使用。崇祯皇帝也采纳了他的建议。又极力论述来宗道、杨景辰曾追随逆党不能让他们在政府任职。他们俩不久也被罢免离去。御史袁弘弹劾大学士刘鸿川，实际上是逆党徐大化在主使他。川贵总督张鹤鸣以先曾被罢免，他重新得到起用是由于魏忠贤的帮助。式耜一并上书诉说。后来，他又赞扬杨莲、魏大中、周顺昌是清官中的清官，忠臣中的忠臣，这三个人因而得到追赠和加谥。没多久，上书对时事提出了七点建议：“起用废除官吏不能不审核，官吏提升不能不循序进行，选举官吏不能不谨慎。谥典应该严格把关，法纪应当整顿，评价人物应该仔细，对依附宦官的人应当加以区分。”又极力论述了馆阁用人中存在的奔走请告的弊端，要求崇祯皇帝亲临现场加以考试。最后说：“古代帝王身边设有左、右史记录天子的言行举止。现在陛下经常召集大臣问话，应该让史官在身边加以记录，向朝野公布。”他所说的事经过讨论大多得以实施。当时朝廷即将议论逆党一案，他请求把红本下发给大臣，以便确定这些罪行的轻重，又说宣府巡抚徐良彦没有追随谋逆的阉党，被崔呈秀诬陷弹劾贬到边疆充军，应当立即加以提拔任用。良彦于是得到起用。

式耜胆大口直地建功立名。所提出的建议大多符合皇上的心意，但是他敢于攻击豪门权臣，大臣们都害怕他的一张嘴巴。十月崇祯皇帝下诏让朝廷推选内阁大臣，礼部侍郎钱谦益因为同事周延儒正因为论事受到皇上的宠爱，担心和自己一起推荐上去自己就会落选，于是打算阻止他被推荐的可能性。式耜是谦益的门人，就为谦益向当权者游说，要大家把延儒排斥不予推选。而把谦益排在第二位。温体仁于是首先告发了他们，延儒也帮着他说话。谦益被免除官职，式耜因此被贬了官。式耜曾经颂扬过贵宁参政胡平表杀贼的功绩，请求提升他。后来平表做贵州布政便，因办事不谨慎被罢官。式耜因此又被贬官二级，也就是罢官在家了。很久以后，常熟的一个奸民张汉儒迎合温体仁心思，攻击谦益、式耜贪婪、放肆、不守法。体仁在朝中做主，下令法司逮捕他们治罪。巡抚张国维、巡按路振飞先后上书为他申冤，崇祯皇帝没有听取他们的意见。等到他们两人下狱后，体仁已经罢官，案件稍稍缓解。谦益因此削去了官籍。式耜用钱赎罪出狱。谏官上书推荐式耜，崇祯皇帝没有采纳。

十七年(1644)，福王在南京即位。八月起用式耜做应天府的府丞。后来，提升为右佥都御史，代替方震孺巡抚广西。第二年夏天，他刚抵达梧州，就听到南京城被打下。靖江王亨嘉打算僭取皇位，召式耜见他，式耜拒绝了他没有去，而且传檄文给思恩的参将陈邦传要他帮助把守，阻止了狼兵过去，不要听从亨嘉的调遣。亨嘉到梧州，劫持了式耜，把他囚禁在桂林，并派人去取回他的敕印。开始，式耜主张立桂端王的儿子安仁王。等到唐王监国后，式耜认为按照辈份、排行他不应该立为皇帝，就没有奉表劝进，到现在被亨嘉囚禁在这里了，就派遣使者前去为唐王祝贺，并请求帮助。唐王高兴起来，而这时亨嘉遭受丁魁楚的攻击，形势难堪，就只好释放了式耜。式耜与中军官焦琏召邦传一同捉拿了亨嘉，叛乱才平定下来。唐王提升式耜为兵部右侍郎，协助管理军事，暂时由晏日曙代理着。式耜没有入朝，而是退居广东去了。

顺治三年(1646)九月，大清兵打下了汀州。式耜与丁魁楚等人决定立永明王由榔为皇帝，于是到梧州迎接永明王，于十月十日在肇庆监国。永明王晋升式耜为吏部右侍郎、东阁大学士，兼管吏部事务。不多久，赣州失败的消息传来，司礼王坤逼迫永明王前去梧州。式耜竭力阻止，没有成功。十一月初一，苏观生在广州拥立唐王聿钅粤。式耜于是同丁魁楚等约定迎接永明王回肇庆，派遣总督林佳鼎抵御苏观生的部队，林佳鼎战败死了。式耜到峡口检阅部队去了。十二月十五日，大清兵打下了广州。王坤催促永明王西逃。式耜前往追赶永明王，永明王已越过梧州向西去了。

四年正月，大清兵打下了肇庆，逼近梧州，巡抚曹晔迎降。永明王请求前去湖广依靠何腾蛟。丁楚魁、吕大器、王化澄都离开永明王各自走散，只有式耜以及吴炳、吴贞毓等跟从在身边，于是从平乐抵达桂林。二月，大清兵袭击平乐，同时分出兵力奔赴桂林。永明王打算逃往全州，式耜极力陈述桂林的形势，请求永明王留下来，永明王不听。式耜请求让自己留下来守卫桂林，永明王同意了。同时提拔他为文渊阁大学士，兼兵部尚书，赐给他尚方宝剑，给了他便宜行事的权力。平乐、涛州相继被打下，桂林的形势很危险。总督侍郎朱盛浓逃往灵州，巡抚御使秦延泰逃往融县，布政使朱盛氵调、副使杨垂云、桂林知府王惠卿以下的官员都逃跑了，只有式耜与通判郑国藩、县丞李世荣以及都司林应昌、李当瑞、沈煌仍然留在这里。永明王任命兵部侍郎丁元晔接替盛浓，御史鲁可藻取代延泰。他们还未动身，大清兵已于三月逼近桂林，派几十个骑兵突然进入了文昌门，登上城楼俯视式耜的公署。式耜赶忙命令援将焦琏抵御。

当初，永明王有一次被贼兵捉住，焦琏率领队伍攀上爬墙，进去砸坏枷锁把他救了出来。永明王病得不能走路，焦琏就背着他走。永明王因此感激焦琏，就借他打败清江王的战功，让他做了参将。到这个时候焦琏在桂林守御作战达三个月，功绩最大，元晔、可藻也尽了力。式耜冒着敌人射来的箭和打来的木雷石，与士兵们同甘共苦。老天连续下雨，城墙被浇坏了，官兵们面无人色，式耜仍然平静地监督守城，所以官兵们没有投降的想法。援兵来讨军饷，趁机起哄，式耜把仓库中的东西全拿出来还不够，他的妻子邵氏捐出簪珥帮助凑。不久焦琏的部下官兵不和，一哄而散，桂林城几次差点被打下来。正好这时陈邦彦等人攻打广州，大清兵退出向东去了，桂林才得以保全。焦琏也收复了阳朔和平乐，陈邦传也从浔州出兵收复了梧州。永明王听到捷报，封式耜为临桂伯，焦琏为新兴伯，元晔等人也不同程度地升了官。

式耜当初请永明王返回仓州，永明王不听。后来，请求他回到桂林。永明王已经答应，碰上武冈失守，永明王从靖州逃往柳州，式耜又请永明王回到桂林。十一月，大清兵从湖南逼近全州，式耜同腾蛟一起打退了我军。后来，梧州又被打下来，当时永明王正在象州，打算逃往南宁。因为大臣的竭力劝阻，才在十二月份回到桂林。

五年(1648)二月，南安侯郝永忠驻守桂林，厌恶城外的团练兵，就把护城河东的十八个村庄全部攻打下来了。杀死无数的百姓，并且同式耜制造矛盾。式耜极力和解，永忠才驻军兴安。大清兵前进到达灵州，永忠战败，跑回桂林，请求永明王当晚上就向西逃。式耜竭力劝阻，永明王没有听他。周围的人都请求永明王立即出发，式耜又极力争辩。永明王说“：你只不过是想让我为国家捐躯罢了。”式耜为劝说永明王流下的泪都沾湿了衣襟。结果还是没有用。永明王刚走，永忠就大肆抢劫，用棍子打死了太常卿黄太元，式耜家里也被抢劫了，家人假借腾蛟的令箭才得以出城逃命。中午，赵印选的军队从灵川到来，也大肆抢劫，桂林城内外被一洗而空。永忠逃到柳州，印选等逃往永宁。第二天，式耜灭掉城中还在烧着的火灰，安抚周围地区的人民。焦琏以及周金、汤兆佐、胡一青等各自率领的部队到来，何腾蛟的部队也到了。三月，大清兵得知桂林发生兵变，前来袭击，抵达北门。腾蛟率领各位将领防御作战，桂林城得以保全。当时永明王驻在南宁，式耜派遣使者过去慰问三宫起居的情况，永明王才知道式耜没有什么危险，并为他流下了眼泪。

闰三月，广东李成栋、江西金声恒都背叛大清，占据着当地归附永明王。式耜请求永明王回到桂林。永明王听从成栋的请求，打算前往广州。式耜担心成栋挟持天子，自我尊大，像刘承胤所做过的那样，就极力劝阻，于是永明王驻在了肇庆。十一月，永州、宝庆、衡州都得到收复。式耜认为有机会可乘，请求永明王回到桂林，谋划出兵湖北的计划，永明王没有采纳他的建议。庆国公陈邦传把守浔州，自称陈家也要守广西，想仿效黔国公的事例。式耜特意上书弹劾他，正好朝廷内外有许多人争论此事，邦传才罢休了。广西巡抚鲁可藻自署官衔巡抚两广，式耜也上疏批驳了他。式耜虽然在地方上，朝廷有什么过失，他一定会上书进谏。他曾说过：“我与主上患难相随，休戚与共，不同于其他大臣。朝中的一切大事，我应当知道。”永明王为此表扬、采纳了他的上书。而这时成栋的儿子元胤专制朝政，懂得尊敬式耜，袁彭年、丁时魁、金堡等于是就争着追随式耜。六年正月，时魁等人驱逐朱时麟，不想让何吾驺做首辅大臣，召式耜入朝值勤，把文渊东阁大学士的官印给了他，但式耜最终还是没有入朝。不多久，腾蛟、声恒、成栋相继战败身亡，国家形势危急。可是朝廷中间的官员都还在扶植党羽相互争斗，式耜也不能够制止他们。

七年正月，南雄被打了下来。永明王害怕了，逃往梧州。大臣们攻击时魁等人，把他们打入监狱中，式耜七次上书挽救他们。胡执恭擅自封赏孙可望，式耜上书请求斩了他，永明王都没有听取他的建议。九月，全州被攻占。开国公赵印选居住在桂林，卫国公胡一清请把守榕江，与宁远伯王永祚都害怕得不敢出兵，大清兵于是进入严关。十月，一青、永祚到桂林分取粮饷，榕江没有防守的军队，大清兵得以更加深入。十一月五日，式耜传令印选出战，他却不肯出兵，二次催促他后，他就带领全家逃跑了。一青及武陵侯杨国栋、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟也逃跑了。永祚向大清兵迎降，桂林城中没有一个士兵守护。式耜孤单地端坐在府邸中，他的家人也疏散了。他的部将戚良勋请求他迅速上马离开，式耜坚决不听，把他喝退回去。过了一会儿总督张同敞来了，发誓要和他一同死，两个人开始相对饮酒，一个老兵在一旁侍候他们。式耜召来中军徐高把敕文、官印交给他，嘱托他骑马送到永明王那儿去。这天晚上，他们两人点上蜡烛在室内正襟危坐。黎明时分，大清部队的几个骑兵来了。式耜说“：我们等死已经等很久了。”接着就跟着他们走了，到达清兵营部就叉着腿坐在地上。叫他们投降，他们不肯听从，就被囚禁在民房中。他们两人每天赋诗相唱和，总共写了一百多首诗。到闰十一月十七日，他们即将被执行死刑时，苍天忽然电闪雷鸣，半空中传来三声巨响，周围的人都感觉到奇怪。式耜就这样与同敞一起死了。同敞是大学士张居正的曾孙，他的事迹详见于《张居正传》。