十四年(1641)，大器提升为右佥都御史，巡抚甘肃。他弹劾了总兵官柴时华的不法行径，朝廷就解除了时华的职务，马上派副将王世宠接替了他。时华向西边的部落借了兵，和土鲁番一起制造动乱，大器命令世宠前往讨伐，打败了时华和西边的部落兵，时华自焚死了。塞外尔迭选、黄台吉等拥兵请赏，打算侵犯肃州，肃州守臣把他们打走了。大器借着犒赏他们为名，在他们饮马的泉水中投了毒，毒死了他们无数人。又派总兵官马火广带领副将世宠等人去讨伐叛乱的各番，斩获首级七百多，招安三十八个部落，然后返回。又打败了那里叛贼的余党。西部边境基本上安定了。

十五年六月，朝廷任命他为兵部添注右侍郎。他仗着自己有本事，性情刚强、急躁，善于避事。当时他看到天下大乱，怕担任军队中的职务，所以极力推辞，并且给吏科投上一封帖子，说自己好酒，好色，贪财，一定不胜任。崇祯皇帝催他来京师，他诈称有病不去，又下了一道严厉的诏书批评他，他还是不去，崇祯皇帝命令有关部门调查后回奏，第二年三月他才到京。崇祯皇帝命令他以原官兼右佥都御史，总督保定、山东、河北的军务。当时京城郊区还没有解严，大器和其他将领和应荐、张汝行飞马前往扼守顺义的牛栏山。总督赵光扌卞会合各镇兵力在螺山大战，应荐阵亡，别的将领也多次失败。大器领的部队没出过什么事，被提升了一级官俸。

五月，因为保定战事结束，停设总兵官，特设江西、湖广、应天、安庆总督，驻九江，大器担任了这个职务。湖北的地盘当时已丢失了，武昌也沦陷了，左良玉驻扎在九江，自称有病不出兵。因为侯恂的缘故，良玉怀疑大器来是要暗算自己(这件事的叙述见于《良玉传》中)。大器亲自到病榻前进行慰劳，良玉的怀疑方略为解消。后来张献忠在湖南大搞破坏，分派部队打下袁州、吉安。大器赶忙派自己的部将和良玉的部队在樟树镇进攻贼兵，峡江、永新二郡都得到收复。过后建昌、抚州失陷，良玉、大器两人不和，两家的部队私斗，烧毁了南昌城关的乡村。朝廷因此决定让大器改任南京兵部右侍郎，让袁继咸替换了他。

十七年(1644)四月，京师沦陷了，南京的大臣们讨论立新皇帝。大器同意钱谦益、雷纟寅祚的主张，打算立潞王。还没有确定下来，马士英和刘泽清等将领簇拥着福王来了。福王登基后，提升大器为吏部左侍郎。大器因为以前的不同意见没能实现，自感不安，就上书弹劾士英，说他拥兵入朝，厚颜无耻地在朝廷中逗留不去，翻先皇帝亲定的逆案，想把阮大铖塞进内阁。他的儿子花了几个臭钱就当上都督，他的妹夫没上过战场竟官拜总兵，他自己的姻亲越其杰、田印、杨文骢本来是先朝的罪人，现在却高官厚禄，这些岂不是坏乱了等级名分。“像吴生生、郑三俊，我不敢说他们一点过失也没有，但他们正直、宽容、大方，到底是天下好人们所心服的对象；士英、大铖，我不敢说他们连一技之长都没有，但他们自私、虚伪、邪恶，终究会成为国家无穷尽的罪魁祸首。”他的奏疏递进去以后，福王以和好共处，体谅国家答复了他。

不久，泽清入朝，弹劾大器、纟寅祚心中在图谋不轨。大器于是请求离职回家，临行之前亲手把福王监国告庙的文件抄了一份送到内阁，表明自己别无他念。士英对他怀恨不已，又让太常少卿李沾弹劾他。朝廷于是剥夺了大器的官籍，又命令法司把他逮捕问罪。因为四川的领土全部失陷，无法找到他的人影才罢休。大器被赶走后，李沾被破格提拔为左都御史。谦益也因为追随士英、大铖，得以出任礼部尚书。只有纟寅祚被判了死刑。

第二年，唐王把大器召为兵部尚书兼东阁大学士。因道路阻隔，很久他才到任。汀州失陷后，他逃奔到广东，与丁魁楚等人一起拥立永明王监国，永明王让他以原官兼管兵部事务。很久以后，升他为少傅，让他统领西南所有的军队，接替了王应熊，又赐了他尚方宝剑，让他享有见机行事的权力。到涪州以后，他和将军李占春深相结交。别的将领杨展、于大海、胡云凤、袁韬、武大定、谭弘、谭诣、谭文等都接受大器的管辖。宗室朱容藩自称天下兵马副元帅，驻兵夔州。大器传令占春、大海、云凤讨伐，把容藩杀掉了。大器到思南后得了病，返回途中驻在都匀死掉了。永明王给他加谥号为“文肃”。

樊一蘅，字君带，宜宾人。他的父亲樊垣做过常德知府。一蘅考中万历四十七年(1619)进士，被派出任安义知县、襄阳知府，后来逐渐做到吏部郎中，告假回乡了。

崇祯三年(1630)秋，一蘅改任榆林兵备参议。流贼当中有很多榆林人，这里又长期灾荒，饥饿的百姓更加相互拉扯地去当强盗。一蘅安抚残存人口，整治军备，讨伐、斩杀了申在庭、马丙贵，平定了不沾泥。历次受到荐举，先升为监军副使，又升为右参政，负责巡视关南。总兵曹文诏败亡以后，各路贼兵进逼西安。总督洪承畴命令一蘅监督左光先、张应昌的官兵，连败贼寇，打跑了混天星。贼兵逼近汉中，瑞王告急，一蘅和副将军罗尚文一起赶往援救。正好承畴的大部队来了，贼兵于是撤退了。一蘅被提升为按察使，然后和副将马科、贺人龙一起屡次在汉中挫败祁总管，降服了他。

十二年朝廷提拔一蘅为右佥都御史，接替郑崇俭巡抚宁夏，被人弹劾，罢官回家去了。十六年冬季，受到推荐，朝廷起用他担任兵部右侍郎，准备让他总督川、陕军务，因为道路阻隔，命令没能传到他手上。

顺治元年(1644)，福王在南京即位，重新发布了以前的任命令。当时张献忠已经占领了整个四川，只有遵义没有失守，一蘅与王应熊在这里避难。接到任命以后，一蘅传檄召各府原先的将领来会师出兵。这时正好巡抚马乾收复了重庆，松潘副将朱化龙、同知詹天颜攻杀贼将王运行，收复了龙安、茂州。一蘅于是起用旧将甘良臣当总统，让侯天锡、屠龙任副职，集结参将杨展，游击马应试、余朝宗所带领的散兵，凑起三万人。第二年三月攻打叙州，应试、朝宗抢先登上城墙，杨展等人跟着上去，斩获几千首级。伪都督张化龙逃走，于是官兵收复了叙州城。一蘅于是在江面上犒劳了部队。

当初，马乾收复重庆时，贼将刘廷举逃走向张献忠求救。献忠命令他的养子刘文秀攻打重庆，水陆并进。副将曾英与参政刘麟长从遵义赶来增援，与部将于大海、李占春、张天相等夹击，打败了几万贼兵。曾英顿时威名大振，别的将领都归属到他的麾下，有官兵二十多万，听从一蘅的调遣。

杨展收复叙州以后，贼将冯双礼来犯，每战必败，孙可望就带领大部队来增援他。双方隔江相持了一个月，官兵粮食用完了，一蘅只好退驻古蔺州，杨展退驻江津。贼兵折到羊子岭阻截朱化龙及佥事蔡肱明，化龙率领几百名番人骑兵直冲贼兵的队伍，贼兵惊散了，死尸躺满了山谷。化龙因为兵力孤单，又回去防守旧地了。别的将领当时也在摩泥、滴水连连打败贼兵。

一蘅于是命令杨展、应试攻打嘉定、邛州、眉州，原总兵官贾连登及其中军杨维栋攻打资阳、简州，天锡、高明佐攻打泸州，占春、大海防守忠州、涪州。其他占有城镇接受一蘅征调的将领，洪雅县有曹勋及监军副使范文光，松潘、茂州有监军佥事詹天颜，夔州、万县有谭弘、谭诣。一蘅于是移驻纳溪，居中调度，与督师应熊在泸州相会后传令各位将官刻期并进。献忠这时很有些怕了，把境内的居民全给杀掉了，把自己的金银都投入江水里，大焚宫室，火一连几个月没有熄灭，打算放弃成都逃往四川北部。

第二年春天，杨展占领了上川南部的全部地盘，屯兵嘉定，与曹勋等相互声援。同时应熊及王祥在遵义，马乾、曾英在重庆都驻扎重兵。贼寇的势力日益减弱，只有保宁、顺庆为贼将刘进忠把守着，进忠又几次吃败仗。献忠恼火了，派遣孙可望、刘文秀、王尚礼、狄三品、王复臣等攻打四川南部的府县。应熊、一蘅急忙下令让杨展、天锡、化龙、应试及顾存志、莫宗文、张登贵在犍为、叙州连营抵挡。贼兵接连作战不利，曾英、王祥乘机进兵成都，献忠赶紧召回可望等人。后来又听说大清部队进入四川境内，刘进忠投降了，献忠十分害怕。七月，便放弃成都进入顺应，不久逃入西充的凤凰山里。到十二月，大清部队覆压而来，射死了张献忠，贼兵投降、败亡的有二三十万人。可望率领残兵向南逃走，突然之间抵达重庆。曾英出其不意战败，死在了长江里。贼兵于是打下了綦江，应熊到毕节卫躲避去了。过了一个月，贼兵打下遵义，进入贵州境内。大清部队追赶到重庆，巡抚马乾败死，就又打进遵义。因为缺饷，大清部队凯旋而回。

此后王祥等又收复了保宁等两个府，一蘅再次驻兵于长江之上，制定了恢复整个四川的计划，然后向永明王上书讲了善后事宜及各将的功绩。永明王任命一蘅为户、兵二部尚书，加官太子太傅，对王祥、杨展、天锡等人也不同程度地进行了加官进爵。当时应熊已死，宗室朱容藩、原偏沅巡抚李乾德都以总制身份来到四川，杨乔然、江尔文以巡抚身份来了，大家各自设立衙门，官多于民。各员大将袁韬占领着重庆，于大海占着云阳，李占春占着涪州，谭诣占据巫山，谭文占据万县，谭弘占据天字城，侯永锡占据永宁，马应试占据芦卫，王祥占据遵义，杨展占据嘉定，朱化龙、曹勋仍然占据着原先的地盘。摇天动、黄龙等各家部队占据着夔州、夹江两岸，李自成的余党李赤心等十三家兵也驻扎在建始县。一蘅的军令执行不下去，仅仅能保住叙州一府而已。

顺治五年，容藩自称是楚王的世子，在夔州设立行宫，称王设官。当时乔然已升任总督，范文光、詹天颜分别升任川南、川北巡抚，吕大器以大学士的身份来督师，大家都讨厌容藩，打算杀掉他。六年春天，容藩就被占春打败，逃走后死在云阳。原先杨展和王祥有矛盾，派自己的儿子杨瞡新去攻打王祥。瞡新先袭击、杀死了应试，然后跟王祥开战，败回。乾德羡慕杨展富有，劝说袁韬、大定杀掉杨展，瓜分了他的财产。一蘅批评了乾德，各镇将领也都气愤不平，于是官军内部开始离心离德了。

秋季九月里，孙可望派白文选攻杀了王祥，收降了他的二十多万部队，占领了整个遵义、重庆。一蘅更加孤立无助了。七年秋天，可望又派刘文秀大败武大定的军队，长驱直入来到嘉定。大定、袁韬都投降了，乾德投水自杀了。文秀的部队继而东下，谭弘、谭诣、谭文都投降了。占春、大海向大清投降了。第二年正月，文秀回到云南，留下文选把守嘉定，刘镇国留守雅州。三月，大清部队南征，文选、镇国挟持曹勋撤走，文光、天颜、化龙相继死掉。一蘅当时已经不过问军事，避居在山中，这年九月也生病去世了。明朝在四川的文武将吏至此全部死去了。

堵胤锡，字仲缄，无锡人。崇祯十年(1637)进士。做过长沙知府。山贼在安化、宁乡抢掠，官军几次战败，胤锡指挥民兵铲除了他们，又斩杀了醴陵的贼首，于是以懂军事出了名。

十六年八月，贼兵打下了长沙，胤锡到京城朝拜皇上归来时，贼兵已经撤退了。第二年六月，福王任命他为湖广参政，负责防守武昌、黄州、汉阳。左良玉举兵造反时总督何腾蛟逃亡长沙，命令胤锡暂理湖北巡抚的事务，驻常德。唐王即位后给他加官右副都御史，任命他为实际上的湖北巡抚。

李自成死后，大家推他哥哥的儿子李锦为头领，护拥着李自成的妻子高氏及高氏的弟弟高一功突然间来到澧州。他们带兵三十万，说是来请求投降，附近地方受到很大震动。胤锡打算招安他们，腾蛟也发来了檄文，胤锡于是亲自到他们的兵营中，开诚布公地对他们加以劝慰，声称是皇上赐高氏的官服，李锦、一功蟒玉袍带、金银器皿，犒赏了他们的队伍，他们都欢天喜地地拜领了。胤锡接着在他们的军队中宴请他们，讲了几千句忠孝大义的话开导他们。第二天，高氏出来拜会，对李锦说：“堵先生真是一个神人，你不能辜负他呀！”另外的贼军将领田见秀、刘汝魁等也来归附了。唐王非常高兴，给胤锡加官为兵部左侍郎兼右佥都御史，让他总领这些部队，亲笔写信表彰了他。又给李锦授职为御营前部左军，一功为右军，都挂了龙虎将军的大印，封他们为侯。赐李锦改名赤心，一功改名必正。另外的各军将领也程度不等地得到封赏，总名他们的部队为忠贞营。加封高氏为贞义夫人，赐给她珍珠冠服、彩币，命令有关部门为她立庙坊，题为“淑赞中兴”。胤锡因此跟赤心等人结交很深，靠着他们自己也强大起来了。但是赤心的书信、奏疏中仍然称呼自成是先帝，称高氏为太后。

后来先已归附腾蛟的袁宗第、刘体仁等部队也开过来与赤心合并，兵力更加强大了。胤锡因为粮草难于跟上，让他们分散在长江以北各地取食。第二年正月，腾蛟想大举用兵，约各军都到岳州会师。结果只有赤心先到，其他人逗留下来，最后没有出兵。永明王即位后提升胤锡为兵部尚书，让他和以前一样继续总领忠贞营。

顺治四年(1647)，永明王命令赤心等攻打荆州。一个月后大清部队来援，赤心等大败，徒步进入四川，几天都没能吃到东西。后来分散进入施州卫，声称要到湖南借碗饭吃。当时永明王在武冈，刘承胤害怕被赤心吞并掉，考虑除非胤锡否则无法驾驭忠贞营，于是永明王给胤锡加官为东阁大学士，封光化伯，赐剑，允许他便宜行事。胤锡上书请求空白敕令和铸印权，颁发给陕西举兵起事的人，当时朝廷中很有一些人认为他专权。后来承胤想杀掉腾蛟，胤锡揭发了他的罪行。

八月，大清部队打下武冈及宝庆、常德、辰州、沅州，胤锡逃往永顺土司。不久赴贵阳，来到遵义，向皮熊的王祥求援。又进入施州，请忠贞营的军马增援。这时楚王的本家朱容藩伪称监国天下兵马副元帅，擅自在夔州开署，御史钱邦芑发布檄文要讨伐他。五年正月，胤锡见到容藩，用大义批评了他，讲清利害，解散了他的党羽。

不久，金声桓、李成栋背叛了我们大清王朝，占领江西、广东，归附了永明王。于是马进忠、王进才、曹志建、李赤心、高必正等乘机占领了常德、桃源、澧州、临武、蓝山、道州、靖州、荆门、宜城等州县，进忠、赤心、必正都被封为公。胤锡和进忠有矛盾，命令赤心、必正争夺进忠所打下的常德，进忠烧毁常德的所有房屋然后撤兵走了。赤心等放弃这座空城引兵而东，所到之处当地守将都烧营弃城出逃，湖南已经收复的州县为之一空。胤锡于是率领赤心等进入湘潭与腾蛟相见。腾蛟命令胤锡去江西，自己带进忠等开向长沙。

六年正月，官兵正临近长沙，腾蛟在湘潭被俘，各军于是解散了。赤心等开赴广西，沿途在衡州、永州、郴州、桂阳州抢劫。胤锡当时与胡一青在防卫衡州，战败后逃往桂阳。

当初赤心等进入广西，龙虎关守将曹志建讨厌他们奸淫掳掠，并恨胤锡这个人，胤锡自己还不知道。有人对志建说胤锡将召忠贞营暗算他，志建于是在夜间派兵包围了胤锡，杀死了他的一千多随行士兵。胤锡和他的儿子逃进富川的瑶民山洞中。志建搜得很紧，瑶民悄悄把他们送给监军佥事何图复，然后从小路出关到了梧州。正好永明王派大臣严起恒、刘湘客来安抚忠贞营，走到这里时赤心等人已经到了宾、横二州。于是他们把胤锡载到肇庆拜见永明王。志建迁怒于图复，把他诱杀了，图复满门都给抄斩。

胤锡来到肇庆，当时马吉翔及李元胤、袁彭年等都把持权柄，各树党羽。胤锡于是跟吉翔要好，激赤心等东来，跟元胤过不去。并且写信给瞿式耜想离间他和元胤，假称永明王有密诏让自己和式耜暗算元胤，永明王对此很不高兴。元胤的同伙丁时魁、金堡又讲他丧师失地，永明王于是让他总统兵马，移驻到梧州去。

胤锡认为赤心等人不值得依赖，想远远结交孙可望作为强有力的后援，就假传永明王的命令封他为平辽王。胤锡不久后来到浔州，因心中有火气生了病，十一月里死了。

永明王追赠胤锡为浔国公，谥文忠。

朱天麟，字游初，昆山人。崇祯元年(1628)进士。初任饶州推官时，对百姓实行惠政。入京接受考核、选拔，因为穷得无法行贿，被决定改任部曹。庄烈帝到经筵上去时，讲官们都为他称屈。等庄烈帝临轩亲自考试以后，让他改任了翰林编修。

十七年(1644)正月，天麟奉命去祭奠淮王，走到山东，京师就失守了。等南京被打下后，天麟去到福州，唐王提升他为少詹事，办理国子监的事务。天麟看到郑芝龙骄横不法，就请假到了广东。听说汀州事变发生后，天麟又去广西，进入安平民族州。

顺治四年(1647)，永明王驻在武冈时，召他去当礼部侍郎。天麟上书请求永明王自己领兵，发动、领导各镇的部队作战，不要坐失时机，并辞官不去做。

第二年，永明王在南宁，提拔天麟当礼部尚书，不久又拜官东阁大学士。天麟上书请永明王率领士兵占领江右，永明王不听。天麟于是来拜见永明王。这时李成栋背叛了大清，天麟跟随永明王到了浔州。浔州守将陈邦传申请让他像黔国公的事例那样世代驻守广西，天麟坚持不同意。邦传恼了，把庆国公的大印、尚方剑扔到天麟的船中，一定要得到批准，天麟仍然坚持不同意。后来成栋护卫永明王驻在肇庆，天麟认为机会可乘，又劝永明王颁发诏书宣布亲征，谋取中原。永明王用语气婉转的诏书回答了他。

那时朝廷中的大臣各树朋党。跟随成栋来的有曹晔、耿献忠、洪天擢、潘曾纬、毛毓祥、李绮，自吹有反正的功绩，气凌朝臣之上。从广西随驾来的有天麟及严起恒、王化澄、晏清、吴贞毓、吴其雷、洪士彭、雷德复、尹三聘、许兆进、张孝起，他们自认为是旧臣，攻击曹晔、耿献忠等曾经投靠过异姓王朝。时间长了朝臣中又分为吴、楚两党。吴党的主要人物是天麟、孝起、贞毓、李用楫、堵胤锡、王化澄、万翔、程源、郭之奇，他们都对内团结马吉翔，对外联结陈邦传。楚党的主要人物是袁彭年、丁时魁、蒙正发、刘湘客、金堡，他们都对外联结瞿式耜，对内团结李元胤。元胤是惠国公李成栋的儿子，当时任锦衣指挥使，进封南阳伯，握着大权。彭年等做他的心腹，所以气焰更加嚣张。

彭年曾经在永明王座前谈论事情，出言不逊。永明王用君臣之义批评他，彭年恼火地说“：假如过去惠国公带领他的五千铁骑鼓行而西，不管你，现在哪还有什么君臣之义？”永明王变了脸色，非常厌恶他。彭年等人试图把吉翔、邦传排挤出去，独揽大权。金堡担任谏官，说话尖刻，就上书讲了八件事，弹劾庆国公邦传有十可斩，文安侯吉翔，司礼中官庞天寿，大学士起恒、化澄都在弹劾之内。起恒、化澄请求离职，天麟奏请留下了他们。金堡和给事中时魁等人又继续不停地弹劾起恒、吉翔、天寿。太后召天麟来当面指示说武冈之危难靠了吉翔设法才避免，让天麟起草一份指示批评金堡等人。天麟为双方做了解释，最后没有把谏官治罪，可是彭年那一伙人已经怒不可遏了。永明王知道群臣之间矛盾很严重，让他们到太庙中进行盟誓，但是党派的隔阂越来越牢不可破了。

第二年春天，邦传攻击金堡在临清做官时曾经向流贼投降，接受他们的官职，并且请求让金堡来做自己的监军。天麟为此起草了一份指示批评金堡，金堡极为恼火。时魁于是鼓动十六名谏官到内阁攻击天麟，到通向大殿的台阶上大吵，弃官丢印而去。永明王正坐在后殿跟侍臣谈着事情，大吃了一惊，两手发抖，茶水洒在了衣服上，急忙把天麟所起草的那篇指示收回才算完。天麟于是要求辞职，永明王再三慰留，不同意。天麟上殿辞别，叩头哭泣。永明王也流着泪说“：你要走掉，我就会更加孤立无助了！”

起初时魁等人认为那篇指示出自起恒，想到公署中殴打他，那天起恒没上班，天麟就一个人承受了。于是这伙人迁恨于天麟，把他赶出去，移居到庆远。化澄贪婪、平庸得不到舆论支持，也被时魁等所攻击，扯碎衣冠走掉了。永明王于是招何吾驺、黄士俊入为辅臣。不久，吾驺也被金堡等排挤出去，只有士俊、起恒在内阁，永明王于是又召天麟回来，天麟没来。金堡等人在接连赶走三个辅臣以后更加专横了，经常随意闯到内阁里来，告诉阁臣他们的意思。永明王迫不得已，在正殿旁边修建文华殿，让阁臣陪着自己在里边起草圣旨，躲避他们。金堡又接连弹劾堵胤锡及侍郎万翔、程源、郭之奇，尚书吴贞毓。贞毓等人想把他排挤出去，害怕元胤帮着他，不敢进行。

七年春天，永明王赴梧州，元胤留在肇庆，陈邦传正好派兵入卫。贞毓、之奇、万翔、程源于是联合给事御史们弹劾彭年、湘客、时魁、金堡、正发把持朝政，欺君行私的罪行。永明王认为彭年反正有功，免予追究，把金堡等关进了监狱。金堡又因为说话犯了忌讳，和时魁一起被贬官充了军。湘客、正发发配、赎罪，并予追赃。永明王于是再一次召天麟回来，天麟上书说：“近年来朝臣之间百般争斗，把实事都耽搁完了。过去宋高宗航海出洋，还有个退路。现在有哪里可退？陛下应该振作精神，亲自领兵，让文武群臣都穿上军装。我也抽峒丁，择土豪，招募水手，经营岭北、湖南，作为天子之师的响应。如果只是要求起草诏令，以为是主持政治的基础，现在政治基础在哪里呢？”

当时大清部队更加逼近了，孙可望请永明王赴云南。起初，起恒反对可望封王，天麟及化澄却说应该答应他。等可望的使者来后，天麟极力请求同意他的要求。现在大臣们因为起恒被杀一事都认为永明王不能去云南。天麟于是奉命去经营左、右两江土司，作为勤王的预备力量。天麟的部队尚未集合，大清部队进逼南宁，永明王仓惶出逃，天麟扶病随从。第二年四月天麟走到广南，永明王已经先到安龙驻下了。天麟病重，不能过去朝见了，死在西坂村。

吴贞毓，字元声，宜兴人。崇祯十六年(1643)进士。服侍唐王时担任吏部文选主事。事败，拥立永明王，升任郎中。永明王驻全州时，提升他为太常少卿，仍然掌管考选官员的事务。后来提升为吏部右侍郎。又随驾到肇庆，升为户部尚书。广州、广东的首府先后丢失后，永明王迁居浔州，又迁到南宁，贞毓都跟着。贞毓和严起恒都阻止封孙可望为秦王，可望杀起恒时，贞毓因为奉命出使在外得以避难。等回来后，就升为东阁大学士，接替了起恒。可望从云南转移到贵阳后，打算把永明王搬到自己身边来，仗着明王好作威作福。他手下掌塘报的将领曹延生指点贞毓说不能转移到贵阳去。

当时是顺治八年(1651)，大清部队南征，形势越来越紧急。永明王召群臣商议，有人请到海滨李元胤那里去，有人主张进入安南避难，有人主张渡海到福建依靠郑成功。只有马吉翔、应天寿与可望有交情，坚决主张去贵州。贞毓因为以前阻挠过封可望为王，并且又听从了延生的话，不敢表决。元胤上书奏请出海。永明王不愿到可望那里去，又认为到海滨路途遥远，又交给朝臣商议，最后决定不下来。不久，开国公赵印选、卫国公胡一青殿后军，战败逃回，请永明王赶快走。永明王匆忙经水路逃往土司，进驻濑湍。这两员将报告说大清部队更加逼近，只有一百里远了，朝中君臣都震惊失色，很多人逃走了。过后，永明王驻罗江土司，追兵离他只有三十里，碰巧天色黄昏，大清部队撤回，他们才稍微平安一些。等他们驻到龙英，进抵广南时，这一年将近要结束了。

可望派兵在第二年二月里把永明王接到安隆所，改名为安龙府，保护永明王住在那里。但宫室低矮、破烂，衣食粗劣，侍卫的将领没有做大臣应有的礼节，永明王不胜忧虑。吉翔掌管军事，天寿率领勇卫营，二人讨好可望，想让可望禅代王位。他们恨贞毓不附合自己，就让他们的同伙冷孟钅任、吴象元、方祚亨上书攻击他，并且对孟钅任说“：秦王主宰天下，我写一个通告，把朝廷内外的事都交兵部、勇卫营两个部门管。大权在我手上，有你们这些人相帮，贞毓能怎么样？”吉翔于是又派门生郭王..去劝说主事胡士瑞拥戴秦王，士瑞恼了，把他高声喝斥出门。后来，吉翔派郭瞞去向郎中古其品要他画的《尧舜禅受图》献给可望，其品拒不答应。吉翔到可望跟前诬告，用大棍打死了其品，然后可望果然把朝廷大事都交给了吉翔、天寿。于是士瑞与给事中徐极，员外郎林青阳、蔡纟寅，主事张镌接连上书揭发了他们的阴谋。永明王大为恼火，吉翔、天寿向太后求救才得到赦免。

前御史任亻巽、中书方于宣劝可望设置内阁、九卿、科道官，把印文改为八叠，全面改革旧制度，设立太庙，颁定朝仪，打算改国号为“后明”，一天到晚在那里策划篡位。永明王听说后忧惧不安，暗地里对宦官张福禄、全为国说：“听说晋王李定国已经平定了广西，军声大振。我想下一份秘密指示，让他领兵来护卫皇宫。你们能暗中办成这事吗？”他们两个说徐极、林青阳、张镌、蔡纟寅、胡士瑞曾经上书弹劾过吉翔、天寿，应该可以跟他们打商量，永明王就命令告诉他们。这五个人答应后又转告了贞毓，贞毓说：“主上有危难，正是我们报效国家的时候。你们几位先生中间谁能充当密使？”青阳请求去。于是假装让他请假回去治葬，让员外郎蒋乾昌写给他一份给定国的秘密指示，由主事朱东旦书写，福禄等拿进宫中加盖玉玺。青阳在年底从小路飞马来到定国的驻所。定国接到指示感动地流了泪，答应迎接永明王。

第二年夏天，青阳长久不归，永明王打算派人去催促，贞毓推荐了翰林孔目周官。都督郑胤元说“：吉翔一天到晚在身边，借别的事打发他到外边去，这事才能办成。”永明王于是让吉翔奉命到梧州、南宁祭扫先王及王太后的陵墓，然后派周官去见定国。吉翔在路上发觉了青阳送秘密指示的事，派人到定国的军队中侦察。主事刘议新路遇吉翔时，想到他一定预先有准备，就把两个密使来送指示的事情告诉了他。吉翔一听吓了一跳，报告给可望。可望大怒，连带怀疑吉翔参与了这一阴谋，派他的将领郑国到南宁逮捕了他。当时张镌、士瑞及李开元由永明王亲自加以考试，徐极、蔡纟寅、东旦及御史林钟因为资历深都被授予好的官职。天寿及吉翔的弟弟雄飞十分忌妒，正和他们的同伙郭王..在谋划陷害他们。林钟、蔡纟寅、徐极、张镌、士瑞也知道事情泄漏了，仓惶之中弹劾吉翔、天寿内外勾结干坏事。永明王看到情况紧急了，就交廷臣给他们定罪。天寿怕了，和雄飞一道飞马赶到贵阳向可望报告。

起先，青阳返回到南宁，被守将常荣挽留住，暗中派亲信刘吉回来对永明王讲了。永明王很高兴，改任青阳为给事中，指示贞毓又起草了一篇指示，铸造一枚“屏翰亲王”的金印，让刘吉回去交给青阳。刘吉到廉州，周官和青阳相遇，于是一道到高州赐给了定国，定国拜领了王命。

但是这时郑国已经把吉翔加上刑具带到安龙来，跟大臣们当面对证。贞毓推托说不知道，郑国恼了，就带着贞毓直接闯入永明王住的文华殿里，威胁永明王，要查出主谋。永明王怕了，不敢正面回答，说一定是外边什么人偷偷用敕令、玉玺干的吧。郑国眼睛都快鼓出来了，和天寿一道来到朝房里，把贞毓、胤元、周钟、蔡纟寅、乾昌、开元、徐极、张镌、士瑞、东旦及太仆少卿赵赓禹，御史周允吉、朱议翺，员外郎任斗墟，主事易士佳十五个绑了，关在私人住房中。又进宫中抓了福禄、为国出来。他们的同伙冷孟钅任、蒲缨、宋德亮、朱企钅吴等逼迫永明王马上交出主谋，永明王满腔悲愤地退殿走了。第二天，郑国等用严刑拷打那些大臣，只有贞毓因为是大学士得以免打。大家吃打不过，大呼二祖列宗，并且大声叫骂。当时天已黑下来，忽然间风雷大作，震天动地。蔡纟寅厉声喊叫着说：“今日我蔡纟寅等人自己承担了这个案子，也可以稍微表现一下臣子报国的苦衷呢！”因此大家都自己承认下来了。郑国又问道：“主上知不知道？”蔡纟寅大声说：“没有向主上讲过。”这才把他们关起来，定为欺君误国，盗取玉玺，假传诏书的罪名，报告给可望。可望请求永明王亲加裁决，永明王不胜悲愤，交给朝臣讨论。吏部侍郎张佐辰及蒲缨、宋德亮、孟钅任、企锷、蒋御曦等人对郑国说：“这些人都应当处死。假如留下一个就是日后的祸害。”于是由御曦执笔，佐辰起草了圣旨，把张镌、福禄、为国定为首犯，凌迟处死，其他人为从犯，腰斩。永明王因为贞毓是大学士，向可望要求改为绞刑。吉翔因为福禄等是内侍，认为皇后知情，打算废掉她，让主事萧尹上书讲自古以来废掉皇后的故事，皇后向永明王哭诉，才算罢了。那些人接受死刑时神色不变，分别赋诗大骂而死。他们的家人把他们合葬在安龙北关的马场一带。后来青阳被带来，也被杀，只有周官逃脱。当时是顺治十一年(1654)三月。

过了两年，定国终于按照这篇机密指示把永明王护送到了云南。然后追赠贞毓为少师、太子太师、吏部尚书、中极殿大学士，赐予公祭，谥文忠，荫子世袭锦衣千户。其他人程度不同地给予了追赠和抚恤。后来又在马场修了一所大庙，在碑石上刻下“十八先生成仁处”一行大字以表彰他们的忠诚。

定国保护永明王驻云南后，就逮捕了吉翔和他一家，让部将靳统武看管起来，打算杀掉他。吉翔整天讨好统武。定国的门客来见统武时吉翔也讨好他们。于是这些人一起向定国称赞吉翔，含蓄地为他辩白。定国召吉翔来见，吉翔一进门就叩头在地说“：大王再造社稷的功绩千古无比，吉翔有幸一睹尊颜，死且不朽，别的什么是非哪还值得辩白呢？”定国于是十分高兴。吉翔后来天天逢迎定国的门客，让他们劝定国推荐自己入内阁。于是他和定国的门客相互勾结，把持了朝廷内外的大权。天寿也复出当官。后来他们随永明王逃入缅甸，天寿先死，吉翔被缅甸人杀了。

当时缅甸弟弟杀了哥哥自立为王，想杀掉明室的文武群臣，派人来说：“我们蛮人的风俗看重赌咒结盟，请让我们和天朝的各位大人一起喝碗咒水吧！”吉翔、国泰邀各位大臣一起去了，到后缅甸人派兵包围了他们，让他们挨个儿出去，一个个给杀了，共杀了四十二个人。任国玺、杨在、天波、吉翔、国泰、华亭侯王维恭、绥宁伯蒲樱、都督马雄飞、吏部侍郎邓士廉等都在其中。只有都督同知邓凯因为伤了脚没去，得以避免。当时是顺治十八年(1661)七月。从此以后由榔左右无人，到这年十二月，缅甸人就把他押送出境来了，这事详见于大清历史。