洪武年间，明太祖已经平定了畏兀儿地区，设置了安定等卫所，便渐渐逼近哈密。安克帖木儿感到威胁，便想向明朝廷投诚。明成祖初年，朝廷派官员前去招谕安克帖木儿，答应允许他们以马与中原地区交易货物，安克帖木儿即派使者来京城朝贡，献贡马一百九十匹。永乐元年(1403)十一月安克帖木儿的使者到达京都，皇帝甚为喜悦，对他们加以赏赐，让有关官府按其价值收购他们带来的四千七百四十匹马，挑选出其中十匹优良者充入宫廷内厩，其余的交给守卫边疆的骑兵。
第二年六月安克帖木儿又派人向朝廷献贡，请求朝廷给予册封。朝廷便封他为忠顺王，给他颁赐金印。安克帖木儿又派人向朝廷献贡马表示谢恩。不久哈密以北的可汗鬼力赤将忠顺王安克帖木儿毒死，其国人向朝廷谎称安克帖木儿病逝。三年(1405)二月朝廷派官前去赐祭，封安克帖木儿的兄长的儿子脱脱为王，给脱脱颁赐玉带。脱脱自幼被中国俘虏，皇帝将他从奴隶中选拔出来，充当宿卫，想让他继承哈密的王位，但怕其国人不服从，便派官员前去询问。其国人不敢违抗朝廷的旨意，请求脱脱回去主持政务。朝廷便给脱脱的祖母和母亲赏赐彩币，不久脱脱使派使者向朝廷献贡马表示谢恩。
四年(1406)春，甘肃的总兵官宋晟上奏朝廷，说脱脱被其祖母所驱逐。皇帝听到此消息后很愤怒，下敕令责备哈密的头目说：“脱脱是朝廷所立的王，即使有过错，你们不上奏朝廷而擅自将其驱逐出去，这是怠慢朝廷的表现。老人年纪大了头脑发昏，难道作为头目的也不知上面还有朝廷吗？你们立刻把脱脱迎接回去，好好地匡辅他，让他给其祖母行孝。”这样，脱脱回到哈密，脱脱的祖母和哈密的头目也各派人向朝廷谢罪。三月，朝廷设置哈密卫，任命哈密的头目马哈麻火等人分别为指挥、千户长、百户长等官职，又任命周安为忠顺王脱脱的长史，刘行为纪善，辅佐和引导他。该年冬天，朝廷又给十九位头目授予都指挥等官职。
第二年，宋晟上奏朝廷，说头目陆十等人作乱，已被诛杀，但怕引起其他变故，请求朝廷增兵防备。皇帝派宋晟增兵应变，又因安克帖木儿的妻和儿子已投奔鬼力赤，怕他们引诱鬼力赤入侵哈密，便敕令宋晟小心防备。宋晟去世，皇帝派何福代行宋晟职务，同时又敕令何福开诚布公地安抚忠顺王。此时有的头目请求朝廷在哈密增一名把总以治理哈密的政务，皇帝敕谕何福说：“设置把总，就等于增设了一个王；这会造成政令不一，下面的人会无所适从的。”便将这个提议搁置一边。从此以后，哈密连年向朝廷献贡，朝廷对他们也都优加赏赐，并给哈密派来的使臣增授官秩。
皇帝特别厚待脱脱，对他寄予厚望，而脱脱却凌侮朝廷的使者，整天沉湎于酒色，昏聩不体恤国事民情，其手下买住等人交相进谏，他也不听。皇帝听说这种情况后，于八年(1410)十一月派官员颁赐敕令去戒谕脱脱。所派的官员还未到哈密，脱脱便得暴病去世。讣告传到朝廷后，皇帝派官员前去吊祭。接着朝廷便提升都指挥同知哈剌哈纳为都督佥事，让他镇守哈密，并给他颁发敕令和赏赐白金、彩币。皇帝又封脱脱的堂弟兔力帖木儿为忠义王，给他颁赐印有玺章的诰命和玉带，让他世代守卫哈密。十年(1412)，忠义王向朝廷贡献马匹表示谢恩，从此以后他们对朝廷都小心修贡，忠顺王的祖母也数次向朝廷献贡。
十七年(1419)，皇帝因为朝廷的使者在西域地区往来时，忠义王都致礼迎接，便派宦官带绮帛前去慰劳，给忠义王的母亲、妻子赏赐金珠冠服和彩币，对忠义王部下的头目也加以赏赐。忠义王的使臣以及哈密境内的回回人不久便向朝廷献贡马三千五百多匹及貂皮等物，皇帝下诏给他们赏赐钱钞三万二千锭、绮一百匹、帛一千匹。二十一年(1423)，他们又向朝廷贡献骆驼三百三十峰、马一千匹。
仁宗登皇帝位时，下诏令谕告哈密。洪熙元年(1425)他们再次向朝廷进贡，祝贺新皇帝登位。仁宗去世，宣宗即皇帝位，哈密的忠义王兔力帖木儿也去世，派使者前来朝廷告哀。
宣德元年(1426)朝廷派官前去吊祭，任命前忠顺王脱脱的儿子卜答失里继承忠顺王位，并因新皇帝登位实行大赦，朝廷也命令哈密在国内实行大赦。哈密又向朝廷献贡马表示谢恩。第二年忠顺王派他的弟弟北斗奴等人前来朝贡，向朝廷进献骆驼和马等特产。朝廷给北斗奴授以都督佥事之职，并命令宦官前去谕告忠顺王，将前忠义王的弟弟脱欢帖木儿遣送到京城来。三年(1428)朝廷因卜答失里年幼，任命脱欢帖木儿继承忠义王位，与忠顺王一起同理国事。从此，两个王一起向朝廷献贡，一年甚至朝贡三四次，并请求朝廷赐婚娶用的礼币，皇帝都下令给予他们。
正统二年(1437)，脱欢帖木儿去世，朝廷封他的儿子脱脱塔木儿为忠义王，不久脱脱塔木儿也去世。接着不久，忠顺王亦谢世，朝廷便封他的儿子倒瓦答失里为忠顺王。五年(1440)倒瓦答失里派使者向朝廷献贡三次，朝廷大臣觉得这样太烦琐，给他们规定一年献贡一次。
当初，明成祖之所以分封忠顺王，是因为哈密是西域的要道，想让他迎送保护朝廷的使臣，让他统领西域诸番国，作为保卫西部边陲的屏障。但是忠顺王手下的人多是庸碌懦怯之辈，其地方又是种落杂居之处，有回回人，有畏兀儿人，有哈剌灰人，其头目互相没有统属关系，忠顺王也无法节制他们。加上哈密众心离散，于是国势渐衰。等到倒瓦答失里继任为王时，都督皮剌纳便暗地里勾结瓦剌的猛可卜花等人谋杀忠顺王，结果没有成功。忠顺王的父亲在位时，曾接纳了沙州叛逃过来的一百余户人家，朝廷屡次敕令忠顺王将这些人遣还回沙州，忠顺王只遣送回去一半。忠顺王的献贡使者又数次侮辱驿亭的吏卒，呵叱责骂通事。当朝廷设宴宴请四方来的献贡使者时，忠顺王的使者竟然恶言诟骂。皇帝对此也不加罪，只命令忠顺王以后要谨慎地挑选使臣，于是他们益发无所顾忌。哈密的北面是瓦剌，西面是土鲁番，东面是沙州、罕东、赤斤等卫所，四面都与哈密构怨不和，于是其邻国交相入侵。罕东的军队抵达城外，将人畜掳掠而去。沙州、赤斤也先后发兵入侵，都大获而归。瓦剌的酋长也先，是忠顺王的母亲驽温答失里的弟弟，也派军队包围哈密城，杀死哈密的头目，俘获男女众人和抢去牛马骆驼不可胜数。也先还把忠顺王的母亲和妻子带到瓦剌，威胁忠顺王自己去瓦剌相见，忠顺王害怕不敢去，数次派使者向明朝廷告难。朝廷敕令各部相互修好，但各部都不服从，只有忠顺王的母亲和妻子获准回哈密。
十年(1445)，也先又将忠顺王的母亲、妻子和弟弟，以及撒马儿罕献贡使者等一百多人掳掠到瓦剌，数次逼忠顺王去瓦剌相见。忠顺王表面上顺从朝廷的安排，实际上很惧怕也先。十三年(1448)夏，忠顺王亲自到瓦剌拜访也先，居住了数月才回哈密，却派遣使者欺骗天子，声称自己遵守朝廷的命令不敢私自前往瓦剌。天子曾为此颁赐敕令对他加以褒奖。不久，天子知道了他的欺诈行为，严厉下旨前去诘责，但忠顺王已经无法振作起来了。此时正好碰上也先向东进犯，不回故土，于是哈密获得少许的安息。
景泰三年(1452)忠顺王派其臣下捏列沙向朝廷献贡，请求给其使者授以官秩。此前，哈密的使者到京城必然受到朝廷的任命。此时是于谦掌管中枢权力，上奏说哈密世代都受到朝廷的恩宠，这才敢于与瓦剌交通。现今他们虽然归顺朝廷，但其心还是诡诈莫测。如果给其使者加封官秩，则是赏出无名。于是朝廷便没有给哈密使者授官加秩。在景泰皇帝在位期间，哈密的使臣都没一人授官。
天顺元年(1457)，倒瓦答失里去世，其弟弟卜列革派使者到朝廷告哀，朝廷当即封卜列革为忠顺王。此时都指挥马云出使西域，听说北边的酋长扎加思兰挡道，便不敢前进。等哈密的忠顺王前来报告说道路已通，马云才前进，到达哈密。其实贼军并没有退去，还谋划劫持朝廷使者。皇帝怀疑忠顺王与扎加思兰相互勾结，便派使者前去深切责问。
土鲁番，地处火州西部一百里，离哈密有一千多里，离嘉峪关有二千六百里远。汉代该地是车师前王的地盘。隋代该地是高昌国。唐代灭了高昌国，设置西州和交河县，该地就是交河县的安乐城所在地。宋代该地又称为高昌，被回鹘人所占领，曾向朝廷进过贡。元代在此设置了万户府。
永乐四年(1406)明朝廷派官员出使别失八里，路过土鲁番，便将彩币赐给他们。其万户长赛因帖木儿便派使者向明朝廷贡献玉璞，第二年抵达京城。六年(1408)，土鲁番的僧人清来率领自己的徒弟法泉等人向朝廷献贡。皇帝想通过他们来转化和引导番族人的习俗，便授予清来灌顶慈慧圆智普通国师的称号，让他的徒弟七人都做土鲁番僧界的司官，给予他们优厚的赏赐。自此以后，清来的徒弟来京城向朝廷献贡的不绝，向朝廷贡献的多是名马、海青和其他物品，天子亦数次派遣官员前去奖赏慰劳他们。
二十年(1422)，土鲁番的首领尹吉儿察和哈密首领一起共向朝廷贡献马一千三百匹，皇帝给他们加以赏赐。不久尹吉儿察被别失八里的首领歪思所驱逐，逃到京城来。天子怜悯他，任命他为都督佥事，派人将他遣送回故乡。尹吉儿察感激中国，于洪熙元年(1425)亲自率部落里的人前来朝贡。宣德元年(1426)也如此。天子对他们礼遇甚厚，尹吉儿察回国后病逝。三年(1428)，他的儿子满哥帖木儿前来朝贡。不久都督锁恪的弟弟猛哥帖木儿也来京城朝贡，朝廷任命他为指挥佥事。五年(1430)，都指挥佥事也先帖木儿前来朝贡。正统六年(1441)，朝廷大臣说土鲁番已经长期未来献贡了，正好碰上米昔儿的使臣要回去，皇帝便让该使臣带上钞币顺便替朝廷赏赐给土鲁番的首领巴剌麻儿。第二年土鲁番就派使者向朝廷献贡品了。
当初之时，因土鲁番介于于阗、别失八里等大国之间，势力甚为微弱。后来他们侵夺了火州和柳城，将这两个地方并入自己的版图内，于是土鲁番的势力一日强于一日，其首领也密力火者也私自称王了。景泰三年(1452)，土鲁番的首领偕同他的妻子和其部下的头目都各派使者向朝廷献贡品。天顺三年(1459)他们又来献贡物，朝廷给他们的二十四名使臣封官进秩。朝廷还先后派指挥白全、都指挥桑斌等人出使过土鲁番。
成化元年(1465)，礼部大臣姚夔等人提议规定，土鲁番三年或五年献贡一次，献贡的使者不能超过十人。五年(1469)土鲁番派使者来献贡，其首领阿力自称为速檀，上奏请求朝廷给他们赐予海青、马鞍、绣有蟒纹的官服、彩币和其他器物。礼部大臣说他们所要求的东西大多违反禁令，不能全部答应他们，只给他们赐予彩币和布帛。第二年他们又来献贡，上奏要求朝廷赐予忽拨思筝、鼓锣、革占镫和高丽布等物。朝廷大臣们商量后没有答应。
此时的土鲁番日益强盛，而哈密因没有王主持政务势力得到削弱，阿力就想吞并哈密。九年(1473)春天，阿力率兵攻破哈密城，绑架了哈密忠顺王的母亲，抢走金印，安置了守卫的军队之后才离开哈密。朝廷任命李文等人前去经略哈密事务，结果是无功而返。阿力依然对朝廷修贡如故，一年之中派使者向朝廷献贡三次，朝廷仍然善待他们，未曾对他们说过一句严厉的话。这样土鲁番的使者更加傲慢，要求朝廷给他们赐驯象。兵部大臣说象是为礼仪和战备做准备的，按礼制规定只有进献没有向朝廷求索的，于是拒绝了他们的请求。他们又说土鲁番已夺得了哈密的城池，拥有瓦剌部落奄檀王的一万人马，又收捕了曲先和亦思渴的头目倒剌火只，请求朝廷派使者打通道路，以便土鲁番与中国之间和好往来。皇帝说：“往西的道路畅通无阻，不需要派遣官员去打通。阿力如果诚心向朝廷献贡，朝廷不计较他此前所犯的过失，仍会礼待他。”土鲁番的使者又说赤斤等卫所，素来与土鲁番有仇，请求朝廷派将士护送他们回去，并说阿力虽然夺得哈密，只是拿哈密的物产来充当贡品，他们愿意把自己的家属作为人质抵押在边境，让朝廷给他们颁赐敕令，好让他们回去后谕告他们的王，让其向朝廷献运哈密城的官印。皇帝同意派将士护送他们回去，颁敕令给他们带回去谕告阿力，让阿力把哈密城的官印和忠顺王的母亲献出来，立刻就与他和好如初。这批使臣回去后，土鲁番又派遣另外的使臣再次到京城向朝廷献贡，就是不归还所占领的哈密。
十二年(1476)八月，甘州的守卫大臣上奏说土鲁番的使者声称忠顺王的母亲已去世，哈密城的印信都保存着，一旦得到朝廷的敕谕即送还给朝廷。皇帝此前已拒绝土鲁番的献贡使者进入中国，一听到这个消息后便又让他们进入京城。此时朝廷的大臣对土鲁番一意姑息，致使远方的小丑无所顾忌。
十四年(1478)，阿力去世，他的儿子阿黑麻承袭了速檀的职位，派使者向朝廷献贡。十八年(1482)，哈密的都督罕慎悄悄地带兵直捣哈密，战胜了土鲁番的守军。贼将牙兰逃走。阿黑麻对此颇为惊惧。朝廷大臣提议罕慎有功，可立他为哈密的忠顺王。阿黑麻听说后，愤怒地说：“罕慎又不是忠顺王的族人，怎么能立他为忠顺王！”于是便假装与罕慎联姻结亲。
弘治元年(1488)阿黑麻亲自到哈密城下，引诱罕慎出来与他结盟，罕慎中计被阿黑麻抓住杀死，哈密又被土鲁番占据。阿黑麻派使者向朝廷献贡，声称自己已与罕慎联姻结亲，请求朝廷赐予蟒纹官服和九龙浑金膝衤阑等物。他所派遣的使者到甘州时，罕慎被杀的消息已经传到朝廷，朝廷也没怪罪他们，只让其使者回去谕告阿黑麻，将所侵占的地方归还给中国。土鲁番的贼人知道中国容易对付，并不遵奉朝廷的命令，又派使者前来献贡。礼部大臣建议减少给他们的赐予，拘留他们的使臣，这样番贼才稍为有所忌惧。
三年(1490)春，土鲁番偕同撒马儿罕向朝廷贡献狮子，表示愿意将哈密城的官印献还给朝廷，朝廷也即释放了所拘留的使臣。礼部大臣请求不要接纳他们的贡品，皇帝不听。等到他们的使臣回去时，皇帝命令宦官张芾护送他们，并谕告内阁草拟一份敕文。内阁大臣刘吉等人上奏说：“阿黑麻辜负和背叛了朝廷所给予他的恩泽，竟然杀死朝廷所立的罕慎，应派大将率军直捣他的巢穴，消灭他们的种族，这样才足以洗泄中国的怨愤。或者即使不马上征讨他们，亦应当像古代帝王所做的那样封闭玉门关，拒绝他们的献贡使臣进入国内，这也还不失大体。可是现在皇上既宠幸他们的使臣，对他们待以厚礼，还派宦官为使者伴送他们回去，这是什么道理啊？陛下做事都应遵守制定的宪法，现却无缘无故地把番族人召进宫殿看戏狮子，对他们大加赏赐宫廷用品，让他们夸耀着出去。众人听说此事后都大为惊骇叹息，说祖宗以来，从来没有发生过这样的事情，不知皇上为何委屈自己作为万乘之主的尊严，去玩奇兽，让异言异服之人，杂沓清静庄严的地方。况且土鲁番的使臣满剌土儿是罕慎的妻舅，竟然忘却主人服侍仇人，这是违反天道之人所做的事。而且阿黑麻现在正聚集人马，图谋侵犯肃州，名义上打着向朝廷献贡的旗号，其意图实在是无法预测。兵部大臣提议将其使臣拘留起来，正合事宜。如果皇上不停止张芾的使命，那么土鲁番的使臣回国后，阿黑麻必然认为中国的皇帝是可以用希罕的宠物来打动的。大臣们为国家出谋划策，而天子则不听，这使我们又有什么办法！长番贼的志气，损我们天朝威风的事，莫过于此了。”这份疏章送到皇帝手上后，皇帝制止了张芾的使命，并向内阁大臣询问兴兵征讨和封关绝贡之事。刘吉等人认为现在兴兵征讨和封关绝贡都还不到时候，只请求皇上减少对他们的赏赐。并说饲养狮子每天要用二只羊，十年下来就要用去七千二百只羊；守卫狮子一天要用五十名校尉，一年就要花去一万八千个人工。如果能停止喂养，听任狮子自己倒毙而亡，这可作为传之千载的美谈。皇帝没有采纳这个意见。
同年秋天，土鲁番又派遣使者从海路向朝廷贡献狮子，朝廷命令地方官员拒绝，其使者却偷偷地到达京城。礼部大臣请求皇帝追究沿途有关官员的罪责，同时拒绝接见其使者，皇帝同意。正当此时，中外都太平无事，大臣马文升、耿裕等人，了解本国情况，多次裁减土鲁番献贡使者的进京人数和给予他们的赏赐品，阿黑麻这才稍为了解中国还是有人的。四年(1491)秋天，土鲁番派使者再次向朝廷贡献狮子，并表示愿意归还所掠去的金印和十一座城市。边防大臣将此上报朝廷，朝廷答应让他们献贡，他们果然归还了哈密城的金印。第二年朝廷册封陕巴为忠顺王，把陕巴安置在哈密，对阿黑麻的使臣给予优厚的赏赐，先前所留的土鲁番使者也全部予以释放。
六年(1493)春天，土鲁番所派的前一批使臣二十七人回去，还未出国境，后一批使者三十九人还留在京城，阿黑麻就又袭击并攻陷了哈密，把陕巴绑架走了。皇帝任命侍郎张海等人去经略西域事务，优待土鲁番的使臣，让他们到京城来进见皇帝。礼部大臣耿裕等人进谏道：“朝廷驾驭外番之国，应当珍惜大体。土鲁番使臣去年就已经进入京都，皇上却久不宣召他们进见，而今年三月以来，皇上却一再宣召他们进宫，给他们赐予币帛羊酒，而这正是他们的轻视谩骂文书投进朝廷之时，这些小人们不知内情，将会认为朝廷此时对待他们比往昔更加优待，是怕他们的缘故。此事关系到国体，不可不慎重处理。况且阿黑麻倔强无礼，早已蓄谋了与朝廷的对抗之心。所派遣的使臣，一定是他的亲信心腹，现在让他们在宫殿进出，对他们毫无防备。万一奸宄之徒窥探时机，使其逆谋得逞，则后悔也来不及了。现在招待其使臣写亦满速儿等人的宴席和赏赐都已完毕，他们还不肯离去，说是怕朝廷又宣召他们进宫，若不以远方之物为宝，则远方之人自会有分寸。狮子原本是野兽，不足为奇，何至于麻烦陛下您屡次视察，致使荒僻之地的小人得以觐见您的圣颜，藉为自己的口实。”该疏章传到皇帝手上后，皇帝即把土鲁番使者遣送回去。张海等人抵达甘肃，遵照朝廷的决定，拒绝他们的贡品，将他们前任所派的使臣一百七十二人拘留在边境，封闭了嘉峪关，永远断绝这条进贡的道路。同时巡抚许进等人又悄悄地出兵直捣哈密，赶走了牙兰，这样阿黑麻才渐渐有所畏惧。他们的邻邦无法向朝廷献贡，也全埋怨阿黑麻。十年(1497)冬天，土鲁番将陕巴送还朝廷，叩关请求通贡，朝廷决定答应他们。十二年(1499)，因土鲁番使臣再次请求，朝廷下令将已安置到广东的前土鲁番使者全部释放回国。
十七年(1504)，阿黑麻去世，他的各位儿子争权互相仇杀。不久，他的长子满速儿承袭速檀职位，向朝廷修贡如故。第二年，忠顺王陕巴去世，他的儿子拜牙即继承王位。但是拜牙即昏愚失道，哈密国内更加动乱。而满速儿的桀黠狡诈比他的父亲阿黑麻有过之而无不及，于是又有吞并哈密之心。
正德四年(1509)，满速儿的弟弟真帖木儿居住在甘州。土鲁番的献贡使臣请求把真帖木儿还给土鲁番，朝廷决定不答应他们，后来因甘州的守卫大臣也上奏请求，才把真帖木儿送还给土鲁番。真帖木儿一回去就把我国的边境情况告诉其兄，与其兄满速儿一起共谋违逆朝廷。九年(1514)他们诱使科牙即叛变朝廷，又占领了哈密。朝廷派彭泽去经略哈密事务，彭泽用财物将哈密城和金印赎了回来。不久满速儿的部下他只丁又占领了哈密，并引导满速儿进犯肃州。从此，哈密便没有再回到中国，而且其祸患还延到甘肃中部。此时朝廷大臣内部又互相倾轧，番族首领窥探到这种内情后，更加放肆地进谗言挑拨离间，使得贼人的心腹得以服侍天子，于是中国的国体大为损伤，贼人的气焰更加炽盛。
十五年(1520)朝廷又允许土鲁番前来进贡。甘肃巡按潘仿说：“番贼违犯朝廷成命，杀戮百姓，剽掠财物，其造成的悲惨之状不可胜言。现在他们虽然表示悔罪，但这能赎回他们前段时间所犯罪行的万分之一吗？数年来，我们虽然对他们封闭了关隘，但没有对他们追究罪责。现今他们因国内物资困惫请求与我们通贡，并想窥探我们的意向，打探我们的虚实情况，延缓我们的计划，以重利引诱我们。如果我们不在此时稍追究一下他们的罪责，将会更加招致他们对我们的轻视怠慢之心，致使他们反复向我们挑衅，这不是使中国为尊以便驾驭外番之国的良策。况且他们的番族文书中用的是难以顺从之词，表达的是敢于抗拒朝廷的情状。现在正是他们悔罪请求通贡之日，就有如此侮辱、怠慢、不恭敬之语，其中的权变奸诈已经显而易见。如果说来者不拒，是驾驭番国的常理，那么将他们所干的坏事全部略去不谈，而接纳他们的求和使臣，必将会使他们的使臣贪冒朝廷的恩礼，饱受朝廷的赏赐，再到市场上私自贩卖，满载而归。他们的欲望已经满足之后，其骄横之志必然又会萌发，稍不顺心，动辄寻找借口，反复向我们挑衅，这就是在目前将会发生的事。他们背叛朝廷，没被朝廷加罪，反而获得了掳掠之利；他们向朝廷献贡，未必会遭朝廷的拒绝，又能得到皇帝赏赐的荣耀，这种事他们有何惧怕而不去做呢？我认为现在应乘他们处于窘迫之机，暂设让他们有所畏惧而屈服的计策。虽然我们接受他们的悔过之词，但暂时拒绝他们的使者前来献贡，降赦令谴责他们违反朝廷成命的行为，仍向他们索讨未交还过来的人质。对其番族文书中有疑问的地方，详加究问，让他们了解中国的尊严，朝廷的天威不容冒犯，这样或许其背反之志不萌发，向朝廷的归顺服从可能长久。”此时王琼竭力主张与土鲁番通和，没有接纳潘仿的意见。
第二年，世宗登上皇帝位，贼人的心腹写亦虎仙被朝廷诛杀，贼人失去依靠后，再次图谋侵犯边境地区。嘉靖三年(1524)贼人进犯肃州，劫掠甘州；四年(1525)又侵犯肃州，但这二次都失败而归。于是他们又卑词向朝廷请求通贡。此时正碰上张璁、桂萼等人兴封疆之狱，于是他们暗地里庇护满速儿，允许他们向朝廷献贡。贼人的同党牙兰，本是曲先人氏，年幼时被番人掳掠而去，长大后既狡黠又健壮，阿力便将自己的妹妹嫁给他，让他掌握兵权，长期以来一直成为西部边境地区的祸患。到此时他得罪了其主人满速儿，便于七年(1528)夏天率鲁番，土鲁番每年从他那里征调妇女和牛马，他因不胜土鲁番的侵暴，也率领自己的族属数千帐人前来归附朝廷，边关大臣全将他们安置在内地。
满速儿为此很愤怒，让他的部下虎力纳咱儿勾引瓦剌部落侵犯肃州，结果没有获胜，他便又派使臣前来请求献贡。总督王琼请求朝廷答应他们，而詹事霍韬则说：“番人自从攻陷哈密以来，朝廷大臣中有提议允许他们献贡的，也有提议拒绝他们献贡的，皇帝的圣谕是必须要有他们用番文书写的悔罪文书交上来才答应他们的要求。现在王琼翻译后送上来的土鲁番文书，都是满速儿部下小人们的话语，没有印信可作凭据。如果我们匆匆忙忙地答应他们的要求，恐怕他们会更加骄横，以后就更难驾驭他们了。这是值得担忧的第一件事情。哈密的城池虽然已经在口头上献还出来了，但没有真实凭据可以相信，怎么能够兴复哈密国？有的大臣提议对哈密弃置不问算了，这样，他们就愈益得志，必定会再劫掠我们的罕东卫所，引诱我们的赤斤卫所，掳掠我们的瓜州、沙州，对外他们与瓦剌联结在一起，对内则骚扰我们的河西地区，如此一来，边疆地区的警报便永远不会停息了。这是值得担忧的第二件事情。牙兰是土鲁番满速儿的心腹，率领众人前来投奔我们，而土鲁番那边则说不知他的去向，我们怎么知道他不是假装投降来诱骗我们呢？日后土鲁番侵犯我们的边境，理由是我们接纳了他们的叛臣。如果我们不把他们的叛臣交还给他们，他们就不归还我们的哈密。从此以后西部边境多战事，而哈密则永无兴复的日子了。这是值得担忧的第三件事情。牙兰到来后，每天要供给他们粮食，所花的费用实在不少，还说这是羁縻政策收不到的效果。倘若土鲁番的首领率人来叩关，索讨他们的叛徒，我们是交给他们呢还是拒绝他们呢？或者要是牙兰包藏祸心，在边境内发动变乱，与边境外的贼人协调呼应，我们如何抵御他们？这是值得担忧的第四件事。有的大臣说现在陕西被饥馑所困，甘肃孤悬在边境很危险，哈密可以放弃了。我则认为保哈密就可以保甘肃和陕西，保甘肃也就是保陕西了。如果认为哈密难以守卫就放弃哈密，那么甘肃难守也将放弃甘肃吗？昔日文皇之所以扶立哈密，是因为元朝留在哈密的残余力量能够自立，这才扶立他们的。他们假借其名，我们朝廷则分享其利。现在忠顺王的王位已经三次无人继承了，这是上天废除他们，谁又能兴复呢？为今之计还是在诸夷族人之中，寻求那自身雄杰能够守卫哈密的人，把金印托付给他，让他与诸番族人和睦相处，带领他们作为我们中国的藩蔽，这样就可以了。如果一定要寻求到忠顺王的后裔才扶立为王，这就显得太顽固了。”
霍韬的疏章呈送给皇帝后，皇帝很欣赏他如此留心边境事务，便交给兵部去确切讨论。尚书胡世宁等人竭力主张不能抛弃牙兰，也不必再去兴复哈密，请求朝廷一心一意考虑自治之策，皇帝便接受了他们的建议。从此朝廷允许土鲁番的首领前来进贡，而对哈密城和金印以及忠顺王的存亡等不再过问，这样河西地区就稍为获得一些安宁，百姓得到一些休息，而满速儿则更加桀骜不驯了。
十二年(1533)满速儿派使臣向朝廷上奏三件事：其一，请求追究巡抚陈九畴的罪行；其二，请求朝廷派官前去议和；其三，请求朝廷将叛徒牙兰交还给他们。该奏章中的语言大多是悖逆傲慢之词，朝廷无法治他们的罪，只好告诫他们修职献贡时不能说狂妄之言。但自从写亦虎仙被杀，他只丁阵亡，牙兰又投降朝廷之后，满速儿也丧失了他所依靠的力量，其势力也渐渐孤单，手下的各部也各为雄长，自己称王向朝廷献贡的竟多达十五人，其政权也不统一了。
十五年(1536)，甘肃巡抚赵载陈述边境事务时说：“土鲁番屡次顺服又屡次反叛，朝廷对他们安抚太多，太信任他们，这更助长了他们的奸诈狡猾。今后他们一旦前来侵犯，应杀死他们所派来的使臣，把使臣的随从迁徙到两粤，封关拒绝与他们往来。即使他们悔改自己的罪过，也只允许他们向朝廷献贡，不可一动就将所拘留的随从交还给他们。让他们内部有所牵挂，对外有所畏惧，这样就不敢轻易侵犯我们边境了。”皇帝采纳了他的意见。
二十四年(1545)，满速儿去世，他的长子沙继嗣为速檀，他的弟弟马黑麻也自称速檀，占据了哈密。不久兄弟俩相互仇杀，马黑麻为了与其兄抗衡便与瓦剌部落联姻结亲，并在沙州垦荒种田，图谋进犯中国。他的部下前来向边关的守卫大臣报告，马黑麻便到边境叩关请求向朝廷献贡，并要求朝廷在边境以内的地区安置他。边关守卫大臣劝谕并制止了他的图谋，他便回到自己的故乡，与其兄长一起生活。总督张珩将此情况上报朝廷，皇帝下诏允许他们向朝廷献贡。二十六年(1547)规定让他们每五年献一次贡。后来他们按规定日期献贡，只是献贡的使者人数越来越多。到世宗末年时，他们所呈送给朝廷的番字文书已有二百四十八道之多。朝廷难违他们的盛情，全给他们有所赏赐。
隆庆四年(1570)马黑麻继承了其兄的职位，派遣使臣向朝廷谢恩。马黑麻的弟弟琐非等三人，亦各自自称为速檀，各派使者向朝廷献贡。礼部大臣请求裁减给他们的犒劳和赏赐，让他们的使者附在马黑麻使臣群中一起献贡，皇帝同意。一直到万历朝时，他们都向朝廷奉贡不绝。
四年(1460)，忠顺王去世，没有子嗣，由其母亲弩温答失里主持哈密政事。当初，也先被杀时，也先的弟弟伯都王和侄子兀忽纳逃到哈密居住。忠顺王的母亲为他们上书朝廷，请求朝廷对他们加恩，任命伯都王为都督佥事、兀忽纳为指挥佥事。自卜列革死后，其亲属中无人可继承王位，于是朝廷命令哈密的国人推荐出可继承王位之人来。头目阿只等人上奏，说脱欢帖木儿的外孙把塔木儿官至都督同知，可继承王位。忠顺王的母亲声称臣子不能继承君王之位，说安定王阿尔察与忠顺王是同一祖先，请求朝廷封阿儿察为忠顺王。七年(1463)冬天，忠顺王母亲的奏章上报朝廷后，礼部大臣说“：扎加思兰见哈密无主，图谋占领哈密。现在形势危急，请朝廷同意她的请求。”皇帝派都指挥贺玉前往哈密册封。贺玉到西宁后便逗留不前，哈密的使臣苦儿鲁海牙请求贺玉允许自己先行一步，贺玉又不答应。于是皇帝便将贺玉逮捕交有关官吏处理，改派都指挥李珍代替贺玉的职务，同时敕令安定、罕东两地保护使臣李珍前往哈密。阿儿察认为哈密多难，对朝廷的册封力辞不行，李珍便返回京城。
哈密素来就国力衰微，加上又是由女人主持国政，众人之心便更加离散。扎加思兰便乘机攻破哈密的城池，大肆杀掠，忠顺王的母亲率领亲属和手下人逃到苦峪，不过对朝廷还数次派使者朝贡，并向朝廷告难。朝廷也无法救援他们，只敕令哈密的国人迅速推荐出可继承忠顺王位的人而已。其国因被外敌残破的缘故，逃到中原来的人一日比一日多。
成化元年(1465)，礼部大臣姚夔等人说“：哈密向朝廷献贡马二百匹，而派来的使者却有二百六十人，以我们中国有限的财力，提供给外蕃之国做无益的花费，不是良策。”皇帝把姚夔等人的奏章交给朝廷大臣们商议，大臣们规定让哈密一年献一次贡品，献贡使者人数不得超过二百人，皇帝同意。
第二年，兵部上奏说忠顺王的母亲到苦峪避难时间不短了，现在贼兵已经退走了，应让她回到哈密故土去了，皇帝同意。不久哈密的朝贡使者说其地饥寒交迫，有男女二百多人随他一起到中国来乞食，现无法回国。朝廷命令给他们每人米六斗、布二匹，把他们遣送回去。
当初，哈密的国人请求朝廷立把塔木儿为王，因忠顺王的母亲不肯，致使哈密八年时间内无王。到现在这个地步时哈密的头目交相上奏章请求朝廷封把塔木儿为王，其言词极为哀伤。朝廷于是将把塔木儿提升为右都督，让他代行国王的职事，给他颁赐诰印。五年(1469)，忠顺王的母亲陈述自己年老有病，请求皇帝赐予药物，皇帝立即赏赐给她。不久哈密与瓦剌、土鲁番一起派遣使者三百人向朝廷献贡，边防大臣将此上报朝廷。朝廷大臣说献贡有时间规定，现在哈密前次来献贡的使者还未回去，后一批的使者又来献贡，而且瓦剌是西域的强寇，现与哈密一起派使者前来，如果不是哈密挟瓦剌的势力以邀取利益，即是瓦剌假借献贡之名来窥探我边境的虚实。于是皇帝拒绝了他们的贡品，命令边防大臣在当地设宴款待他们，然后把他们遣送回去。但朝贡的使者却坚持不肯接受边防大臣的宴赐，非要亲自到朝廷朝觐皇帝，于是皇帝便让其中十分之一的使者赴京。
八年(1472)，把塔木儿的儿子罕慎向朝廷报告其父去世的消息，请求朝廷让他继承其父的职位。皇帝答应了他，但不让他主持国事，于是哈密的政令没有人出。土鲁番的速檀阿力乘机袭击并攻破了哈密城，俘虏忠顺王的母亲，夺取了忠顺王的金印，把忠顺王的孙女娶为妾，占领了哈密。九年(1473)四月，此事传到朝廷后，皇帝命令边防大臣小心戒备，敕令罕东、赤斤等卫所与边防大臣协力守卫。不久，朝廷派遣都督同知李文、右通政刘文到甘肃去经略边防事务。他们到达甘肃，便派锦衣千户马俊奉敕令去谕告阿力退兵。此时阿力只留下他的妹夫牙兰守卫哈密，自己则携带忠顺王的母亲和掳来的金印已回到土鲁番。马俊到达后，将朝廷的命令告诉阿力，而阿力极力抗辩，其言词极不谦逊，还把马俊羁留了一个多月。一天，牙兰忽然到土鲁番，说有大军三万即日从西边过来，阿力这才设宴慰劳马俊等人，把忠顺王的母亲抬出来与马俊等人相见。忠顺王的母亲因害怕不敢出声，在夜里偷偷派人过来传话说：“替我上奏给天子，快速出兵救哈密。”李文等人将此上报朝廷，朝廷便传檄文给都督罕慎和赤斤、罕东、乜克力等卫所，要他们集结军队进兵哈密讨伐阿力。十年(1474)冬天，大军到达卜隆吉儿川，有谍报说阿力已集结众人准备抗拒朝廷军队，并勾结别的部落图谋劫掠罕东、赤斤二个卫所。李文等人便不敢进兵，让罕东、赤斤二个卫所的军队回去守卫自己的本土，罕慎和乜克力、畏兀儿的军队便退居到苦峪，李文等人也引兵回肃州。皇帝于是命令罕慎暂时主持国政，因罕慎向朝廷请求给予米和布，朝廷便给他赏赐谷种。李文等人就这样无功而回了。
土鲁番长期占据哈密后，朝廷命令边防大臣修筑苦峪城，将哈密卫所移到苦峪城。十八年(1482)春天，罕慎纠集罕东和赤斤二个卫所的军队一千三百人，与自己手下的军队合起来共一万人，乘夜袭击哈密城，牙兰逃跑而去，罕慎乘势接连收复八个城，于是回到故土居住。巡抚王朝远将此消息上报朝廷，皇帝很高兴，颁赐敕令对罕慎予以奖励，对罕东、赤斤二个卫所也予以嘉奖。王朝远请求朝廷封罕慎为王，并说吐鲁番也洗心革面向化朝廷，现与罕慎议和，朝廷应乘机对吐鲁番予以安抚，取回忠顺王的孙女和金印，让她与忠顺王的母亲一起共同掌管国事，而且哈密国的人也请求封罕慎为王。朝廷大臣商议后不同意王朝远的请求，皇帝便提升罕慎为左都督，给他赏赐白金一百两、彩币十表里，特地敕令奖赏犒劳，对他手下的将士也都按等差给予提升和奖赏。
弘治元年(1488)朝廷顺从哈密国人的请求，封罕慎为忠顺王。土鲁番的阿力此时已死，他的儿子阿黑麻继承其父的速檀职务，假装与罕慎联姻结婚，将罕慎诱骗到手后杀死，仍派牙兰占据哈密。哈密的都指挥阿木郎逃奔到中国求救，朝廷大臣请求皇帝谕告土鲁番的献贡使者，让他们回去转告其首领退还所占领的哈密领土，同时敕令赤斤、罕东二个卫所，共同谋划收复哈密。第二年，哈密原来罕慎的旧部绰卜都等人率领众人攻打牙兰，杀死牙兰的弟弟，从叛变的大臣者盼卜等人那里夺取了人和牲畜后凯旋而归。此事传到朝廷后，朝廷给绰卜都等人加官奖赏。先前，罕慎派遣使者向朝廷献贡，其使者还未回去罕慎就蒙难而亡了。罕慎的弟弟奄克勃剌便率领部下众人逃到边疆地区避难，朝廷命令将原打算赐给罕慎的东西赐给奄克孛剌。阿黑麻离开哈密时，只留下六十人辅佐牙兰。阿木郎探听到牙兰的力量很单薄微弱时，便请求边防大臣调集赤斤、罕东的军队，在夜间袭击并攻破哈密城的防守，牙兰逃走，其手下被官兵斩杀和俘虏甚多，皇帝下诏令予以奖赏。
值此之时，阿黑麻甚为桀傲不驯，自以为土鲁番离中国甚远，屡次违抗天子的命令。等到官军攻破哈密城赶走牙兰后，土鲁番的使者频频到朝廷献贡，朝廷仍善待他们，于是阿黑麻更加轻视中国。皇帝便减少对他们的赏赐，或拘留他们的使臣，或拒绝收纳他们的贡品，敕令责成他们悔罪。不久，朝廷寻访到忠顺王的族孙陕巴，想辅立陕巴为王。阿黑麻逐渐感到惊惧，三年(1490)派使者叩见边关大臣，愿意归还哈密之地和掳去的金印，希望朝廷释放所拘留的土鲁番使臣。天子收纳了他的贡品，但仍不释放前次所扣留的土鲁番使者。第二年，阿黑麻果然把哈密城和金印献出来归顺朝廷，朝廷便听从马文升的建议，放还所拘留的土鲁番使臣。马文升又说“：番人很看重种族，而且素来对蒙古人很服帖。哈密以前有回回、畏兀儿、哈剌灰三个种族，其北部山区又遭小列秃、乜克力人的侵逼，所以这个地方非得有蒙古人的后裔来镇守不可。现在安定王的族人陕巴，是前忠义王脱脱的近亲从孙，可以主持哈密的政务。”天子认为马文升的话有理，而各番国也共同上奏说陕巴可立为王。五年(1492)春，朝廷便立陕巴为忠顺王，给他颁赐印诰、冠服和守卫城池的武器，提升阿木郎为都督佥事，与都督同知奄克孛剌一起共同辅佐陕巴。
不久诸番国向陕巴索讨犒赐之物而不得，皆有怨愤。阿木郎又勾引乜克力人抢劫土鲁番的牛马，阿黑麻甚为愤怒，于六年(1493)春天偷偷地派兵在夜间袭击哈密，杀死哈密一百多人，逃跑的和投降的也各占一半。陕巴和阿木郎便占据大土剌坚守。大土剌，按华语就是大土台的意思。阿黑麻的军队将大土剌包围了三天也没攻下来。阿木郎也急忙调遣乜克力和瓦剌二地的军队前来救援，但都失败而回。于是阿黑麻俘虏了陕巴，活捉阿木郎后将他肢解而死。这样，牙兰便又据守哈密，并移文书边关大臣，向边关大臣诉说阿木郎的罪行。此时土鲁番先后派来向朝廷献贡的使者都还没有回去。边关大臣认为牙兰的文书中言词不谦逊，并擅自称可汗，请求朝廷派遣将领带兵先剿灭牙兰，然后再直达土鲁番，割下阿黑麻的首级，把陕巴夺回来。或者请朝廷降敕令给阿黑麻，对他严加责备，让他送还陕巴，这样才宽恕他的罪行。朝廷大臣商议后认为后面这一条建议可行，让边关大臣拘留土鲁番的献贡使者，故意放他们几个人回去，让他们把敕令交给阿黑麻，向他明示如何做才是福如何做会招祸。皇帝同意大臣们的请求，命朝廷大臣推荐一位大臣前往甘肃经略此事。
当初，哈密事变传到朝廷时，丘浚就对马文升说“：西部边陲所发生的事很重要，您必须亲自去一趟。”马文升说：“国家有事，面对困难做臣子的有义不容辞的责任。但是番族人贪利，不善于骑马射箭，自古以来没有哪一个西域之国能对中国构成威胁的，所以对西部边陲的事变可慢慢地清除。”现在丘浚又对马文升提起旧话，马文升便向皇帝请求亲自到甘肃去经略此事。但是朝廷大臣都说北部的敌寇很强大，本朝的兵部尚书不可远离朝廷，于是便推荐兵部右侍郎张海和都督同知缑谦二人前往甘肃。皇帝颁赐敕令授予二人，但该二人都是庸才，只派土鲁番的人回去谕告阿黑麻，让他将所侵之地献出来，而自己驻扎在甘州等待消息。第二年，阿黑麻派使者叩见边关大臣请求向朝廷献贡，诡称自己愿意归还陕巴和哈密，请朝廷也归还所扣留的土鲁番使者。张海等人上报朝廷，请求皇帝再降敕令宣谕阿黑麻。朝廷大臣议论时说，先前已经降过敕令，现在若再降敕令，有伤国体，应让张海等人自己派人前去宣谕阿黑麻。如果阿黑麻不服从命令，则仍扣留土鲁番前次派来的使者，把新来的使者全部驱赶到边关之外，永远不许他们再来献贡，同时让张海等人与当地守卫大臣一起传檄文给罕东、赤斤等部的军队，让他们直捣哈密，袭击并斩杀牙兰。如果无机可乘，则封闭嘉峪关，不接纳土鲁番的使者。陕巴虽然被封为忠顺王，但他回与不回，对我们中国并没有损害或好处，我们可以再挑选贤者代替他。皇帝认为既然陕巴对中国没有损害或好处，而哈密的城池已经残破，如果土鲁番将哈密城池和陕巴献还给朝廷，应当如何处置？朝廷大臣又说陕巴是安定王千奔的侄子，是忠顺王的孙子，以前封他为忠顺王是想让他镇守安抚一方罢了。现今他被俘虏，可知其自身孱弱，即使回来，也很难立为王了。
应当将其忠顺王的爵位革除，让他到甘州居住，再犒劳和奖赏安定王，将不再立陕巴为王的原因告诉安定王。再命令都督奄克孛剌总理哈密的政务，让他与回回族都督写亦虎仙、哈剌灰族都督拜迭力迷失等人分别统领三种番族人以辅卫中国。然后再修筑苦峪的城壕，凡是散居在甘州、凉州的番族人，都让他们回到自己的故土去，发给他们耕牛、农具和口粮。如果陕巴没回来，也不必去索取，我们不急着要陕巴，他将会自己回来的。皇帝全部按照朝廷大臣所说的去做，并将此意敕令给张海等人。张海等人看到敕令书上说将放弃陕巴，很高兴，马上驱逐土鲁番的献贡使者，封闭嘉峪关，修筑苦峪的城壕，让流居的番族人全迁回故乡，便给朝廷上疏回京交差。八年(1495)正月张海等人回到京城，朝廷的言官交相上奏弹劾他们在甘肃无功而返，将张海等人交给司法官员贬斥官秩，但哈密最终还是没还回来。
马文升则锐意图谋收复哈密，他派许进做甘肃巡抚以图谋此事。许进和大将刘宁等人在夜间偷偷出兵袭击，牙兰逃走，官军便斩杀牙兰留下的守军，安抚好投降的众人后才回军。自从明朝建立以来，官军从来没有到过西域，至此诸番族人才开始知道畏惧，阿黑麻也想把陕巴送还过来。但是哈密城屡遭破坏，其间的居民早晚都担心有敌寇入侵。阿黑麻又来攻打，由于哈密的军民坚守，阿黑麻攻打不下，最终散去。哈密的各种人都认为该地穷困窘迫难以坚守，便把房舍全部焚烧掉，逃到肃州来请求帮助。边关大臣将此上奏朝廷，皇帝下诏给他们赐予牛、农具和谷种，同时也将这些东西分发给流浪出来的三种番族人和寄居在赤斤的哈密人，让他们全部到苦峪和瓜州、沙州，让他们自己从事耕种放牧，以图兴复故国。
此时哈密没有王，奄克孛剌充当哈密的长官。十年(1497)奄克孛剌派其党徒写亦虎仙等人前来朝贡，朝廷赐予他们币帛五千，以抵偿其贡品的价值。但奄克孛剌的使臣还是久留在京城不回去，常常对别人发怒咆哮。礼部官员徐琼等人极力主张治他们的罪，于是朝廷便将他们赶出京城让他们回去。此时各番国因为朝廷封闭了嘉峪关而无法进入中国，便全都怨恨阿黑麻，阿黑麻感到后悔，把陕巴和掳抢去的哈密人送了回来，请求朝廷允许他们像以前那样献贡。朝廷大臣商议后认为他们没有送番国的文书来，不可贸然答应他们，一定要让他们送文书来后才同意他们的请求。对于陕巴，前次大家商议时决定废除他的王位，现在让他暂时居住在甘州，等众头目都归顺朝廷时，再修好哈密的城堑，让他重复旧业。皇帝同意这些提议。冬天，朝廷起用王越来总制三边的军务，并兼任哈密的经理事务。十一年(1498)秋，王越上奏说哈密不能弃，陕巴也不能废，应让他仍当哈密的王，让他先回哈密，按实际拨给他们修城堑、建房舍的费用，犒赏三种番族人和赤斤、罕东、小列秃、乜克力等部落，以奖励他们前次的功劳，责成他们再接再厉。皇帝也同意王越的提议。从此，哈密又安定下来，土鲁番也向朝廷小心恭顺地献贡。
奄克孛剌，是罕慎的弟弟，与陕巴不和。主持西域事务的朝廷官员对此颇为担心，让陕巴娶罕慎的女儿，以便与奄克孛剌结好。陕巴既嗜酒如命又聚敛贪狠，失去了众人的拥护，其部下阿孛剌等人也都有怨言。十七年(1504)春，阿孛剌等人暗地里与阿黑麻勾结，迎接阿黑麻的幼子真帖木儿到哈密为王。陕巴感到畏惧，带领全家逃到苦峪。此时奄克孛剌与写亦虎仙都在肃州，边关大臣认为番族百姓对奄克孛剌和写亦虎仙颇信服，便让他们二人回去辅佐陕巴，让百户董杰与他们同行。董杰此人颇有胆略。他们抵达哈密时，阿孛剌约了五位同党准备乘夜带兵劫持他们。董杰了解这一情况后，与奄克孛剌等人商量后，将阿孛剌等人召来商量事情，乘机将阿孛剌擒拿住斩杀，阿孛剌的手下人于是便不敢反叛了。董杰等人便让陕巴回到哈密，让真帖木儿回土鲁番。真帖木儿年纪只有十三岁，他的母亲就是罕慎的女儿。真帖木儿听到父亲阿黑麻已死，其兄满速儿继承了速檀的职位，与各位兄弟正互相仇杀，于是有点害怕不敢回去，愿意投靠奄克孛剌，说：“这是我的外祖父。”边关大臣考虑到真帖木儿与陕巴有仇，便让他居住在甘州。十八年(1505)冬，陕巴去世，陕巴的儿子拜牙即自称为速檀，朝廷下令封他为忠顺王。
正德三年(1508)，写亦虎仙到京城朝贡时，不和通事官员同行，而是自带边关大臣所发给的文牒径自投奔京城而去。大通事王永很愤怒，上疏给朝廷请求治写亦虎仙的罪，写亦虎仙也上奏朝廷，讲了王永的需求。王永在豹房手下供职，常常恃宠恣意行事、横行霸道。皇帝下诏不给他们治罪，只戒谕他们而已。写亦虎仙从此更加轻视朝廷，偷偷地心怀异志。
当初，拜牙即在哈密承继为忠顺王时，满速儿便与哈密通和，并派使者来索讨真帖木儿，边关大臣上奏朝廷说还是将真帖木儿交给土鲁番为好。中枢大臣说土鲁番酝酿作恶已经很久了，现今看朝廷扶植哈密，朝廷的声势渐渐扩张开来，于是满速儿以要求归还弟弟为名，卑词请求向朝廷献贡。我们把他的弟弟留下来，正好符合古人所说的以其亲爱之人为人质的治理办法，因此不能马上把真帖木儿遣送回去。皇帝同意。六年(1511)朝廷才让写亦虎仙与都督满哈剌三二人把真帖木儿送回西边的土鲁番去。他们一行到达哈密时，奄克孛剌想制止他们这么做，而写亦虎仙和满哈剌三不答应。他们二人把真帖木儿护送到土鲁番后，便把哈密的真实情况告诉给了满速儿，并引诱拜牙即背叛朝廷投奔土鲁番。拜牙即素来昏庸愚钝，性情又很淫暴，心里害怕部下伤害自己，而满速儿又以好言好语引诱他，他便想和奄克孛剌立刻同往土鲁番，奄克孛剌不肯去，他便逃到肃州。八年(1513)秋，拜牙即弃城叛逃到土鲁番。满速儿派火者他只丁占据哈密，又派火者马黑木到甘肃上书给边关大臣，说拜牙即没有能力守卫自己的国家，现由满速儿派遣将领代为看守，请朝廷予以犒赏。
九年(1514)四月，此事传到朝廷，皇帝派都御史彭泽前去经略此地区的事务。彭泽还未到达，贼人就已分兵抢掠了苦峪和沙州，声称朝廷必须给他们一万金币，他们就把这两个城的官印交出来。彭泽抵达甘州后，认为番人贪利，可以借此招抚他们，于是派通事马骥去土鲁番，说只要他们归还所侵占的土地，交还哈密的忠顺王，就给他们重赏。满速儿假装答应，彭泽即刻付予他们币帛二千和白金酒器一套。十一年(1516)五月，彭泽上疏说：“我派通事到土鲁番去宣扬朝廷的威风，答应给他们重赏，土鲁番的酋长表示悔过，要效顺朝廷，当即把金印和哈密城交还出来。满哈剌三、写亦虎仙二人也召回了他只丁，并归还了他们抢夺去的赤斤卫所的大印。现在只有忠顺王还在土鲁番未回来。请求朝廷记下为之效劳的人员的功劳，容许我辞官还乡。”皇帝当即让彭泽回朝。忠顺王最终没有放回来，他只丁也不肯撤退，要挟朝廷再给以重赏，才把哈密城交出来。
第二年五月，甘肃巡抚李昆上奏说：“得到满速儿的一封文牒，他说拜牙即不能复位了，即使让他回到哈密，也已丧失了人心，还是请求朝廷另外封立安定王千奔的后裔为好。我认为他的这番话很对。如果一定要由拜牙即来复国，请求朝廷敕令满速儿兄弟把他送回来，仍然给他赏赐优厚的缯帛等物，希望他能效顺朝廷。”朝廷大臣商议时说“：派官员专门经略西部边疆的事务已有三年之多，而忠顺王至今还没有归期，应动兵断绝与他们通贡，不能满足他们所提的要求，以免大损我们朝廷的威风。只要城印归还过来了，那么国体就存在，朝廷应该敕令谴责满速儿背叛朝廷、忘恩负义，向朝廷索求无厌。同时也适量赏赐一些礼物给满速儿兄弟，让他们尽快归还忠顺王。如果他们不听从朝廷的命令，就封闭关隘，断绝通贡，整顿军队做好战备。”皇帝同意。
原先，写亦虎仙与满速儿互相勾结得很深，所以他首先倡导哈密背叛朝廷，并入土鲁番。不久两人之间有了间隙，满速儿想杀写亦虎仙，写亦虎仙大为恐惧，求他只丁前去调解，答应贿赂满速儿币一千五百匹，约定写亦虎仙到肃州时就交付，并引诱满速儿入侵，说肃州唾手可得。满速儿颇为高兴，让写亦虎仙和自己的女婿马黑木一起向朝廷进贡，一边窥探中国的虚实，一边向写亦虎仙索取所答应的贿赂。边防大臣看到与他们同来的火者撒者儿，是火者他只丁的弟弟，怕发生变故，便把撒者儿和他的同党虎都写一起拘留在甘州，督促写亦虎仙出关，写亦虎仙由于害怕而不肯离去。他只丁听说他的弟弟已被拘留，很愤怒，又夺回哈密城，请满速儿移居到哈密，派兵占领沙州，率众入侵边关，到达兔儿坝。游击芮宁和参将蒋存礼，以及都指挥黄荣、王琮各率兵前去防守。芮宁首先抵达沙子坝，与贼人遭遇。贼人将芮宁全部包围起来，又派军队去阻滞各位将领的进军，芮宁的部队七百人全部战死。贼人进逼到肃州城，索讨亦虎仙所欠的一千五百匹帛。肃州副使陈九畴全力坚守，而且首先除掉城内的接应内线，贼人知道事情已经泄露，怕朝廷的援兵到达，在大肆掠夺之后便离去了。
十二年(1517)正月，插有鸟羽的文书将此事传到朝廷，朝廷大臣讨论后又任命彭泽来总制军务，让他和宦官张永、都督却永率军征讨西域。贼人回到瓜州，副总兵郑廉会合奄克孛剌的军队将贼人击败，斩获贼人的首级七十九个。贼人于是逃走，又与瓦剌部互相攻打，因力量不敌瓦剌，便移文书给边关大臣向朝廷求和，彭泽等人便停止西征。
此前，写亦虎仙和他充当米儿的儿子马黑木、充当火者的女婿马黑木以及同党失拜烟答都作为内应被投入监狱，失拜烟答遭捶打而死。等该事件平定以后，写亦虎仙被戴上枷锁押赴京城，交给刑部监狱，他的儿子仍关在甘州。失拜烟答的儿子马黑麻，在当地是米儿，他是写亦虎仙的侄女婿，因向朝廷献贡便暂时留在京城。探知王琼想扳倒彭泽，便突然闯进长安门诉讼他的父亲有冤，把彭泽投进了锦衣卫的监狱里。此时兵部和法司请求朝廷传布甘肃来的讯报，王琼想借此构成一个大狱，便上奏请朝廷派遣科道中的两个人前去核实。第二年，审核报告送到朝廷，没有证明彭泽有罪。王琼很愤怒，便弹劾彭泽欺罔朝廷使国家受到损辱，将彭泽贬斥为普通百姓。李昆、陈九畴被认为犯有激变土鲁番人的罪行，遭逮捕后交给法官审理，并遭深重的谴责。又过了一年，写亦虎仙被减免死罪，他便攀附钱宁，和他女婿一起得以服侍在皇帝的左右。皇帝喜欢他们，赐给他们国姓，授予他们锦衣指挥的官衔，让他们侍候皇帝南征。
满速儿自侵犯边关以后，屡次请求向朝廷通贡，朝廷不答应。十五年(1520)，满速儿将先前所劫掠去的将领和士兵以及忠顺王的家属全部归还过来，并且又请求向朝廷献贡。朝廷大臣讨论后决定答应他的请求，而忠顺王最终没有还回来。巡按御史潘仿极力上奏说不应答应满速儿的请求，而皇帝不听。第二年，世宗接皇帝位，杨廷和认为写亦虎仙熟悉中国的实情，放他回去必然成为边境的大患，便在正德皇帝的遗诏中书数了他的罪行。世宗皇帝便将写亦虎仙和他的儿子、女婿一起诛杀了，并起用陈九畴担任甘肃巡抚。
此时满速儿连年来向朝廷献贡，朝廷仍像以前那样礼待他们，亦不过问忠顺王的事。嘉靖三年(1524)秋天，满速儿率二万骑兵包围肃州，又分兵侵犯甘州。陈九畴和总兵官姜..等人经过力战打败了入侵的贼人，斩杀了他只丁，贼人才退走。此事上报到朝廷时，皇帝命令兵部尚书金献民率兵西征，到达兰州时，因贼人已经退走很久了，便带兵回到京城。陈九畴借机极力陈说贼人不能招抚，请求朝廷封闭关隘，断绝通贡，一心巩固边防，皇帝同意。第二年秋天，贼人又侵犯肃州，分兵将参将云冒包围起来，以大队兵力进抵南山。此时陈九畴已经解职，其他的将领率援兵赶来，贼人才开始逃走。
当此之时，番人屡次侵犯边关城市，有关官员没有能力振奋国威，替边疆报仇雪耻，有几个新上任的官员反而借此构怨积愤。于是，封疆的大狱由此而兴。百户王邦奇，对杨廷和、彭泽素有仇恨，便于六年(1527)春上书说：“现今哈密国已经丧失，番贼侵略到内地，都是因为彭泽贿赂番人以求和和杨廷和治写亦虎仙的罪并杀死他而造成的。将此二人诛杀掉，哈密国就可得到兴复，边境地区就会安宁无事。”桂萼、张璁等也想借此事大兴牢狱，便把杨廷和、彭泽贬斥为平民，把他们自己的子弟、亲戚、党徒安排做狱官，致使有些人自杀身亡。他们又派给事和锦衣官前去哈密巡按。番族首领牙兰说并不是想得罪明朝廷，之所以侵犯边境，是由于朝廷冤枉杀死写亦虎仙和失拜烟答两个人的缘故。现在愿意将哈密城的官印交还出来以赎前番侵犯边境之罪。此事皇帝交给兵部处理，尚书王时中等人说“：番族首领请求向朝廷献贡已有四次之多，先前已经交给总制尚书王宪处理，王宪让其贡使回去转达朝廷的谴责之意。现在牙兰的请求应当不会是虚妄的。考虑到这些话是从牙兰嘴里出来的，大概不是想真正向朝廷献贡，而是欺骗我们以求得和平。如果他果真有悔罪之意，一定会先将哈密城的印和所掳掠的人畜交还回来，把首恶分子戴上枷锁送过来，然后在嘉峪关门口向朝廷大臣稽首，才能答应他们的请求。”皇帝采纳了这个建议。桂萼因前次的大狱没有兴成，想重兴大狱，便请求朝廷留下牙兰的人质，再派遣译者去谕告牙兰，让他归还所侵之地。同时，桂萼等人又与礼部、兵部的尚书方献夫、王时中等人协商，向皇帝呈上带有挑拨性的言词，说番族人向朝廷上书已有四辈，他们都将罪责推诿在前任官员身上，虽然他们的言语多是诋毁矫饰之词，但事出亦必有原因。朝廷应派官员对前任官员有无激变番族人之事严加核查，以使番族人心服，至于其他方面可按上次的提议办。陈九畴当初向朝廷报捷时，声称满速儿、牙兰二人都已死在炮石之下，而实际上二人并未死。皇帝本来对此就怀疑过陈九畴，现在看了桂萼等人的提议之后，更加怀疑边防大臣欺罔朝廷，于是手书诏书数百字，严厉责备陈九畴，想置他于死地，同时告诫首辅杨一清不要庇护陈九畴，于是派官将陈九畴逮捕起来。尚书金献民、侍郎李昆以下的四十多人都因此受牵连。
七年(1528)正月，陈九畴被逮到京城投入监狱，桂萼等人一定要杀他，并株连杨廷和和彭泽。刑部尚书胡世宁奋力挽救，皇帝稍有醒悟，免除了陈九畴的死罪，发配去守边疆，彭泽、金献民等人都被削夺了官职。这样一来，番族首领气焰更为嚣张、骄横，而桂萼又举荐王琼监督三边事务，将陈九畴所拘留的番族使者全部释放回去，并允许他们向朝廷通贡。番族首领却并不悔改自己的罪过，仍像以前一样侮辱和玩弄中国。这时因牙兰得罪了其主人，便率领自己的部下来归附朝廷，边防大臣接纳了他。满速儿为此很愤怒，其部下虎力纳咱儿勾引瓦剌的二千多骑兵侵犯肃州，到老鹳堡时，正好撒马儿罕的献贡使者在该堡中，贼人便呼叫该使者，与他讲话。游击彭浚急忙带兵袭击贼军。贼人声称自己是想问信通和的，彭浚不理，进兵战斗，打败了贼军。贼人逃到赤斤，派人持番族文书前来求贡，并将罪过推诿到瓦剌头上，其言词颇多狂忤谩骂之句。王琼抓住这个机会，一心想招抚他们，便上书给朝廷说番族人已经悔悟自己的罪过，应该原谅他们并赦免他们的罪行，以便我们停止战争使百姓得到休息，同时为彭浚和副使赵载请功。他的这个奏章被皇帝转到兵部。
当初，胡世宁救陈九畴时，就想放弃哈密，他说：“拜牙即长期居住在土鲁番，即使让他回到哈密，他也会臣属于土鲁番，而哈密的其他族人没有可继承王位的。回回族早已归顺土鲁番，哈剌灰和畏兀儿二个族逃到肃州依附朝廷已很久，不能将他们赶到关外去。这样一来哈密怎么能够兴复呢？纵然寻找到忠顺王的嫡系亲属，将金印交给他，给他提供军粮，谁来替他守卫？不到一二年，又会被土鲁番夺走，使土鲁番更加富强，辱没我们朝廷的成命，使土鲁番再得哈密城的大印，成为日后要挟朝廷之地。请求皇上圣明深思熟虑，像先朝皇帝处理交..问题一样，不去过问哈密的事务。如果他们不侵扰边关，就答应与他们通贡。否则就封闭关隘，断绝与他们的往来，不让外部的番国来拖累中国。”詹事霍韬则竭力辩驳胡世宁之言不对。现在，胡世宁改为掌管兵部事务，便上疏说：“番族首领狡诈多端，想夺取我们的肃州，在内地逐渐安插了一些奸细。一旦被发觉后，他们大多施行反间计，扳倒朝廷所派的边关大臣。假如我们答应让他们进京朝贡，其使臣刚刚进关，贼兵亦已到达，河西地区几度陷于危急之中。在此情况下，是闭关还是通贡，两者相比较孰利孰害是很明白的。现今王琼等人既然说贼人已逼近我们的城堡，绑架我们的士兵，声称贼人要大举进攻，这恐怕是威吓朝廷，另一方面又说贼人慑于朝廷的威力正在悔罪，应仍答应与他们通贡，他们的言词是多么自相矛盾。霍韬又对贼人没有盖印信的番文产生怀疑，而依我看即使贼人的番文盖有印信，亦不足为凭。只要不堕入他们的圈套，使他们无法达到离间我们忠臣之间的关系，废弛我们边疆地区防卫的目的，就可以了。牙兰本是我们朝廷所属的番臣，被土鲁番人掳掠而去，现今束身前来归附，其事属于反正，应马上安抚并任用他。招抚对他们携有二心的人，会使我们的藩篱屏障更为坚固。至于是否去兴复哈密，我们认为不用我们中国着急。哈密国已是三立三灭，现在其王也已被贼人所利用，百姓也全部流亡了。假如在哈密另立其他族为王，则他们强大时便会入侵中国，而弱小时则会服从贼人，难保他们不做侵叛之臣。所以我认为兴复哈密对中国无益，只会给番族首领向朝廷要挟提供便利。故请求皇上给王琼赐盖有玉玺的文书，让他会同甘肃的守卫大臣，把番国使者遣送回去，让其使者告诉满速儿，诘问他为何入侵中国。假如他推诿说自己不知此事，则让他把虎力纳咱儿戴上枷锁解送到中国来。如果这次入侵是出自瓦剌，则让他把瓦剌绑缚起来替自己赎罪。否则就拘留他们的使臣，发兵征讨他们。只有威力和信用二者并行，贼人才会知道收敛自己。同时再敕令王琼要为国家尽忠尽谋，力求好的善后计划，以通番纳贡为临时之计，充实粮库加强保卫为长久之策，这就是边疆地区的大幸了。”该疏章递到皇帝手上时，皇帝深以为然，命令王琼深思熟虑周详地处理问题，不可轻信番人之言。
到第二年，甘肃巡抚唐泽也认为哈密无法轻易地兴复，请求朝廷一心考虑自治之策。王琼对他的提议称善，将他的提议上报给皇帝，皇帝认为可行。从此朝廷便不再过问哈密的兴复之事，答应土鲁番的通贡请求，这样西部边疆地区的百姓便免除了劳役之苦。后来哈密被失拜烟答充当米儿的儿子马黑木所占有，臣属于土鲁番。朝廷对哈密还是让他们每年献一次贡品，与对待诸番国的做法有异，到隆庆、万历皇帝当政时，哈密还向朝廷不绝地进贡，只不过统治哈密的已不是忠顺王的后代了。