明成祖继承皇帝位后，派遣使者前往瓦剌谕告登基的消息。永乐初年，朝廷又数次派遣镇抚答哈帖木儿等人前去谕告瓦剌部落，并分别给马哈木等人按等级赏赐文绮。六年(1408)冬天，马哈木等人派遣暖答失等跟随亦剌思前来京城向朝廷献贡马，请求朝廷给予册封。第二年夏天，朝廷册封马哈木为特进金紫光禄大夫、顺宁王；册封太平为特进金紫光禄大夫、贤义王；册封把秃孛罗为特进金紫光禄大夫、安乐王；朝廷给他们分别颁赐印信和诰命。暖答失等人则按惯例受到设宴招待和赏赐。

八年(1410)春天，瓦剌又向朝廷献贡马表示谢恩。从此，瓦剌每年向朝廷献贡一次。

这时元朝的君主本雅失里与其部下的阿鲁台一起居住在漠北地区，马哈木便率军袭击并攻破了漠北。八年(1410)，皇帝自己率军也打破了本雅失里和阿鲁台的军队，马哈木便上奏朝廷及早制定消灭敌寇的计划。十年(1412)，马哈木便攻打并杀死了本雅失里。他又上奏朝廷说本想向朝廷献上元朝世代相传的国玺，怕阿鲁台出兵邀击，请求中国尽早除去阿鲁台；脱脱不花的儿子现在中国，请求朝廷将其遣送回去；自己的部属从战有功，请求朝廷给予赏赐；瓦剌部落兵强马壮，请求朝廷供给武器。皇帝说：“瓦剌已经骄傲了，但是不值得跟他们计较。”在对他们的使者加以赏赐后便遣送了回去。第二年，马哈木将朝廷所派遣去的使臣留住不予遣返，又请求说甘肃、宁夏等地归附鞑靼的大多是他们的亲属，要朝廷将这些人交还给他们。皇帝为此发怒，命令宦官海童去谴责他们。该年冬天，马哈木等人带兵到饮马河，想侵犯边境，名义上则声称是去袭击阿鲁台。开平的守卫将领将此事上报给朝廷，皇帝下诏亲自率军前去征讨。第二年夏天，皇帝率军驻扎在忽兰忽失温。瓦剌三个部落倾巢而出前来迎战，皇帝指挥安远侯柳升、武安侯郑亨等人先与他们接战，自己则率领精锐骑兵加以冲击，大破瓦剌军，斩杀王子十余人，杀死瓦剌的部众数千人。皇帝率军追击败军，度过两高山，到达土剌河。马哈木等人脱身而逃，皇帝这才率军凯旋而归。第二年春天，马哈木等人向朝廷献贡马表示谢罪，并遣还以前所拘留的朝廷的使臣，其言词甚为卑谦。皇帝说：“对瓦剌的事既往不咎。”接受了马哈木等人的贡献，安置了他们的使者。第二年，瓦剌与阿鲁台发生战斗，失败后逃走。不久，马哈木去世，海童回京城向朝廷说瓦剌部落拒绝接受朝廷的成命都是出自顺宁王马哈木的主张，现在顺宁王马哈木一死，贤义王太平和安乐王把秃孛罗都可加以招抚。皇帝便又派海童前往瓦剌去慰劳太平和把秃孛罗。

十六年(1418)春天，海童偕同瓦剌部落的献贡使者一起来到京城。马哈木的儿子脱飀请求朝廷允许他继承其父的爵位，皇帝便册封他为顺宁王。而海童和都督苏火耳灰等人又带着彩币前往瓦剌去赏赐太平、把秃孛罗及其弟弟昂克，另外再派遣使者去祭吊前顺宁王马哈木。从此，瓦剌部落又向朝廷奉表进贡。

二十年(1422)，瓦剌部落入侵并劫掠哈密，朝廷对此予以谴责，瓦剌便派使者向朝廷谢罪。二十二年(1424)冬天，瓦剌部落的属人赛因打力前来投降中国，朝廷任命他为所在地的镇抚官，给他赏赐彩币、官服和鞍马，并命令有关官府供给他生活用品。此后凡来归降朝廷的瓦剌人都按这个标准接待。

宣德元年(1426)，太平去世，他的儿子捏烈忽继承了其父的王位。这时，脱飀与阿鲁台发生战斗，打败了阿鲁台，阿鲁台逃到了母纳山和察罕脑剌之间的地带。宣德九年(1434)，脱飀袭击并杀死了阿鲁台，派使者前来报告朝廷，并请求向朝廷献玉玺。皇帝为此颁赐敕文说：“顺宁王杀了阿鲁台，我看到顺宁王报了世仇，感到很不错。顺宁王所说的要向朝廷献玉玺，考虑到该玉玺传世时间较短较近，意义不大。顺宁王既然得到了，自己拿去用就可以了。”并给脱飀赏赐..丝五十表里。

正统元年(1436)冬天，成国公朱勇上奏说“：近来瓦剌部落的脱飀带兵赶走了鞑靼部落的朵儿只伯，恐怕脱飀吞并朵儿只伯的地盘后会变得日益强大。请求朝廷敕令各边境官府广储粮草，以便对付不测之事。”皇帝高兴地接受了这个建议。不久，脱飀在瓦剌内部杀死贤义王和安乐王，全部占有了他们手下的人马，想自称可汗，因众人反对，便共同拥立脱脱不花，将先前吞并过来的阿鲁台的部属交给脱脱不花率领。脱飀自己做丞相，居住在漠北地区，哈喇嗔等部落也都归他统治。不久，脱飀袭击并打败了朵儿只伯，又威胁利诱朵颜诸卫所，窥视中国的北部边境地区。

四年(1439)，脱飀去世，他的儿子也先继嗣父职，自称为太师淮王。从此北部各部属都归也先统治，脱脱不花只徒有空名，无法与也先互相制衡了。每次向朝廷献贡时，脱脱不花的使者和也先的使者都一起来，朝廷也备两份敕文应答他们；给他们的赏赐很丰厚，并对他们的妻子、儿子和部长也加以封赏。按以前的惯例，瓦剌所派遣向朝廷献贡品的使者不超过五十人。他们贪图朝廷所给的爵赏，将使者一年增到二千多人。为此朝廷屡次降敕令要他们自己裁减，他们并不遵奉朝廷的敕令。瓦剌的使者往来时多行杀戮劫掠之事，而且要挟其他部落与他们一起向朝廷索要贵重难得之物。稍为得不到满足，动辄制造事端，而且朝廷给他们的赏赐每年都有增加。也先攻破哈密城的防守之后，绑架了忠顺王和忠顺王的母亲，不久又将忠顺王母子送回哈密。同时，也先又和沙州、赤斤蒙古等卫所的首领联姻结亲，攻破兀良哈，威胁朝鲜。边境地区的守将知道也先必将大举入侵，屡次上疏朝廷，朝廷只是敕令警戒防御而已。

十一年(1446)冬天，也先攻打兀良哈，派遣使者到大同请求支援粮食给他，并请求会见大同的守备太监郭敬。皇帝敕令郭敬不会见也先的使者，也不供粮食给他们。第二年，也先又致文书给宣府的守将杨洪，向杨洪提出同样要求。杨洪将此上报给朝廷，朝廷敕令杨洪对其使者以礼相待，其使者回去后报告了也先。不久，也先手下的部众有个别投降到中国，说也先正图谋入侵中国边境，脱脱不花制止他，也先不听，不久便约诸番族人共同背叛中国。皇帝下诏书责问此事，也先并不回答。这时朝廷的使者到达瓦剌，也先等人提出什么要求，朝廷使者无不答应。瓦剌的使者来献贡时，人数增到三千人，还虚报人数冒领粮食。礼部按其实际人数供粮，他们所提的要求也只兑现五分之一，也先感到受耻辱于是大为愤怒。

十四年(1449)七月，也先便威胁引诱诸番族人分路大举进犯中国边境。脱脱不花率领兀良哈部进犯辽东，阿剌知院率人入侵宣府，并包围了赤城，同时又派另一支骑兵进犯甘州，也先则自己率军入侵大同。参将吴浩在猫儿庄战死，插有羽毛的告急文书接踵而至。太监王振挟持皇帝亲自出征，各位大臣全跪在宫殿内劝阻，没有成功。守卫大同的将领西宁侯宋瑛、武进伯朱冕、都督石亨等人率军在阳和迎战也先，由太监郭敬做监军。由于各路将领全被郭敬所节制，行军布阵混乱不堪，结果全军覆没。宋瑛、朱冕战死，郭敬因埋伏在草丛中才逃得一命，而石亨则奔逃而回。皇帝的车驾驻扎于大同，因大同连日刮大风下暴雨，军中又常有夜惊的事件发生，人人都感到惊骇恐惧，郭敬将此情况秘密地报告给王振，这才开始撤军。皇帝的车驾回军时驻在宣府，敌军在背后袭击官军的尾部。恭顺侯吴克忠率兵拒敌，战败而亡。成国公朱勇、永顺伯薛绶率四万军队继续接战，到鹞儿岭时中了也先设下的埋伏，四万人全陷在埋伏圈内。次日，皇帝的车驾到达土木。各位大臣建议军队进入怀来以求自保，王振认为辎重太多急忙加以制止，也先的军队便追击到军前。土木的地势较高，挖井挖了二丈深还不见水，而取水的道路已被敌军所占，众人甚为饥渴，而敌军益发增多。第二天，敌军见官军停止不动，便假装撤退，王振便急忙下令拆营往南出发。官军刚刚行动，也先便集合骑兵从四面冲击官军，官军士卒争相逃跑，队伍大乱。敌军跳过阵势冲了进来，朝廷大军被冲得大溃散，死伤人数达数十万。英国公张辅，驸马都尉井源，尚书邝林土、王佐，侍郎曹鼐、丁铉等五十多人都在军中战死，王振亦死于乱军之中。皇帝被俘，身边只有宦官喜宁跟随。也先听说皇帝的车驾到此，惊讶错愕之下并不相信。等到发现这是真的事实时，便向皇帝致礼甚为恭敬，把皇帝带到他的弟弟伯颜贴木儿的营帐中居住，把先前所掳掠去的校尉袁彬叫来服侍皇帝。也先本想对皇帝行不轨行为，正好碰上天降大雷雨震死了也先的坐骑，他又发现皇帝的寝幄帐篷上有神异的瑞兆，便打消了自己的念头。也先带着皇帝到达大同城，向城里守将索讨金币，都督郭登给了他白金三万两。郭登又计划准备把皇帝抢进城去，皇帝阻止了他，于是也先便带着皇帝回到北方。

九月，成阝王从监国的位置登上皇帝位，尊奉被俘的正统皇帝为太上皇帝。也先诡称护送太上皇回京城，从大同、阳和抵达紫荆关，敌军进入紫荆关后，径直向前进犯京城。兵部尚书于谦监督武清伯石亨、都督孙镗等人御敌。也先邀请京城里的大臣出去迎接太上皇，没有成功。石亨等人与也先发生战斗，几次打败了也先。也先连夜逃跑，从良乡到紫荆的路上大肆掠夺后才出关而去。都督杨洪又在居庸关大破也先的残余军队，这样也先又把太上皇带回北方去了。也先夜里常看见太上皇住的幄帐顶上有像龙蟠一样的赤光奕奕而出，大为惊异。他想把自己的妹妹进献给太上皇，太上皇拒绝了，于是也先对太上皇更加敬服，常常杀羊宰马置酒向太上皇祝寿，并向太上皇稽首行君臣之礼。

景泰元年(1450)，也先又带着太上皇到大同，郭登不予接纳，仍想把太上皇从也先手中夺过来，也先发觉后，引兵退去。起初，也先有轻视中国之心，等他进犯京城时，发现中国军力很强，城池也很坚固，这才大为沮丧。此时中国又设计诛杀了通敌的太监喜宁，也先失去了这个间谍，再加上脱脱不花和阿剌知院又派使者与朝廷讲和，把自己的军队全撤回去了，于是也先也决定息兵停战。该年秋天，皇帝派遣侍郎李实、少卿罗绮、指挥马政等人带着盖有玺印的文书去见脱脱不花和也先。而脱脱不花和也先所派遣的使者皮儿马黑麻等人已经到达京城了，于是皇帝便又派都御史杨善、侍郎赵荣率领指挥、千户等官员前去会见脱脱不花和也先。也先对李实等人说两国之间迅速讲和对大家都有利，朝廷派来迎接太上皇的使者晚上到，太上皇的车驾第二天一大早就可出发回京，不过朝廷应该派一二位大臣来才对。李实回去后，杨善等人又到，也先也向杨善等人讲了朝廷可将太上皇迎接回去的意思。也先问杨善道：“太上皇回去后，应该仍做天子吧？”杨善说“：天子的位置已经确定了，不会再变更了。”也先便带杨善去见太上皇，设宴替太上皇饯行。也先坐在地上弹琵琶，他的妻妾在旁边给大家劝酒。也先对杨善说“：都御史请坐。”杨善不敢坐，太上皇便说：“太师让你坐，你就坐吧。”杨善接受太上皇的旨意坐了一下，便马上起身在宴席中周旋。也先对杨善说“：你还是很有礼节的呀。”伯颜等人也各自为太上皇设宴饯行。饯完行后，也先修筑了一个土台，让太上皇坐在土台上面，他自己率领妻妾和部下的长官在土台下面四面围着向太上皇下拜，各向太上皇献上沿途用的器物和饮食。太上皇出发时，也先和他的属下护送了半天之后，也先、伯颜等人便下马伏在地上悲恸地哭喊着说：“皇帝回去了，不知何时才能重新相见呢！”言毕，等了许久才离去。也先还派他手下的头目七十人将太上皇护送到京城。

太上皇回去后，瓦剌部落每年都来向朝廷献贡，太上皇也接受他们另献的礼物。对此皇帝意欲断绝与瓦剌的往来，不再派使者去瓦剌了。也先为此向朝廷提出请求，尚书王直、金濂、胡氵荧等人相继上奏说断绝与瓦剌的往来，会引起他们的挑衅。皇帝说：“派使者去，有前事可鉴，正好给他们提供滋事生非和挑衅的口实。以前瓦剌入侵时，难道是没有使者派去吗？”因此皇帝给也先颁敕书说“：以前派使者到你那儿，因小人说长道短，致使双方失去和气，发动了战争。现在我不再派使者来了，而太师你却又提出这个要求，这是很没有益处的。”也先与脱脱不花之间互相有猜忌。脱脱不花的妻子，是也先的姐姐，也先想扶立他姐姐的儿子为太子，脱脱不花不同意。也先也对脱脱不花与中国通好颇为疑忌，认为这是脱脱不花想消灭自己所策划的战略，于是双方便率军互相攻打。脱脱不花兵败后逃走，也先率人追杀了脱脱不花，将脱脱不花的妻妾儿子全部俘虏，把脱脱不花手下的人和牲畜分给各部属；于是乘胜利用军力威胁逼迫诸番族人，东起建州、兀良哈，西到赤斤蒙古、哈密的番族人都听从他的指挥。

三年(1452)冬天，也先派遣使者到京都向朝廷祝贺第二年的元旦，尚书王直等人又请求皇帝派使臣去回报他们。皇帝把王直等人的奏章交给兵部讨论，兵部尚书于谦上奏说：“我的官职是司马，只知道战争打仗的事，对其他方面的用人处事不敢有什么见解。”皇帝便下诏令仍不向瓦剌派遣使臣。第二年冬天，也先自己封自己为可汗，任命他的第二个儿子为太师，派使者前来朝觐皇帝，其所奉的表文中称自己为大元田盛大可汗，末尾写的纪元为：添元元年。田盛，是天圣的意思。边关上报朝廷的文书中则称为瓦剌可汗。不久，也先又在黄河的母纳地区逼走了朵颜的部落。从此也先恃强凌弱，日益骄横跋扈，整天沉湎于酒色之中。

六年(1455)，阿剌知院率兵攻打也先，将也先杀了。鞑靼部落的孛来又杀死阿剌，夺取了也先的母亲、妻子和玉玺。也先的各个儿子火儿忽答等人迁徙到干赶河居住；也先的弟弟伯都王、侄子兀忽纳等人则前去投靠哈密。伯都王，是哈密忠顺王的舅舅。英宗皇帝复辟后三年(1459)，哈密替伯都王向朝廷请求册封，英宗皇帝下诏令给伯都王授予都督佥事的职位，给兀忽纳授予指挥佥事的职务。自从也先死后，瓦剌的势力衰微，各部属分散难聚，他们的承袭代次情况也就无法考证了。

天顺年中，瓦剌的阿失帖木儿屡次派遣使者向朝廷献贡，朝廷把他当作也先的孙子，按以往的惯例给他优厚的赏赐。瓦剌部落中有一支叫扌奢力克，经常与孛来互相仇杀。瓦剌部落中还有一支叫拜亦撒哈，常和哈密一起派使者前来朝贡。拜亦撒哈的首领名叫克舍，颇为强大，纠集鞑靼的小王子数次入侵中国。克舍死后，养罕王称雄，拥有精兵数万，克舍的弟弟阿沙封为太师。成化二十三年(1487)，养罕王图谋入侵中国边境地区，哈密的罕慎派人将此情况告诉给朝廷。养罕王出战失败后离去，因怀恨哈密向朝廷告密，回军时便抢劫了哈密的大土剌。

弘治初年(1488)，瓦剌部落中称为太师的有两个人，一个名叫火儿忽力，另一个名叫火儿古倒温，他们都派使者向朝廷进贡。土鲁番占领了哈密后，都御史许进用金帛厚礼买通火儿忽力和火儿古倒温，让他们出兵把土鲁番人从哈密赶走。他们手下有个名叫卜六王的部长，屯兵驻扎在把思阔。正德十三年(1518)，土鲁番人入侵肃州。肃州的守卫大臣陈九畴便给卜六王送去彩币，让他乘虚袭击土鲁番。卜六王便攻破了土鲁番的三个城市，杀死和俘虏了数以万计的土鲁番人。土鲁番人害怕卜六王继续进逼，便与他讲和。嘉靖九年(1530)，土鲁番与瓦剌之间因议婚的事情有仇。这时的土鲁番更加强大，瓦剌数次遭受土鲁番人的困扰和打击，同时瓦剌内部的各支系之间动辄互相残杀，多数瓦剌人归附中国，而哈密又乘机在瓦剌地区侵略抢劫。卜六王感到无法支撑下去了，也请求朝廷允许他到内地来归附。朝廷没答应他的请求，把他遣送到关外，最后不知他的去向。