万历初年，他晋升为修撰，担当日讲官。陈述奏进颇切实际，皇帝曾经慎重接受，称他为端正之士。张居正卧病，词臣们奔走替他祈祷，唯独王家屏没有去。又调任侍讲学士。万历十二年(1584)晋升为礼部右侍郎，改任吏部职，才过一个月，任命他为左侍郎兼东阁大学士，参与机要事务的处理。离开史官之职才两年就辅佐大政，以前还没有过。
申时行主持国政，许国、王锡爵仅次于申时行，王家屏排在最后。每次议论政事，他都处事公正，坚持法度，刚正不附众。过了两年，遇上继母的丧事。皇帝赏赐他银币，快马传递，专人替他护行，丧服刚满期，诏令晋升他为礼部尚书，派遣行人召他回朝。抵达京师，三个月没能见到皇帝。王家屏因此上奏，请求在圣节御殿接受朝贺，而后将留在宫内的奏章发给有关部门，举行册立皇太子的礼仪。没有答复。又与同官上奏恳请。皇帝才在万寿节勉强光临了一次。很快就派宦官传旨王家屏，以忠诚仁爱奖励他。王家屏上奏感谢，又请求皇帝多视察朝政。过了几天，皇帝驾临一宫门接见了他，此后便深居不出。
评事名隹于仁上奏四条劝告之语，皇帝准备从重惩治他。王家屏劝谏“：皇帝出入起居，是耳目心志的娱乐，一般官吏是不该知道，不敢劝谏的，辅佐的大臣应当先知道并干预、劝谏，所以能防止欲念于微渺之时。现在名隹于仁以一般臣子的身份劝谏，辅臣不与皇帝亲近、密切，反而缄默敛容，对上亏污了圣明的赞誉，对下使一般的臣僚蒙受不可预测的威胁，我的罪行很大，还能在圣世立身一天吗？”皇帝不高兴，将奏章留在了宫中，而名隹于仁得以完好地离去。
万历十八年(1590)因为天气久旱请求免职，称：“近年以来，天鸣地震，星陨风霾，川竭河涸，加上旱涝蝗灾，瘟疫死亡，调和的困难没有比现在更甚的。何况河套贼人在陕西作乱，土蛮在辽西猖獗，通贡贸易的属国又虎视眈眈于宣府大同地区。空虚内藏对付外敌，国内资财已经枯竭而外患并没休止；剥削百姓供养军队，百姓已经穷困而军粮还不充裕。况且议论纷纭，很少考虑国家大体；帐簿混乱，只有粉饰的虚文。纲纪松弛，养成了懈怠玩乐的习惯；虚名与实际混淆，侥幸的风气开启。陛下又深居宫中不理朝政，很少上朝、参与经筵。统计我一年之中，仅仅两次见到过陛下的天颜。其间曾有一次进呈盲目之言，竟然与诸司的奏章一起沉寂未有施行。现在骄阳烁石，百姓的愁苦声音弥漫天际震动大地，陛下却没有撤去九重深禁，出见朝臣。这就是我彻夜彷徨，饮食均已怠废，不能自止的原因。请求赏赐我罢职归乡，避身让贤。”没有答复。
当时皇储还没确定，朝廷大臣都奏疏请求进行册立。当年十月，内阁大臣联合奏疏争论去留。皇帝不高兴，传达几百字的谕告，严厉地指责朝廷大臣为沽名刺激扰乱圣心，指责为悖乱叛逆。申时行等人相对惊愕，各自草拟奏章再次争辩，关上大门请求辞职。唯有王家屏在阁中，又奏请迅速决定大计。皇帝派遣内侍传话，就在冬日议定举行，否则就等待过了十五岁再议。王家屏认为口头敕令难以为据，想皇帝特别颁布诏令，马上草拟奏章呈奉。皇帝不采纳，又谕告在万历二十年(1592)春季举行册立大礼。王家屏心中欢喜马上向外廷宣告，外廷一片欢乐。然而皇帝的心意实际上还在犹豫，听说王家屏宣告了，不乐意，传下旨谕责备。申时行等人联合谢罪，才算作罢。
第二年秋季，工部主事张有德仅就册立的仪礼奏请。皇帝又认为是刺激骚扰，下令终止这件事。许国坚持争辩而离职，申时行被人谗言，不得已也离去，王锡爵此前就已回乡探亲，于是王家屏做了首辅。因为许国的谏疏自己也列了名，不应该单独留下，再次上奏请求罢免官职。皇帝不同意，才仍然负责事务。王家屏的品行端庄严谨，竭诚秉公办事，百司的事务没有一件加以阻挠。性情忠诚正直，喜欢直谏。册立的时间几次更改，朝廷内外议论纷纷。王家屏深感忧虑，极力请求皇帝履行信言，以便堵塞人们的口舌，消除宫闱间的嫌隙。没有答复。
万历二十年(1592)春季，给事中李献可等人奏请做准备，皇帝罢黜了他。王家屏将皇帝的批示封好归还并极力劝谏。皇帝更加恼怒，谴责降职的人不断。王家屏于是称病请求罢职，上奏称：
“汉代汲黯曾经说过：‘天子设置公卿辅佐大臣，宁愿他们阿谀奉承圣意将皇帝推入不义的恶名之中吗？’每每为此言所感动，担忧而且惭愧。近年来，深宫之门关闭，皇帝安于宴乐，犹如服毒，不祭祀郊庙，君臣缺乏交流。天灾与怪异之物，帝王不知；国计民生，不关圣上的思虑。我们作为辅佐，渎职失责，很早就该退避。就是现在数月期间，奏请朝讲，庙祭，元旦接受朝贺，请国家大考察时临朝，都沉寂没有答复。我作为犬马的微薄诚意，不能感召天意，已经明见了。至于准备皇储，自然应当早做谋划，无奈皇帝厌恶听到直言，一概加以贬斥。我的确不忍心贤明的皇上蒙受拒绝劝谏的名声，兴盛的朝廷出现蛮横的责罚，所以冒死罪多次陈述。如果依顺违心的事，保求俸禄，苟且容忍污浊，汲黯所说‘使皇上陷入不义的污潭’，我至死也不敢说出这种话，希望皇上赐我告老还乡。”
皇帝接到奏章后不下发。次辅赵志皋也替王家屏详细奏请。于是皇帝责备王家屏希求名声诳称有病。
王家屏再次上奏称：
“名誉，不是我所敢抛弃的，不过我所希望的是陛下成为尧、舜一样的君主，我做尧、舜的臣子，就名垂千载，没有其他荣耀。如果徒然侵犯龙颜触犯禁忌，抗争惹事，被谴责而罢官回乡，有什么名声？必定就不希求名声，将使我身居高官，家庭享受丰厚的俸禄，不纠正圣上的差错，不匡扶政治的危乱，可以称得上是不希求名誉的大臣吗，国家依赖什么呢？若换成我抛弃名誉于不顾，以逢迎为喜悦，取阿谀的嘴脸，许敬宗、李林甫式的奸诈谄媚，没有不能做的，九庙的神灵必然会暗地诛杀我，难道是特意得到李献可等诸大臣已经得到的罪名吗？”
奏疏呈入宫中，皇帝更加不高兴。派内侍到他府邸，责备他直接反驳皇帝的批示，故意刺激圣上发怒，并称病要挟君王。王家屏申辩：“谏言涉及至亲，不应该发怒。我和诸位大臣只知道为了宗庙社稷的大计，尽力劝谏以为效忠罢了，岂敢有意刺激皇上动怒呀？”因此更加极力地请求辞职。有人劝他稍作等待以便完成大事。王家屏称“：皇帝为所欲为是由于大臣保求俸禄，小臣畏惧治罪，有轻视群臣的心思。我认为大臣要不恋爵禄，小臣要不畏惧刑罚诛杀，事情可能有救。”于是又两次奏疏恳请。诏令他乘驿车回乡。王家屏执掌国政仅半年，又大半闭门，因为刚直辞官，朝野都为此惋惜。经过八年皇储之位才确定。皇帝派官员传敕令问候他，赏赐他金币、羊、酒。又过了两年，他去世，享年六十八岁。追赠少保，谥号文端。熹宗即位，再追赠为太保，任用他的一个儿子为尚宝丞。
王家屏闲居在家的时候，朝廷对朝鲜作战。他致函经略顾养谦说“：过去卫国被狄人消灭，齐桓公率领诸侯修筑楚丘城，《春秋》赞赏他的大义；没有听说就与狄人结仇怨，联络诸侯的兵马讨伐他们的。现在只管心存会稽的耻辱，刺激朝鲜，以筑楚丘之城的功绩，奖励全体将领官吏，不做主人而做客人就是善事啊。”顾养谦不采纳，在朝鲜作战几年没有战功。他的深识谋略，就是如此。
陈于陛，字元忠，大学士陈以勤的儿子。隆庆二年(1568)的进士。选任庶吉士，授职为编修。万历初年，参与编修世宗、穆宗两朝的实录，担当日讲官。调任侍讲学士，晋升为詹事，负责翰林院。奏请皇帝早日建立东宫。万历十九年(1591)，任命为礼部右侍郎，掌管詹事府的事务。第二年改任吏部职，晋升左侍郎，教导庶吉士。奏称嫡长子不应该分封为王，奏请及时册立太子以便储君的培养，并请求皇帝早上临朝处理政务，都没有答复。他又在第二年晋升为礼部尚书，仍然负责詹事府的事务。
陈于陛从小跟随父亲学习国家的历史。做了史官，更加研究经邦济世的学问。因为前代都撰修了国史，奏疏说：“我考察史学家的方法，纪、表、志、传称为正史。宋代距离我朝较近，制度更加可以考究。真宗祥符年间，王旦等人撰修呈献太祖，太宗两朝的正史。仁宗天圣年间，吕夷简等人增补了真宗朝，命名为《三朝国史》。这就是当朝的君臣自己撰修当朝正史的明显例证。我朝的史籍，只有列圣的实录，正史空缺不讲。观看朝野的撰书，可供采选不用考虑的就有数百种。倘若不及时收集，岁月久远，卷帙散失脱落，老人渐渐去世，事迹缺乏论据。想成为信史，将不可能求得。只有陛下马上颁布明令，设馆局编辑，使一代的经籍制度、典章，显然可以考察，鸿谋伟烈，光照天地，难道不是万世不朽的盛事吗？”诏令依从他。万历二十二年(1594)三月，便命令词臣分类编纂，由陈于陛和尚书沈一贯、少詹事冯琦担任副总裁，而内阁大臣任总裁。
当年夏季，首辅王锡爵辞职，于是任命陈于陛兼任东阁大学士入阁参与机要事务。上奏陈述要皇帝亲近大臣、录用遗老贤士、奖励京城之外的官吏、核查边关粮饷、储蓄将才、选任边防官吏等六件事。最后说：“肃皇帝虽然精明，而末年却贪赃渎职成风，边疆多事，是厌倦勤政的缘故。现在皇上一方操持，百职不修行，不赶紧图谋更新，往后将怎能平安？”皇帝下优诏答复他，却不采用他的建议。皇帝以军政失察为名，斥责了两都三十多名言官。陈于陛与同官一再申诉救助，并单独奏疏请求皇帝宽恕，都不接纳。因甘肃击败贼民的功绩，加封为太子少保。乾清、坤宁两宫遭灾，奏请面奏皇上，没有答复。请求罢免自己官职，皇帝也不同意。当年秋季，二品的考绩满了三年，改任文渊阁职责，晋升为太子太保。
当时内阁的四个人，赵志皋、张位、沈一贯与陈于陛都是同年出生，遇事彼此没有龃龉。但是皇帝拒绝劝谏更加严重，上下彼此隔膜。陈于陛忧形于色，因不能进行补救，在供职的地方多次注视日影叹息。万历二十四年(1596)冬季，病逝在职任上，史籍之事也最终作罢。赠封少保，谥号文宪。整个明代，父子任过宰辅的，只有南充的陈氏。
沈鲤，字仲化，归德人。祖父沈瀚，任过建宁知府。沈鲤，嘉靖年间乡试中举。师尚诏叛乱，攻占归德，而后向西逃去。沈鲤谋思贼民必将再来，急忙告诫驻守大臣，捕杀城中与贼民勾通的人，严加防守。贼民返回，逼近城池，看见有了防备便离去了。有奸人倡议屠城，准备驱逐劫掠城中居民，沈鲤请求下令阻止，民众这才安定。嘉靖四十四年(1565)，考中进士，改任庶吉士，授职为检讨。大学士高拱，是他的主考官和同乡，在外以礼序见，但未曾因私事拜访。神宗在东宫的时候，沈鲤任讲官，神宗曾经指令诸位讲官在扇子上书写文字。沈鲤书写了魏卞阑的《太子颂》进奉，神宗要他很详尽解释大义。神宗做了赞美，使他备受宠爱。当神宗即位，因为在东宫任幕僚的恩惠，晋升为编修。很快晋升左赞善。每次秉直讲授，举止端庄雅正，陈说的事情独合皇帝的心意。皇帝极为称赏他。他接连遭受父母逝世的打击，皇帝多次询问沈讲官在哪里，又询问丧服期满了没有，指令让他先补任讲官。万历九年(1581)，返回朝廷。按理应该暂停讲授，皇帝特意命令延长一天，以示对他特别优厚。
第二年秋天，晋升为侍讲学士，再升任礼都右侍郎。不久改任吏部职，升任左侍郎。摒绝私交，推举贤士不使人知晓。万历十二年(1584)冬季，任命为礼部尚书。离六品官任才两年就做了正卿。不负众望，当时的舆论没有认为他升官太快。此后很久，《会典》撰成，他被加封太子少保。沈鲤起初做翰林官时，宦官黄锦攀同乡送钱币给他，他拒不接收。教导于内书堂，侍讲经筵，都多次与大宦官接触，未曾同他们交往。等到官阶愈高，更加不与他们勾连，即使皇上下令以及政府的旨意，他也没有徇私顺从。
万历十四年(1586)春季，郑贵妃生了儿子，加封为皇贵妃。沈鲤率领僚属请求册封皇长子，进而加封他的母亲，神宗不同意。不久，他又以此劝谏，并请求宽恕因为建议立储遭贬官的姜应麟等人。违背圣旨，被痛加责备。神宗已对群臣的册立请求一概拒绝，于是下诏稍候二三年再说。到了万历十六年，预定的时间已到，沈鲤拿着先前的圣旨坚持请求，神宗又不依从。
沈鲤一向正直、光明。他在礼部主持典礼，有许多建议。考虑到时俗的侈靡，考察先朝的典礼制度，从丧祭、冠婚、宫室、器服来确定国家的制度，颁行全国。又因为士人的习尚不端正，请施行学政八件事。又奏请恢复建文的年号，重新审定《景帝实录》，不要称成阝戾王。大同巡抚胡来贡提议将北岳的祭祀移到浑源，他极力驳斥他没有根据。太庙的祭祀，请将亲王和诸位功臣移到两边的厢房，不要与皇帝、皇后混杂祭祀。将世庙的诸位葬在金山的妃子，配祭于永陵。各位帝陵的祭祀，请求分别派遣官员不要兼任。诸王和妃子的坟祝版称谓不相配的，请全部重新确定。神宗担忧旱灾，前往郊坛祈祷，议论分别派遣大臣到全国的名山大川祈祷。沈鲤劝谏，说使臣往来滋扰，恐怕又加重百姓负担，奏请皇帝斋戒三日，用文告授予太常负责此事，罢除寺观的祈祷，神宗大都同意了他的奏疏。郑贵妃的父亲成宪为父亲请求抚恤，援引皇后的父亲永年伯为例子，沈鲤极力驳斥。诏令给与五千金的葬礼费，沈鲤又称过多了。顺义王以三娘子为妻请求加封，沈鲤不给予她妃号，只称夫人。道教真人张国祥称肃皇在位长久，是虔诚信奉玄学修炼的结果，劝神宗效法，沈鲤弹劾国祥是诋毁圣祖诱导阿谀，请求将他以刑辟正法。事情也就中止了。秦王谊漶原是由中尉即位，却请求封他的弟弟任郡王，中贵们替他请求，申时行也帮助他，沈鲤不同意。唐王府违反定制请求册封妾的儿子，他坚持不同意，神宗都以特别圣旨予以批准。京师长期干旱，沈鲤陈述恤民的实政根本在于以推崇节俭戒除奢靡，并请求减少织造。不久，京师发生地震，又请求神宗谨循天戒，体恤百姓的贫穷。京郊大荒，他奏请皇上臣下多交流，话语很恳切。皇帝因为四方的灾难，敕令朝廷大臣反省，沈鲤于是奏请大量减少营造的供给，以赈济、救助百姓。神宗常常嘉许并接纳了。
起初，藩府有事奏请，贿赂中贵为内援，礼部大臣不敢违背，动辄如其所请。到了沈鲤执政时，一概阻隔。得势的宦官都很怨恨，多次借事端在皇帝面前挑拨。神宗渐渐开始生疑，多次责难他，并剥夺了他的俸禄。沈鲤从此有了辞退的想法。而且申时行怀恨沈鲤不依附自己，也忌恨他。一天，沈鲤请求告退，他便草拟旨令放他回乡。神宗询问“：沈尚书是位好官，怎么让他离去？”传旨告谕他留任。申时行更加忌恨。他的私交给事中陈与郊替别人求考官的职位没有得到，怨恨沈鲤，嘱咐同官陈尚象弹劾沈鲤。陈与郊又以险恶之言攻击沈鲤，沈鲤更加请求辞职。神宗有意要重用沈鲤，暗地说：“沈尚书不通晓人意。”有位老宫人的侄子是宫内小宦官，他跑去告诉沈鲤；司礼张诚也嘱咐沈鲤的同乡宦官廖某秘密地告诉了他。沈鲤一概拒绝了，说：“禁宫中的话，不是我敢听的。”他们都恨恨而去。沈鲤最终多次上奏称病回乡。多次被推举入内阁或吏部尚书，都没被任用。万历二十二年(1594)，要他出任南京礼部尚书，他推辞不就职。
万历二十九年(1601)，赵志皋去世，沈一贯独掌国政。朝廷推举内阁大臣，诏令沈鲤官复原职并兼任东阁大学士参与机要事务，与朱赓同时受命。沈鲤多次推辞，神宗都不同意。第二年七月才入朝廷，当时年龄为七十一岁。沈一贯因为士人的心都倾附于沈鲤，很忌恨他，送信给李三才称“：归德公回来必定夺走我的职位，将拿什么对付他呢？”归德是沈鲤乡邑的名称，想讥讽沈鲤推辞诏令。李三才回函，称沈鲤忠诚实在，没有其他心思，劝沈一贯与他同心执政。沈一贯从此也不满意李三才。沈鲤到任，详细陈说路途所见矿税的危害。隔日又与朱赓奏疏评论。皇帝都没有接纳。楚地出现假王事件，礼部侍郎郭正域请求核查，沈鲤称是。等到奸人所撰定的《续忧危..议》事发，沈一贯等人夸大其事，指令党羽钱梦皋诬奏郭正域是沈鲤的门生，协力制造妖言，并且罗织沈鲤贪赃等数罪。皇帝察觉其中的诬陷，没有追究。然而沈一贯一伙派巡逻的士兵日夜率兵丁围守他的官邸。不久事情解决了，又诬陷沈鲤有所诅咒。沈鲤曾在阁中放置小屏风，列写有谨慎天戒、体恤民穷、开扩言路、转发奏章、重用大官、补充庶官、起用废弃者、举行考选、释放冤狱者、撤除税使等十件事，而且上面书写“天启圣聪，拨乱反治”八个字。每次进内阁，就焚香拜祝它，谗言的人于是指责这是诅咒。皇帝取去察看，说：“这难道是诅咒吗？”谗言者称“：他诅咒的话当然不说出口。”由于神宗对沈鲤深为了解，不相信此事。
在此之前，阁臣的奏揭不轻易呈入宫中，呈入的就没有不答复的。当时朝廷内外阻隔，奏揭繁多，大都留宫中而不下发。沈鲤认为失职，屡次称病请求退休。神宗对他多方奖谕，但最终不答应他的请求。万历三十二年(1604)，叙论平定皮林的功绩，被加封太子太保。不久因官秩已满，加封为少保，改任文渊阁。
沈鲤初次任宰相，就请求清除矿税。在位几年，多次因此劝谏。遇上长陵明楼遭灾，沈鲤告诉沈一贯、朱赓各写一份奏章，等待时机呈上。一天下大雨，沈鲤说：“可以了。”两人询问原因，沈鲤说：“皇上厌恶谈矿税的事，奏疏呈入后大多不看，现在我们冒雨穿白衣到文华殿启奏此事，皇上惊讶而后取奏阅览，也是一个机会。”两人听从了他的话。神宗得到奏疏，说：“必定有紧急的事。”阅奏后果然心动，却不罢除矿税。第二年夏至，沈一贯在休假，沈鲤、朱赓到仁德门朝贺。神宗赏赐御食，司礼太监陈矩侍候，小太监多次往来窃听，并执笔等候。沈鲤极力陈述矿税危害百姓的情况，陈矩听后也觉得凄惨。沈鲤进一步说“：矿使派出后，将天下名山大川的灵气破坏殆尽了，恐怕对圣体不利。”陈矩叹息着回去，详细向皇帝述说了。皇帝惊悚，派遣陈矩向沈鲤咨询补救的办法。沈鲤说“：没有别的什么，赶紧停止开凿，则灵气自然恢复。”皇帝听了后点头同意。沈一贯担心沈鲤独占功劳，赶紧草拟奏疏呈上。皇帝不高兴，又终止了此事。然而过了一个月又下达了停止矿税的命令，这是沈鲤的努力呀。
沈鲤遇事秉正不屈服。被沈一贯压抑，志向得不到全面实现。而此时沈一贯多次被议论，称病闭户，沈鲤得以处理内阁事务。皇孙出生，诏令大赦天下。宦官请求征收茶蜡和过去的拖欠，沈鲤认为这有悖于圣上旨意，再次上奏，最终停止了这件事。皇帝的乳母翊圣夫人金氏，她的丈夫任都督同知，死后，请求由侄子继任。沈鲤称都督不是世袭的官职，事情才作罢。真人张国祥称皇孙的诞生，自己有祝愿赐予的功劳，请求三代享有皇帝的赐令并且世袭詹事主簿。沈鲤极力斥责他的荒谬，于是赏赐给他金币。神宗听信宦官之言，准备考察核实京郊的牧地，诏谕沈鲤撰写敕令。沈鲤劝谏“：近年来，百利的源头，都被朝廷掌握，我经常担忧事情到了极点产生变故。况且这些牧地，难道真的有豪右隐瞒新开垦地没科税？奸民的传言，未必值得相信。”事情遂得终止。云南的武弁杀了税使杨荣。皇帝很恼怒，准备派遣官员将他们逮捕惩治。沈鲤详细陈述了杨荣的罪状，请求诛杀带头杀杨荣的人，而宽免其他的人，于是果然没有广泛拘捕。陕西税使梁永请求负责镇守的事务，也因为沈鲤的劝谏作罢。辽东税使高淮假借进贡的名义，率领所统领的兵丁来到京师城门。沈鲤半夜密奏此不能行，皇帝下诏指责高淮而阻止了他。当时沈一贯虽然称病闭门在家，而奏章大多送到家中由他拟旨，沈鲤极力数说这没有先例。
沈鲤既然与沈一贯积怨，沈一贯即将离职，顾虑沈鲤在职，给自己留下后顾之忧，想与他一起离开内阁，秘密倾覆他。神宗也嫌沈鲤刚正，趁着沈鲤请求退休，于是指令他与沈一贯一起退休。朱赓上奏请求挽留沈鲤，没有答复。抵家后，他上奏答谢，仍然极力陈述懈怠政务的弊端，显明进取规章。他八十岁时，神宗派官去探视，赏给他银两。沈鲤上奏答谢，又陈述当时政治的要务。又过了五年沈鲤去世，享年八十五岁。赠封为太师，谥号文端。
于慎行，字无垢，东阿人。十七岁时，乡试中举。御史想在为新举子举行的宴会上为他加冠，他以没得到父亲的许可而推辞了。隆庆二年(1568)，考中进士。改任庶吉士，授职为编修。万历初年，《穆宗实录》撰成，晋升为修撰，担任日讲官。先朝成例，都是由翰林大臣负责日讲，没有涉及史官的事。于慎行与张位、王家屏、沈一贯、陈于陛都是以史官身份参与日讲，是为少见。他有一次讲课后，皇帝拿出宫藏图画，请讲官分别题字。于慎行不擅长书法，诗词做成后，吩咐别人书写好，并详细地从实告诉了皇帝。皇帝很高兴，曾经大书“责难陈善”四个字赏赐给他，这在词林诗界传为盛事。
御史刘台因为弹劾张居正被逮捕，同僚和朋友都躲避他，唯独于慎行前往探视。等到张居正服丧未满夺情出仕时，他与同官便上奏劝谏。吕调阳从中阻拦，没能递入宫中。张居正听说后恼怒，日后对于慎行说：“你是我所厚爱的人，也这样做吗？”于慎行从容自如地回答“：正是因为您厚爱我的缘故。”张居正很不高兴。于慎行不久就称病回乡。张居正去世后，他出任原职。晋升左谕德，主持日讲如故。当时张居正已被追究论罪，侍郎丘木舜前往江陵抄家。于慎行致函给他，称张居正的母亲年老，诸位儿子在覆巢之下，颠沛流离值得同情，应该推及明主覆盖之恩，成全大臣曾经侍候皇上的情谊。话语极为诚恳真挚，当时的舆论也认为他是对的。他由侍讲学士晋升为礼部右侍郎。又转任左侍郎，改任吏部职，负责詹事府。不久，升任礼部尚书。
于慎行明了典章制度，诸多大礼都是由他裁定。在此之前，嘉靖中期孝烈后升格祭祀于仁宗的宗庙。改换万历年号，穆宗升格祭祀于宣宗的宗庙。于慎行称不合礼节，撰写《太庙祧迁考》，称：“古代七庙制度，三座昭庙三座穆庙，与太祖庙合为七庙。刘歆、王肃一道将高祖、曾祖、祖父、自己以及五世、六世分为三昭三穆。兄弟相传皇位，就在同一祭堂不同的祭室，不能作为一世。我朝，成祖既然是世室，与太祖都是百世不变的，则从仁宗以下算，必然经历六世，此后三昭三穆才完备。孝宗与睿宗是兄弟，武宗与世宗是兄弟，昭穆相同，不应该各为一世。世宗升格祭祀，距离仁宗已有六世，不应该承祧仁宗。穆宗升格祭祀，应该承嗣仁宗，不应该在宣宗的宗庙。”他引用晋代、唐代、宋代的先例做依据，既言论分明，事情核实。事情虽然未能施行，有识之人佩服他知达礼仪。他又谏称“：南昌、寿春等十六个王，世系的次序相距久远，应该在别的陵园祭祀，不应该在太庙中祭祀。”也没有听取他的意见。
万历十八年(1590)正月，上奏请求早日建立东宫，让嫡长子出宫接受讲读教育。到了冬季，又上奏请求。皇帝恼怒，一再下严旨责难。于慎行不为所动，第二天又劝谏“：册立的事，由我部负责，我们不提，是罪过。希望皇帝迅速决定大计，将我放归乡里。”皇帝更加不高兴，责备他要挟皇帝，怀疑圣上，搅乱国家的根本，将他的同僚下属都剥夺了俸禄。山东的乡试，预先传说负责考试人的名字，事后果然如此。言官便弹劾礼部官员，于是礼部官员都停发俸禄。于慎行称罪请求退休。奏章接连呈上，皇帝终于答应了。在家居住十多年，朝廷内外屡次举荐，均不答复。
万历三十三年(1605)，才起用负责詹事府。他上奏推辞，皇帝又没有挽留他。在家住了二年，朝廷推举七人任内阁大臣，第一个就是于慎行。诏令加封他为太子少保兼东阁大学士，入阁参与机要事务。他再三推辞没有被同意，才取道赴京。当时于慎行已经患病。到朝廷答谢，拜叩起身都不合礼仪，他上奏请罪。归乡卧病在家，于是草拟遗疏，请求皇帝亲近大臣，录用闲置的人才，补充言官。几天后去世，享年六十三岁。赠封太子太保，谥号文定。
于慎行的学问有师承源流，贯通百家之学。神宗时，词馆中认为于慎行和临朐冯琦的文章学识是当时最好的。
李廷机，字尔张，晋江人。被推举进入太学，取得顺天乡试第一名。万历十一年(1583)，又取得会试第一名，以进士第二的身份授职为编修。升任祭酒。先制，祭酒每次视察事务，则由两名学生同举一块牌走在前列，牌上大写着“整齐严肃”四个字。大概是由高皇帝所制，用来警诫儒学之人。李廷机看到它就肃然起敬，所以他在国子监任职时，一概以严格为主。
很久之后，升任南京吏部右侍郎，负责吏部事务。万历二十七年(1599)，主持京察，没有偏私。曾经兼管户部、工部的事务，总揽大事又精细周密。奏请皇帝施行抚恤商旅四件事，商旅的困窘得以缓解。京城外的陵垣，大都得到修缮整治，费用都取自公款的节余钱，没有因此烦扰百姓。皇帝召见并任命他为礼部右侍郎，四次推辞，皇帝都不同意，过了二年他才上任。当时他已经晋升为左侍郎，于是代替郭正域巡视礼部事务。遇上楚王华奎因为郭正域揭发他馈赠礼物的书信，而诬蔑郭正域几件不法的事件。李廷机的意见有些偏袒楚王，因此就稍稍替郭正域解脱。大学士沈一贯想借妖书将郭正域倾覆，李廷机与御史沈裕、同官涂宗浚都署名上奏，催促审定白敫生光的狱案，株连于是终结。万历三十三年(1605)夏季，雷霆震击了郊坛。他既率领同僚条列修缮的事情奏上，又称现在的过失，没有比得了矿税的，应该罢除、撤消。皇帝没有答复。当年冬天，分类奏疏四方的灾难、异变。秦王谊漶由中尉加封，他的庶长子应该授予原来的爵位，他攀附着想分封为郡王，李廷机多次上奏极力坚持不同意。秦王派人从中调和，李廷机坚决拒绝，皇帝却特别颁旨同意。益府的家臣奏请加封，他也坚持不同意。
李廷机遇事有主见，尤其廉洁，皇帝了解他。然而他的性情刻薄，也颇为偏激、刚愎，不存大体。楚王的宗族人华责力因为上奏攻击楚王，抚按官已经准备剥夺爵位，将他囚禁于高墙内，李廷机援引《祖训》中谋害亲王的例子，提议判他死罪。舆论拂扬，政府和吏部对此感到畏惧，不敢提出不同意见，年例考察由此废除。礼部主事聂云翰疏论此事，李廷机观望舆论的意向，纠察聂云翰。给事中袁懋谦弹劾他。李廷机请求隐退，皇帝不允许。
当时内阁只有朱赓一个人。给事中王元翰等人顾虑李廷机入阁辅政，屡次暗中诋毁他。万历三十五年夏季，朝廷推举内阁大臣，李廷机果然参与其中。给事中曹于忭、宁一韩，御史陈宗契不同意。相持了很久，最后条列上奏。皇帝向来看重李廷机，任命他为礼部尚书兼东阁大学士，入阁参与机要事务。李廷机多次推辞后才负责事务。王元翰和给事中胡忻不断攻击他，皇帝剥夺了他们的俸禄，以安慰李廷机。不久，姜士昌、宁焘又因为疏论李廷机被罢黜，群情更加激愤。李廷机极力辩驳，请求罢免，又上奏陈述离职的十条理由，皇帝更加下谕令抚慰。第二年四月，主事郑振先疏论朱赓的十二条罪状，并涉及李廷机。李廷机多次上奏请求退休，闭门数月不出来。舆论怀疑他伪装，数十人交替上奏进行攻击。李廷机不断请求离职，皇帝屡屡颁诏对他进行勉励、挽留，并派鸿胪催他出来任职理事，他坚持卧床不起。在家待命一年，摒绝外界，居住于荒庙之中，朝廷大臣依然有很多议论。到了万历四十年(1612)九月，奏疏已上报了一百二十多次，于是向皇帝告辞，到都城外等待命令。同官叶向高称李廷机已经离去，不可以再做挽留，就加封李廷机为太子太保，赏赐路费，让他乘驿车，由行人司派人护送回乡。在家住了四年去世。赠封少保，谥号文节。
李廷机入阁六年，执政只有九个月，没有大的过失。言官因为他与申时行、沈一贯等人相交甚为密切，所以纷纷弹劾驱逐他。辅臣以倾轧受辱，摒弃数年而后离职，这在以前是没有过的。廷机辅政时，四川巡抚乔璧星锐意讨伐镇雄安尧臣与贵州守将持议不决。廷机力主撤兵，后来终究无事，舆论都赞赏他。福建人自杨荣、陈山入阁后，因为语言难以明白知晓，有二百年再无人进入内阁。这时李廷机与叶向高一同受命为阁臣，其后又有周如磐、张瑞图、林钎、蒋德王景、黄景盼相继入阁参予机务。