提升为刑科都给事中，知县满朝荐、诸生王大义等人都由于冒犯太监关进监狱三年了。萧近高请求释放他们，没有回音。辽东税使高淮激起人民造反，萧近高弹劾他的罪状，请求撤回税使，皇帝不接受。又因为高淮诬告逮捕同知王邦才、参将李获阳，萧近高又一次营救他们。正好有很多廷臣弹劾高淮，皇帝不得已把他召回了，而王邦才等人照样关押着。不久，极力陈述言路不开通，耳目堵塞看不见的害处。

没多久，又说王锡爵营公行私，应停止征召。朱赓被六十多道奏疏弹劾，不应当还留用他。都没有批复。按过去的惯例，六科都给事中内外轮流任职，人们轻视外任，都回避，萧近高自动请求到外地任职。吏部侍郎杨时乔请求皇帝尽快同意以实现他的愿望。于是任命他为浙江右参政，提升按察使。因病回家，起用为浙江左布政使。所到之处以清廉有操守而闻名。

泰昌元年(1620)征召为太仆卿。廷议“红丸案”，萧近高说崔文升、李可灼应当斩首，方从哲应当勒令他回归故里，张差谋反有真凭实据，不能够拿疯癫做掩护。历任工部左、右侍郎。天启二年(1622)冬天，称病离职。御史黄尊素于是说萧近高以及侍郎余懋衡、曹于汴、饶伸，太仆少卿刘弘谟、刘宗周都有志向、不爱虚荣、清风袭人，应立即表彰以示尊重，劝勉在位的官员。下诏同意征召还朝。五年冬天，起用为南京兵部，注籍左侍郎，极力推辞，皇上不答应。当时魏忠贤势力嚣张，正人君子已被排斥一空。萧近高不想出来做官，拖延了很长一段时间。给事中薛国观弹劾他轻视皇帝的任命，于是解除他的职务。崇祯初年，又恢复他的官职。死在家里。