崇祯五年(1632)，朱硕火黄去世，朱聿键继嗣。七年，流贼势头正盛，朱聿键免献黄金，而用来修筑南阳城，又援用潞藩陈例，请求增兵三千人。崇祯帝不许。九年八月，京城戒严，朱聿键带头勤王。崇祯帝下诏切责，勒令他返回藩地。事定之后，崇祯帝将其下部议罪，废为庶人，幽禁于凤阳。其弟朱聿镆继嗣。十四年，李自成攻陷南阳，朱聿镆遇害。十七年，京城失陷，福王朱由崧立位于南京，才将朱聿键赦免出来。大清顺治二年(1645)五月，南都投降。朱聿键行至杭州，遇到镇江总兵官郑鸿逵、户部郎中苏观生，于是两人尊奉朱聿键进入闽境。南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等议定，尊奉朱聿键为监国。闰六月二十八日，朱聿键在福州即位，年号隆武，改福州为天兴府。他进封郑芝龙、郑鸿逵为侯，封郑芝豹、郑彩为伯，苏观生、黄道周为大学士，张肯堂为兵部尚书，其他人都分别授以官职。
朱聿键十分好学，通晓典故，然而实权被郑氏掌握，不能有所作为。这年八月，郑芝龙提出操练备战守军二十余万，而粮饷却不足以支付军队的一半。请求预借一年税收，并命下属捐出俸禄，劝说绅士出资捐助，征调府县库存银两、谷粮。官吏四处督促，乡里一片骚乱。又广开事例，犹苦不足。仙霞岭守关军队仅数百人，而且都不堪使用。朱聿键屡次催促郑芝龙出兵，他总是以缺饷为由昧心推辞。时间一久，郑芝龙知道舆论不平，于是请求命郑鸿逵前往浙东，郑彩前往江西，各拥兵数千，号称数万。两人出发后，借口等候粮饷，都行至百里而返。在此之前，黄道周了解郑芝龙无意出兵，便自己请求率军而行，从广信直趋婺源，兵败而死，事情详见《黄道周传》。
当时，李自成兵败逃走，死于通山，其兄之子李锦率部投降湖广总督何腾蛟，何腾蛟一时增兵十余万。侍郎杨廷麟、祭酒刘同升起兵收复吉安、临江。于是杨廷麟等请求朱聿键前去江右，而何腾蛟请求他前往湖南。原任知州金堡说何腾蛟可以依靠，而郑芝龙不可依靠，应当弃闽趋楚。朱聿键听后大喜，便授金堡为给事中，派苏观生先行募兵。
在此之前，靖江王亨嘉僭称监国，不遵从朱聿键的命令，被巡抚瞿式耜等擒获，瞿式耜等向朱聿键报捷。而鲁王朱以海又在绍兴称监国，并将朱聿键的使者拒之门外，所以朱聿键决意前往江西、湖广。十二月，从福州出发，驻扎建宁。广东布政使汤来贺由海路运来十万石粮饷。第二年二月，驻扎延平。三月，大清军队攻取吉安、抚州，将杨廷麟围困于赣州。尚书郭维经离开闽，募兵援赣。六月，清军攻克绍兴，鲁王朱以海逃亡入海，闽中大为震惊。郑芝龙假称海寇到来，撤兵返回安平镇，然后航海而逃。守关将士都跟随而去，仙霞岭空无一人。七月，何腾蛟派遣使者迎接朱聿键，即将到达韶州。这时清军已抵闽关，驻守浦城的御史郑为虹、给事中黄大鹏、延平知府王士和战死。八月，朱聿键出走，数日才至汀州。清军突至，随从官吏四处奔散，朱聿键与其妃曾氏均被俘获。曾氏在九泷投水而死，朱聿键则死于福州。给事中熊纬、尚书曹学亻全、通政使马思礼等自缢而死。
汉王朱高煦，成祖第二子。性情凶悍。洪武年间，太祖将各位王子召往京城学习。朱高煦不肯学，而且言行轻佻，为太祖所厌恶。太祖去世后，成祖派仁宗及朱高煦进入京城。朱高煦的舅舅徐辉祖见他游手好闲，品行不端，便暗中告诫他。他不听劝告，并偷走徐辉祖的一匹好马，径直渡江返回燕，朱高煦在归途中动不动就杀死官民，到涿州时，又击杀驿丞，于是朝臣以此指责燕。成祖起兵时，仁宗留守，朱高煦跟随成祖，曾为军中先锋。白沟河之战，成祖几乎被瞿能赶上时，朱高煦率领数千精锐骑兵，上前决战，将瞿能父子斩于阵前。到成祖东昌兵败，张玉战死，成祖只身逃走时，又是朱高煦率军赶到，击退南军。徐辉祖在浦子口打败燕兵，朱高煦率领番骑奔来。成祖大喜，说：“我已精疲力竭了，我儿应当奋勇再战。”朱高煦指挥番骑，拼力作战，南军这才退兵。成祖屡次濒临危难而转败为胜，朱高煦功劳很大。成祖认为他很像自己，朱高煦也以此自负，恃功骄纵，经常违法。
成祖即位后，命朱高煦率军前往开平防守边境。当时朝廷正在商议立储之事，淇国公丘福、驸马王宁喜欢朱高煦，常常在成祖面前称赞他功劳很大，几乎废立长子。成祖最终还是认为长子仁爱、贤能，况且是太祖所立，而朱高煦过失又多，没有改立朱高煦。永乐二年(1404)，仁宗立为太子，朱高煦封为汉王，藩地为云南。朱高煦说：“我有何罪，要被排斥到远隔万里之地。”不肯前往。朱高煦跟随成祖巡幸北京，极力请求与其子一起返回南京。成祖不得已，只好同意了他的请求。朱高煦求得天策卫为护卫，动不动就自比为唐太宗。不久，他又乘机请求增加两护卫，其所作所为更加放纵。成祖曾命他与仁宗一起谒拜孝陵。仁宗身体肥硕，且有足疾，在雨中由使臣搀扶行走，还常常失足。朱高煦便从后说道：“前人失足，后人知警。”当时是皇太孙的宣宗，在其后应声道：“更有后人知警啊。”朱高煦回首失色。朱高煦身高七尺余，动作轻捷，善于骑射，两腋皮肤长似数片龙鳞。朱高煦依仗自己威武雄壮，又每次随军北征，跟在成祖左右，便经常在成祖面前挑拨是非，陷害东宫，因为他的谮言，使解缙致死，黄淮等人被捕下狱。
十三年五月，朱高煦改封青州，又不想前往。成祖才开始怀疑他，赐诏说道：“你既已受封藩地，岂可常居守邸。前因云南遥远，害怕前往，而今封于青州，又托故欲留，前后恐非实意，此命更不可辞。”但是朱高煦仍拖延自如。私自挑选各卫壮士，又募兵三千人，不隶属兵部，纵使他们四处劫掠。兵马指挥徐野驴将他们擒获惩处。朱高煦大怒，手持铁勺击杀徐野驴，对此无人敢言。朱高煦于是僭用御用车马器物。成祖听说后十分生气。十四年十月，成祖返回南京，尽获其违法之事数十桩，于是对他予以切责，褫夺其冠服，将他囚禁于西华门内，并准备将他废为庶人。仁宗流泪力救，成祖乃削其两护卫，处死其左右狎昵数人。第二年三月迁封乐安州，命其即日启程。朱高煦到乐安后，心中怨恨，便急于谋反。仁宗多次以信警告，他却不肯悔改。
成祖北征而死。朱高煦之子朱瞻圻当时正在北京，窥视朝廷情况，迅速报告其父，一昼夜信使往返六七次。朱高煦也连日派人潜入京城，伺机叛乱。仁宗获悉后，反而更厚待他。写信将朱高煦召回京城，增其岁禄，赏赐数以万计，然后仍命其返回藩地。封其长子为世子，其他儿子均为郡王。在此之前，朱瞻圻怨恨父亲杀死其母，屡次揭发父亲罪过。成祖听后说：“你们是父子，你这么做于心何忍呢？”现在朱高煦入朝，则将朱瞻圻前后窥报朝中情况一事全部上奏皇上。仁宗于是将朱瞻圻召来说道“：你在父子兄弟之间，谗害至此，我念你年纪尚幼，不处死你。”乃命朱瞻圻守护凤阳皇陵。
不久，仁宗去世，宣宗从南京前往奔丧。朱高煦企图在路上伏击，因行动仓促，未能成功。宣宗即帝位后，对朱高煦及赵王的赏赐比其他王府优厚。朱高煦有一天向宣宗提出请求，同时敷陈利国安民四事。宣宗命有关官员将其建议予以实施，又复信答谢。并因此对群臣说：“皇祖曾嘱咐先皇，说皇叔存有二心，应当加以防备。但先皇十分厚待皇叔。而今皇叔所言，果然出于一片诚心，说明他已革心洗面，皇祖此话可以不听从。”以后朱高煦提出任何请求，宣宗都委曲顺从。而朱高煦则更加放肆。
宣德元年(1426)八月，朱高煦终于谋反。他派遣亲信枚青等潜至京城，约集旧功臣为内应。英国公张辅将他们逮捕，并予以上奏。当时朱高煦已与山东都指挥靳荣等约定，又在卫所散发刀箭、旗帜，夺取了相邻郡县所有马匹。设立五军：指挥王斌统领前军，韦达统领左军，千户盛坚统领右军，知州朱恒统领后军，诸子各自监督一军，朱高煦亲自统率一军。世子朱瞻坦留守，指挥韦弘、韦兴，千户王玉、李智统领四哨。部署已定，朱高煦又伪授王斌、朱恒等为太师、都督、尚书等官职。御史李..因父丧在家守丧，朱高煦招他前来，李..拒不从命，并改名换姓，抄小路赶往京城禀报谋反一事。宣宗仍不忍用兵，而派宦官侯泰前去送信。侯泰一到，朱高煦便大军压阵会见侯泰，他南面而坐，对侯泰大声说道“：永乐年中皇上听信谗言，削除我的护卫，将我迁徙乐安。仁宗也仅以黄金、丝帛对我加以引诱，我岂能这样郁郁不乐地生活？你回去答复宣宗，迅速将奸臣夏原吉等捆绑送来，然后再慢慢商议我的要求。”侯泰非常害怕，面对朱高煦只是连连卑恭应答而已。返回京城后，宣宗问起汉王说了些什么话，治兵情况如何，侯泰都不敢如实回答。
当月，朱高煦派遣百户陈刚进疏，又亲自写信给公侯大臣，大多是指斥之言。宣宗叹道“：汉王果然谋反。”于是商议派遣阳武侯薛禄率军前往征讨。大学士杨荣等则劝说宣宗亲征。宣宗认为杨荣等的建议正确。张辅上奏说“：朱高煦一向懦弱，臣愿领兵二万，将其擒获献给皇上。”宣宗回答说：“你诚然可以擒获此贼，但我才刚刚即位，也许还有心怀二意的小人，朕若不亲征，便不能安定小人的反叛。”于是宣宗率军从京城出发，御驾亲征。经过杨村时，宣宗骑着马，回头对随从大臣问道“：你们估计朱高煦会有什么计谋呢？”有的大臣回答说“：一定会先攻取济南，作为其巢穴。”有的则说：“他昔日不肯离开南京，而今必然引兵南下。”宣宗听后说道：“你们都说得不对。济南虽近，却不易攻取，听说大军到来，他们也来不及进攻。护卫军家住乐安，必然内顾，而不肯直趋南京。朱高煦对外夸耀、欺诈，其实内心十分胆怯，遇事多疑而不能决断。如今他敢谋反，是轻视朕年少新立，众心未附，不能亲征。而现在听说朕率军亲征，便已丧胆，还敢出战吗？所以大军一到即可将他擒获。”
朱高煦开始听说薛禄等率军，攘臂大喜，以为容易对付。后来获悉宣宗亲征，才害怕起来。当时有人从乐安前来归附，宣宗厚赏他们，命其回去晓示其他人。又写信给朱高煦说：“张敖失国，始于贯高；淮南被诛，成于伍被。而今六师压境，汉王你马上交出首倡谋反之人，朕便可免除你的过失，恩礼如初，不然，一旦被擒，有人会将你看成奇货，捆绑起来献给朕的，到那时你就悔之晚矣。”征讨大军前锋到达乐安，朱高煦约定次日清晨出战。宣宗命大军在寝苌上吃饭，星夜兼程，御驾停留乐安城北，军营堵住乐安四城门。贼军据城而守，王军发射神机铳箭，声震如雷。诸将请求立即攻城，宣宗不许。再下诏谕示朱高煦，可他均不作答。这时城中许多人都想捉拿朱高煦献给宣宗，朱高煦十分恐惧。便秘密派人到宣宗所驻帐幕，表示今晚辞别妻儿，便马上出城认罪归降，宣宗允许。当夜，朱高煦将兵器及叛逆谋反来往的书信全部焚毁。第二天，宣宗移驻乐安城南。朱高煦准备出城，王斌等极力劝阻说“：宁可战死，不为人擒。”朱高煦哄骗王斌等重新入宫，然后偷偷从小路出城拜见宣宗。群臣请求将其处以正典之刑。宣宗不同意。只是以弹劾奏章晓示他，朱高煦叩首说道：“臣罪该万死，唯听陛下之命。”宣宗命朱高煦写信召其诸子，余党全部就擒。宣宗赦免城中守军之罪，协从者也不予问罪。命薛禄及尚书张本镇抚乐安，将乐安改名为武定州，然后班师回朝。将朱高煦父子废为庶人，在西安门内建造房屋，将他们禁锢于内。王斌等均被处死，只有长史李默因曾进谏而免死，被贬谪至口北为民。天津、青州、沧州、山西诸都督指挥相约举城响应者，事发之后相继被诛，共六百四十余人，那些故意放纵与藏匿反贼而获罪被处死或戍边者达一千五百余人，被编为边民者达七百二十人。宣宗亲自写成《东征记》以示群臣。朱高煦及诸子均相继死去。