他调任南京礼部主事，因急事请假回乡。回任后补祠祭主事，历任仪制朗中。严讷任尚书，向来器重陆光祖，他的提议没有不批准的。等到严讷改任吏部职，调陆光祖担任验封郎中，又改任考功郎中。王崇古、张瀚、方逢时、王一鹗为舆论困扰，陆光祖极力替他们洗刷。不久他改任文选郎中，更加尽职发掘人才，对那些素有威望的士大夫尽数选用。又破格提拔廉洁、能干的官吏王化、江东、邵元善、张泽、李珙、郭文通、蔡琮、陈永、谢侃。他们或者是由乡里举荐的贡士，或者是由书吏中提拔。因此下层官吏竞相勉励，严讷也全力任用他，所以陆光祖能够实现意愿。左侍郎朱衡怀恨陆光祖，在背后议论，御史孙丕扬就以专权之罪弹劾陆光祖。当时他已调任太常少卿，被撤职闲居。

大学士高拱掌管吏部，谋划倾覆徐阶。徐阶的宾客都躲避了，唯独陆光祖替他申辩。等到高拱罢职，杨博代替他负责吏部，认为他仗义，特意启用陆光祖为南京太仆少卿。还没上任，就升任本寺卿。不久又升任大理寺卿。半路上闻报父亲去世，回家奔丧。万历五年(1577)出任原职。张居正因为居丧未满夺情出任官职，杖责议论的人，陆光祖送信规劝他。等到王用汲弹劾张居正，张居正即将重惩他时，当时任大理寺卿的陆光祖极力解救使他幸免。张居正与陆光祖同年考取进士，相互友好，想引荐他做助手，陆光祖不屈身相随。等到他调任工部右侍郎，因为议论漕运改为折色银两而违逆了张居正，御史张一鲲疏论他，陆光祖就称病回乡了。

万历十一年(1583)冬天，他被举荐担任南京兵部右侍郎。才过十来天，就召任他为吏部职。他把张居正所摒弃的老成人全部召回安排在九卿各部中，安置了很多人。李植、江东之极力请求治张居正的罪，陆光祖称张居正辅佐的功绩不可抹杀，与舆论相反。李植等人因为丁此吕以前攻击尚书杨巍，陆光祖支持杨巍诋毁议论的人，议论的人于是群起攻击陆光祖，他由左侍郎出任南京工部尚书。御史周之翰弹劾陆光祖依附同族的人陆炳得到清高显贵的官职，神宗不理会。御史杨有仁就弹劾陆光祖收受贿赂，请求将他交给官吏治罪，杨巍极力保护他，事情得以平息，陆光祖最后称病离职。

万历十五年(1587)，他出任南京刑部尚书，改派到吏部。率领同僚弹劾东厂太监张鲸，并且请求宽恕李沂。此后，称皇储未定，是因为张鲸搞阴谋，请求清除他以便安定宗庙社稷。等到神宗召回张鲸，他又率领同僚极力劝谏。他入朝担任刑部尚书。神宗曾将他的名字书写于御屏上，吏部尚书宋纟熏去世，于是起用陆光祖代替，让赵锦代替陆光祖的原职。御史王之栋称他们两人不应当任用，神宗恼怒，将王之栋降职为杂仆。当时部中的权力被内阁夺取了，宋纟熏极力矫正，遭受挫折，陆光祖不为惊惧。曾经因事与大学士申时行相抵触。申时行不高兴，陆光祖最终没有顺从。申时行辞职，神宗特意授旨起用赵志皋、张位，都是申时行暗中推荐的。陆光祖称，辅佐大臣应当由朝廷推荐，不应当由宫内降旨。皇上这次的命令应下不为例。

万历二十年(1592)全面考察地方官吏，给事中李春开、王遵训、何伟、丁应泰，御史刘汝康都先在京城之外任过职，名声不好，全部被罢黜。又举荐许孚远、顾宪成等二十二人，当时的舆论一致称赞。不久，因为推举饶申、万国钦与圣旨抵触，文选郎王教以下的人全被驱逐。陆光祖称事情的起因在自己，告罪请求退休，为郎官请求宽恕，神宗没有批准。等到推举内阁大臣，朝廷大臣遵循旧例，首先报上陆光祖的姓名。神宗下诏答复：“你先前请求朝廷推举，推举的原来首先就是你。”陆光祖知道皇上不容忍自己，每天都怀藏离去的打算。不久，因为王时槐、蔡悉、王樵、沈节甫等德高望重，特别推荐给皇上，给事中乔胤就弹劾陆光祖和文选郎邹观光。陆光祖就极力请求离去，神宗允许他乘坐驿车，回乡五年后去世。被赠封为太子太保，谥号庄简。

陆光祖为人耿介有骨气，见识高明，通晓朝廷典制，每当议论大政方针，他一言确定要害。

孙鑨，字文中，父亲孙升，字志高，是都御史孙燧的小儿子。嘉靖十四年(1535)中进士及第，授职为编修，升任过礼部侍郎。严嵩当权，孙升是他的门生，唯独没有依附他。遇上南京礼部尚书空缺，众人都不想去，唯独孙升请求前往。死后，赠封为太子少保，谥号文恪。孙升曾经怀念父亲死于宸濠之难，终身不写宁字，也不替别人写祭文。做官不说别人的过错，当时称为坚定行事的君子。有四个儿子，孙鑨、孙铤、孙钅宗、孙钅广，孙铤是南京礼部右侍郎，孙钅宗是太仆卿。

孙鑨考取嘉靖三十五年(1556)的进士，授职为武库主事。

历任武选郎中，尚书杨博很器重他。世宗在宫中斋戒二十年，劝谏的人动辄获罪。孙鑨请求皇帝接见大臣们，并且极力抨击宠幸的方士，引用赵高、林灵素做比喻。显贵的侍从宦官将奏章藏匿不转交皇帝，孙鑨称病回乡。

隆庆元年(1567)他出任南京文选郎中。万历初年，调任光禄卿，称病回乡。在家乡住了十年，居住在一座小楼中，宾客很少见他的面。后起用原职，晋升为大理卿。都御史吴时来议论律例，错误很多，孙鑨极力争辩，皇帝全部听从了批驳的意见。他担任南京吏部尚书，不久改任兵部职，参与机要事务。任命刚下达，遇上陆光祖离职。朝廷一再推举代替的人，才召他担任吏部尚书。

吏部从宋纟熏到陆光祖主事，权力才回归吏部。到了孙鑨时期，部权守卫得更为坚定。先例，吏部尚书与内阁大臣相遇不回避，后来都回避了。陆光祖争辩，才又恢复旧制。然而暗暗告诫骑马的侍从另选道路走，到了孙鑨时就径直走了。张位等人心中不平，想剥夺他的权力。建议大的臣僚的空缺，九卿各举荐一个人，一样上奏听侯皇帝裁决，以便杜绝专权。孙鑨说：“朝廷推举，大臣能共同衡量可否，这是‘在朝廷给人封爵，与众人共同商议’的意思，一次推举多人易开启宠幸之路，不是例制。”给事中史孟麟也这么认为。诏令最终采纳了张位的建议。从此吏部的权力又渐渐分散到九卿手中。

万历二十一年(1593)全面考察京官、朝官，他极力杜绝私人请托。文选员外郎吕胤昌，是孙鑨的外甥，首先被贬斥。考功郎中赵南星也自己贬责了姻亲。一时间公论不容的人被全部贬责、罢黜，大学士赵志皋的弟弟亦在其中。因此执政大臣都不高兴。王锡爵刚刚回朝担任首辅，想有所庇护。等他到的时候，监察的奏疏已经呈送皇上了，庇护的人也在罢黜之列，也不能不生遗憾。遇上言官弹劾稽勋员外郎虞淳熙、职方郎中杨于廷、主事袁黄，孙鑨提议贬责袁黄，留用虞淳熙、杨于廷。诏令袁黄正在谋划军务，也留任。给事中刘道隆称虞淳熙、杨于廷不应当留任，于是皇帝严厉责备部臣结党专权。孙鑨说：“虞淳熙是我的同乡，安贫好学。杨于廷努力处理西部事务，尚书石星极力称道他的才干。现在宁夏刚平定，我不敢视功绩为罪过。况且既然由部里报告处理意见不嫌弃异同。如果知道他没有罪，因为谏官的一句话就驱逐他，欺骗自己欺骗君主，我确实不能容忍。”皇帝认为孙鑨不认罪，剥夺了他的俸禄，将赵南星降了三级，虞淳熙等人勒令罢免。

于是孙鑨请求退休，并称赵南星无罪。左都御史李世达认为与自己共同负责监察，而唯独赵南星遭谴责，也替赵南星、虞淳熙等人鸣冤，皇帝都不听。因此佥都御史王汝训，右通政魏允贞，大理少卿曾乾亨，郎中于孔兼，员外郎陈泰来，主事顾允成、张纳升、贾岩，助教薛敷教相继替赵南星鸣冤，而且陈泰来的言辞尤为恳切。它大略说：

“我曾经四次考察京官。丁丑年(1577)，张居正因为守丧未满期而强夺情做官，采纳御史朱琏的计谋，借星象变化考核官吏，钳制众人的口舌。负责部事的方逢时、考功郎中刘世亨调和其中。像蔡文范、习孔教等人都受到纠察停职，不为众人信服。辛巳年(1581)，张居正已成威福之势，王国光只是唯唯诺诺以图谨慎，考功郎中孙惟清和吏科秦耀密谋将提意见的吴中行等各位大臣全部禁锢。现任辅佐大臣赵志皋、张位，抚臣赵世卿也在南北两京接受考察，舆论认为冤枉。丁亥年(1587)，御史王国极力驳斥给事中杨廷相、同僚马允登的邪议。但是尚书杨巍向来模棱两可，考功郎徐一木贾马上进行调停。不辨泾、渭，也被当时的舆论讥讽。只有今年春天的事情，广泛咨询，博采众意，符合实情，合乎情理，失当的谄媚被全部摒弃，贪官污吏必作淘汰；至于孙鑨割除甥舅的情感，赵南星忍受断绝姻亲交好，没有比这更公正的。首辅王锡爵兼程赴命，有人还怀疑他想干预考察大典。现在他的亲朋故友都不能庇护，对赵南星很久就不甘心了。所以刘道隆的奏章呈上，马上就有指控他专权结党的批示下达。

“因为吏部商议留用一两个僚属就是结党，那么两都的大臣有二十二人被指出过失，内阁大臣商议留用六个人，詹事刘虞夔因是王锡爵的门生而被留用，独可以不称作结党吗？况且吏部的权力归属内阁，从高拱兼管以来，已经不只一天，尚书除张瀚、严清之外，选郎除孙钅广、陈有年之外，没有不奔走遵命的。延及杨巍，到刘希孟、谢廷审的时候就完全威望扫地。尚书宋纟熏想稍作振兴，最终被前任首辅申时行倾轧而死。尚书陆光祖、文选郎王教、考功郎邹观光立志要澄清，辅臣王家屏虚怀纳言，逐渐权衡清楚，只是申时行人虽回到了乡里，置身家院，授意宫廷的太监张诚、田义和舆论界的私交，将王教、邹观光很快贬斥。现在仿效他的故伎，借纠正过失来激起皇帝恼怒，这是宦官与内阁大臣内外勾结，钳制吏部大臣，但是陛下没有察觉。”

奏疏呈送皇宫，皇帝发怒，贬责了于孔兼、陈泰来等人。李世达又上奏救助，皇帝恼怒，将赵南星、虞淳熙、于廷黄全部贬为平民。

孙鑨上奏称：“吏部虽然以录用人才为职责，他们的进退去留，必须等待上面的指令。权力本来就在皇上，不是吏部专有。现在因为留用两位僚属就是专权，那么所为就没有不是专权的。因为留用两名属吏就是结党，那么所为就没有不是结党的。如果回避专权、结党的嫌疑，畏缩怯懦，使选官的职责从我开始被看轻，是我的大罪过。我任职不力，只好洁身离去，使专权结党的说法最终不在现在明确，后继者又以我为戒，这又是我的大罪过。”坚持恳请告老还乡，皇帝仍不同意。孙鑨就闭门称病。多次上奏，皇帝仍然下温旨安慰挽留，赏赐他猪羊、酒酱、粮食，并且指令侍郎蔡国珍暂时负责选任官吏的事务，等待孙鑨康复。孙鑨坚持卧病多月，上奏十多次，才被批准乘坐驿车回乡。居家三年后去世，赠封为太子太保，谥号清简。

孙鑨曾说：“大臣不称职，就应当辞职。否则，虽有职位在，也是谨身自守罢了。”他的志向、气节就是如此。

陈有年，字登之，余姚人。父亲陈克宅，字即卿，正德九年(1514)的进士。嘉靖年间任御史。哭争“大礼”，有位大臣想离去，陈克宅抓住他的颈项说：“为什么要先离去被别人责怪？”那人惭愧地止步了。不久他被投入监狱遭廷杖。释放后，先后巡按贵州、河南，多次进行弹劾。吏部尚书廖纪的姻亲被他弹劾，憎恨他，将他调出京城任命为松潘副使。调任右副都御史，巡抚贵州。都匀的苗王阿向叛乱，占据凯口囤。陈克宅与总兵杨仁攻伐并斩杀了阿向，论功晋级。不久调任苏、松巡抚。起程时，阿向的党羽又叛乱，他被罢官听候审查。巡抚汪珊讨伐平定乱贼，归功于陈克宅。陈克宅已经去世，就对他做了赏赐、抚恤。

陈有年考取嘉靖四十一年(1562)的进士，授职为刑部主事。改任吏部，历任验封郎中。万历元年(1573)，成国公朱希忠去世，他的弟弟锦衣都督朱希孝贿赂宦官冯保援引张懋的例子请求赠封王号，大学士张居正支持他。陈有年坚决不赞同，上奏说：“根据令典：功臣死了，公赠封为王，侯赠封为公，子孙世袭的人，生死只享受原来的爵位。张懋赠封为王，朝廷议论不同意，就是朱希忠的父亲朱辅也这么认为。后来竟然被封赠，不合制度。况且朱希忠没有讨敌功勋，怎么能乱加宠幸？”左侍郎刘光济负责吏部事务，按张居正的意思，删改奏稿。陈有年极力争辩，最后将原奏章呈上，张居正不高兴，陈有年当天就称病离去。

万历十二年(1584)他出任稽勋郎中，历任考功、文选郎中，谢绝说情。朝廷内外都佩服他的为人。调任太常寺少卿，担任右佥都御史巡视江西。为皇帝供给用品的尚方官需要的陶器，大都很奇巧，难以制作，后来有诏令允许适当减少，不久又照旧额了。陈有年引用诏令请求裁减，未获同意。内阁大臣申时行等人坚持争辩，才减免十分之三。南畿、浙江遭大灾，诏令禁止邻地买进粮食，商船都汇聚江西，安徽人最多。而且江西当年收成也不好，众人请求陈有年禁止。陈有年上奏陈述救急的六件事，其中请求稍稍松弛先前的禁令，使江西的百姓得以自救。南京御史方万山弹劾陈有年违背诏令。皇帝恼怒，剥夺了他的官职令他回乡。后来受举荐督办江防，渐渐升任吏部右侍郎。改任兵部职，后改任吏部。尚书孙钅龙、左侍郎罗万化都是他的同乡，陈有年极力回避，朝廷商讨没有同意。

不久，他由左侍郎升任南京右都御史。万历二十一年(1593)他与吏部尚书温纯共同主持对京官的考核，所做的罢黜之事都很得当。不久就取代了温纯的职位。当年秋天，孙钅龙辞职，他被任命为吏部尚书。住宿在办公地，会见宾客就在等待朝见皇帝的地方。引荐、录用僚属，为当时选官的极品。

第二年，王锡爵准备离职，朝廷推举内阁大臣，诏令不拘资历、官品。陈有年正在休假，侍郎赵参鲁、盛讷，文选郎顾宪成前往咨询他，开列出前任大学士王家屏、前任礼部尚书沈鲤、前任吏部尚书孙钅龙、礼部尚书沈一贯、左都御史孙丕扬、吏部侍郎邓以缵、少詹事冯琦等七人的名字。孙钅龙、孙丕扬不是翰林出身，为不拘泥资格，冯琦为四品官是不拘品级。王家屏因为争辩立太子而离职，皇帝的意思一向就不想任用他。又牵涉到吏部尚书，左都御史不是先例，皇帝严加责备。称：“不拘泥资历、品级是当年陆光祖为自己进入内阁留的晋升之路。现在推举孙钅龙、孙丕扬，显然是徇私情。以前吏部曾经两次推举内阁大臣，可以详细抄录姓名呈上。”因此详细列举了沈鲤、李世达、罗万化、陈于陛、赵用贤、朱赓、于慎行、石星、曾同亨、邓以缵等人。然而李世达以前是左都御史，皇帝又不高兴，称：“诏令中不许推荐都御史，为什么又提到李世达。王家屏是旧辅臣，不应当擅自提议起用。”于是命令陈于陛、沈一贯进入内阁，并且贬责顾宪成以及员外郎黄缙、王同休，主事辛嘉祯、黄中色任闲杂的官职。王锡爵首先上奏救助，陈有年和赵参鲁等人接着上奏，皇帝却不采纳。赵志皋、张位也假装劝谏。但是他们两个人都不是由朝廷推举，于是说：“辅臣应当出自特别选择，朝廷推举是由陆光祖联络言官们所为，不可以效法。”皇帝欢喜。下御旨再度责难，免除对黄缙等人的贬责，但是停发一年的俸禄。给事中卢明诹上奏救助顾宪成。皇帝发怒，降了他的职，将顾宪成贬为平民。

陈有年上奏申辩：“内阁大臣由朝廷推举，源于旧制。过去杨巍负责选拔官吏，我负责文选，朝廷推举六个人任内阁大臣，现在首辅王锡爵就是当年所推举的。我的家乡以前就有两位内阁大臣，弘治时期的谢迁，嘉靖时期的吕本，都是由朝廷推举的，至于不拘官吏资格品级，出于皇上诏谕，我怎么敢不遵奉。”因而请求告老回乡。神宗接到奏疏，认为他话语耿直，用温和的语气加以安慰。陈有年从此不断上奏称病请求罢职。皇帝依然安慰挽留，赏赐食物、羊和酒。陈有年请求更为积极。最后，他认为自身虽然告退，遗漏的贤士不能不录用，极力请求皇帝起用废黜的人。皇帝答复知道了。陈有年就闭门不出。几个月，上奏十四次。才被准许告退，乘驿车回乡。回乡的行旅只有一箱书、一竹箱衣服而已。万历二十六年(1598)正月去世，享年六十八岁。四月诏令他出任南京右都御史，但是陈有年已经先去世了。封赠为太子太保，谥号恭介。

孙丕扬，字叔孝，富平人。嘉靖三十五年(1556)的进士，授职为行人，升任御史。历任京郊、淮、扬地区巡按，纠正过失雷厉风行。隆庆年间，升任大理丞。因为曾经弹劾高拱，高拱的门生给事中程文诬陷并弹劾孙丕扬，他被罢官等候审查。高拱被罢免后，事情弄明白了，他又官复原职。

万历元年(1573)他升任右佥都御史，巡抚保定各府。因为严格治政，属官都惴惴不安。巡视关隘，增设了三百多所敌楼，修筑了一万多丈的边防墙。论功绩，历任右副都御史。宦官冯保的家在京城，张居正吩咐替他修建住宅，孙丕扬拒不理睬。知道冯、张两人会发怒，万历五年春天他称病回乡了。

当年冬天考核京官，言官们迎合张居正而弹劾他。诏令他起用官职时，调至南京听用。巡按陕西的御史，知道冯保等人不满，暗中示意西安知府罗织他的罪名。知府派小吏答复御史，不料小吏被老虎吃了，等到再做答复，而张居正已经死亡，事情才作罢。他出任应天府尹。受任为大理寺卿，升任户部右侍郎。

万历十五年(1587)，河北发生大饥荒。孙丕扬的家乡和邻县蒲城、同官的人采石为食。孙丕扬很伤感，送了几升石头给皇上，趁势劝谏：“现在全国困于加派，穷困的并非只有吃石粉的百姓。应该放宽赋税节俭开支，罢除额外的征派和诸类不急的事务，损害官方而有益于下民，培育苍生的性命。”神宗被他的话感动，很有些减裁、罢除。

不久，他由左侍郎升任南京右都御史，称病回乡，又召回任命为刑部尚书。孙丕扬认为监狱中滞留囚徒过多，是因为公文传递的牵制。提议在刑部、大理寺各设簿籍，凡是狱案上报刑部，第二天就详细报告大理寺，大理寺审核批准后的次日就反馈到刑部，从此囚徒就没有长期被关押的了。不久他上奏：“五年一次的刑事抚恤刚完，恐怕有冤狱没有地方投诉。请敕令全国的巡抚巡按官，在春气暖和时令监司巡视州县，审查囚徒，按察使则审查省会的囚徒。对死罪有疑以及流徙之下可以赦免的人，由抚按官送交朝廷，希望不要超过夏天。罪轻的人马上遣送，罪重的人仍然听候刑部裁决，每年如此。”神宗答复同意，以后，他逐条陈述了减少刑罚的三十二件事。皇帝称好，下优诏褒奖，从此刑狱大为减少。有宫中小内臣杀了人，逃避到皇宫。孙丕扬上奏要求逮捕，终于将其发配边关。后改任左都御史，他陈述三条台规，请求专管印玺、重视巡查、长期巡城，定为命令。而后，他又称：“乡里百姓的疾苦只有郡邑官员才能解决，郡邑的吏治只有抚按监司才能清正。抚安监司的风化，只有部院能够整治。请求订立条约颁布全国，奖励清廉抑制贪赃，共同遵循官箴。”神宗都下优诏答复可行。

万历二十二年(1594)他担任吏部尚书。孙丕扬刚直不屈，众官不敢徇私，只忧虑显贵的太监的拜访。于是他创立抽签法，大选特选官吏，全部听凭他们自己抽签，请托属意之事无法施行，一时间选拔的人盛赞他无私，选官之事从此大变。

万历二十三年(1595)全面考核京城之外的官吏。九江知府沈铁曾经担任衡州同知，揭发巡抚秦耀的罪行，江西提学佥事马犹龙任刑部主事时，判定御史祝大舟收受贿赂，于是庇护祝的人憎恨。考功郎蒋时馨罢黜了他，孙丕扬没有察觉。等到蒋时馨被赵文炳弹劾，孙丕扬极力替他辩解。称此是丁此吕的罪过，丁此吕遭逮捕。孙丕扬又极力抨击沈思孝，因此沈思孝和员外郎岳元声接连上奏攻击孙丕扬。孙丕扬极力恳请离去。当年冬天，神宗因为军政事务，贬责了两京三十多名言官。孙丕扬仍在休假，就与九卿极力劝谏，神宗没接纳。不久，神宗厌恶大学士陈于陛进行救助，将各位言官贬到边关。孙丕扬等人又上奏劝谏，神宗因此更加恼怒，将他们全部除名。

起初，神宗虽然很想任用孙丕扬，但不甚信任。有所举荐，都录用了列在第二位的候选者。多次请求启用罢官的人，都宣告作罢。孙丕扬因为不得志，已经有了离去的打算，因此闭门不出达半年。十三次上奏，都没有答复。到了四月，神宗下温诏勉励、挽留，他才又开始办事。主事赵学仕是大学士赵志皋的族弟，因为犯事而面临降职，文选郎唐伯元将他定为饶州通判。不久赵学仕又因为以前的事遭攻击，给事中刘道亨弹劾吏部趋炎附势，言辞触犯了孙丕扬。博士周献臣的陈述，也对他颇有触犯。孙丕扬怀疑刘道亨受同僚周孔教的指使，周献臣又是周孔教的同宗，更加怀疑，又多次上奏请求退休。最后写信给大学士张位，恳求他起草旨令同意放他回乡。张位照他的话办了。孙丕扬听说了，又大为愤恨，称张位排挤自己，上奏极力抨击张位和刘道亨、周孔教、周献臣、沈思孝。神宗得到奏疏，认为孙丕扬不正直。张位也上奏辩解，请求告退，神宗又下诏安慰、挽留，而且张位的同僚陈于陛、沈一贯也替张位开脱。孙丕扬再度被责备，批准他乘驿车离去。

此后很久，他被委任为南京吏部尚书，推辞不上任。等到吏部尚书李戴被免职，神宗为代替的人发愁，让侍郎杨时乔负责。杨时乔多次请求选拔尚书。神宗最终思念孙丕扬廉洁、正直，万历三十六年(1608)九月召用他担任原职。他屡屡推辞，神宗不同意。第二年四月才进京，他已经七十八岁。三十八年考核京城之外的官吏，罢免与提拔都很恰当。又上奏举荐廉吏布政使汪可受、王佐、张亻思等二十多人，诏令全部录用。

在此之前，南北两京的言官都攻击李三才、王元翰，牵连到居住家乡的顾宪成，称为东林党。祭酒汤宾尹和谕德顾天浚各自召门徒，干预时政，称为宣党、昆党；因为汤宾尹是宣城人，顾天浚是昆山人。御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳、刘光复、房壮丽，给事中王绍徽、朱一桂、姚宗人、徐绍吉、周永春等人，极力排斥东林党人，与汤宾尹、顾天浚相互声援，大臣大都畏惧，回避他们。到此时，郑继芳巡按浙江时，有人以他的名义伪造信函抨击王绍徽、刘国缙。信中说：“欲除去福清，先要除去富平；欲除去富平，先要除去耀州兄弟。”又称：“秦脉被斩断后，我们可以实现抱负。”福清指叶向高，耀州指王国、王图，富平就是孙丕扬。王国当时是保定巡抚，王图任吏部侍郎负责翰林院，与孙丕扬都是秦地人，所以称“秦脉”。大概是小人所设计的挑逗语言，陷害郑继芳等人，该信送到孙丕扬的住所，孙丕扬并不介意。遇上御史金明时为官不称职，顾虑京官考核中受斥责，先上奏极力攻击王图并抨击御史史记事、徐缙芳，称他们是王图的心腹。等到王图、徐缙芳上奏辩解，金明时再度弹劾他们，并提到伪造的郑继芳的信。刘国缙怀疑信出自徐缙芳和李邦华、李炳恭、徐良彦、周起元之手，因此称他们为“五鬼”；当时五个人都当选御史待命。当时，人们每天攻击，议论纷纷，神宗从没过问，他们更是培植党羽以求取胜，朝廷上热闹得很。

到了第二年三月全面考核京官，孙丕扬与侍郎萧云举、副都御史许弘纲负责此事，考功郎中王宗贤、吏科都给事中曹于汴、河南道御史汤兆京、协理御史乔允升做助手。前任御史康丕扬、徐大化，前任给事中钟兆斗、陈治则、宋一韩、姚文尉，主事郑振先、张嘉言和汤宾尹、顾天浚、刘国缙都被纠察，又以年例的名义将王绍徽、乔应甲调出京城。群情得以收敛，但是诸位不得志的人很恼恨。在考核之初的举荐时，汤兆京称金明时即将上奏要挟，以刺激孙丕扬。孙丕扬果然恼怒，先制止金明时到吏部考察，特意上奏弹劾他。神宗下旨追究罪过，金明时的辩解又触犯神宗的避讳。神宗恼怒，剥夺了他的官职。他的党徒大为哗然。称金明时不曾要挟汤兆京，只有弹劾王图是事实，遭到王图的报复。因此刑部主事秦聚奎极力攻击孙丕扬，替汤宾尹、徐大化、刘国缙、王绍徽、乔应甲、张嘉言辩护。当时部院的考核报告还没有下达，孙丕扬上奏催促，趁机揭发秦聚奎以前在绩溪、吴江知县任上贪婪、残暴的罪状。神宗倾向孙丕扬，将秦聚奎的官职也剥夺了。因此他的党羽们更加愤怒，称孙丕扬果真利用伪书故意贬斥王绍徽、刘国缙，况且两人与乔应甲曾经攻击过李三才、王元翰，所以代他们报复，议论纷纷。许弘纲听说后感到畏惧，多次请求下发考核的报告，也认为孙丕扬处理过分。秦的党羽们借助他的话，更加想打倒孙丕扬。礼部主事丁元荐刚进入朝廷，顾虑考核报告最后搁置，上奏指责许弘纲，趁势详尽揭发了昆、宣两党的阴谋。因此朱一桂、郑继芳、周永春、徐兆魁、姚宗文争相攻击丁元荐，替金明时等人诉讼冤屈。幸亏叶向高调解，到五月才下发考核报告。给事中彭惟成、南京给事中高节，御史王万祚、曾成易仍然不断攻击。孙丕扬认为人们议论不断，也屡次上奏请求离去，神宗下优诏挽留。在此之前，杨时乔负责考核，贬斥了科道钱梦皋等十人，神宗下特旨留用他们。此时孙丕扬也上奏罢免他们，群情大快。

孙丕扬以白首之躯回朝视事，不举荐贤明无以报效国家。先后推举隐居的贤人，像沈鲤、吕坤、郭正域、丘度、蔡悉、顾宪成、赵南、邹元标、冯从吾、于玉立、高攀龙、刘元珍、庞时雍、姜士昌、范涞、欧阳东风等人。神宗一向不录用旧臣，全部没有批复。孙丕扬又请求起用前任御史钱一本等十三人，前任给事中钟羽正等十五人，也答复作罢。孙丕扬虽然年迈，神宗看重他老练清廉，对他眷念更深。然而孙丕扬不断请求离去，上奏二十多次，得不到批准，就在第二年二月上奏之后径直回乡。叶向高听说了，急忙上奏神宗。神宗下诏令他乘驿车，并派有司问候。不久孙丕扬上奏答谢，趁势陈述四件时政，神宗又下优诏答复他。他在家居住两年后去世，享年八十三岁，赠封为太保。天启初年，追赠谥号恭介。

杨时乔，字宜迁，上饶人。嘉靖四十四年(1565)的进士。授职为工部主事。在杭州征专卖税，命令商人自己报告收入，向有司交税，不做干预。隆庆元年(1567)冬天，上奏时政的要务，称：“有三件事应当慎重：每天勤于朝讲是培养品德的要务，亲自裁决奏章是发出指令的要务，听取劝谏能够做出判断是谋划事情的要务。有九大弊端：对国体的治理松弛懈怠，多次变更法令，赏罚没有规章，开支浩繁，滥卖官职、庄田，骚扰百姓，习俗侈靡，士气低落软弱，议论空虚。三种现象趋于严重：宦官、寺庙难以控制，宗族的俸禄难以继续，边防难以振兴。”奏疏呈入，朝廷褒扬并采纳了，朝廷内外传诵一时。

他升任礼部员外郎，调任南京尚宝丞。万历初年，他以安葬亲人而离职。丧服解除，出任南京太仆丞，又调任尚宝司，称病回乡。杨时乔一向无意荣升，一再起用一再告退。过了十七年才被推荐担任尚宝卿，四次调任后升南京太常卿。上奏请求讨论建文帝的谥号，祭祀去世的有气节的大臣。调任通政使。任期满后，他接连上奏请求退休，神宗不允许。

万历三十一年(1603)，他被召见委任为吏部左侍郎。当时李戴已经辞官，杨时乔上任就负责部中事务。杜绝拜访，推辞交游，住宿在办公地，行贿者到不了他的门庭。等到全面考核京官、朝官时，首辅沈一贯想庇护他的私交，顾忌杨时乔清正，准备指派兵部尚书萧大亨主持，次辅沈鲤不赞同就终止了。杨时乔与都御史温纯积极清除内阁的亲信，像给事中钱梦皋；御史张似渠、于永清等人，都在纠察之列，又以年例的名义将给事中钟兆斗调出京城。沈一贯很恼恨，暗中劝说神宗，扣留了考核的奏章不下发。钱梦皋也借助楚王的事情再度攻击郭正域，称主持考核的人受郭正域驱使。皇帝果然心动，特意留用钱梦皋；此后，将被纠察的科道全部留用，并且下严旨责备杨时乔等人。杨时乔等人惶恐地上奏辩解，请求罢免，神宗不予追究。钱梦皋被留用，就与钟兆斗多次上奏攻击温纯，并且触及杨时乔，杨时乔请求离去。不久员外郎贺灿然请求贬斥被纠察的科道，也抨击温纯擅权争斗，唯独称赞杨时乔。又称“陛下亲自处事英明果断，不是内阁大臣能暗中愚弄的”，意思大概是为沈一贯解脱。杨时乔因为与温纯共事，又上奏请求贬官，神宗没有答复。等到温纯离去，钱梦皋、钟兆斗也引退了。神宗又降旨责备，称“先祖也时常留用被纠察的科道，为什么现在怀疑君主，诬蔑辅臣”。趁机责备各位大臣结帮入伙，命令杨时乔尽心尽职，将贺灿然和刘元珍、庞时雍等人全部贬职。杨时乔叹息道：“主持纠察的人被驱逐，提议纠察的也如鼠窜，还有脸面在此吗？”他多次上奏称病，最终未获批准。当时朝廷内外空缺很多，官职还没有补充人，而且大臣们探亲养病请假，以及劝谏而被连累遭遣送的人，遍布乡间，都得不到召见。杨时乔就开列了三百多人的名单，多次上奏请求录用。三十四年，皇长孙出世，神宗下诏起用罢官的人，杨时乔又列举受降职的邹元标等九十六人，被剥夺官籍的范俊等一百一十人，神宗最终没有理会。

第二年全面考核京城外的官吏。杨时乔已经与副都御史詹沂接受任务，过了几天，神宗忽然命令户部尚书赵世卿代替杨时乔，于是中途放弃。大概去年冬天所批复的考核报告，现在误发了。辅臣朱赓称不成体统，马上告诉了神宗。皇帝也发觉了错误，当天收回报告。杨时乔坚决推辞不肯上任，吏科陈治则弹劾他有怨愤不合大臣的礼仪。神宗下旨责备，杨时乔才又负责事务。永年伯王栋去世，他的儿子王明辅请求世袭。杨时乔认为外戚不应当传承封爵，坚持争辩，皇帝不听。当时沈一贯已经被罢免，言路争相攻击他的党羽。但是李廷机是沈一贯教导的门生，内阁大臣空缺，众人都推举他，只有给事中曹子汴、宋一韩，御史陈宗契坚持不同意。杨时乔最终遵从了众人的意见。不久，又推举黄汝良、全天叙担任侍郎，那些攻击沈一贯的人更加不高兴。给事中王元翰、胡忻便接连弹劾杨时乔，杨时乔上奏辩解，极力请求罢职。

当时，神宗授予杨时乔选拔官吏的权力，又不设置右侍郎，他一个人单独负责吏部事务，选官很公允。然而朝廷的阻格，官吏闲置，事情荒废，一天胜过一天，而且朝廷议论纷纷，动不动就受牵制。杨时乔官职不显赫，又自温纯离去后，很久不设置都御史，更不能镇住僚属。因此上下欺凌，纲纪一天天紊乱，言路掌握了权力，杨时乔也多有屈从，议论的人谅解他的苦衷，不多追究他。负责选官五年，最后起用以前的尚书孙丕扬，没有到任，杨时乔已经去世。箱中只有一件破旧的毛皮衣，同僚们募捐收殓了他。诏令封赠吏部尚书，谥号端洁。

杨时乔受业于永丰吕怀，最不喜欢王守仁的学说，力加排斥，尤其厌恶罗汝芳。在任职通政使司时，他上疏斥责说：“佛氏之学，起初并不与儒学相混，是罗汝芳借圣贤仁义心性之说，倡导为见性成佛的宗教，说我的学说简省快捷，不待清修。于是传疏注释为琐碎，以经书为糟粕，以躬行实践为迂腐，以纲纪法度为束缚。超越礼法，败坏道德，没有比这更严重了。望敕令主管官员明示禁止，以彰明纲常名教。”神宗下诏同意了他的意见。