成化五年,文选郎中陈云等人被属吏揭发,都被罢官入狱。吏部尚书深知黄孔昭廉洁,把他调到文选司,九年提升为郎中。按照惯例,文选郎中大多闭门谢客。黄孔昭说:“国家选用人才,好比富足人家蓄积粮食。粮食如果不平常蓄积,饥荒时怎么能够接济？人才不预先储备,用人时怎么能满足需要呢？如果闭门谢客,那从哪里了解发现天下的人才俊杰呢!”由官府回到家中,遇有来客,黄孔昭都以礼相待,并留意寻访人才,随时记住。在除授官职时,依据才能的高下分别派往难于治理的地方和容易治理的地方任职。因此选拔任用公平合理。如果有人以私利求请,都予以拒绝。有一次与吏部尚书尹曼争论,惹得尹曼大怒,顺手推翻了桌子。黄孔昭垂手站立,等他息怒了,接着又陈述自己的观点。尹曼也相信黄孔昭诚信正直。尹曼和通政使谈伦关系亲密,想任用他为吏部侍郎,黄孔昭坚持认为不可以。尹曼还是用了谈伦,后来谈伦果然垮台。尹曼想推荐老朋友担任巡抚,黄孔昭不同意。这个人进京拜谒黄孔昭,直至双膝跪下求情。黄孔昭更加鄙视他。尹曼命令推举,黄孔昭说:“他所缺少的,正是大臣的体统。”尹曼只好对这个人说:“黄君不离开铨曹,你是得不到升迁的了。”

黄孔昭担任文选郎中满了九年时间,才升为右通政。又过了好久,调任南京工部右侍郎。有十多处官地被权门大户侵占,黄孔昭奏请,全部收回了这些官地。奉诏命荐举方面大臣,黄孔昭荐举了知府樊莹、佥事章懋应,两人后来都成为名臣。主管银库的郎官把几千两盈余的银子进奉给黄孔昭,结果被呵斥而退出。有人挖地挖出了一只古鼎,黄孔昭马上命工匠刻上“文庙”二字,把古鼎送到文庙中。不多久宦官权贵想把古鼎进献朝廷,看见古鼎刻有“文庙”二字才算了。